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단일핵 RNA 서열 분석
단일 세포 포획 및 높은 처리량 시퀀싱과 결합된 개별 라이브러리 구축 기술의 발전으로 세포별 유전자 발현 연구가 가능해졌습니다.이를 통해 복잡한 세포 집단에 대한 더 깊고 완전한 시스템 분석이 가능하며, 모든 세포의 평균을 취하여 이질성이 가려지는 것을 대부분 방지합니다.
그러나 일부 세포는 단세포 현탁액으로 만들기에 적합하지 않으므로 다른 시료 준비 방법, 즉 조직에서 핵 추출이 필요합니다. 세포 시퀀싱.
BMK는 10× Genomics ChromiumTM 기반 단일 세포 RNA 시퀀싱 서비스를 제공합니다.본 서비스는 면역세포 분화, 종양 이질성, 조직 발달 등 질병 관련 연구에 널리 활용되어 왔습니다.
공간 전사체 칩: 10× Genomics
플랫폼: Illumina NovaSeq 플랫폼
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식물/동물 전체 게놈 시퀀싱
WGS라고도 알려진 전체 게놈 재시퀀싱을 통해 SNP(단일 염기 다형성), InDel(삽입 결실), SV(구조 변이) 및 CNV를 포함하여 전체 게놈에서 공통 돌연변이와 희귀 돌연변이를 모두 밝힐 수 있습니다. ).SV는 SNP보다 변이 기반의 더 큰 부분을 차지하고 게놈에 더 큰 영향을 미치며 이는 살아있는 유기체에 중요한 영향을 미칩니다.긴 읽기를 사용하면 직렬 반복, GC/AT가 풍부한 영역 및 초가변 영역과 같은 복잡한 영역에 대한 염색체 교차가 훨씬 쉬워지기 때문에 긴 읽기 재배열을 통해 큰 단편과 복잡한 변이를 보다 정확하게 식별할 수 있습니다.
플랫폼: Illumina, PacBio, Nanopore
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BMKMANU S1000 공간 전사체
공간 전사체학은 과학적 혁신의 최전선에 서서 연구자들이 공간적 맥락을 유지하면서 조직 내의 복잡한 유전자 발현 패턴을 조사할 수 있도록 지원합니다.BMKGene은 다양한 플랫폼 속에서 BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip을 개발했습니다.향상된 해상도5μM, 세포 이하 범위에 도달하고다단계 해상도 설정.약 200만 개의 스팟을 갖춘 S1000 칩은 공간적으로 바코드가 표시된 캡처 프로브가 로드된 비드가 층층이 쌓인 마이크로웰을 사용합니다.공간 바코드가 풍부한 cDNA 라이브러리는 S1000 칩에서 준비되고 이후 Illumina NovaSeq 플랫폼에서 시퀀싱됩니다.공간 바코드 샘플과 UMI의 조합은 생성된 데이터의 정확성과 특이성을 보장합니다.BMKManu S1000 칩의 독특한 특성은 다양한 조직과 세부 수준에 맞게 미세 조정할 수 있는 다단계 해상도 설정을 제공하는 다용성에 있습니다.이러한 적응성은 칩을 다양한 공간 전사체학 연구를 위한 탁월한 선택으로 자리매김하여 최소한의 소음으로 정확한 공간 클러스터링을 보장합니다.
BMKManu S1000 칩과 기타 공간 전사체학 기술을 사용하여 연구자들은 세포의 공간적 구성과 조직 내에서 발생하는 복잡한 분자 상호 작용을 더 잘 이해할 수 있으며 다음을 포함한 광범위한 분야에서 생물학적 과정의 기본 메커니즘에 대한 귀중한 통찰력을 제공할 수 있습니다. 종양학, 신경과학, 발달 생물학, 면역학 및 식물학 연구.
플랫폼: BMKManu S1000 칩 및 Illumina NovaSeq
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10x Genomics Visium 공간 전사체
공간 전사체학(Spatial Transcriptomics)은 연구자들이 조직의 공간적 맥락을 보존하면서 조직 내 유전자 발현 패턴을 조사할 수 있는 최첨단 기술입니다.이 영역의 강력한 플랫폼 중 하나는 Illumina 시퀀싱과 결합된 10x Genomics Visium입니다.10X Visium의 원리는 조직 절편이 배치되는 지정된 캡처 영역이 있는 특수 칩에 있습니다.이 캡처 영역에는 바코드 지점이 포함되어 있으며 각 지점은 조직 내의 고유한 공간 위치에 해당합니다.조직에서 포획된 RNA 분자는 역전사 과정에서 고유한 분자 식별자(UMI)로 라벨링됩니다.이러한 바코드 지점과 UMI는 단일 세포 분해능에서 유전자 발현의 정확한 공간 매핑 및 정량화를 가능하게 합니다.공간적으로 바코드가 표시된 샘플과 UMI의 조합은 생성된 데이터의 정확성과 특이성을 보장합니다.이 Spatial Transcriptomics 기술을 사용함으로써 연구자들은 세포의 공간적 구성과 조직 내에서 발생하는 복잡한 분자 상호 작용에 대한 더 깊은 이해를 얻을 수 있으며 종양학, 신경과학, 발달 생물학, 면역학을 포함한 여러 분야의 생물학적 과정의 기본 메커니즘에 대한 귀중한 통찰력을 제공할 수 있습니다. , 식물 연구.
플랫폼: 10X Genomics Visium 및 Illumina NovaSeq
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전장 mRNA 서열분석-나노포어
NGS 기반 mRNA 시퀀싱은 유전자 발현 정량화를 위한 다양한 도구로 사용되지만 짧은 읽기에 대한 의존도는 복잡한 전사체 분석에서의 효율성을 제한합니다.반면에 Nanopore 시퀀싱은 긴 읽기 기술을 사용하여 전체 길이의 mRNA 전사물을 시퀀싱할 수 있습니다.이 접근법은 대체 접합, 유전자 융합, 폴리아데닐화 및 mRNA 이소형의 정량화에 대한 포괄적인 탐색을 용이하게 합니다.
Nanopore 시퀀싱은 nanopore 단일 분자 실시간 전기 신호에 의존합니다.모터 단백질의 안내를 받아 이중 가닥 DNA는 생물막에 내장된 나노기공 단백질에 결합하고, 전압 차이 하에서 나노기공 채널을 통과하면서 풀립니다.DNA 가닥의 서로 다른 염기에서 생성된 독특한 전기 신호는 실시간으로 감지 및 분류되어 정확하고 연속적인 뉴클레오티드 서열 분석이 가능해집니다.이 혁신적인 접근 방식은 짧은 읽기 한계를 극복하고 복잡한 전사체 연구를 포함하여 복잡한 게놈 분석을 위한 동적 플랫폼을 제공합니다.
플랫폼: Nanopore Promethion P48
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전장 mRNA 시퀀싱 -PacBio
NGS 기반 mRNA 시퀀싱은 유전자 발현을 정량화하는 다양한 도구이지만 짧은 읽기에 의존하기 때문에 복잡한 전사체 분석에서의 사용이 제한됩니다.반면, PacBio 시퀀싱(Iso-Seq)은 긴 읽기 기술을 사용하여 전체 길이의 mRNA 전사물 시퀀싱을 가능하게 합니다.이 접근 방식은 필요한 데이터 양이 많기 때문에 유전자 발현 정량화를 위한 기본 선택은 아니지만 대체 접합, 유전자 융합 및 폴리아데닐화에 대한 포괄적인 탐색을 용이하게 합니다.
PacBio 시퀀싱 기술은 단일 분자 실시간(SMRT) 시퀀싱을 사용하여 전체 길이의 mRNA 전사물을 캡처하는 데 뚜렷한 이점을 제공합니다.이 혁신적인 접근 방식에는 시퀀싱 중에 DNA 중합효소 활성을 실시간으로 관찰할 수 있는 미세 가공 웰인 제로 모드 도파관(ZMW)을 사용하는 것이 포함됩니다.이러한 ZMW 내에서 PacBio의 DNA 중합효소는 상보적인 DNA 가닥을 합성하여 전체 mRNA 전사체에 걸쳐 긴 판독을 생성합니다.CCS(Circular Consensus sequencing) 모드의 PacBio 작업은 동일한 분자를 반복적으로 시퀀싱하여 정확성을 향상시킵니다.생성된 HiFi 판독은 NGS에 필적하는 정확도를 가지며 복잡한 전사체 특징에 대한 포괄적이고 신뢰할 수 있는 분석에 더욱 기여합니다.플랫폼: PacBio 속편 II
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진핵생물 mRNA 서열분석-Illumina
mRNA 서열분석은 특정 조건 하에서 세포 내 모든 mRNA 전사체의 포괄적인 프로파일링을 가능하게 합니다.이 최첨단 기술은 다양한 생물학적 과정과 관련된 복잡한 유전자 발현 프로파일, 유전자 구조 및 분자 메커니즘을 밝혀내는 강력한 도구 역할을 합니다.기초 연구, 임상 진단 및 약물 개발에 널리 채택되는 mRNA 서열분석은 세포 역학 및 유전적 조절의 복잡성에 대한 통찰력을 제공합니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq X
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비참조 기반 mRNA 시퀀싱-Illumina
mRNA 서열분석은 특정 조건 하에서 세포 내 모든 mRNA 전사체의 포괄적인 프로파일링을 가능하게 합니다.이 최첨단 기술은 다양한 생물학적 과정과 관련된 복잡한 유전자 발현 프로파일, 유전자 구조 및 분자 메커니즘을 밝혀내는 강력한 도구 역할을 합니다.기초 연구, 임상 진단 및 약물 개발에 널리 채택되는 mRNA 서열분석은 세포 역학 및 유전적 조절의 복잡성에 대한 통찰력을 제공합니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq X
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긴 비코딩 시퀀싱 -Illumina
긴 비코딩 RNA(lncRNA)는 최소한의 코딩 잠재력을 갖고 있으며 비코딩 RNA 내의 중추적인 요소인 200개 뉴클레오티드보다 긴 RNA입니다.핵과 세포질에서 발견되는 이 RNA는 후성 유전적, 전사적, 전사 후 조절에서 중요한 역할을 하며 세포 및 분자 과정을 형성하는 데 있어 중요성을 강조합니다.LncRNA 시퀀싱은 세포 분화, 개체 발생 및 인간 질병에 대한 강력한 도구입니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq
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소형 RNA 시퀀싱-Illumina
일반적으로 길이가 200개 뉴클레오티드 미만인 소형 RNA(sRNA) 분자에는 마이크로RNA(miRNA), 소형 간섭 RNA(siRNA) 및 피위 상호작용 RNA(piRNA)가 포함됩니다.이들 중에서 약 20-24개 뉴클레오티드 길이의 miRNA는 다양한 세포 과정에서 중추적인 조절 역할을 한다는 점에서 특히 주목할 만합니다.조직 특이적 및 단계 특이적 발현 패턴을 통해 miRNA는 다양한 종에 걸쳐 높은 보존성을 나타냅니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq
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circRNA 시퀀싱-Illumina
원형 RNA 시퀀싱(circRNA-seq)은 비정규 스플라이싱 이벤트로 인해 폐쇄 루프를 형성하는 RNA 분자 클래스인 원형 RNA를 프로파일링하고 분석하여 이러한 RNA에 향상된 안정성을 제공합니다.일부 circRNA는 microRNA 스폰지 역할을 하여 microRNA를 격리하고 표적 mRNA를 조절하는 것을 방지하는 것으로 나타났지만, 다른 circRNA는 단백질과 상호 작용하거나 유전자 발현을 조절하거나 세포 과정에서 역할을 할 수 있습니다.circRNA 발현 분석은 이러한 분자의 조절 역할과 다양한 세포 과정, 발달 단계 및 질병 상태에서의 중요성에 대한 통찰력을 제공하여 유전자 발현의 맥락에서 RNA 조절의 복잡성에 대한 더 깊은 이해에 기여합니다.
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전체 전사체 시퀀싱 – Illumina
전체 전사체 시퀀싱은 코딩(mRNA) 및 비코딩 RNA(lncRNA, circRNA 및 miRNA)를 모두 포함하여 다양한 RNA 분자를 프로파일링하는 포괄적인 접근 방식을 제공합니다.이 기술은 특정 순간에 특정 세포의 전체 전사체를 캡처하여 세포 과정에 대한 전체적인 이해를 가능하게 합니다."전체 RNA 시퀀싱"이라고도 알려진 이 기술은 전사체 수준에서 복잡한 조절 네트워크를 공개하여 경쟁 내인성 RNA(ceRNA) 및 결합 RNA 분석과 같은 심층 분석을 가능하게 하는 것을 목표로 합니다.이는 특히 circRNA-miRNA-mRNA 기반 ceRNA 상호 작용과 관련된 규제 네트워크를 밝히는 데 있어 기능적 특성화를 향한 초기 단계를 의미합니다.
