2021 ರಲ್ಲಿ, BMKGENE 31 ಡಿ ನೊವೊ ಜೀನೋಮ್ ಸಂಶೋಧನೆಯು 320 ಕ್ಕಿಂತಲೂ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಭಾವದ ಅಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಪ್ರಕಟಗೊಂಡಿತು
2022 ರ ಆರಂಭದ ನಂತರ, "ನ್ಯಾಚುರಲ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್" ಮತ್ತು "ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲರ್ ಪ್ಲಾಂಟ್" ಜರ್ನಲ್‌ನಲ್ಲಿ ಈಗಾಗಲೇ ಎರಡು ಸಂಶೋಧನಾ ಲೇಖನಗಳನ್ನು ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ.ಅವುಗಳೆಂದರೆ, "ಹೆಚ್ಚು ಭಿನ್ನವಾದ ಲಿಚಿ ಜೀನೋಮ್‌ನಿಂದ ಎರಡು ವಿಭಿನ್ನ ಹ್ಯಾಪ್ಲೋಟೈಪ್‌ಗಳು ಆರಂಭಿಕ ಮತ್ತು ತಡವಾಗಿ ಪಕ್ವವಾಗುತ್ತಿರುವ ತಳಿಗಳಿಗೆ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ" (ಲೀಚಿ ಜಿನೋಮ್ ಸಂಶೋಧನೆ, ಇದನ್ನು ಕಾಲೇಜ್ ಆಫ್ ಹಾರ್ಟಿಕಲ್ಚರ್, ಸೌತ್ ಚೀನಾ ಅಗ್ರಿಕಲ್ಚರಲ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ ಮತ್ತು ನ್ಯಾಚುರಲ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ. ), ಮತ್ತು "ಐಜಿಲೋಪ್ಸ್‌ನ ಐದು ಸಿಟೊಪ್ಸಿಸ್ ಜಾತಿಗಳ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮತ್ತು ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಗೋಧಿ ಬಿ-ಸಬ್ಜೆನೋಮ್‌ನ ಮೂಲ" (ಐದು ಸಿಟೊಪ್ಸಿಸ್ ಜಾತಿಯ ಜಿನೋಮ್, ಈಶಾನ್ಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದ ಪ್ರೊಫೆಸರ್ ಬಾವೊ ಲಿಯು ಅವರ ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡದಿಂದ ನಡೆಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ.).ನಾವು ಈ ಎರಡು ಲೇಖನಗಳನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸುತ್ತೇವೆ ಮತ್ತು ನಮ್ಮ ಓದುಗರೊಂದಿಗೆ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತೇವೆ.
ಈಗ, BMK ಮತ್ತು ನಮ್ಮ ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯಗಳಿಂದ ಸಹ-ಲೇಖಕರಾಗಿ 2021 ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಸಂಶೋಧನಾ ಲೇಖನಗಳನ್ನು ನೋಡೋಣ.
ಸಸ್ಯ ಜೀನೋಮ್ - ಬಹು-ಜಾತಿಗಳ ಮೇಲೆ ಪ್ರಗತಿಗಳು.
1.ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯು ರೈ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಕೃಷಿಶಾಸ್ತ್ರೀಯವಾಗಿ ಪ್ರಮುಖ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಹೆನಾನ್ ಕೃಷಿ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ
ಜರ್ನಲ್: ನ್ಯಾಚುರಲ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 38.31
ಈ ಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ, ಗಣ್ಯ ಚೈನೀಸ್ ರೈ ವಿಧವಾದ ವೈನಿಂಗ್ ರೈ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು.ಜೋಡಿಸಲಾದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳು (7.74 ಜಿಬಿ) ಅಂದಾಜು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರದ (7.86 ಜಿಬಿ) 98.47% ರಷ್ಟಿದೆ, ಜೊತೆಗೆ 93.67% ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳು (7.25 ಜಿಬಿ) ಏಳು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಿಗೆ ನಿಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅಂಶಗಳು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿದ ಜೀನೋಮ್‌ನ 90.31% ರಷ್ಟಿದೆ.ವೈನಿಂಗ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಜೀನ್ ನಕಲುಗಳ ಮೇಲೆ ಹೊಸ ಬೆಳಕನ್ನು ಚೆಲ್ಲುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಪಿಷ್ಟದ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಜೀನ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಅವುಗಳ ಪ್ರಭಾವ, ಸಂಕೀರ್ಣ ಪ್ರೋಲಾಮಿನ್ ಲೊಕಿಯ ಭೌತಿಕ ಸಂಘಟನೆ, ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಆರಂಭಿಕ ಶಿರೋನಾಮೆ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು ಪುಟ್ಟೇಟಿವ್ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆ-ಸಂಬಂಧಿತ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಮತ್ತು ರೈನಲ್ಲಿನ ಸ್ಥಳಗಳು.ಈ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವು ರೈ ಮತ್ತು ಸಂಬಂಧಿತ ಏಕದಳ ಬೆಳೆಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮತ್ತು ತಳಿ ಅಧ್ಯಯನಗಳನ್ನು ವೇಗಗೊಳಿಸಲು ಭರವಸೆ ನೀಡುತ್ತದೆ.
2. ಮುಳ್ಳುಗಳಿಲ್ಲದ ಗುಲಾಬಿ: ಜೀನೋಮಿಕ್ ಒಳನೋಟಗಳು ತೇವಾಂಶದ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಕುನ್ಮಿಂಗ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಬಾಟನಿ, ಚೈನೀಸ್ ಅಕಾಡೆಮಿ ಆಫ್ ಸೈನ್ಸಸ್
ಜರ್ನಲ್: ನ್ಯಾಷನಲ್ ಸೈನ್ಸ್ ರಿವ್ಯೂ
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 17.273
ಈ ಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ, 'Basye's Thornless' (BT, ರೋಸಾ ವಿಚುರಾಯಾನದ ಮುಳ್ಳು-ಮುಕ್ತ ತಳಿ), 'ಓಲ್ಡ್ ಬ್ಲಶ್' (OB, ಗುಲಾಬಿ ದೇಶೀಕರಣದಲ್ಲಿ ಸ್ಥಾಪಕ ಜಿನೋಟೈಪ್), ಅವುಗಳ F1 ಮಿಶ್ರತಳಿಗಳು ಮತ್ತು BCF1 ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ.ಮತ್ತು ಕಾಂಡದ ಮುಳ್ಳು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಆನುವಂಶಿಕ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ.ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವು ಸುಮಾರು 530.6 Mb ಆಗಿದೆ.ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್‌ನ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಲು, ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮ್ಯಾಪ್ ಹೋಲಿಕೆ, BUSCO, NGS ರೀಡ್‌ಗಳು ಮರುಜೋಡಣೆ, OB ಹ್ಯಾಪ್ಲೋಟೈಪ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಕೆ, ಅನುಕ್ರಮ ಮೂಲ ದೋಷ ದರ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ LTR ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಇಂಡೆಕ್ಸ್ ಮೌಲ್ಯ ಪರಿಶೀಲನೆ (LAI=20.03) ನಂತಹ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಈ ಸಂಶೋಧನೆಯು ಕಾಂಡದ ಮುಳ್ಳುಗಳ ಸಂಕೀರ್ಣ ಆನುವಂಶಿಕ ಮಾದರಿ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಗುಲಾಬಿ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ಪ್ರಮುಖ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಗಣಿ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತುಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ನಮಗೆ ಅಡಿಪಾಯ ಮತ್ತು ನವೀನ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.
3.ಕುಕ್ಯುಮಿಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಸಂಶ್ಲೇಷಿತ ಅಲೋಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್‌ಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಅಲೋಪಾಲಿಪ್ಲೋಡೈಸೇಶನ್‌ನ ಜೀನೋಮ್ ವಿಕಾಸದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ನಾನ್ಜಿಂಗ್ ಕೃಷಿ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ
ಜರ್ನಲ್: ಅಡ್ವಾನ್ಸ್ಡ್ ಸೈನ್ಸ್
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 16.801
ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ಸೌತೆಕಾಯಿ (C. ಸ್ಯಾಟಿವಸ್, 2n = 14) ಮತ್ತು ಅದರ ಕಾಡು ಸಾಪೇಕ್ಷ ಜಾತಿಗಳು (C. ಹಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಸ್, 2n = 24) ಮತ್ತು ನಂತರದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ನಕಲುಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪಡೆದ ಸಂಶ್ಲೇಷಿತ ಅಲೋಟೆಟ್ರಾಪ್ಲಾಯ್ಡ್‌ನ ಉನ್ನತ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ, ಇದು ಮೊದಲನೆಯದು. ಸಂಪೂರ್ಣ ಅನುಕ್ರಮ ಸಿಂಥೆಟಿಕ್ ಅಲೋಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್.ಜೀನೋಮ್‌ನ ಜೋಡಣೆಯು "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina" ಅನುಕ್ರಮದ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ ಅನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರ 530.8Mb ಮತ್ತು contig N50 = 6.5Mb.19 ಸ್ಯೂಡೋಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಉಪಜೀನೋಮ್‌ಗಳಿಗೆ ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ.ಜೀನೋಮ್ ನಕಲು ಬದಲಿಗೆ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು cp ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂದು ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸೂಚಿಸಿವೆ.ಸ್ಥಿರ ಹೆಟೆರೋಜೈಗೋಸಿಟಿಯು ಹೆಚ್ಚಿದ ಒತ್ತಡದ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ C.×ಹೈಟಿವಸ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಅದು ಸೂಚಿಸಿದೆ.ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸಸ್ಯ ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡಿ ವಿಕಸನದ ಬಗ್ಗೆ ಹೊಸ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಭವಿಷ್ಯದ ಬೆಳೆಗಳಿಗೆ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ತಂತ್ರವನ್ನು ನೀಡುತ್ತವೆ.
4. ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮ್ ಹೈಲೈಟ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಪೋಸನ್ ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಜೀನೋಮ್ ವಿಸ್ತರಣೆ ಮತ್ತು ಹತ್ತಿಯಲ್ಲಿ 3D ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೋಲ್ಡಿಂಗ್‌ನ ವಿಕಸನೀಯ ಆರ್ಕಿಟೆಕ್ಚರ್ ಅನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಹುವಾಜಾಂಗ್ ಕೃಷಿ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ
ಜರ್ನಲ್: ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ವಿಕಾಸ
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 16.242
ಈ ಯೋಜನೆಯು ಮೂರು ಹತ್ತಿ ಜಾತಿಗಳ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಜೋಡಿಸಲು ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದೆ ಅವುಗಳೆಂದರೆ: ಗಾಸಿಪಿಯಮ್ ರೋಟುಂಡಿಫೋಲಿಯಮ್ (ಕೆ 2, ಜಿನೋಮ್ ಗಾತ್ರ = 2.44 ಜಿಬಿ, ಕಾಂಟಿಗ್ಎನ್ 50 = 5.33 ಎಮ್‌ಬಿ), ಜಿ. ಆರ್ಬೋರಿಯಮ್ (ಎ 2, ಜಿನೋಮ್ ಗಾತ್ರ = 1.62 ಜಿಬಿ, ಕಾಂಟಿಗ್ಎನ್ 50), ಮತ್ತು G. raimondii (D5, ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರ = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ 99% ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಹೈ-ಸಿ ಮೂಲಕ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ.BUSCO ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ರಮವಾಗಿ 92.5%, 93.9% ಮತ್ತು 95.4%.ಈ ಎಲ್ಲಾ ಸಂಖ್ಯೆಗಳು ಮೂರು ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಜಿನೋಮ್‌ಗಳು ರೆಫರೆನ್ಸ್-ಗ್ರೇಡ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರದ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳಿಗೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುವ ವಂಶವಾಹಿ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ TE ವರ್ಧನೆಯ ವಿವರಗಳನ್ನು ದಾಖಲಿಸಿದೆ.ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ಸಸ್ಯಗಳಲ್ಲಿನ ಉನ್ನತ-ಕ್ರಮದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನೆಯ ವಿಕಾಸದಲ್ಲಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಪೋಸನ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಜೀನೋಮ್ ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಪಾತ್ರದ ಮೇಲೆ ಬೆಳಕು ಚೆಲ್ಲುತ್ತದೆ.
5.ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಸ್ಕೇಲ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಬಯೋಮಾಸ್ ಕ್ರಾಪ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: CAS ಸೆಂಟರ್ ಫಾರ್ ಎಕ್ಸಲೆನ್ಸ್ ಇನ್ ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ ವಿಜ್ಞಾನ
ಜರ್ನಲ್: ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 14.912
ಈ ಯೋಜನೆಯು ಆಕ್ಸ್‌ಫರ್ಡ್ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಹೈ-ಸಿ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಮಿಸ್ಕಾಂಥಸ್ ಲುಟಾರಿಯೊರಿಪಾರಿಯಸ್ ಜಿನೋಮ್‌ನ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಸ್ಕೇಲ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ.2.07Gb ಅಸೆಂಬ್ಲಿ 96.64% ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, 1.71 Mb ನ contig N50 ನೊಂದಿಗೆ.ಒಟ್ಟು ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 94.30% ರಷ್ಟು 19 ಸ್ಯೂಡೋಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಾಗಿ ಲಂಗರು ಹಾಕಲಾಗಿದೆ.BAC ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಕೆ, LAI ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ, BUSCO ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ, NGS ಡೇಟಾದೊಂದಿಗೆ ಮರು-ಜೋಡಣೆ, ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಡೇಟಾದ ಮರು-ಜೋಡಣೆ, ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮತ್ತು ನಿರಂತರತೆ ಎಂದು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಯಿತು.ಸೆಂಟ್ರೊಮೆರಿಕ್ ಉಪಗ್ರಹ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಎಂ.M. ಲುಟಾರಿಯೊರಿಪಾರಿಯಸ್‌ನ ಟಂಡೆಮ್ ಡುಪ್ಲಿಕೇಟ್ ಜೀನ್‌ಗಳು ಒತ್ತಡದ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪರಿಭಾಷೆಯಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರವಲ್ಲದೆ ಜೀವಕೋಶದ ಗೋಡೆಯ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲೂ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಾಗಿರುತ್ತವೆ.ಜೀನ್ ನಕಲುಗಳು ಬಹುಶಃ C4 ದ್ಯುತಿಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರವಹಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ತಾಪಮಾನದಲ್ಲಿ Miscanthus C4 ದ್ಯುತಿಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತವೆ.ದೀರ್ಘಕಾಲಿಕ ಸಸ್ಯಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಸಂಶೋಧನೆಯು ಪ್ರಮುಖ ಉಲ್ಲೇಖವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.
6.ಎ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಲೆವೆಲ್ ಕ್ಯಾಂಪ್ಟೋಥೆಕಾ ಅಕ್ಯುಮಿನಾಟಾ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಕ್ಯಾಂಪ್ಟೋಥೆಸಿನ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ವಿಕಸನೀಯ ಮೂಲದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಸಿಚುವಾನ್ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ
ಜರ್ನಲ್: ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 14.912
ಈ ಯೋಜನೆಯು 414.95Mb ಮತ್ತು contingN50 1.47Mb ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರದೊಂದಿಗೆ ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ, ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಲೆವೆಲ್ C. ಅಕ್ಯುಮಿನಾಟಾ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ.C. acuminata ಸ್ವತಂತ್ರ ಸಂಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ನಕಲು ಅನುಭವಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅದರಿಂದ ಪಡೆದ ಹಲವಾರು ಜೀನ್‌ಗಳು ಕ್ಯಾಂಪ್ಟೊಥೆಸಿನ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.LAMT ಜೀನ್‌ನ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಭಿನ್ನತೆ ಮತ್ತು ಎರಡು SLAS ಜೀನ್‌ಗಳ ಧನಾತ್ಮಕ ವಿಕಸನ, ಆದ್ದರಿಂದ, C. ಅಕ್ಯುಮಿನಾಟಾದಲ್ಲಿನ ಕ್ಯಾಂಪ್ಟೊಥೆಸಿನ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಎರಡೂ ಮಹತ್ತರವಾದ ಕೊಡುಗೆಯನ್ನು ನೀಡಿತು.ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ದ್ವಿತೀಯ ಮೆಟಾಬೊಲೈಟ್‌ನ ವಿಕಸನೀಯ ಮೂಲದಲ್ಲಿನ ಆನುವಂಶಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿಹೇಳಿದವು.
7. ಆಲೀಲ್-ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿತ ಜೀನೋಮ್ ಕಸಾವಾ ವಿಕಾಸದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಬೈಯಲಿಕ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಚೈನೀಸ್ ಅಕಾಡೆಮಿ ಆಫ್ ಟ್ರಾಪಿಕಲ್ ಅಗ್ರಿಕಲ್ಚರಲ್ ಸೈನ್ಸಸ್
ಜರ್ನಲ್: ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 13.162
ಈ ಯೋಜನೆಯು ಪೆಸಿಫಿಕ್ ಬಯೋಸೈನ್ಸ್ (PacBio) ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು contigN50 1.1Mb ನೊಂದಿಗೆ ಕಸಾವಕ್ಕೆ ಒಂದು ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಜೋಡಿಸಿದೆ.BUSCO, LAI ಸೂಚ್ಯಂಕ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ-ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮ್ಯಾಪ್‌ನ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನದ ನಂತರ, ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಉಲ್ಲೇಖ-ದರ್ಜೆಯೆಂದು ದೃಢೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಅನಗತ್ಯ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಹೈ-ಸಿ ಲಿಂಕ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು 18 ಸ್ಯೂಡೋಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಲಂಗರು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಕಸಾವದ ಈ ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮತ್ತು ಆಲೀಲ್-ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿತ ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ ಹೋಮೋಲೋಗಸ್ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ದ್ವಿ-ಅಲೀಲ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವಲ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಯುತವಾಗಿದೆ, ಇದು ದ್ವಿ-ಅಲೀಲ್‌ಗಳ ವಿಭಿನ್ನತೆ ಮತ್ತು ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಾಬಲ್ಯ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ವಿಕಾಸಾತ್ಮಕ ಚಾಲನಾ ಶಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.ಇದು ಮರಗೆಣಸು ಮತ್ತು ಇತರ ಹೆಚ್ಚು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಬೆಳೆಗಳಲ್ಲಿ ನವೀನ ತಳಿ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸಿತು.
8.ಪೌಲೋನಿಯಾಗಳ ವೇಗದ ಬೆಳವಣಿಗೆ ಮತ್ತು ಪೌಲೋನಿಯಾ ಮಾಟಗಾತಿಯರ ಪೊರಕೆಯ ರಚನೆಗೆ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಒಳನೋಟಗಳು
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಹೆನಾನ್ ಕೃಷಿ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ
ಜರ್ನಲ್: ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 13.162
ಈ ಯೋಜನೆಯು ಪೌಲೋನಿಯಾ ಫಾರ್ಚ್ಯೂನಿಯ ಉನ್ನತ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಪರಮಾಣು ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸಿತು, 511.6 Mb ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿ, 93.2% ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು 20 ಸ್ಯೂಡೋಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಿಗೆ ಲಂಗರು ಹಾಕಲಾಗಿದೆ.C3 ದ್ಯುತಿಸಂಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಕ್ರಾಸ್ಸುಲೇಶಿಯನ್ ಆಸಿಡ್ ಮೆಟಾಬಾಲಿಸಮ್ ಮಾರ್ಗವನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಹೆಚ್ಚಿನ ದ್ಯುತಿಸಂಶ್ಲೇಷಕ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಪೌಲೋನಿಯಾ ಮರಗಳ ಅತ್ಯಂತ ವೇಗವಾಗಿ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಅಭ್ಯಾಸಕ್ಕೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡಿರಬಹುದು.PaWB ಫೈಟೊಪ್ಲಾಸ್ಮಾದ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ, ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾದ PaWB-SAP54 ನೇರವಾಗಿ ಪೌಲೋನಿಯಾ PfSPLa ನೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ubiquitin-ಮಧ್ಯವರ್ತಿ ಮಾರ್ಗದಿಂದ PfSPLa ನ ಅವನತಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮಾಟಗಾತಿಯ ಬ್ರೂಮ್ ರಚನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ.ಡೇಟಾವು ಪೌಲೋನಿಯಾಸ್‌ನ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು PaWB ರಚನೆಗೆ ನಿಯಂತ್ರಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದ ಬಗ್ಗೆ ಗಮನಾರ್ಹ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.
ಪ್ರಾಣಿ ಜೀನೋಮ್ - ಜಾತಿಯ ವಿಕಾಸದ ಆಳವಾದ ಒಳನೋಟಗಳು
1.ನಾಟಿಲಸ್ ಪೊಂಪಿಲಿಯಸ್ನ ಜಿನೋಮ್ ಕಣ್ಣಿನ ವಿಕಾಸ ಮತ್ತು ಜೈವಿಕ ಖನಿಜೀಕರಣವನ್ನು ಬೆಳಗಿಸುತ್ತದೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಸೌತ್ ಚೀನಾ ಸೀ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಓಷಿಯನಾಲಜಿ, ಸಿಎಎಸ್
ಜರ್ನಲ್: ನ್ಯಾಚುರಲ್ ಎಕಾಲಜಿ & ಎವಲ್ಯೂಷನ್
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 15.462
ಈ ಯೋಜನೆಯು ನಾಟಿಲಸ್ ಪೊಂಪಿಲಿಯಸ್‌ಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿತು.ಇದು ಅನುಕ್ರಮವಾದ ಸೆಫಲೋಪಾಡ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಠ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು contigN50 = 1.1Mb ಜೊತೆಗೆ 730.58Mb ಆಗಿದೆ.BUSCO ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಫಲಿತಾಂಶವು 91.31% ಆಗಿದೆ.ಪ್ರತಿಲೇಖನ, ಪ್ರೋಟಿಯೋಮ್, ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬ ಮತ್ತು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಈ ಜೀನೋಮ್ ಪಿನ್‌ಹೋಲ್ ಕಣ್ಣು ಮತ್ತು ಬಯೋಮಿನರಲೈಸೇಶನ್‌ನಂತಹ ಸೆಫಲೋಪಾಡ್ ನಾವೀನ್ಯತೆಗಳ ಮೇಲೆ ಮೂಲಭೂತ ಉಲ್ಲೇಖವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.ಹಾಕ್ಸ್ ಜೀನ್ ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ನ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯ ಮೇಲಿನ ಹಾನಿಯು ಮೃದ್ವಂಗಿಗಳ ಕಣ್ಮರೆಯಾಗುತ್ತಿರುವ ಶೆಲ್‌ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿರಬಹುದು ಎಂದು ಸಂಶೋಧನೆ ಸೂಚಿಸಿದೆ.ಮುಖ್ಯವಾಗಿ, ಜೀನ್ ನಷ್ಟಗಳು, ಸ್ವತಂತ್ರ ಸಂಕೋಚನ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬಗಳ ವಿಸ್ತರಣೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಸಂಬಂಧಿತ ನಿಯಂತ್ರಕ ಜಾಲಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಬಹು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಆವಿಷ್ಕಾರಗಳು ನಾಟಿಲಸ್ ಪಿನ್‌ಹೋಲ್ ಕಣ್ಣಿನ ವಿಕಾಸವನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ.ನಾಟಿಲಸ್ ಜೀನೋಮ್ ವಿಕಸನೀಯ ಸನ್ನಿವೇಶಗಳು ಮತ್ತು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಸೆಫಲೋಪಾಡ್‌ಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಆವಿಷ್ಕಾರಗಳನ್ನು ಪುನರ್ನಿರ್ಮಿಸಲು ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಸಂಪನ್ಮೂಲವಾಗಿದೆ.
2.ಸೀಡ್ರಾಗನ್ ಜೀನೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಅದರ ಫಿನೋಟೈಪ್ ಮತ್ತು ಲಿಂಗ ನಿರ್ಣಯದ ಸ್ಥಳದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ
ಸಹಯೋಗದ ಸೌಲಭ್ಯ: ಸೌತ್ ಚೀನಾ ಸೀ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಓಷಿಯನಾಲಜಿ, ಸಿಎಎಸ್
ಜರ್ನಲ್: ಸೈನ್ಸ್ ಅಡ್ವಾನ್ಸ್
ಪರಿಣಾಮದ ಅಂಶ: 14.132
ಈ ಯೋಜನೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ (ಫಿಲೋಪ್ಟೆರಿಕ್ಸ್ ಟೇನಿಯೊಲಾಟಸ್) ಮತ್ತು ಅದರ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧಿತ ಜಾತಿಗಳಾದ ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್‌ಫಿಶ್ (ಸಿಂಗ್ನಾಥಾಯ್ಡ್ಸ್ ಬಯಾಕುಲೇಟಸ್) ನ ಪುರುಷ ಮತ್ತು ಸ್ತ್ರೀ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಡಿ ನೊವೊ-ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಿದೆ.Phyllopteryx taeniolatus ಗಾಗಿ ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವು ~659 Mb (♂) ಮತ್ತು ~663 Mb（♀）, contigN50 of 10.0Mb ಮತ್ತು 12.1mb.Phyllopteryx taeniolatus ಗಾಗಿ ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವು 637 Mb（♂）ಮತ್ತು ~648 Mb（♀）, contigN50 of 18.0Mb ಮತ್ತು 21.0Mb.ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮೂಲಕ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ ಮತ್ತು ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್‌ಫಿಶ್ ಸಿಂಗ್ನಾಥಿನೇಯ ಸಹೋದರಿ ಟ್ಯಾಕ್ಸನ್ ಆಗಿದ್ದು, ಸುಮಾರು 27.3 Ma ಹಿಂದೆ ಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ.ವಿಕಸನೀಯ ನವೀನತೆಯಿಂದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳು, ಎಲೆಯಂತಹ ಅನುಬಂಧಗಳು, ಫಿನ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ವಿಶಿಷ್ಟವಾಗಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಸಹ-ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸಂಭಾವ್ಯ ಅಂಗಾಂಶ ದುರಸ್ತಿ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ರಕ್ಷಣಾ ಜೀನ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗಳ ಪುಷ್ಟೀಕರಣವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.ಸಾಮಾನ್ಯ ಸೀಡ್ರಾಗನ್ ಮತ್ತು ಅಲಿಗೇಟರ್ ಪೈಪ್‌ಫಿಶ್‌ನಿಂದ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಲಾದ ಪುರುಷ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ amhr2y ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ಎನ್‌ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಲಿಂಗ-ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಲೊಕಸ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.ಈ ಯೋಜನೆಯು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ವಿಕಾಸದ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಪುರಾವೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಸೆಪ್ಟೆಂಬರ್-19-2022