-
ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ -NGS
ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಎನ್ನುವುದು ಪರಿಸರದ ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್, ಮಾನವ ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್, ಇತ್ಯಾದಿಗಳಂತಹ ಜೀವಿಗಳ ಮಿಶ್ರ ಸಮುದಾಯದ ಒಟ್ಟು ಆನುವಂಶಿಕ ವಸ್ತುಗಳ ಸಂಗ್ರಹವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಕೃಷಿ ಮಾಡಬಹುದಾದ ಮತ್ತು ಕೃಷಿ ಮಾಡಲಾಗದ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಎನ್ನುವುದು ಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಮಿಶ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಸ್ತುಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಬಳಸುವ ಒಂದು ಆಣ್ವಿಕ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ, ಇದು ಜಾತಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿ, ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ, ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಅಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧದ ಜಾಲದ ವಿವರವಾದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
ವೇದಿಕೆ:ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್
-
ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್-ನ್ಯಾನೊಪೋರ್
ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ ಎಂಬುದು ಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಮಿಶ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಸ್ತುಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುವ ಒಂದು ಆಣ್ವಿಕ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ, ಇದು ಜಾತಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧತೆ, ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ, ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಅಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್, ಇತ್ಯಾದಿಗಳಲ್ಲಿ ವಿವರವಾದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆಗಳನ್ನು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಪರಿಚಯಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ.ರೀಡ್ ಲೆಂತ್‌ನಲ್ಲಿ ಅದರ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ವರ್ಧಿಸಿತು, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ.ಓದು-ಉದ್ದದ ಪ್ರಯೋಜನಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವುದರಿಂದ, ನ್ಯಾನೊಪೋರ್-ಆಧಾರಿತ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನವು ಶಾಟ್-ಗನ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್‌ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಹೆಚ್ಚು ನಿರಂತರ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ.ನ್ಯಾನೊಪೋರ್-ಆಧಾರಿತ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳಿಂದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮತ್ತು ಮುಚ್ಚಿದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಉತ್ಪಾದಿಸಿದೆ ಎಂದು ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ (ಮಾಸ್, ಇಎಲ್, ಮತ್ತು ಇತರರು,ನೇಚರ್ ಬಯೋಟೆಕ್, 2020)
ವೇದಿಕೆ:ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪ್ರೊಮೆಥಿಯಾನ್ P48
-
16S/18S/ITS ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್-PacBio
16S ಮತ್ತು 18S rRNA ಯ ಉಪಘಟಕವು ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಮತ್ತು ಹೈಪರ್-ವೇರಿಯಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಪರಿಪೂರ್ಣವಾದ ಆಣ್ವಿಕ ಫಿಂಗರ್‌ಪ್ರಿಂಟ್ ಆಗಿದೆ.ಅನುಕ್ರಮದ ಪ್ರಯೋಜನವನ್ನು ಪಡೆದು, ಸಂರಕ್ಷಿತ ಭಾಗಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಈ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ, ಫೈಲೋಜೆನಿ ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗಾಗಿ ಹೈಪರ್-ವೇರಿಯಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ನಿರೂಪಿಸಬಹುದು. ಏಕ-ಅಣು ನೈಜ-ಸಮಯ ) PacBio ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ನ ಅನುಕ್ರಮವು ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾದ ದೀರ್ಘ ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್‌ಗಳನ್ನು (ಅಂದಾಜು. 1.5 Kb) ಆವರಿಸುತ್ತದೆ.ಆನುವಂಶಿಕ ಕ್ಷೇತ್ರದ ವಿಶಾಲ ನೋಟವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಅಥವಾ ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳ ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿನ ಜಾತಿಗಳ ಟಿಪ್ಪಣಿಯಲ್ಲಿನ ನಿರ್ಣಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ವರ್ಧಿಸಿತು.
ವೇದಿಕೆ:PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II
-
16S/18S/ITS ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್-NGS
16S/18S/ITS ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿ ಫೈಲೋಜೆನಿ, ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ ಮತ್ತು ಜಾತಿಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಹೆಚ್ಚು ಸಂಭಾಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಮತ್ತು ಹೈಪರ್ವೇರಿಯಬಲ್ ಭಾಗಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಹೌಸ್‌ಕೀಪಿಂಗ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳ PCR ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ.Woeses et al,(1977) ಈ ಪರಿಪೂರ್ಣ ಆಣ್ವಿಕ ಫಿಂಗರ್‌ಪ್ರಿಂಟ್‌ನ ಪರಿಚಯವು ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ-ಮುಕ್ತ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.16S (ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ), 18S (ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳು) ಮತ್ತು ಆಂತರಿಕ ಲಿಪ್ಯಂತರ ಸ್ಪೇಸರ್ (ITS, ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳು) ಅನುಕ್ರಮವು ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಅಪರೂಪದ ಮತ್ತು ಗುರುತಿಸಲಾಗದ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.ಈ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವು ಮಾನವನ ಬಾಯಿ, ಕರುಳು, ಮಲ ಇತ್ಯಾದಿಗಳಂತಹ ವಿವಿಧ ಪರಿಸರಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಗುರುತಿಸುವಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸುವ ಮತ್ತು ಪ್ರಮುಖ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ.
ವೇದಿಕೆ:ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್
-
ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಫಂಗಲ್ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಮರು ಅನುಕ್ರಮ
ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಶಿಲೀಂಧ್ರ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಮರು ಅನುಕ್ರಮವು ತಿಳಿದಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಲು, ಹಾಗೆಯೇ ಬಹು ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು ಅಥವಾ ಹೊಸ ಜೀವಿಗಳ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು ನಿರ್ಣಾಯಕ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ.ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಇತರ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳನ್ನು ಮಾಡಲು ನಿಖರವಾದ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಮತ್ತು ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವುದು ಬಹಳ ಮಹತ್ವದ್ದಾಗಿದೆ.
ವೇದಿಕೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್
-
ಮೆಟಾಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್
ಮೆಟಾಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ ಮಣ್ಣು, ನೀರು, ಸಮುದ್ರ, ಮಲ ಮತ್ತು ಕರುಳು) ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ (ಯೂಕ್ಯಾರಿಯೋಟ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟ್‌ಗಳೆರಡೂ) ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ, ಸಂಕೀರ್ಣ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಸಮುದಾಯಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್, ವರ್ಗೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಈ ಸೇವೆಗಳು ನಿಮಗೆ ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ಜಾತಿಗಳ, ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಮತ್ತು ಇನ್ನಷ್ಟು.
ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್
-
ಫಂಗಲ್ ಜೀನೋಮ್
ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂಶೋಧನಾ ಗುರಿಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ, ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಜೀನೋಮ್ ಮತ್ತು ಶಿಲೀಂಧ್ರದ ಪೀನ್-ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.ಉನ್ನತ ಮಟ್ಟದ ಜಿನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಮುಂದಿನ-ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ + ಮೂರನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಜೋಡಣೆ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಿವರಣೆಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಬಹುದು.ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಜಿನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸುಲಭಗೊಳಿಸಲು ಹೈ-ಸಿ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು.
ವೇದಿಕೆ:PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II
ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪ್ರೊಮೆಥಿಯಾನ್ P48
ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್
-
ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್
ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಶೂನ್ಯ ಅಂತರದೊಂದಿಗೆ ನಿರ್ಮಿಸಲು ಅನುಕ್ರಮ ಸೇವೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ನಿರ್ಮಾಣದ ಮುಖ್ಯ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು ಮೂರನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ಅನುಕ್ರಮ, ಜೋಡಣೆ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂಶೋಧನಾ ಗುರಿಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸುವ ಸುಧಾರಿತ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಜೀನೋಮ್‌ನ ಹೆಚ್ಚು ಸಮಗ್ರವಾದ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ತಮ್ಮ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಮೂಲಭೂತ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಲು ಅಧಿಕಾರ ನೀಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಹೆಚ್ಚಿನ ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿನ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂಶೋಧನೆಗಳಿಗೆ ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಉಲ್ಲೇಖವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ.
ವೇದಿಕೆ:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್
PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II
