게놈 진화
게놈 드 노보
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추상적인
“해룡의 상징적인 표현형에는 잎 모양의 부속지, 이가 없는 관 모양의 입, 열린 "무리 패치"에서 수정란을 배양하는 수컷 임신이 포함됩니다.우리는 해룡(Phyllopteryx taeniolatus)과 그와 밀접하게 관련된 종인 악어 파이프피쉬(Syngnathoides biaculeatus)의 수컷과 암컷 게놈을 새롭게 시퀀싱했습니다.진화론적 참신함인 잎 모양 부속기의 전사 프로파일은 지느러미 발달에 일반적으로 관여하는 일련의 유전자가 선택되었을 뿐만 아니라 잠재적인 조직 복구 및 면역 방어 유전자를 위한 트랜스 스크립트가 강화되었음을 보여줍니다.모든 syngnathid에서 손실되는 scpp5에 대한 제브라피시 돌연변이는 인두 치아가 부족하거나 변형된 것으로 밝혀졌으며 scpp5의 손실이 syngnathid의 치아 손실에 기여했다는 가설을 뒷받침합니다.일반적인 해룡과 악어 파이프피시가 공유하는 수컷 특유의 amhr2y 유전자를 암호화하는 추정 성 결정 유전자좌가 확인되었습니다. ”
재료 및 방법:
재료
F우리의 공통 해룡(P. 태니올라투스) 및 두 마리의 악어 실고기(S. biaculeatus) 표본.두 마리의 일반적인 해룡(수컷 한 마리와 암컷 한 마리)과 두 마리의 악어 파이프피쉬(수컷 한 마리와 암컷 한 마리)가 전체 게놈 시퀀싱에 사용되었고, 다른 두 마리의 수컷 커먼 해룡 개체가 게놈 재배열에 사용되었습니다.
게놈 시퀀싱 전략
270/350 bp 라이브러리(Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb(Sequel) 또는 Nanopore 30 Kb(MinION) + Hi-C(NovaSeq 6000) 시퀀싱, 그리고 두 명의 다른 수컷 공통 해룡 개체가 게놈 재시퀀싱에 사용되었습니다.
전사체 시퀀싱
F또는 일반적인 해룡, 뇌, 눈, 아가미, 간, 심장, 신장, 장간막, 내장, 근육, 지느러미, 피부, 잎 모양 부속기, 고환 및 난소를 수집했습니다.
게놈 드 노보 조립 전략
Canu(수정) + WTDBG2(어셈블리) + Pilon(폴란드어) + Lachesis(Hi-C).
주요 결과
그림 1. 해룡(P. taeniolatus)과 악어 실고기(S. biaculeatus)의 주요 특징과 계통발생 위치.
그림 2. 일반 해룡(P. taeniolatus)의 잎 모양 부속물의 형태와 유전적 구성.
그림 3. 해룡(P. taeniolatus)과 악어 실고기(S. biaculeatus)의 추정 성 결정 유전자.
그림 4. zebrafish scpp5 동형접합성 돌연변이의 인두 치아 표현형.
게시 시간: 2022년 1월 8일