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소식

T2T 게놈 조립, GAP FREE 게놈

1st두 개의 쌀 게놈1

제목: Xian/indica Rice에 대한 두 개의 간격 없는 참조 게놈의 조립 및 검증으로 식물 중심 구조에 대한 통찰력 공개

도이:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

게시 시간: 2021년 1월 1일.

연구소: 중국 화중농업대학교

재료

O. 사티바 시안/인디카벼 품종 '진산97(ZS97)'과 '밍휘63(MH63)'

시퀀싱 전략

NGS 읽기 + HiFi 읽기 + CLR 읽기 + BioNano + Hi-C

데이터:

ZS97: 8.34Gb(~23x) HiFi 읽기 + 48.39Gb(~131x) CLR 읽기 + 25Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys 셀

MH63: 37.88Gb(~103x) HiFi 읽기 + 48.97Gb(~132x) CLR 읽기 + 28Gb(~76x) NGS + BioNano Irys 셀 2개

그림-1

그림 1 2개의 갭 없는 쌀 게놈(MH63 및 ZS97)

2nd바나나 게놈2

제목: 나노포어 시퀀싱을 이용한 바나나의 텔로미어-텔로미어 간격 없는 염색체

도이:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

게시 시간: 2021년 4월 17일.

연구소: Université Paris-Saclay, 프랑스

재료

이중 반수체무사 아쿠미나타말라센증(DH-파항)

시퀀싱 전략 및 데이터:

HiSeq2500 PE250 모드 + MinION/ PromethION(93Gb,~200X )+ 광학 맵(DLE-1+BspQ1)

풀 사이즈 테이블

표 1 - GRCh38 및 T2T-CHM13 인간 게놈 어셈블리 비교
그림-무사-게놈-아키텍처-비교

그림 2 Musa 게놈 아키텍처 비교

3rdPhaeodactylum tricornutum 게놈3

제목: 텔로미어-텔로미어 게놈 조립P
해오닥틸룸 트리코르누툼

도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

게시 시간: 2021년 5월 4일

연구소: 캐나다 웨스턴 대학교

재료

Phaeodactylum tricornutum(조류 및 원생동물의 문화 컬렉션 CCAP 1055/1)

시퀀싱 전략 및 데이터:

1개의 Oxford Nanopore minION 플로우 셀 + 2×75 페어드 엔드 중간 출력 NextSeq 550 실행

그림-텔로미어-텔로미어-게놈-어셈블리-1-1024x740에 대한 작업 흐름

그림 3 텔로미어-텔로미어 게놈 조립 작업 흐름

4th인간 CHM13 게놈4

제목: 인간 게놈의 완전한 서열

도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

게시 시간: 2021년 5월 27일

연구소: 미국 국립보건원(NIH)

재료: 세포주 CHM13

시퀀싱 전략 및 데이터:

30× PacBio 원형 합의 시퀀싱(HiFi), 120× Oxford Nanopore 초장기 판독 시퀀싱, 100× Illumina PCR-Free 시퀀싱(ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C(Hi-C), BioNano 광학 맵, 및 Strand-seq

풀 사이즈 테이블

Musa-acuminata-DH-Pahang-게놈 어셈블리의 표 비교

참조

1. 세르게이 너크(Sergey Nurk) 외.인간 게놈의 완전한 서열.bioRxiv 2021.05.26.445798;도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2. Caroline Belser 외.나노포어 시퀀싱을 사용한 바나나의 텔로미어-텔로미어 간격 없는 염색체.bioRxiv 2021.04.16.440017;도이:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere 외.Phaeodactylum tricornutum의 텔로미어-텔로미어 게놈 어셈블리.bioRxiv 2021.05.04.442596;도이:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song 외.Xian/indica Rice에 대한 두 개의 간격 없는 참조 게놈의 조립 및 검증을 통해 식물 중심 구조에 대한 통찰력이 드러납니다.bioRxiv 2020.12.24.424073;도이:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


게시 시간: 2022년 1월 6일

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