● Pir Ezmûnî: Zêdetirî 200,000 nimûne di BMK-ê de ku celebên nimûneyên cihêreng vedihewîne, di nav de çanda hucreyê, tevnvîs, şilava laş, hwd. û zêdetirî 7,000 projeyên mRNA-Seq girtî ku deverên cihê lêkolînê vedihewîne, hatine hilanîn.
● Pergala kontrolkirina kalîteyê ya hişk: Xalên kontrolkirina kalîteyê ya bingehîn di nav hemî gavan de tevî amadekirina nimûneyê, amadekirina pirtûkxaneyê, rêzkirin û biyoinformatics di bin çavdêriyek nêzîk de ne da ku encamên bilind-kalîteyê peyda bikin.
● Gelek databasên ku ji bo lêkolînên annotation û dewlemendkirina fonksiyonê peyda dibin da ku armancên lêkolînê yên cihêreng bicîh bînin.
● Karûbarên piştî firotanê: Karûbarên piştî firotanê ji bo qedandina projeyê 3 mehan derbasdar in, di nav de şopandina projeyan, kişandina pirsgirêkê, encam Q&A, hwd.
Pirtûkxane | Stratejiya rêzgirtinê | Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola Kalîteyê |
Poly A dewlemend kirin | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nukleotîd:
Pevçûn (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijiyê | Linavketinî |
≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Ji bo nebatan: RIN≥6.5; Ji bo heywanan: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
Tîrêj: Giranî (zuwa):≥1 g
*Ji bo tevna ji 5 mg piçûktir, em pêşniyar dikin ku nimûneya tevnê ya cemidî (di nîtrojena şil) de bişînin.
Rawestandina hucreyê:Hejmara hucreyan = 3×106- 1×107
*Em pêşniyar dikin ku lîza hucreya cemidî bişînin.Ger ew şaneyek ji 5×105 piçûktir be.
Nimûneyên xwînê:Volume≥1 ml
Mîkroorganîzma:Girse ≥ 1 g
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Barkirin:
Bioinformatics
Eukaryotî Xebata analîzkirina rêza mRNAyê
Bioinformatics
ØKontrola kalîteya daneya xav
ØLihevkirina genomê ya referansê
ØAnalîzkirina avahiya transcript
ØHejmara îfadeyê
ØAnalîza îfadeya cihêreng
ØAnnotation û dewlemendkirina fonksiyonê
1.Kûreya Têrbûna Daneyên mRNA
2.Analîza îfadeya cihêreng-Pêşeya volqan
3.Şîrovekirina KEGG li ser DEG
4.Tesnîfkirina GO li ser DEGs