Hi-C 기반 게놈 조립
서비스 장점
하이씨 개요
(Lieberman-Aiden E 외,과학, 2009)
● 연속 고정을 위한 유전적 집단을 구성할 필요가 없습니다.
● 마커 밀도가 높을수록 연속 고정 비율이 90% 이상으로 높아집니다.
● 기존 게놈 어셈블리에 대한 평가 및 수정이 가능합니다.
● 게놈 조립의 정확성이 높아져 처리 시간이 단축됩니다.
● 500종이 넘는 종을 대상으로 구축된 1000개 이상의 Hi-C 라이브러리에 대한 풍부한 경험;
● 누적 공개 영향력 지수가 760이 넘는 100개 이상의 성공적인 사례;
● 배수체 게놈을 위한 Hi-C 기반 게놈 어셈블리, 이전 프로젝트에서 100% 앵커링 비율을 달성했습니다.
● Hi-C 실험 및 데이터 분석에 대한 자체 특허 및 소프트웨어 저작권;
● 자체 개발한 시각화된 데이터 튜닝 소프트웨어를 통해 수동으로 블록 이동, 반전, 취소 및 재실행이 가능합니다.
서비스 사양
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도서관 유형
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플랫폼 | 읽기 길이 | 추천 전략 |
| 하이씨 | 일루미나 NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
생물정보학 분석
● 원시 데이터 품질 관리
● Hi-C 라이브러리 품질 관리
● Hi-C 기반 게놈 조립
● 조립 후 평가
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
| 동물 | 진균류 | 식물
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| 냉동 조직: 라이브러리당 1-2g 셀: 라이브러리당 1x 10^7 셀 | 냉동 조직: 라이브러리당 1g | 냉동 조직: 라이브러리당 1-2g
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| *Hi-C 실험을 위해 최소 2개의 분취량(각각 1g)을 보내는 것이 좋습니다. | ||
권장 샘플 배송
용기: 2 ml 원심분리 튜브 (Tin Foil은 권장하지 않음)
대부분의 샘플은 에탄올에 보존하지 않는 것이 좋습니다.
샘플 라벨링: 샘플에는 명확하게 라벨이 붙어 있어야 하며 제출된 샘플 정보 양식과 동일해야 합니다.
배송: 드라이아이스: 샘플을 먼저 가방에 포장한 후 드라이아이스에 묻어야 합니다.
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 배송
DNA 추출
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
*여기에 표시된 데모 결과는 모두 Biomarker Technologies를 통해 게시된 게놈에서 나온 것입니다.
1. Hi-C 상호작용 히트맵캄프토테카 아쿠미나타게놈.지도에 표시된 것처럼 상호 작용의 강도는 선형 거리와 음의 상관 관계가 있으며 이는 매우 정확한 염색체 수준 어셈블리를 나타냅니다.(앵커링비율 : 96.03%)
강엠 외,네이처커뮤니케이션즈, 2021
2.Hi-C는 간의 역전 검증을 용이하게 했습니다.Gossypium hirsutumL. TM-1 A06 및G. 수목원Chr06
양 Z 외.,네이처 커뮤니케이션즈, 2019
3. 카사바 게놈 SC205의 조립 및 대립유전자 분화.Hi-C 히트맵은 상동 염색체의 명확한 분할을 보여줍니다.
Hu W 외,분자 식물, 2021
4. 두 개의 Ficus 종 게놈 어셈블리에 대한 Hi-C 히트맵:F.마이크로카르파(앵커링 비율: 99.3%) 및F.hispida (고정 비율: 99.7%)
Zhang Xet al.,셀, 2020
BMK 케이스
반얀나무와 수분매개자 말벌의 게놈은 무화과말벌 공진화에 대한 통찰력을 제공합니다
게시된 날짜: 셀, 2020
시퀀싱 전략:
F. 소낭 게놈: 대략.84 X PacBio RSII(36.87Gb) + Hi-C(44Gb)
F. 히피다게놈: 대략.97 X PacBio RSII(36.12Gb) + Hi-C(60Gb)
유프리스티나 베르티실라타게놈: 대략.170 X PacBio RSII(65GB)
주요 결과
1. PacBio 시퀀싱, Hi-C 및 연계 맵을 사용하여 반얀나무 게놈 2개와 수분매개자 말벌 게놈 1개를 구성했습니다.
(1)F. 소낭게놈: 426Mb(추정 게놈 크기의 97.7%)의 어셈블리가 908Kb의 contig N50, BUSCO 점수 95.6%로 확립되었습니다.총 423Mb 서열이 Hi-C에 의해 13개 염색체에 고정되었습니다.게놈 주석을 통해 29,416개의 단백질 코딩 유전자가 생성되었습니다.
(2)F. 히피다게놈: 360Mb(추정 게놈 크기의 97.3%)의 어셈블리는 492Kb의 contig N50과 97.4%의 BUSCO 점수로 생성되었습니다.총 359 Mb 서열은 Hi-C에 의해 14개 염색체에 고정되었으며 고밀도 연결 지도와 매우 동일합니다.
(삼)유프리스티나 베르티실라타게놈: 387Mb(추정 게놈 크기: 382Mb)의 어셈블리가 3.1Mb의 contig N50 및 97.7%의 BUSCO 점수로 확립되었습니다.
2. 비교 유전체학 분석을 통해 두 가지 사이에 수많은 구조 변형이 있음이 밝혀졌습니다.무화과나무적응 진화 연구에 귀중한 유전 자원을 제공한 게놈.이 연구는 처음으로 게놈 수준에서 무화과말벌 공진화에 대한 통찰력을 제공했습니다.
 두 가지의 게놈 특징에 대한 Circos 다이어그램무화과나무염색체, 분절 복제(SD), 트랜스포존(LTR, TE, DNA TE), 유전자 발현 및 신테니를 포함한 게놈 |  Y염색체 및 성결정 후보유전자 동정 |
Zhang, X., et al.“반얀나무와 수분매개자 말벌의 게놈은 무화과말벌 공진화에 대한 통찰력을 제공합니다.”셀 183.4(2020).
