원핵생물 RNA 서열분석
서비스 사양
플랫폼: Illumina NovaSeq 플랫폼, PE150
라이브러리 유형: 350bp 삽입 cDNA 라이브러리(피크 분포에 따라 다름)
시퀀싱 전략: 페어드 엔드 150bp
권장 데이터 양: 2Gb 원시 데이터/샘플
생물정보학
(1) 시퀀싱 데이터 품질 관리: 뉴클레오티드 분포, 기본 품질 분포, rRNA 비율 평가;
(2) 서열 정렬 분석: 정렬 결과 통계, 서열화 포화도, 서열화 범위;
(3) 참조 게놈 주석(NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) 발현 분석: 발현 분포(2개 이상의 샘플 포함), 샘플 간 발현 분석(Venn 분석, 상관 분석, PCA 분석);
(5) 차등 발현 분석(2개 이상의 샘플 사용);
(6) 유전자 세트 분석: Venn 분석, 클러스터 분석, 기능 주석 분석(COG, GO, KEGG), 기능 강화 분석(GO, KEGG), 기능 강화 화음 그래프, Ipath 분석;
(7) sRNA 분석: sRNA 예측, sRNA 주석(Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA 2차 구조 예측, sRNA 표적 유전자 예측;
(8) 전사체 구조 분석: 오페론 분석, 전사 시작 및 종료 부위 예측, UTR 주석 및 분석, 프로모터 서열 예측, SNP/InDel 분석(SNP/InDel 주석, SNP/InDel 지역 분포, SNP 통계).
서비스 작업 흐름
샘플 배송
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
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