16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Avantajên Service
● Nasnameya bê îzolasyon û bilez a pêkhateya mîkrobial di nimûneyên hawîrdorê de
● Di nimûneyên jîngehê de di hêmanên kêm-berfireh de çareseriya bilind
● Herikîna QIIME2 ya herî paşîn bi analîzên cihêreng di warê databas, annotasyon, OTU/ASV de analîz dike.
● Rêjeya bilind, rastbûna bilind
● Ji bo lêkolînên civaka mîkrobial ên cihêreng tê sepandin
● BMK bi zêdetirî 100,000 nimûneyan/salê xwedan ezmûnek berfireh e, ku ax, av, gaz, lûk, feq, rûvî, çerm, şûşeya fermentasyonê, kêzik, nebat, hwd vedigire.
● BMKCloud şirovekirina daneyê hêsan kir ku tê de 45 amûrên analîzkirina kesane hene
Specifications Service
| RêzkirinRawesta axaftevan | Pirtûkxane | Hilberîna daneya pêşniyarkirî | Dema zivirîna texmînkirî |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 Roj |
Analîzên Bioinformatics
● Kontrolkirina kalîteya daneya xav
● Komkirina OTU/Dengê jêbirin (ASV)
● annotation OTU
● cihêrengiya Alpha
● cihêrengiya Beta
● Analîzên navbera koman
● Analîza komeleyê li dijî faktorên ceribandinê
● Pêşbîniya genê fonksiyonê
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên Nimûne:
BoDerxistina DNA:
| Tîpa Nimûne | Biha | Lisersekinî | Paqijiyê |
| Derxistina DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ji bo nimûneyên hawirdorê:
| Tîpa nimûne | Pêvajoya nimûneyê ya pêşniyar kirin |
| Erd | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Pêdivî ye ku maddeya hişkbûyî ya mayî ji rûyê erdê were rakirin;Parçeyên mezin hûr bikin û di parzûna 2 mm re derbas bikin;Ji bo veqetandinê di lûleya EP an cyrotube ya sterîl de nimûneyên aliqut. |
| Feces | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ya sterîl an çîrûkek sterîl de nimûneyan berhev bikin û veqetînin. |
| Naveroka rovî | Pêdivî ye ku nimûne di bin şertên aseptîk de bêne çêkirin.Bi PBS tevna berhevkirî bişon;PBS-ê santrîfuj bikin û baranê di lûleyên EP-ê de berhev bikin. |
| Sludge | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ê ya sterîl an jî di lûleya krîyoyê de nimûneya lûlê berhev bikin û veqetînin |
| Waterbody | Ji bo nimûneya bi mîqdarek sînorkirî ya mîkroban, wek ava tîrêjê, ava bîrê, hwd., Bi kêmanî 1 L av berhev bikin û di parzûna 0.22 μm re derbas bikin da ku mîkrobialê li ser membranê dewlemend bikin.Parzûnê di lûleya sterîl de hilînin. |
| Çerm | Bi baldarî rûbera çerm bi pembûya sterîl an jî lûleya neştergerî biperçiqînin û bixin nav lûleya sterîl. |
Pêşniyara Sample Delivery
Nimûneyan di nîtrojena şil de 3-4 demjimêran bicemidînin û di nîtrojena şil de an -80 derece ji bo veqetandina demdirêj hilînin.Veguheztina nimûneyê bi qeşa hişk hewce ye.
Xizmeta Kar Herikîna
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
1.Belavbûna cureyan
2.Nexşeya germî: Kombûna dewlemendiya cureyan
3.Rabe fraksiyon
4.NMDS analîz
5.Analîzkirina Lefse
BMK Case
Kesên qelew ên bi şekirê tîp 2 û bêyî wan, kapasîteya fonksiyonê û pêkhatina mîkrobiya rûvî ya cihêreng nîşan didin.
Weşandin:Hostê Hucreyê & Mîkrob, 2019
Stratejiya rêzgirtinê:
Ne-şekir (n=633);Ne-şekirê qelew (n=494);Nexweşiya qelew-Tîpa 2 ya şekir (n=153);
Herêma armanc: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (Rêzkirina amplicon-based NGS)
Binkomek ekstraktên ADN-ê li ser Illumina Hiseq bi rêzgirtina metagenomîk ve hatin kirin
Encamên sereke
Profîlên mîkrobial ên van nexweşiyên metabolîk bi serfirazî hatin cûda kirin.
Bi danberhevkirina taybetmendiyên mîkrobial ên ku ji hêla rêzkirina 16S ve hatî çêkirin, qelewbûn bi guhertinên di pêkhateya mîkrobî de, taybetmendiyên takekesî, nemaze kêmbûna girîng di Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, hwd re têkildar e. Wekî din, T2D bi zêdebûna Escherichia/shigella re têkildar hate dîtin. .
Balkêşî
Thingholm, LB, et al."Kesên qelew bi û bêyî şekirê tîp 2, kapasîteya fonksiyonê ya mîkrobîkî ya gurçikê û pêkhatina cûda nîşan didin."Host & Mîkrob Cell26.2 (2019).
