전장 mRNA 서열분석-나노포어
서비스 장점
● 낮은 시퀀스 편향
● 전체 길이의 cDNA 분자 공개
● 동일한 수의 성적표를 처리하는 데 필요한 데이터가 적습니다.
● 유전자당 여러 동형체 식별
● isoform 수준의 발현 정량화
서비스 사양
| 도서관 | 플랫폼 | 권장 데이터 수율(GB) | 품질 관리 |
| cDNA-PCR(Poly-A 농축) | 나노포어 PromethION P48 | 6Gb/샘플(종에 따라 다름) | 전체 길이 비율>70% 평균 품질평가점수: Q10
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생물정보학 분석
●원시 데이터 처리
● 성적증명서 식별
● 대체 접합
● 유전자 수준 및 isoform 수준의 발현 정량화
● 미분 표현 분석
● 기능 주석 및 강화(DEG 및 DET)
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
뉴클레오티드:
| 농도(ng/μl) | 양(μg) | 청정 | 진실성 |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤에 단백질이나 DNA 오염이 제한되거나 전혀 표시되지 않습니다. | 식물의 경우: RIN≥7.0; 동물의 경우: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; 기준선 고도가 제한되거나 없음 |
조직: 무게(건조): ≥1g
*5mg 미만의 조직의 경우, 급속 냉동(액체질소)된 조직 샘플을 보내는 것이 좋습니다.
세포 현탁액: 세포 수 = 3×106- 1×107
*냉동된 세포 용해물을 배송하는 것이 좋습니다.셀 개수가 5×10보다 작은 경우5, 액체질소에서 급속 냉동하는 것이 권장되며 이는 미세 추출에 바람직합니다.
혈액 샘플: Volume≥1 ml
권장 샘플 배송
용기: 2 ml 원심분리 튜브 (Tin Foil은 권장하지 않음)
샘플 라벨링: 그룹+복제(예: A1, A2, A3);B1, B2, B3... ...
배송: 2, 드라이아이스: 샘플을 가방에 포장하고 드라이아이스에 묻어야 합니다.
- RNAstable 튜브: RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브(예: RNAstable®)에서 건조되고 실온에서 배송될 수 있습니다.
서비스 작업 흐름
뉴클레오티드:
샘플 배송
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
서비스 작업 흐름
조직:
실험 설계
샘플 배송
RNA 추출
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
1.미분 표현 분석 - 화산 플롯
차등 발현 분석은 차별적으로 발현된 유전자(DEG)를 식별하기 위해 유전자 수준에서 처리할 수 있고 차등적으로 발현된 유전자(DEG)를 식별하기 위해 이소형 수준에서 처리할 수 있습니다.
표현된 성적표(DET)
2.계층적 클러스터링 히트맵
3. 대체 접합 식별 및 분류
Astalavista는 5가지 유형의 대체 접합 이벤트를 예측할 수 있습니다.
4.대체 폴리아데닐화(APA) 이벤트 식별 및 폴리-A 상류의 50bp 모티프
BMK 케이스
나노포어 전장 전사체 시퀀싱을 통한 대체 스플라이싱 식별 및 이소형 수준 정량화
게시된 날짜:네이처커뮤니케이션즈,2020
시퀀싱 전략:
그룹화: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E 돌연변이);3. 일반 B세포
시퀀싱 전략: MinION 2D 라이브러리 시퀀싱, PromethION 1D 라이브러리 시퀀싱;동일한 샘플의 짧은 읽기 데이터
시퀀싱 플랫폼: Nanopore MinION;나노포어 프로메티온(Nanopore PromethION);
주요 결과
1.Isoform 수준의 대체 접합 식별
긴 판독 서열로 돌연변이 SF3B1 식별 가능K700E- isoform 수준에서 스플라이스 사이트가 변경되었습니다.35개의 대체 3'SS와 10개의 대체 5'SS가 SF3B1 사이에 상당히 차등적으로 접합되는 것으로 밝혀졌습니다.K700E그리고 SF3B1WT.35개의 변경 중 33개가 긴 판독 시퀀스에 의해 새로 발견되었습니다.
2.Isoform 수준의 대체 접합 정량화
SF3B1에서 인트론 보유(IR) 이소형의 발현K700E그리고 SF3B1WTSF3B1에서 IR 이소형의 전반적인 하향 조절을 나타내는 나노기공 서열을 기반으로 정량화되었습니다.K700E.
참조
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV 등만성 림프구성 백혈병에서 SF3B1 돌연변이의 전체 길이 전사체 특성 분석은 보유된 인트론의 하향 조절을 나타냅니다[J].네이처커뮤니케이션즈.
