Products

Genetics Evolutionary

Genetîka Pêşveçûyî karûbarek rêzgirtinê ya pakkirî ye ku ji bo peydakirina şîroveyek berfereh li ser agahdariya pêşkeftinê ya materyalên hatî dayîn li ser bingeha guheztinên genetîkî, di nav de SNP, InDels, SVs û CNV, hatî çêkirin.Ew hemî analîzên bingehîn ên ku ji bo danasîna guheztinên evolusyonê û taybetmendiyên genetîkî yên nifûsê hewce dike peyda dike, wek strukturên nifûsê, cihêrengiya genetîkî, têkiliyên fîlogenyiyê, hwd. Di heman demê de lêkolînên li ser herikîna genê jî dihewîne, ku texmîna mezinahiya nifûsa bi bandor, dema cihêbûnê hêz dike.

Paqij bûn

Details Service

Encamên Demo

Lêkolîna Case

Avantajên Service

Takagi et al.,Kovara nebatê, 2013

● Texmînkirina dem û leza cihêbûna cureyan li ser bingeha guheztinên di asta nukleotîd û asîdên amînî de
● Aşkerekirina pêwendiya fîlogenetîkî ya pêbawer a di navbera celeban de bi bandora kêmtirîn a pêşkeftina hevgirtî û pêşkeftina paralel
● Avakirina girêdanên di navbera guhertinên genetîkî û fenotîp de ji bo kifşkirina genên girêdayî taybetmendiyê
● Texmînkirina cihêrengiya genetîkî, ku potansiyela pêşkeftina celeban nîşan dide
● Wextê Vegera Zûtir
● Tecrûbeya berfereh: BMK ji 12 salan zêdetir di projeyên têkildar ên nifûsê û geşepêdanê de ezmûnek mezin berhev kiriye, bi sedan celeb, hwd. vedihewîne û beşdarî zêdetirî 80 projeyên asta bilind ên ku di Nature Communications, Plants Molecular, Plant Biotechnology Journal, hwd de hatine weşandin, berhev kiriye.

Specifications Service

Materyal:

Bi gelemperî, bi kêmî ve sê bine-populasyon (mînak binecure an celeb) têne pêşniyar kirin.Divê her bin-nifûse ji 10 kesan kêmtir nebe (Nebatên ＞15, dikarin ji bo cureyên kêm kêm bibin).

Stratejiya rêzgirtinê:

* WGS dikare ji bo celebên bi genomê referansa bilind-kalîteyê were xebitandin, dema ku SLAF-Seq ji bo celebên bi an bê genomek referansê, an jî genoma referansê ya bi qalîteya belengaz tê sepandin.

Ji bo mezinahiya genomê tê sepandin	WGS	SLAF-Tags (×10,000)
≤ 500 Mb	10× / ferdî	WGS bêtir pêşniyar kirin
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Analîzên Bioinformatics

● Analîza Evolutionary

● Sweep Hilbijêre

● Herikîna genê

● Dîroka demografîk

● Dema cudabûnê

Sample Requirements û Delivery

Pêdiviyên Nimûne:

Cureyên	Desmal	WGS-NGS	SLAF
Teba	tevna visceral	0,5 ~ 1 g	0,5 g
	Masûlk
	Xwîna memikan	1.5 ml	1.5 ml
	Mirîşk / Xwîna masî
Karxane	Pelê teze	1~2 g	0,5 ~ 1 g
	Petal / Stem
	Rot / Tov
Cells	Hucreya çandî

gDNA

Lisersekinî
(ng/ul)

Biha

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

Xizmeta Kar Herikîna

Design Experiment

Sample delivery

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzkirin

Analîzkirina daneyan

Xizmetên piştî firotanê

Pêşî: Analîza Segregant a mezin

Piştî: Metabolomîk

*Encamên demo ku li vir têne xuyang kirin hemî ji genomên ku bi BMKGENE re hatine weşandin in

1.Analîzasyona evolution avakirina dara fîlogenetîkî, avahiya nifûsê û PCA-yê li ser bingeha guhertoyên genetîkî vedihewîne.

Dara fîlogenetîkî têkiliyên taksonomî û evolusyonê yên di nav cureyên bi bav û kalên hevpar de temsîl dike.
PCA armanc dike ku nêzîkbûna di navbera bin-nifûsan de xuya bike.
Struktura nifûsê di warê frekansên alelê de hebûna bine-nifûsa cihêreng a genetîkî nîşan dide.

3-1Fylogenetic-dar 3-2PCA 3-3Nifûs-avahî

Chen, et.al.,PNAS, 2020

2.Sweep hilbijartî

Sweep Hilbijartî pêvajoyek e ku pêvajoyek ku tê de malperek bi avantaj tê hilbijartin û frekansên malperên bêalî yên girêdayî zêde dibin û yên malperên negirêdayî kêm dibin, di encamê de kêmbûna herêmî çêdibe.

Vedîtina li seranserê genomê li ser deverên hilbijartî yên hilbijartî bi hesabkirina index genetîkî ya nifûsê (π，Fst, Tajima's D) ya hemî SNP-an di hundurê pencereyek dakêşanê de (100 Kb) di hin gavê de (10 Kb) tê hilanîn.

Pirrengiya nukleotîd (π)
4Nucleotide-diversity(π）

Tajima's D
5Tajima's-D

Indeksa rastkirinê (Fst)

6Fixation-index (Fst)

Wu, et.al.,Plant Molecular, 2018

3.Gene Flow

7Jin-herikin

Wu, et.al.,Plant Molecular, 2018

4.Dîroka demografîk

8Demografî-dîrok

Zhang, et.al.,Ekolojiya Xwezayê û Pêşveçûn, 2021

5.Dema cudabûnê

9Ciwazî-dem

Zhang, et.al.,Ekolojiya Xwezayê û Pêşveçûn, 2021

BMK Case

Nexşeya guhertoya genomîk li ser bingeha genetîkî ya hilbijartina Kelemê Çînî ya Biharê (Brassica rapa ssp. Pekinensis) têgihiştinan peyda dike.

Weşandin: Plant Molecular, 2018

Stratejiya rêzgirtinê:

Resequencing: Kûrahiya rêzkirin: 10×

Encamên sereke

Di vê lêkolînê de, 194 kelemên çînî ji bo ji nû ve rêzgirtinê bi kûrahiya navînî 10× hatin hilberandin, ku 1,208,499 SNP û 416,070 InDels peyda kirin.Li ser van 194 xêzan analîza fîlogenetîkî nîşan dide ku ev xet dikarin li sê ekotîpên bihar, havîn û payizê werin dabeş kirin.Wekî din, avahiya nifûsê û analîza PCA destnîşan kir ku kelemê biharê yê çînî ji kelemek payizê li Shandong, Chinaîn hatî çêkirin.Dûv re ev li Kore û Japonya hatin nasandin, bi xêzên herêmî re hatin derbas kirin û hin celebên wan ên dereng-dereng vegeriyan Chinaînê û di dawiyê de bûn kelemê Çînî yên Biharê.

Li ser kelemên biharê yên biharê û kelemên payîzê yên li ser kelemên biharê yên çînî û kelemên payîzê 23 cihê genomî yên ku di hilbijartineke xurt de derbas bûne derketin holê, du ji wan bi herêma kontrolkirina dema boltingê ya li ser bingeha nexşeya QTL-ê li hev ketine.Di van her du deveran de hate dîtin ku genên sereke yên ku kulîlkan birêkûpêk dikin, BrVIN3.1 û BrFLC1 hene.Van her du genan ji hêla lêkolîna transcriptome û ceribandinên transgenîkî ve bêtir hate piştrast kirin ku di wextê kelandinê de beşdar in.

Analîza avahiya nifûsê li ser kelemên çînî

Agahdariya genetîkî li ser hilbijartina kelemê çînî

Balkêşî

Tongbing, et al."Nexşeya Guhertoya Genomîk Di Bingeha Genetîkî ya Hilbijartina Kelemê Çînî ya Biharê (Brassica rapa ssp.pekinensis) de têgihîştinê peyda dike."Nebatên molekular,11 (2018): 1360-1376.