Civîna Genome ya li ser bingeha Hi-C
Avantajên Service
Berhevoka Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Zanist, 2009)
● Ne hewceyî avakirina nifûsa genetîkî ya ji bo girêdana domdar;
● Tîrêjiya nîşankerê bilindtir dibe sedema rêjeya guheztinê ya li jor %90;
● Nirxandin û serrastkirinên li ser meclîsên genomê yên heyî çalak dike;
● Dema zivirîna kurttir bi rastbûna bilindtir di kombûna genomê de;
● Bi zêdeyî 1000 pirtûkxaneyên Hi-C yên ku ji bo zêdetirî 500 cureyan hatine çêkirin, ezmûnek berbiçav;
● Zêdetirî 100 dozên serketî bi faktora bandorê ya belavbûyî ya berhevkirî ji 760 zêdetir;
● Civîna genomê ya bingehîn a Hi-C ji bo genoma polîploîdê, di projeya berê de rêjeya 100% ankorkirinê hate bidestxistin;
● Patentên hundurîn û mafên nermalavê yên ji bo ceribandinên Hi-C û analîzkirina daneyan;
● Nermalava birêkûpêkkirina daneya dîtbar a xwe-pêşxistî, blokên bi destan veguheztin, berevajîkirin, betalkirin û ji nû ve kirina rê dide.
Specifications Service
|
Tîpa Pirtûkxaneyê
|
Rawesta axaftevan | Dirêjahî bixwînin | Stratejiyê pêşniyar bikin |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analîzên biyoinformatics
● Kontrolkirina kalîteya daneya xav
● Kontrolkirina kalîteya pirtûkxaneya Hi-C
● Civîna genomê ya bingeha Hi-C
● Nirxandina post-civînê
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên Nimûne:
| Teba | Kivkarik | Plants
|
| Tîma cemidî: 1-2g ji bo pirtûkxaneyê Xane: 1x 10^7 şaneyên serê pirtûkxaneyê | Tîma cemidî: 1g ji bo pirtûkxaneyê | Tîma cemidî: 1-2g ji bo pirtûkxaneyê
|
| *Em bi tundî pêşniyar dikin ku ji bo ceribandina Hi-C herî kêm 2 aliqut (her 1 g) bişînin. | ||
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Ji bo piraniya nimûneyan, em pêşniyar dikin ku di etanolê de neyê parastin.
Etîketkirina Nimûneyê: Pêdivî ye ku nimûne bi rengek zelal û bi forma agahdariya nimûneya pêşkêşkirî re bi rengek zelal bêne nîşankirin.
Barkirin: Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne pêşî di torbeyan de bêne pakij kirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
Xizmeta Kar Herikîna
Design Experiment
Sample delivery
derxistina DNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
*Encamên demo ku li vir têne xuyang kirin hemî ji genomên ku bi Biomarker Technologies re hatine weşandin ne
Nexşeya germê ya 1.Hi-C ya hevberdanêCamptotheca acuminatagenom.Wekî ku li ser nexşeyê tê xuyang kirin, tundiya danûstendinan bi dûrbûna xêzik re bi neyînî ve girêdayî ye, ku ev kombûnek pir rast-asta kromozomê destnîşan dike.(Rêjeya ankorkirinê: 96,03%)
Kang M et al.,Nature Communications, 2021
2.Hi-C erêkirina veguhertinên di navbera xwe de hêsan kirGossypium hirsutumL. TM-1 A06 ûG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Têkiliyên Xwezayê, 2019
3.Cûdakirin û cidakirina bialelîkî ya genoma cassava SC205.Nexşeya germê ya Hi-C di kromozomên homolog de parçebûna zelal nîşan dide.
Hu W et al.,Plant Molecular, 2021
4.Nexşeya germê ya Hi-C li ser kombûna genomê ya du cureyên Ficus:F.microcarpa(rêjeya ankorkirinê: 99,3%) ûF.hispida (rêjeya ankorkirinê: 99,7%)
Zhang X et al.,Hûcre, 2020
BMK Case
Genomên Dara Banyan û Wespa Pollinator Di Derbarê Hevevolusyona Hêjîrê-wasp de Nêrînan Dide
Weşandin: Hûcre, 2020
Stratejiya rêzgirtinê:
F. microcarpa genom: Nêzîkî.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: Nêzîkî.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Nêzîkî.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Encamên sereke
1.Du genomên dara banyan û yek genomê mêşa pollinator bi karanîna rêzikên PacBio, Hi-C û nexşeya girêdanê hatine çêkirin.
(1)F. microcarpagenom: Kombûnek 426 Mb (97,7% ji mezinahiya genomê ya texmînkirî) bi kontig N50 ya 908 Kb, xala BUSCO ya 95,6% hate damezrandin.Bi tevahî rêzikên 423 Mb ji hêla Hi-C ve bi 13 kromozoman ve hatine girêdan.Şîrovekirina genomê 29,416 genên proteîn-kodkirinê peyda kir.
(2)F. Hispidagenom: Kombûnek 360 Mb (% 97,3 ji mezinahiya genomê ya texmînkirî) bi N50-ya 492 Kb û xala BUSCO ya 97,4% ve hatî hilberandin.Bi tevahî rêzikên 359 Mb li ser 14 kromozoman ji hêla Hi-C ve hatine girêdan û pir bi nexşeya girêdana tîrêjiya bilind re wekhev in.
(3)Eupristina verticillatagenom: Meclîsek 387 Mb (Mezinahiya genomê ya texmînkirî: 382 Mb) bi kontig N50 ya 3.1 Mb û xala BUSCO ya 97.7% hate damezrandin.
2.Analîzasyona genomîk a berawirdî hejmareke mezin a guhertoyên strukturê di navbera duyan de eşkere kirFicusgenom, ku çavkaniyek genetîkî ya hêja ji bo lêkolînên pêşkeftina adaptî peyda dike.Vê lêkolînê, ji bo yekem car, di asta genomîk de li ser hevevolusyona Fig-wasp nihêrînek peyda kir.
 Diagrama Circos li ser taybetmendiyên genomîk ên duFicusgenom, di nav de kromozom, dubendiyên parçeyî (SD), transposon (LTR, TEs, DNA TEs), vegotina genê û synteny |  Nasnameya kromozoma Y û gena namzetê diyarkirina zayendê |
Zhang, X., et al."Genomên Dara Banyan û Wasp Pollinator Di derbarê Hevevolusyona Hêjîrê-Wasp de Nêrînek peyda dikin."Hucre 183.4 (2020).
