ಜಿನೋಮ್ ಎವಲ್ಯೂಷನ್
ಜಿನೋಮ್ ಡಿ ನೋವೊ
ಅಸೆಂಬ್ಲಿ|ಲಿಂಗ ನಿರ್ಣಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ಅನುಕ್ರಮ ಕಾರ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಭಾಗಶಃ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಸೇವೆಗಳನ್ನು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ ಒದಗಿಸಿದೆ.
ಅಮೂರ್ತ
"ಸೀಡ್ರಾಗನ್ಗಳ ಐಕಾನಿಕ್ ಫಿನೋಟೈಪ್ ಎಲೆ-ತರಹದ ಉಪಾಂಗಗಳು, ಹಲ್ಲಿಲ್ಲದ ಕೊಳವೆಯಾಕಾರದ ಬಾಯಿ ಮತ್ತು ತೆರೆದ "ಬ್ರೂಡ್ ಪ್ಯಾಚ್" ನಲ್ಲಿ ಫಲವತ್ತಾದ ಮೊಟ್ಟೆಗಳ ಕಾವುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪುರುಷ ಗರ್ಭಧಾರಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ನಾವು ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ (ಫಿಲೋಪ್ಟೆರಿಕ್ಸ್ ಟೈನಿಯೊಲಾಟಸ್) ಮತ್ತು ಅದರ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧಿತ ಜಾತಿಗಳಾದ ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್ಫಿಶ್ (ಸಿಂಗ್ನಾಥಾಯ್ಡ್ಸ್ ಬಯಾಕುಲೇಟಸ್) ನ ಪುರುಷ ಮತ್ತು ಸ್ತ್ರೀ ಜೀನೋಮ್ಗಳನ್ನು ಡಿ ನೊವೊ-ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಿದ್ದೇವೆ.ವಿಕಸನೀಯ ನವೀನತೆಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳು, ಎಲೆಯಂತಹ ಅನುಬಂಧಗಳು, ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಫಿನ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೀನ್ಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಸಹ-ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸಂಭಾವ್ಯ ಅಂಗಾಂಶ ದುರಸ್ತಿ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ರಕ್ಷಣಾ ಜೀನ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಟ್ರಾನ್ ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ಗಳ ಪುಷ್ಟೀಕರಣವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.ಎಲ್ಲಾ ಸಿಂಗ್ನಾಥಿಡ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಳೆದುಹೋಗಿರುವ scpp5 ಗಾಗಿ ಜೀಬ್ರಾಫಿಶ್ ಮ್ಯಟೆಂಟ್ಗಳು ಫಾರಂಜಿಲ್ ಹಲ್ಲುಗಳ ಕೊರತೆ ಅಥವಾ ವಿರೂಪಗೊಂಡಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, scpp5 ನಷ್ಟವು ಸಿಂಗ್ನಾಥಿಡ್ಗಳಲ್ಲಿ ಹಲ್ಲುಗಳ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ ಎಂಬ ಊಹೆಯನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ.ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ ಮತ್ತು ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್ಫಿಶ್ನಿಂದ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಲಾದ ಪುರುಷ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ amhr2y ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ಎನ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಲಿಂಗ-ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಲೊಕಸ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ”
ವಸ್ತುಗಳು ಮತ್ತು ವಿಧಾನಗಳು:
ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್
Fನಮ್ಮ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ (P. ಟೇನಿಯೊಲಾಟಸ್) ಮತ್ತು ಎರಡು ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್ಫಿಶ್ (ಎಸ್. ಬಿಯಾಕುಲೇಟಸ್) ಮಾದರಿಗಳು.ಎರಡು ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ (ಒಂದು ಗಂಡು ಮತ್ತು ಒಂದು ಹೆಣ್ಣು) ಮತ್ತು ಎರಡು ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್ಫಿಶ್ (ಒಂದು ಗಂಡು ಮತ್ತು ಒಂದು ಹೆಣ್ಣು) ವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ಎರಡು ಇತರ ಪುರುಷ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು.
ಜಿನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರ
270/350 bp ಲೈಬ್ರರಿ (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ಅಥವಾ Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, ಮತ್ತು ಎರಡು ಇತರ ಪುರುಷ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗಿದೆ.
ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮ
Fಅಥವಾ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್, ಮೆದುಳು, ಕಣ್ಣು, ಗಿಲ್, ಯಕೃತ್ತು, ಹೃದಯ, ಮೂತ್ರಪಿಂಡ, ಮೆಸೆಂಟರಿ, ಕರುಳು, ಸ್ನಾಯು, ರೆಕ್ಕೆ, ಚರ್ಮ, ಎಲೆಯಂತಹ ಉಪಾಂಗಗಳು, ವೃಷಣ ಮತ್ತು ಅಂಡಾಶಯವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಜಿನೋಮ್ ಡಿ ನೊವೊ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ತಂತ್ರ
Cಅನು (ತಿದ್ದುಪಡಿ) + WTDBG2 (ಅಸೆಂಬ್ಲಿ) + ಪೈಲನ್ (ಪೋಲಿಷ್) + ಲ್ಯಾಚೆಸಿಸ್ (ಹೈ-ಸಿ).
ಮುಖ್ಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ಚಿತ್ರ 1. ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ (P. ಟೈನಿಯೊಲಾಟಸ್) ಮತ್ತು ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್ಫಿಶ್ (S. ಬಯಾಕುಲೇಟಸ್) ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸ್ಥಾನಗಳ ಪ್ರಮುಖ ಲಕ್ಷಣಗಳು.
Fig. 2. ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ (P. ಟೇನಿಯೊಲಾಟಸ್) ನಲ್ಲಿರುವ ಎಲೆಯಂತಹ ಉಪಾಂಗಗಳ ರೂಪವಿಜ್ಞಾನ ಮತ್ತು ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮೇಕ್ಅಪ್.
ಚಿತ್ರ 3. ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ (P. ಟೇನಿಯೊಲಾಟಸ್) ಮತ್ತು ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್ಫಿಶ್ (S. ಬಯಾಕುಲೇಟಸ್) ನಲ್ಲಿನ ಲೈಂಗಿಕ ನಿರ್ಣಯದ ಜೀನ್.
ಚಿತ್ರ 4. ಜೀಬ್ರಾಫಿಶ್ scpp5 ಹೋಮೋಜೈಗಸ್ ಮ್ಯುಟೆಂಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಫಾರಂಜಿಲ್ ಟೂತ್ ಫಿನೋಟೈಪ್ಗಳು.
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಜನವರಿ-08-2022