ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಜಿನೋಟೈಪಿಂಗ್, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ದೊಡ್ಡ-ಪ್ರಮಾಣದ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಮೇಲೆ, ಜೆನೆಟಿಕ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದು ಮೂಲಭೂತ ಹಂತವಾಗಿದೆ, ಇದು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್ ಅನ್ವೇಷಣೆ, ವಿಕಸನೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಇತ್ಯಾದಿಗಳಿಗೆ ಆನುವಂಶಿಕ ಆಧಾರವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆಳವಾದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಮರು-ಅನುಕ್ರಮದ ಬದಲಿಗೆ, ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯ ಜಿನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ (RRGS ) ಅನುವಂಶಿಕ ಮಾರ್ಕರ್ ಅನ್ವೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಸಮಂಜಸವಾದ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಕಾಪಾಡಿಕೊಳ್ಳುವಾಗ ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಯ ಅನುಕ್ರಮ ವೆಚ್ಚವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು ಪರಿಚಯಿಸಲಾಗಿದೆ.ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಗಾತ್ರದ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯ ಗ್ರಂಥಾಲಯ (RRL) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.ನಿರ್ದಿಷ್ಟ-ಲೋಕಸ್ ಆಂಪ್ಲಿಫೈಡ್ ಫ್ರಾಗ್ಮೆಂಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (SLAF-Seq) ಡಿ ನೊವೊ SNP ಅನ್ವೇಷಣೆ ಮತ್ತು ದೊಡ್ಡ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ SNP ಜೀನೋಟೈಪಿಂಗ್‌ಗಾಗಿ ಸ್ವಯಂ-ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ.
ತಾಂತ್ರಿಕ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
SLAF vs ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ RRL ವಿಧಾನಗಳು
SLAF ನ ಪ್ರಯೋಜನಗಳು
ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮಾರ್ಕರ್ ಅನ್ವೇಷಣೆ ದಕ್ಷತೆ- ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನದೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟ, SLAF-Seq ವಿವಿಧ ಸಂಶೋಧನಾ ಯೋಜನೆಗಳ ವಿನಂತಿಯನ್ನು ಪೂರೈಸಲು ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಹಿಡಿದ ನೂರಾರು ಸಾವಿರ ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳನ್ನು ಸಾಧಿಸಬಹುದು, ಅಥವಾ ನಮ್ಮ ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲದೆ.
ಕಸ್ಟಮೈಸ್ ಮಾಡಿದ ಮತ್ತು ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವಿನ್ಯಾಸ- ವಿಭಿನ್ನ ಸಂಶೋಧನಾ ಗುರಿ ಅಥವಾ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ, ಏಕ-ಕಿಣ್ವ, ಡ್ಯುಯಲ್-ಕಿಣ್ವ ಮತ್ತು ಬಹು-ಕಿಣ್ವ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಎಂಜೈಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ತಂತ್ರಗಳು ಲಭ್ಯವಿದೆ.ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಕಿಣ್ವ ವಿನ್ಯಾಸವನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ತಂತ್ರವನ್ನು ಸಿಲಿಕೋದಲ್ಲಿ ಪೂರ್ವ-ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಎಂಜೈಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ದಕ್ಷತೆ- ಪೂರ್ವ-ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಿದ ಎಂಜೈಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಮವಾಗಿ ವಿತರಿಸಲಾದ SLAF ಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.ತುಣುಕು ಸಂಗ್ರಹಣೆಯ ಸಮರ್ಥತೆಯು 95% ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಸಾಧಿಸಬಹುದು.
ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಿ– SLAF-Seq ಡೇಟಾದಲ್ಲಿ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮದ ಶೇಕಡಾವಾರು 5% ಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿದೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಜಾತಿಗಳಲ್ಲಿ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಗೋಧಿ, ಜೋಳ, ಇತ್ಯಾದಿ.
ಸ್ವಯಂ-ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು- BMK ಅಂತಿಮ ಔಟ್‌ಪುಟ್‌ನ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆ ಮತ್ತು ನಿಖರತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು SLAF-Seq ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಕ್ಕೆ ಅನ್ವಯವಾಗುವ ಸಮಗ್ರ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ.
SLAF ನ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್
ಜೆನೆಟಿಕ್ ಲಿಂಕ್ ನಕ್ಷೆ
ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಆನುವಂಶಿಕ ನಕ್ಷೆ ನಿರ್ಮಾಣ ಮತ್ತು ಕ್ರೈಸಾಂಥೆಮಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೂವಿನ-ಮಾದರಿಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಸ್ಥಳಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (ಕ್ರೈಸಾಂಥೆಮಮ್ x ಮೊರಿಫೋಲಿಯಮ್ ರಾಮಟ್.)
ಜರ್ನಲ್: ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ ಪ್ರಕಟಿತ: 2020.7
GWAS
ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಮತ್ತು ಲಿಂಕೇಜ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸೋಯಾಬೀನ್ ಬೀಜಗಳಲ್ಲಿನ ಐಸೊಫಾವೊನ್ ವಿಷಯದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್‌ನ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ಜರ್ನಲ್: ದಿ ಪ್ಲಾಂಟ್ ಜರ್ನಲ್ ಪ್ರಕಟಿತ: 2020.08
ವಿಕಾಸಾತ್ಮಕ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್
ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಡಿ ನೊವೊ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯು ವಿಕಸನೀಯ ಆಟವಾಗಿ ಕಳೆ ಅಕ್ಕಿಯ ಮೂಲವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
ಜರ್ನಲ್: ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ ಪ್ರಕಟಿತ: 2019.5
ಬಲ್ಕ್ಡ್ ಸೆಗ್ರೆಗಂಟ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (BSA)
GmST1, ಇದು ಸಲ್ಫೋಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರೇಸ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಸೋಯಾಬೀನ್ ಮೊಸಾಯಿಕ್ ವೈರಸ್ ತಳಿಗಳು G2 ಮತ್ತು G3 ಗೆ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ
ಜರ್ನಲ್: ಸಸ್ಯ, ಕೋಶ ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಪ್ರಕಟಿತ: 2021.04
ಉಲ್ಲೇಖ
ಸನ್ ಎಕ್ಸ್, ಲಿಯು ಡಿ, ಜಾಂಗ್ ಎಕ್ಸ್, ಮತ್ತು ಇತರರು.SLAF-Seq: ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್[J] ಬಳಸಿಕೊಂಡು ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ಡಿ ನೊವೊ SNP ಅನ್ವೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಜೀನೋಟೈಪಿಂಗ್‌ನ ಸಮರ್ಥ ವಿಧಾನ.ಪ್ಲಸ್ ಒನ್, 2013, 8(3):e58700
ಸಾಂಗ್ ಎಕ್ಸ್, ಕ್ಸು ವೈ, ಗಾವೊ ಕೆ, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಆನುವಂಶಿಕ ನಕ್ಷೆ ನಿರ್ಮಾಣ ಮತ್ತು ಕ್ರೈಸಾಂಥೆಮಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೂವಿನ-ಮಾದರಿಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಲೊಕಿಯ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (ಕ್ರೈಸಾಂಥೆಮಮ್ × ಮೊರಿಫೋಲಿಯಮ್ ರಾಮಟ್.).ಹಾರ್ಟಿಕ್ ರೆಸ್.2020;7:108.
ವು ಡಿ, ಲಿ ಡಿ, ಝಾವೋ ಎಕ್ಸ್, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಮತ್ತು ಲಿಂಕೇಜ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸೋಯಾಬೀನ್ ಬೀಜಗಳಲ್ಲಿನ ಐಸೊಫ್ಲಾವೊನ್ ವಿಷಯದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್‌ನ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ.ಸಸ್ಯ J. 2020;104(4): 950-963.
ಸನ್ ಜೆ, ಮಾ ಡಿ, ಟ್ಯಾಂಗ್ ಎಲ್, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಡಿ ನೊವೊ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯು ವಿಕಸನೀಯ ಆಟವಾಗಿ ವೀಡಿ ರೈಸ್‌ನ ಮೂಲವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.ಮೋಲ್ ಪ್ಲಾಂಟ್.2019;12(5):632-647.ಮೋಲ್ ಪ್ಲಾಂಟ್.2018;11(11):1360-1376.
ಝಾವೋ ಎಕ್ಸ್, ಜಿಂಗ್ ವೈ, ಲುವೋ ಝಡ್, ಮತ್ತು ಇತರರು.GmST1, ಇದು ಸಲ್ಫೋಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರೇಸ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಸೋಯಾಬೀನ್ ಮೊಸಾಯಿಕ್ ವೈರಸ್ ತಳಿಗಳು G2 ಮತ್ತು G3 ಗೆ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ.ಸಸ್ಯ ಕೋಶ ಪರಿಸರ.2021;10.1111/pce.14066
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಜನವರಿ-04-2022