비참조 기반 mRNA 시퀀싱-Illumina

mRNA 시퀀싱은 일부 특수 기능이 활성화되는 특정 기간에 진핵생물 형태의 메신저 RNA(mRNA)를 포착하기 위해 차세대 시퀀싱 기술(NGS)을 채택합니다.스플라이싱된 가장 긴 전사체는 'Unigene'이라고 불리며 후속 분석을 위한 참조 서열로 사용되었으며, 이는 참조 없이 종의 분자 메커니즘과 조절 네트워크를 연구하는 효과적인 수단입니다.

전사체 데이터 조립 및 unigene 기능 주석 후

(1)SSR 분석, CDS 예측 및 유전자 구조가 수행됩니다.

(2) 각 샘플의 고유 유전자 발현 정량을 수행합니다.

(3)Unigene 발현을 기반으로 샘플(또는 그룹) 간에 차별적으로 발현되는 unigene을 발견합니다.

(4)차이적으로 발현된 고유 유전자의 클러스터링, 기능적 주석 및 농축 분석이 수행됩니다.

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서비스 내용

생물정보학

데모 결과

사례 연구

특징

● 참조 게놈과 무관하며,

● 해당 데이터는 성적 증명서의 구조와 표현을 분석하는 데 사용될 수 있습니다.

● 다양한 클리핑 사이트 식별

서비스 장점

● BMKCloud 기반 결과 전달: 결과는 BMKCloud 플랫폼을 통해 데이터 파일 및 대화형 보고서로 전달됩니다. 이를 통해 표준 생물정보학 분석을 기반으로 복잡한 분석 출력 및 맞춤형 데이터 마이닝을 사용자 친화적으로 읽을 수 있습니다.

● 애프터 서비스: 프로젝트 후속 조치, 문제 해결, 결과 Q&A 등을 포함하여 프로젝트 완료 후 3개월 동안 유효한 애프터 서비스입니다.

샘플 요구 사항 및 배송

샘플 요구사항:

뉴클레오티드:

농도(ng/μl)

양(μg)

청정

진실성

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

젤에 단백질이나 DNA 오염이 제한되거나 전혀 표시되지 않습니다.

식물의 경우: RIN≥6.5;

동물의 경우: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

기준선 고도가 제한되거나 없음

조직: 무게(건조): ≥1g
*5mg 미만의 조직의 경우, 급속 냉동(액체질소)된 조직 샘플을 보내는 것이 좋습니다.

세포 현탁액: 세포 수 = 3×10⁷
*냉동된 세포 용해물을 배송하는 것이 좋습니다.셀 개수가 5×10보다 작은 경우⁵, 액체 질소로 급속 냉동하는 것이 좋습니다.

혈액 샘플:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol 및 2mL 혈액(TRIzol:혈액=3:1)

권장 샘플 배송

컨테이너:
2ml 원심분리 튜브(Tin Foil은 권장되지 않음)
샘플 라벨링: 그룹+복제(예: A1, A2, A3);B1, B2, B3... ...

선적:
1.드라이아이스: 샘플을 가방에 포장하고 드라이아이스에 묻어야 합니다.
2.RNAstable 튜브: RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브(예: RNAstable®)에서 건조되고 실온에서 배송될 수 있습니다.

서비스 작업 흐름

실험 설계

샘플 배송

RNA 추출

도서관 건립

시퀀싱

데이터 분석

판매 후 서비스

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생물정보학

1.mRNA(denovo) 조립 원리

Trinity에 의해 읽기는 K-mer라고 알려진 더 작은 조각으로 조각화됩니다.그런 다음 이러한 K-mer는 contig로 확장되고 contig 중첩을 기반으로 하는 구성 요소로 확장되는 시드로 사용됩니다.마지막으로 구성 요소의 성적표를 인식하기 위해 De Bruijn이 여기에 적용되었습니다.

mRNA-(De-novo)-삼위일체 개요

mRNA(De novo) 트리니티 개요

2. 유전자 발현 수준의 mRNA(De novo) 분포

RNA-Seq은 매우 민감한 유전자 발현 추정을 달성할 수 있습니다.일반적으로 FPKM 전사체 발현의 감지 가능한 범위는 10^-2에서 10^6까지입니다.

mRNA-(De-novo)-각 샘플 내 FPKM 밀도 분포

mRNA(De novo) 각 샘플의 FPKM 밀도 분포

3.mRNA (De novo) DEG의 GO 농축 분석

GO(Gene Ontology) 데이터베이스는 유전자 및 유전자 산물 기능에 대한 표준 어휘를 포함하는 구조화된 생물학적 주석 시스템입니다.여기에는 여러 수준이 포함되어 있으며, 수준이 낮을수록 기능이 더 구체적입니다.

두 번째 수준의 mRNA-(De-novo)-DEG 분류 GO

mRNA(De novo) 두 번째 수준에서 DEG의 GO 분류

BMK 케이스

양파(Allium cepa L.)의 구근 부종 및 발달 중 자당 대사에 대한 전사체 분석

게시된 날짜: 식물 과학의 개척자，2016

시퀀싱 전략

일루미나 HiSeq2500

샘플 수집

본 연구에서는 Utah Yellow Sweet Spain 품종 "Y1351"을 사용했습니다.수집된 샘플의 수는
구근 부종 후 15일(DAS)(직경 2cm, 무게 3~4g), 30번째 DAS(직경 5cm, 무게 100~110g), 40번째 DAS(직경 7cm, 무게 100~110g) ~3 260~300그램).

주요 결과

1. 벤 다이어그램에서는 세 쌍의 발달 단계 모두에서 총 146개의 DEG가 감지되었습니다.
2. "탄수화물 수송 및 대사"는 585개의 고유 유전자(즉, 주석이 달린 COG의 7%)로만 표현되었습니다.
3. GO 데이터베이스에 성공적으로 주석이 추가된 Unigenes는 전구 개발의 세 가지 다른 단계에 대해 세 가지 주요 범주로 분류되었습니다."생물학적 과정"의 주요 범주에서 가장 많이 대표되는 것은 "대사 과정"이었고 그 다음은 "세포 과정"이었습니다."분자 기능"의 주요 범주에서 가장 많이 나타나는 두 가지 범주는 "결합"과 "촉매 활성"이었습니다.