메타게놈 시퀀싱-나노포어
서비스 장점
● 고품질 조립 - 종 식별 및 기능 유전자 예측의 정확성 향상
● 폐쇄형 세균 게놈 분리
● 병원성 미생물이나 항생제 내성 관련 유전자 검출 등 다양한 분야에 더욱 강력하고 신뢰성 있게 적용 가능
● 비교 메타게놈 분석
서비스 사양
| 플랫폼 | 시퀀싱 | 권장 데이터 | 처리 시간 |
| 나노기공 | ONT | 6G/10G | 65 근무일 |
생물정보학 분석
● 원시 데이터 품질 관리
● 메타게놈 조립
● 중복되지 않는 유전자 세트 및 주석
● 종 다양성 분석
● 유전기능 다양성 분석
● 그룹 간 분석
● 실험적 요인과의 연관성 분석
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
을 위한DNA 추출물:
| 샘플 유형 | 양 | 집중 | 청정 |
| DNA 추출물 | 1-1.5μg | ＞ 20ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
환경 샘플의 경우:
| 샘플 유형 | 권장 샘플링 절차 |
| 토양 | 샘플링 양: 약.5g;표면에 남아있는 시든 물질을 제거해야 합니다.큰 조각을 갈아서 2mm 필터를 통과시킵니다.예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 사이로튜브에 샘플을 나누어 담습니다. |
| 대변 | 샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 샘플을 수집하고 분취합니다. |
| 장 내용물 | 샘플은 무균 상태에서 처리되어야 합니다.수집된 조직을 PBS로 세척합니다.PBS를 원심분리하고 EP-튜브에서 침전물을 수집합니다. |
| 진흙 | 샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 슬러지 샘플을 수집하고 분취합니다. |
| 수역 | 수돗물, 우물물 등 미생물 양이 제한된 시료의 경우 최소 1L의 물을 수집하고 0.22μm 필터를 통과하여 막에 있는 미생물을 농축합니다.멤브레인을 멸균 튜브에 보관하십시오. |
| 피부 | 멸균된 면봉이나 수술용 칼날로 피부 표면을 조심스럽게 긁어낸 후 멸균 튜브에 넣습니다. |
권장 샘플 배송
샘플을 액체질소에서 3~4시간 동안 동결시킨 후 액체질소 또는 장기 보관을 위해 영하 80도에 보관하세요.드라이아이스를 이용한 샘플 배송이 필요합니다.
서비스 작업 흐름
샘플 배송
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
1. 히트맵: 종 풍부도 클러스터링
2.KEGG 대사 경로에 주석이 달린 기능성 유전자
3.종 상관관계망
4.CARD 항생제 내성 유전자의 Circos
BMK 케이스
Nanopore metagenomics를 사용하면 세균성 하부 호흡기 감염의 신속한 임상 진단이 가능합니다.
게시된 날짜:네이처 생명공학, 2019
기술적인 하이라이트
시퀀싱: Nanopore MinION
임상 메타유전체학 생물정보학: 숙주 DNA 고갈, WIMP 및 ARMA 분석
신속한 탐지: 6시간
고감도: 96.6%
주요 결과
2006년에는 하기도 감염(LR)으로 인해 전 세계적으로 300만 명이 사망했습니다.LR1 병원체 검출의 대표적인 방법은 배양법인데, 이는 민감도가 낮고, 처리 시간이 길며, 초기 항생제 치료에 대한 지침이 부족합니다.신속하고 정확한 미생물 진단은 오랫동안 시급한 요구 사항이었습니다.University of East Anglia의 Justin 박사와 그의 파트너는 병원체 검출을 위한 Nanopore 기반 메타게놈 방법을 성공적으로 개발했습니다.작업 흐름에 따르면 숙주 DNA의 99.99%가 고갈될 수 있습니다.병원체 및 항생제 내성 유전자의 검출은 6시간 내에 완료됩니다.
참조
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. 및 O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics는 세균성 하부 호흡기 감염의 신속한 임상 진단을 가능하게 합니다.자연생명공학, 37(7), 1.
