소식

TE(Transposable Element) 증폭은 게놈 크기 확장과 진화를 중재하는 원동력으로 인식되어 왔지만 3D 게놈 구조를 형성하는 결과는 식물에서 거의 알려지지 않았습니다.여기에서 우리는 게놈 크기가 3배에 달하는 세 가지 면화 종에 대한 참조 등급 게놈 어셈블리를 보고합니다.Gossypium rotundifolium(K2),G.수목원(A2) 및G. 라이몬디(D5), Oxford Nanopore Technologies 사용.비교 게놈 분석은 큰 게놈 크기 차이(K2, 2.44Gb; A2, 1.62Gb; D5, 750.19Mb)에 기여하는 계통별 TE 증폭의 세부 사항을 문서화하고 상대적으로 보존된 유전자 함량과 게놈 간의 신테니 관계를 나타냅니다.우리는 신텐닉 유전자의 약 17%가 활성("A") 구획과 비활성("B") 구획 사이의 염색질 상태 변화를 나타내며 TE 증폭은 유전자 영역(~7,000개 유전자)에서 A 구획의 비율 증가와 관련이 있음을 발견했습니다. ) D5를 기준으로 K2 및 A2에서.세 게놈 사이에는 위상학적 연관 도메인(TAD) 경계의 42%만이 보존되었습니다.우리의 데이터는 계보별 TAD 경계가 형성된 후 최근 TE의 증폭을 암시합니다.이 연구는 식물의 고차 염색질 구조의 진화에서 트랜스포존 매개 게놈 확장의 역할을 밝혀줍니다.