대량 분리 분석
서비스 장점
Takagi 외, 식물 저널, 2013
● 정확한 현지화: 배경 소음을 최소화하기 위해 30+30~200+200명의 개인을 대량으로 혼합합니다.동의어가 아닌 돌연변이 기반 후보 영역 예측.
● 종합 분석: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG 등을 포함한 심층적인 후보 유전자 기능 주석.
● 더 빠른 처리 시간: 영업일 기준 45일 이내에 신속한 유전자 위치 파악이 가능합니다.
● 광범위한 경험: BMK는 농작물, 수산물, 산림, 화훼, 과일 등 다양한 종을 포괄하는 수천 가지 형질 현지화에 기여해 왔습니다.
서비스 사양
인구:
반대 표현형을 가진 부모의 자손을 분리합니다.
예: F2 자손, 역교배(BC), 재조합 근친교배 계통(RIL)
믹싱 풀
질적 특성: 30~50개체(최소 20개)/대량
정량적 통계의 경우: 전체 모집단(최소 30+30)에서 극단적인 표현형을 가진 상위 5%~10% 개인.
권장 시퀀싱 깊이
최소 20X/부모 및 1X/자손 개체(예: 30+30 개체의 자손 혼합 풀의 경우 시퀀싱 깊이는 벌크당 30X입니다)
생물정보학 분석
● 전체 게놈 재배열
● 데이터 처리
● SNP/Indel 호출
● 후보 지역 심사
● 후보 유전자 기능 주석
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
뉴클레오티드:
| gDNA 샘플 | 조직 샘플 |
| 농도: ≥30ng/μl | 식물: 1-2g |
| 양: ≥2 μg(용량 ≥15 μl) | 동물: 0.5-1g |
| 순도: OD260/280= 1.6-2.5 | 전혈 : 1.5ml |
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 배송
RNA 추출
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
1. 후보 지역을 식별하기 위한 유클리드 거리(ED) 기반 연관 분석.다음 그림에서
X축: 염색체 번호;각 점은 SNP의 ED 값을 나타냅니다.검정색 선은 적합 ED 값에 해당합니다.ED 값이 높을수록 사이트와 표현형 사이의 연관성이 더 중요하다는 것을 나타냅니다.빨간색 점선은 중요한 연관성의 임계값을 나타냅니다.
2.SNP-index가 없는 연관성 분석
X축: 염색체 번호;각 점은 SNP 인덱스 값을 나타냅니다.검은색 선은 적합 SNP 지수 값을 나타냅니다.값이 클수록 연관성이 더 중요합니다.
BMK 케이스
주요 효과 정량적 특성 유전자좌 Fnl7.1은 오이의 과일 목 길이와 관련된 후기 배 발생 풍부한 단백질을 암호화합니다.
게시된 날짜: 식물 생명공학 저널, 2020
시퀀싱 전략:
부모(Jin5-508, YN): 34× 및 20×에 대한 전체 게놈 재배열.
DNA 풀(목이 긴 50개, 목이 짧은 50개): 61× 및 52×에 대한 재배열
주요 결과
본 연구에서는 긴목 오이 계통 Jin5-508과 짧은 목 YN을 교배하여 분리 개체군(F2와 F2:3)을 생성하였다.목이 극도로 긴 개인 50명과 목이 극도로 짧은 개인 50명에 의해 두 개의 DNA 풀이 구성되었습니다.주요 효과 QTL은 BSA 분석 및 기존 QTL 매핑을 통해 Chr07에서 확인되었습니다.후보 영역은 미세 매핑, 유전자 발현 정량화 및 형질전환 실험을 통해 더욱 좁혀졌으며, 이는 목 길이를 조절하는 핵심 유전자인 CsFnl7.1을 나타냅니다.또한, CsFnl7.1 프로모터 영역의 다형성이 해당 발현과 연관되어 있는 것으로 밝혀졌습니다.추가 계통발생학적 분석에 따르면 Fnl7.1 유전자좌는 인도에서 유래했을 가능성이 매우 높습니다.
 오이 목 길이와 관련된 후보 영역을 식별하기 위한 BSA 분석의 QTL 매핑 |  Chr07에서 확인된 오이 목 길이 QTL의 LOD 프로파일 |
Xu, X., et al."주요 효과 정량적 특성 유전자좌 Fnl7.1은 오이의 과일 목 길이와 관련된 후기 배 발생 풍부한 단백질을 암호화합니다."식물생명공학저널 18.7(2020).
