GWAS
ಶೀರ್ಷಿಕೆ: ಸಂಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಬ್ರಾಸಿಕಾ ನೇಪಸ್ ಮೂಲ ಮತ್ತು ಅದರ ಸುಧಾರಣೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಲೊಕಿಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
ಜರ್ನಲ್: ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್
NGS |WGS |ಅನುಕ್ರಮ |GWAS |ಪ್ರತಿಲಿಪಿ |RNAseq |ಬ್ರಾಸಿಕಾ ನೇಪಸ್ |ವಿಕಾಸ |ದೇಶೀಕರಣ
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ NGS ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ ಸೇವೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಿತು, ಜೊತೆಗೆ ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾದ ಮೇಲೆ ಬಯೋಇನ್‌ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ತಾಂತ್ರಿಕ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.
ಹಿನ್ನೆಲೆ
ಬ್ರಾಸಿಕಾ ನೇಪಸ್(ರಾಪ್ಸೀಡ್) ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಎಣ್ಣೆಬೀಜದ ಬೆಳೆ ಮತ್ತು ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಸ್ಪೆಸಿಯೇಷನ್, ವಿಕಸನ ಮತ್ತು ಆಯ್ಕೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಮಾದರಿಯಾಗಿದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಕಾಡು ಜಾತಿಗಳು ಅಥವಾ ಸಾಕಿದ ದಾನಿಗಳು ಪೋಷಕರ ಪೂರ್ವಜರೇ ಮತ್ತು ರೇಪ್ಸೀಡ್‌ನಲ್ಲಿ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಸುಧಾರಣೆಗೆ ಕಾರಣವಾದ ಜೀನ್‌ಗಳು ಇನ್ನೂ ತಿಳಿದಿಲ್ಲ.
ವಸ್ತುಗಳು ಮತ್ತು ವಿಧಾನಗಳು
ಸಾಮಗ್ರಿಗಳು:588ಬಿ. ನಾಪಸ್ಏಷ್ಯಾದಿಂದ 466, ಯುರೋಪ್‌ನಿಂದ 102, ಉತ್ತರ ಅಮೆರಿಕದಿಂದ 13 ಮತ್ತು ಆಸ್ಟ್ರೇಲಿಯಾದಿಂದ 7 ಸೇರಿದಂತೆ ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಪ್ರವೇಶಗಳು ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿವೆ.ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಅಭ್ಯಾಸದ ದಾಖಲೆಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ಈ ವಸ್ತುಗಳನ್ನು ಮೂರು ಪರಿಸರ ಪ್ರಕಾರಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆ;ವಸಂತ (86 ಪ್ರವೇಶಗಳು), ಚಳಿಗಾಲ (74 ಪ್ರವೇಶಗಳು), ಮತ್ತು ಅರೆ-ಚಳಿಗಾಲ (428 ಪ್ರವೇಶಗಳು).
ಅನುಕ್ರಮ:ಸರಾಸರಿ ಅಂದಾಜು.5× (3.37× ರಿಂದ 7.71× ವರೆಗೆ)
ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆ:ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಹಿಸೆಕ್ 4000
ಡೇಟಾ ಉತ್ಪಾದನೆ:4.03 Tb ಕ್ಲೀನ್ ಡೇಟಾ
SNP ಕರೆ:BWA + GATK.5,294,158 SNP ಗಳು ಮತ್ತು 1,307,151 InDels ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ.
ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ಬಿ. ನಾಪಸ್‌ನ ಮೂಲ
ಬಿ. ನಾಪಸ್ಯುರೋಪಿಯನ್ ಟರ್ನಿಪ್‌ನ ಪೂರ್ವಜರಿಂದ ಉಪಕುಲವು ವಿಕಸನಗೊಂಡಿತು.ಯುರೋಪಿಯನ್ ಟರ್ನಿಪ್‌ನಿಂದ ಜೀನ್ ಹರಿವಿನ ಘಟನೆಬಿ. ನಾಪು106-1170 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಒಂದು ಉಪಕುಲವು ಸಂಭವಿಸಿದೆ.ಬಿ. ನಾಪಸ್ಈ ವಂಶಾವಳಿಗಳ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರಿಂದ C ಉಪಜೀನೋಮ್ ವಿಕಸನಗೊಂಡಿರಬಹುದು.ನ ಪೂರ್ವಜಬಿ. ನಾಪಸ್ನಾಲ್ಕು B. ಒಲೆರೇಸಿಯಾ ಉಪಜಾತಿಗಳ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರಿಂದ ವಿಭಜನೆಯಾಗಿದೆ, ಇತ್ತೀಚಿನ ಜೀನ್ ಹರಿವಿನೊಂದಿಗೆಬಿ. ನಾಪಸ್~108-898 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ.ಬಿ. ನಾಪಸ್ಸಿ ಸಬ್ಜೆನೋಮ್ ಎ ಸಬ್ಜೆನೋಮ್ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಕೀರ್ಣ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.ಈ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಎರಡೂ ಉಪ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಬಲವಾದ ಅಡಚಣೆಯನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಯಿತುಬಿ. ನಾಪಸ್ವಿಕಾಸಚಳಿಗಾಲ ಮತ್ತು ಅರೆ-ಚಳಿಗಾಲಬಿ. ನಾಪಸ್ಪರಿಸರ ಪ್ರಕಾರಗಳು ~60 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಬೇರೆಡೆಗೆ ಹೋದವು, ಆದರೆ ಚಳಿಗಾಲ ಮತ್ತು ವಸಂತಕಾಲಬಿ. ನಾಪಸ್~ 416 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ, ಮತ್ತು ಎಣ್ಣೆಬೀಜ ಮತ್ತು ಎಣ್ಣೆಬೀಜವಲ್ಲದಬಿ. ನಾಪಸ್~ 277 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ.
ಚಿತ್ರ 2 588 B. ನ್ಯಾಪಸ್ ಪ್ರವೇಶಗಳು ಮತ್ತು 199 B. ರಾಪಾ ಪ್ರವೇಶಗಳ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ.
ಚಿತ್ರ 3 ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ 588 B. ನ್ಯಾಪಸ್ ಪ್ರವೇಶಗಳು ಮತ್ತು 119 B. ಒಲೆರೇಸಿಯಾ ಪ್ರವೇಶಗಳು
ಆಯ್ಕೆ ಸಂಕೇತಗಳು ಮತ್ತು ಜಿನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳು.
ಸುಧಾರಣೆಯ ಮೊದಲ ಹಂತದಲ್ಲಿ (ಎಫ್‌ಎಸ್‌ಐ), ಎ ಸಬ್ಜೆನೊಮ್‌ಗಿಂತ ಬಿ.ನಾಪಸ್ ಸಿ ಸಬ್ಜೆನೊಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಆನುವಂಶಿಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಕಳೆದುಹೋಯಿತು.ಎರಡನೇ ಹಂತದ ಸುಧಾರಣೆಗಿಂತ (SSI) FSI ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಆನುವಂಶಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ಸಂಭವಿಸಿದೆ.SSI-ಆಯ್ಕೆ ಸಿಗ್ನಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿನ ಜೀನ್‌ಗಳು ಒತ್ತಡ ಸಹಿಷ್ಣುತೆ, ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಮತ್ತು ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿವೆ.ಬೀಜದ ಇಳುವರಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ 5, ಸಿಲಿಕ್ ಉದ್ದಕ್ಕೆ 3, ಎಣ್ಣೆ ಅಂಶಕ್ಕೆ 4 ಮತ್ತು ಬೀಜದ ಗುಣಮಟ್ಟಕ್ಕೆ 4 ಸೇರಿದಂತೆ 10 ಗುರಿ ಲಕ್ಷಣಗಳೊಂದಿಗೆ 60 ಲೊಕಿಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ.
ಚಿತ್ರ 4 ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಸ್ಕ್ಯಾನಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಬಿ. ನಾಪಸ್‌ನ SSI ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಆಯ್ದ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳು
ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
11 ಅಂಗಾಂಶಗಳ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎಸೆಕ್ ದತ್ತಾಂಶವು ಹೆಚ್ಚಿನ-ತೈಲ-ಕಂಟೆಂಟ್ ಮತ್ತು ಡಬಲ್-ಕಡಿಮೆ ತಳಿ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ-ತೈಲ-ಕಂಟೆಂಟ್ ಮತ್ತು ಡಬಲ್-ಹೆಚ್ಚಿನ ತಳಿಯ ಗ್ಲುಕೋಸಿನೊಲೇಟ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಿತ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಚಿತ್ರ 5 ಬಿ. ನಾಪಸ್‌ನ ಇಕೋಟೈಪ್ ಸುಧಾರಣೆಯ ಆಯ್ಕೆಯ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಹೂಬಿಡುವ ಸಮಯದ ನಿಯಂತ್ರಣದ ಅವಲೋಕನ
ಚರ್ಚೆ
ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ಮೂಲ ಮತ್ತು ಸುಧಾರಣೆಯ ಇತಿಹಾಸವನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆಬಿ. ನಾಪಸ್ಮತ್ತು ಪ್ರಮುಖ ಆಗ್ರೊನೊಮಿಕ್ ಸಂಕೀರ್ಣ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಆನುವಂಶಿಕ ನೆಲೆಗಳ ವಿಭಜನೆಯನ್ನು ಸುಲಭಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.ಅನುಕೂಲಕರ ರೂಪಾಂತರಗಳು, ಆಯ್ಕೆ ಸಂಕೇತಗಳು ಮತ್ತು ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಗಮನಾರ್ಹ SNP ಗಳು ಭವಿಷ್ಯದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತವೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಇಳುವರಿ, ಬೀಜದ ಗುಣಮಟ್ಟ, ತೈಲ ಅಂಶ ಮತ್ತು ಈ ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಲೋಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಬೆಳೆ ಮತ್ತು ಅದರ ಸಂಬಂಧಿಗಳ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುವಲ್ಲಿ.
ಉಲ್ಲೇಖ
ಸಂಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಬ್ರಾಸಿಕಾ ನೇಪಸ್ ಮೂಲ ಮತ್ತು ಅದರ ಸುಧಾರಣೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಸ್ಥಳವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ[J].ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್, 2019, 10(1).
ಸುದ್ದಿ ಮತ್ತು ಮುಖ್ಯಾಂಶಗಳು ಇತ್ತೀಚಿನ ಯಶಸ್ವಿ ಪ್ರಕರಣಗಳನ್ನು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಕಾದಂಬರಿ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಾಧನೆಗಳು ಮತ್ತು ಅಧ್ಯಯನದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ ಪ್ರಮುಖ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವುದು.
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಜನವರಿ-05-2022