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*여기에 표시된 데모 결과는 모두 BMKGENE에 게시된 게놈에서 나온 것입니다.

1.진화 분석에는 유전적 변이를 기반으로 계통발생수, 개체군 구조 및 PCA 구축이 포함됩니다.

계통발생수는 공통 조상을 가진 종들 사이의 분류학적, 진화적 관계를 나타냅니다.
PCA는 하위 집단 간의 친밀감을 시각화하는 것을 목표로 합니다.
인구 구조는 대립 유전자 빈도 측면에서 유전적으로 뚜렷한 하위 인구의 존재를 보여줍니다.

첸 외.알.,PNAS, 2020

2. 선택적 스윕

선택적 스윕이란 유리한 사이트를 선택하여 링크된 중립 사이트의 빈도를 높이고 링크되지 않은 사이트의 빈도를 줄여 지역적 사이트의 빈도를 줄이는 과정을 말합니다.

선택적 스윕 영역에 대한 게놈 차원의 검출은 특정 단계(10Kb)에서 슬라이딩 윈도우(100Kb) 내의 모든 SNP의 집단 유전 지수(π，Fst, Tajima's D)를 계산하여 처리됩니다.

뉴클레오티드 다양성(π)

타지마의 D

고정지수(Fst)

우, 등.알.,분자 식물, 2018

3.유전자 흐름

우, 등.알.,분자 식물, 2018

4.인구통계학적 이력

장 외.알.,자연생태와 진화, 2021

5.발산 시간

장 외.알.,자연생태와 진화, 2021

BMK 케이스

게놈 변이 지도는 봄 배추(Brassica rapa ssp. Pekinensis) 선택의 유전적 기초에 대한 통찰력을 제공합니다.

게시된 날짜: 분자 식물, 2018

시퀀싱 전략:

재시퀀싱: 시퀀싱 깊이: 10×

주요 결과

본 연구에서는 194개의 배추를 평균 깊이 10×의 재시퀀싱을 위해 처리하여 1,208,499개의 SNP와 416,070개의 InDel을 생성했습니다.이 194개 계통에 대한 계통발생학적 분석에 따르면 이 계통은 봄, 여름, 가을의 세 가지 생태형으로 나눌 수 있습니다.또한, 인구구조와 PCA 분석을 통해 봄배추는 중국 산둥성의 가을배추에서 유래된 것으로 나타났다.이들은 이후 한국과 일본에 도입되어 현지 계통과 교배되었으며, 일부 후기 볼트 품종이 중국으로 다시 도입되어 마침내 봄 배추가 되었습니다.

선택 시 봄 배추와 가을 양배추에 대한 게놈 전체 스캐닝을 통해 강력한 선택을 거친 23개의 게놈 유전자좌가 밝혀졌으며, 그 중 2개는 QTL 매핑을 기반으로 한 볼트 시간 제어 영역과 겹쳤습니다.이 두 영역에는 개화를 조절하는 핵심 유전자인 BrVIN3.1과 BrFLC1이 포함되어 있는 것으로 밝혀졌습니다.이 두 유전자는 전사체 연구와 형질전환 실험을 통해 볼트 결합 시간에 관여하는 것으로 추가로 확인되었습니다.

배추의 인구구조 분석

배추 선별에 관한 유전정보