T2T 게놈 조립, GAP FREE 게놈
1st두 개의 쌀 게놈1
제목: Xian/indica Rice에 대한 두 개의 간격 없는 참조 게놈의 조립 및 검증으로 식물 중심 구조에 대한 통찰력 공개
도이:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
게시 시간: 2021년 1월 1일.
연구소: 중국 화중농업대학교
재료
O. 사티바 시안/인디카벼 품종 '진산97(ZS97)'과 '밍휘63(MH63)'
시퀀싱 전략
NGS 읽기 + HiFi 읽기 + CLR 읽기 + BioNano + Hi-C
데이터:
ZS97: 8.34Gb(~23x) HiFi 읽기 + 48.39Gb(~131x) CLR 읽기 + 25Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys 셀
MH63: 37.88Gb(~103x) HiFi 읽기 + 48.97Gb(~132x) CLR 읽기 + 28Gb(~76x) NGS + BioNano Irys 셀 2개
그림 1 2개의 갭 없는 쌀 게놈(MH63 및 ZS97)
2nd바나나 게놈2
제목: 나노포어 시퀀싱을 이용한 바나나의 텔로미어-텔로미어 간격 없는 염색체
도이:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
게시 시간: 2021년 4월 17일.
연구소: Université Paris-Saclay, 프랑스
재료
이중 반수체무사 아쿠미나타종말라센증(DH-파항)
시퀀싱 전략 및 데이터:
HiSeq2500 PE250 모드 + MinION/ PromethION(93Gb,~200X )+ 광학 맵(DLE-1+BspQ1)
풀 사이즈 테이블
그림 2 Musa 게놈 아키텍처 비교
3rdPhaeodactylum tricornutum 게놈3
제목: 텔로미어-텔로미어 게놈 조립P
해오닥틸룸 트리코르누툼
도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
게시 시간: 2021년 5월 4일
연구소: 캐나다 웨스턴 대학교
재료
Phaeodactylum tricornutum(조류 및 원생동물의 문화 컬렉션 CCAP 1055/1)
시퀀싱 전략 및 데이터:
1개의 Oxford Nanopore minION 플로우 셀 + 2×75 페어드 엔드 중간 출력 NextSeq 550 실행
그림 3 텔로미어-텔로미어 게놈 조립 작업 흐름
4th인간 CHM13 게놈4
제목: 인간 게놈의 완전한 서열
도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
게시 시간: 2021년 5월 27일
연구소: 미국 국립보건원(NIH)
재료: 세포주 CHM13
시퀀싱 전략 및 데이터:
30× PacBio 원형 합의 시퀀싱(HiFi), 120× Oxford Nanopore 초장기 판독 시퀀싱, 100× Illumina PCR-Free 시퀀싱(ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C(Hi-C), BioNano 광학 맵, 및 Strand-seq
풀 사이즈 테이블
참조
1. 세르게이 너크(Sergey Nurk) 외.인간 게놈의 완전한 서열.bioRxiv 2021.05.26.445798;도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser 외.나노포어 시퀀싱을 사용한 바나나의 텔로미어-텔로미어 간격 없는 염색체.bioRxiv 2021.04.16.440017;도이:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere 외.Phaeodactylum tricornutum의 텔로미어-텔로미어 게놈 어셈블리.bioRxiv 2021.05.04.442596;도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song 외.Xian/indica Rice에 대한 두 개의 간격 없는 참조 게놈의 조립 및 검증을 통해 식물 중심 구조에 대한 통찰력이 드러납니다.bioRxiv 2020.12.24.424073;도이:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
게시 시간: 2022년 1월 6일