Rêzkirina mRNA ya Tev-Deng-Nanopore
Avantajên Service
● Biasê rêza kêm
● Aşkerekirina molekulên cDNA yên tev-dirêj
● Kêmtir dane pêwîst ji bo vegirtina heman jimareya transkriptê
● Nasnameya îzoformên pir genê
● Di asta îsoformê de hêjmarkirina îfadeyê
Specifications Service
| Pirtûkxane | Rawesta axaftevan | Hilberîna daneya pêşniyarkirî (Gb) | Kontrola Kalîteyê |
| cDNA-PCR (Poly-A dewlemendkirî) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/nimûne (Li gor cureyan) | Rêjeya tevahî dirêjî (% 70) Pîvana kalîteya navîn: Q10
|
Analîzên Bioinformatics
●Pêvajoya daneya xav
● Nasnameya transcript
● Splicing Alternatîf
● Di asta genê û asta îsoformê de hejmartina îfadeyê
● Analîza îfadeya cuda
● Şîrovekirin û dewlemendkirina fonksiyonê (DEG û DET)
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên Nimûne:
Nukleotîd:
| Pevçûn (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijiyê | Linavketinî |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Ji bo nebatan: RIN≥7.0; Ji bo heywanan: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
Pîvan: Giranî(hişk): ≥1 g
*Ji bo tevna ji 5 mg piçûktir, em pêşniyar dikin ku nimûneya tevnê ya cemidî (di nîtrojena şil) de bişînin.
Rawestandina şaneyê: Hejmara şaneyan = 3×106- 1×107
*Em pêşniyar dikin ku lîza hucreya cemidî bişînin.Di rewşê de ku ew şaneyek ji 5×10 piçûktir tê hejmartin5Tê pêşniyar kirin ku di nîtrojena şil de bişewitîne, ku ji bo derxistina mîkro çêtir e.
Nimûneyên xwînê: Hêjma≥1 ml
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Barkirin: 2, Qeşa hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pak kirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
- Tîpên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabilîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.
Xizmeta Kar Herikîna
Nukleotîd:
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Xizmeta Kar Herikîna
Desmal:
Design Experiment
Sample delivery
Derxistina RNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
1.Analîza îfadeya cihêreng -Pêşeya volqan
Analîzkirina îfadeya cihêreng dikare hem di asta genê de were pêvajo kirin da ku genên bi rengek cûda (DEGs) û hem jî di asta îsoformê de ji bo cûda nas bikin.
transkriptên diyarkirî (DET)
2.Nexşeya germê ya komkirina hiyerarşîk
3.Alternative splicing Nasname û tesnîfkirin
Pênc celeb bûyerên hevberdanê yên alternatîf ji hêla Astalavista ve têne pêşbînî kirin.
4.Nasnameya bûyerên polî-adenylation (APA) yên alternatîf û motîf li 50 bp jorîn a polî-A
BMK Case
Nasnameya veqetandinê ya alternatîf û pîvandina asta îsoformê bi rêzgirtina transkrîptoma tev-dirêj a nanoporê
Weşandin:Têkiliyên Xwezayê, 2020
Stratejiya rêzgirtinê:
Komkirin: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (mutasyona K700E);3. Hucreyên B yên normal
Stratejiya rêzgirtinê: Rêzkirina pirtûkxaneya MinION 2D, rêzgirtina pirtûkxaneya PromethION 1D;daneyên kurt-xwendina ji heman nimûneyan
Platforma rêzgirtinê: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Encamên sereke
1.Isoform-level Alternative Nasname Splicing
Rêzên dirêj-xwendî nasnameya mutant SF3B1 hêzdar dikeK700E-Malperên tevhevkirinê yên di asta îsoformê de hatine guheztin.35 alternatîf 3'SS û 10 alternatîf 5'SS hatin dîtin ku bi rengek girîng di navbera SF3B1 de hatine dabeş kirin.K700Eû SF3B1WT.33 ji 35 guhertinan ji hêla rêzikên dirêj-xwenda nû ve hatine keşif kirin.
2.Isoform-level Alternatîf Splicing quantification
Di SF3B1 de îfadeya isoformên ragirtina intronê (IR).K700Eû SF3B1WTli ser bingeha rêzikên nanoporê hatin hejmartin, ku rêgezek gerdûnî ya îzoformên IR di SF3B1 de eşkere dike.K700E.
Balkêşî
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Taybetmendiya tev-dirêj a mutasyona SF3B1 di leukemiya lîmfosîtîk a kronîk de kêmkirina întronên girtî[J] eşkere dike.Nature Communications.
