Rawesta axaftevan | Mezinahiya Pirtûkxaneyê | Hilberîna Daneyên Teorîk (Her şaneyek) | Rastiya yek-bingeh | Applications |
Nanopore | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultradirêj, cDNA-PCR | 70-90 Gb / Cell | 85-92% | Banga SV, De novo, Rêzkirina tev-dirêj, Iso-Seq, Annotation Gene, Tespîtkirina methylation DNA |
● Zêdetirî 5 sal ezmûna li ser platforma rêzgirtinê ya PacBio bi hezaran projeyên girtî yên bi celebên cihêreng.
● BMKGENE hevparê fermî yê Oxford Nanopore ye, bi sertîfîkaya RNA/DNA ya platforma dualî.
● Modelên seretayî yên rêzkeran hene ku bi alavên bêkêmasî û bi têra rêzgirtinê ve girêdayî ne.
● Li ser bingeha platforma Nanopore, zêdetirî 10 lêkolînên heywan û nebatên Denovo di kovarên navdar ên navneteweyî de hatine weşandin.
Tîpa Nimûne | Biha | Concentration (Qubit ®) | Bend | Paqijiyê | Others |
Genomîk DNA | Bi Pêdiviya Daneyê ve girêdayî ye | ≥20ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; Di 260 nm de lûtkeya zelal, bê qirêjî | Pêdivî ye ku meriv bi Qubit û Qubit / Nanopore ≤ 2 ve were pîvandin |
Tevahiya RNA | ≥1.2 μg | ≥100μg/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0.5-2.5; bê gemarî | Nirxa RIN ≥7,5 |
Nirxandina Kalîteya Daneyê ya Nimûneya DNA
Tablo 1. Statîstîkên li ser daneyên paqij.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | paqijN50Len | paqijN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Nirxandina Kalîteya Daneyên Nimûneya RNA
Tablo 1. Statîstîkên li ser daneyên paqij.
Navê Pelê | ClientID | ReadNum | BaseNum | N50 | MeanLength | MaxLength | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Wêne 1. Dabeşkirina dirêjahî bixwînin
Wêne 2. Dabeşkirina pîvana kalîteyê ya daneyên paqij
Wêne 3. Dirêjbûn û dabeşkirina pîvana kalîteyê ya daneyên paqij