ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್
ಪ್ರಕೃತಿ
ಸಂವಹನಗಳು
ದೀರ್ಘಕಾಲದ ಲಿಂಫೋಸೈಟಿಕ್ ಲ್ಯುಕೇಮಿಯಾದಲ್ಲಿನ SF3B1 ರೂಪಾಂತರದ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಉಳಿಸಿಕೊಂಡಿರುವ ಇಂಟ್ರಾನ್‌ಗಳ ಕಡಿಮೆ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಗಳು|ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮ|ಪರ್ಯಾಯ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಹಿನ್ನೆಲೆ
Sಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ SF3B1 ನಲ್ಲಿನ ಓಮ್ಯಾಟಿಕ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ದೀರ್ಘಕಾಲದ ಲಿಂಫೋಸೈಟಿಕ್ ಲ್ಯುಕೇಮಿಯಾ (CLL), ಯುವೆಲ್ ಮೆಲನೋಮ, ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್, ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ವಿವಿಧ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವುದಾಗಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ವರದಿಯಾಗಿದೆ. ಜೊತೆಗೆ, ಕಿರು-ಓದಿದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು SF3B1 ರೂಪಾಂತರಗಳಿಂದ ಪ್ರಚೋದಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಅಸಹಜವಾದ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿವೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಈ ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲಿಸಿಂಗ್ ಮಾದರಿಗಳ ಮೇಲಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಈವೆಂಟ್-ಲೆವೆಲ್ ಮತ್ತು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದ ಜ್ಞಾನದ ಕೊರತೆಯಿಂದಾಗಿ ಅಲ್ಪ-ಓದಿದ ಜೋಡಣೆಯ ಪ್ರತಿಲಿಪಿಗಳ ಮಿತಿಯಿಂದಾಗಿ ದೀರ್ಘಕಾಲ ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ.ಇಲ್ಲಿ, ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಅನ್ನು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಪರಿಚಯಿಸಲಾಯಿತು, ಇದು AS ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಇನ್‌ವರ್ಸ್ಟಿಗೇಶನ್ ಅನ್ನು ಸಶಕ್ತಗೊಳಿಸಿತು.
ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವಿನ್ಯಾಸ
ಪ್ರಯೋಗಗಳು
ಗುಂಪುಗಾರಿಕೆ:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E ರೂಪಾಂತರ);3. ಸಾಮಾನ್ಯ ಬಿ-ಕೋಶಗಳು
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:MinION 2D ಲೈಬ್ರರಿ ಅನುಕ್ರಮ, PromethION 1D ಲೈಬ್ರರಿ ಅನುಕ್ರಮ;ಅದೇ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಕಿರು-ಓದಿದ ಡೇಟಾ
ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆ:ONT MinION;ONT PromethION;
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್
ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ಎ6 CLL ಮಾದರಿಗಳು ಮತ್ತು 3 B-ಕೋಶಗಳಿಂದ ಒಟ್ಟು 257 ಮಿಲಿಯನ್ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ.ಸರಾಸರಿ 30.5% ಈ ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.
Fಆರ್‌ಎನ್‌ಎ (ಎಫ್‌ಎಲ್‌ಎಐಆರ್) ಯ ಸಂಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪರ್ಯಾಯ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಉನ್ನತ-ವಿಶ್ವಾಸದ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ.FLAIR ಅನ್ನು ಹೀಗೆ ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತಗೊಳಿಸಬಹುದು:
Nಅನೋಪೋರ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ: ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ರಚನೆಯನ್ನು ಗುರುತಿಸಿ;
Sಪ್ಲೈಸ್ ಜಂಕ್ಷನ್ ತಿದ್ದುಪಡಿ: ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಿದ ಇಂಟ್ರಾನ್‌ಗಳಿಂದ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ ಸೈಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸರಿಯಾದ ಅನುಕ್ರಮ ದೋಷಗಳು (ಕೆಂಪು), ಶಾರ್ಟ್-ರೀಡ್ ಡೇಟಾದಿಂದ ಇಂಟ್ರಾನ್‌ಗಳು ಅಥವಾ ಎರಡರಿಂದಲೂ;
Collapse: ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ ಜಂಕ್ಷನ್ ಸರಪಳಿಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಪ್ರಾತಿನಿಧಿಕ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ಸಾರಾಂಶಗೊಳಿಸಿ (ಮೊದಲ-ಪಾಸ್ ಸೆಟ್).ಬೆಂಬಲಿತ ರೀಡ್‌ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿ ಉನ್ನತ-ವಿಶ್ವಾಸದ ಐಸೊಫ್ರಾಮ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ (ಮಿತಿ: 3).
ಚಿತ್ರ 1. CLL ನಲ್ಲಿ SF3B1 ರೂಪಾಂತರಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪೂರ್ಣ-ಲೆಂತ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು FLAIR ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
FLAIR 326,699 ಉನ್ನತ-ವಿಶ್ವಾಸದ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ಡ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ 90% ನವೀನ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳಾಗಿವೆ.ಈ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡದ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನವು ತಿಳಿದಿರುವ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ ಜಂಕ್ಷನ್‌ಗಳ (142,971) ನವೀನ ಸಂಯೋಜನೆಗಳಾಗಿ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ, ಆದರೆ ಉಳಿದ ಕಾದಂಬರಿ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳು ಇಂಟ್ರಾನ್ (21,700) ಅಥವಾ ಕಾದಂಬರಿ ಎಕ್ಸಾನ್ (3594) ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ.
Lದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ರೂಪಾಂತರಿತ SF3B1-K700E-ಬದಲಾದ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅಧಿಕಾರ ನೀಡುತ್ತದೆ.35 ಪರ್ಯಾಯ 3'SS ಗಳು ಮತ್ತು 10 ಪರ್ಯಾಯ 5'SS ಗಳು SF3B1-K700E ಮತ್ತು SF3B1-WT ನಡುವೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವಿಭಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.35 ಬದಲಾವಣೆಗಳಲ್ಲಿ 33 ಅನ್ನು ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಹೊಸದಾಗಿ ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಗಿದೆ.ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಡೇಟಾದಲ್ಲಿ, SF3B1-K700E-ಬದಲಾದ 3'SS ಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರದ ವಿತರಣೆಯು ಅಂಗೀಕೃತ ಸೈಟ್‌ಗಳಿಗೆ ಗರಿಷ್ಠ -20 bp ಆಗಿದೆ, ಇದು CLL ಶಾರ್ಟ್-ರೀಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ವರದಿ ಮಾಡಲಾದ ನಿಯಂತ್ರಣ ವಿತರಣೆಯಿಂದ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ.ERGIC3 ಜೀನ್‌ನ ಐಸೊಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಪ್ರಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಒಂದು ಕಾದಂಬರಿ ಐಸೊಫಾರ್ಮ್ SF3B1-K700E ನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.ಪ್ರಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಮತ್ತು ಡಿಸ್ಟಲ್ 3'SS ಎರಡೂ ಬಹು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ವಿಭಿನ್ನ AS ಮಾದರಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ.
ಚಿತ್ರ 2. ಪರ್ಯಾಯ 3′ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾದೊಂದಿಗೆ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ
ಐಆರ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣದಲ್ಲಿನ ವಿಶ್ವಾಸದಿಂದಾಗಿ ಐಆರ್ ಈವೆಂಟ್ ಬಳಕೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಕಿರು-ಓದುವಿಕೆ ಆಧಾರಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ದೀರ್ಘಕಾಲ ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ.SF3B1-K700E ಮತ್ತು SF3B1-WT ಯಲ್ಲಿನ IR ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ, SF3B1-K700E ನಲ್ಲಿ IR ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳ ಜಾಗತಿಕ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.
ಚಿತ್ರ 4. ಮೂರು ಕೃಷಿ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ (A ಮತ್ತು B) ಕೃಷಿ ತೀವ್ರತೆ ಮತ್ತು ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್ ಸಂಪರ್ಕ;ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಅರಣ್ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (C) ಮತ್ತು ಕೃಷಿ ತೀವ್ರತೆ ಮತ್ತು AMF ವಸಾಹತು (D) ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧ
ಚಿತ್ರ 3. CLL SF3B1-K700E ನಲ್ಲಿ ಇಂಟ್ರಾನ್ ಬಾಡಿಗೆ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಬಲವಾಗಿ ಕಡಿಮೆಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ
ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ
ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಲಾಂಗ್-ರೀಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್
Nಅನೋಪೋರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಒಂದು ಅಣುವಿನ ನೈಜ-ಸಮಯದ ವಿದ್ಯುತ್ ಸಂಕೇತ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವಾಗಿದೆ.
Dಒಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ಅಥವಾ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಜೈವಿಕ ಫಿಲ್ಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ನ್ಯಾನೊಪೊರಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮೋಟಾರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಸೀಸದ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಬಿಚ್ಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ.
DNA/RNA ಎಳೆಗಳು ವೋಲ್ಟೇಜ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಕ್ರಿಯೆಯ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ದರದಲ್ಲಿ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಚಾನಲ್ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಮೂಲಕ ಹಾದುಹೋಗುತ್ತವೆ.
Mರಾಸಾಯನಿಕ ರಚನೆಯ ಪ್ರಕಾರ ಒಲೆಕ್ಯೂಲ್ಗಳು ವಿಭಿನ್ನ ವಿದ್ಯುತ್ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತವೆ.
Rಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌ಗಳ ಸಾರ್ವಕಾಲಿಕ ಪತ್ತೆಯನ್ನು ಬೇಸ್ ಕರೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮದ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆ
√ ಡೇಟಾ ಸ್ಯಾಚುರೇಶನ್
ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ಡೇಟಾ ಶುದ್ಧತ್ವವನ್ನು ತಲುಪಲು 7-ಪಟ್ಟು ಕಡಿಮೆ ಓದುವಿಕೆಗಳು ಅಗತ್ಯವಿದೆ.
√ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ರಚನೆ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ಪ್ರತಿ ಪ್ರತಿಲಿಪಿಯ ಒಮ್ಮತದ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಓದುವಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ರಚನಾತ್ಮಕ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
√ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್-ಮಟ್ಟದ ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ - ಶಾರ್ಟ್-ರೀಡ್‌ಗಳಿಂದ ಮರೆಮಾಡಲಾಗಿರುವ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿ
ಉಲ್ಲೇಖ
ಟ್ಯಾಂಗ್ AD , ಸೌಲೆಟ್ CM , ಬ್ಯಾರೆನ್ MJV , ಮತ್ತು ಇತರರು.ದೀರ್ಘಕಾಲದ ಲಿಂಫೋಸೈಟಿಕ್ ಲ್ಯುಕೇಮಿಯಾದಲ್ಲಿನ SF3B1 ರೂಪಾಂತರದ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಉಳಿಸಿಕೊಂಡಿರುವ ಇಂಟ್ರಾನ್‌ಗಳನ್ನು ಕಡಿಮೆಗೊಳಿಸುವುದನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ[J].ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್.
ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ ಮತ್ತು ಮುಖ್ಯಾಂಶಗಳು ವಿವಿಧ ರೀಸೀಚ್ ಅಖಾಡದಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ಉನ್ನತ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳ ಇತ್ತೀಚಿನ ಯಶಸ್ವಿ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವಿನ್ಯಾಸ ಮತ್ತು ದತ್ತಾಂಶ ಗಣಿಗಾರಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಅದ್ಭುತ ವಿಚಾರಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಜನವರಿ-08-2022