ಸಂಪೂರ್ಣ ಜಿನೋಮ್ ರೀಸೀಕ್ವೆನಿಂಗ್
SARS-CoV-2 ನ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆಯು Nsp1 ಅಳಿಸುವಿಕೆಯ ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಅದು ಟೈಪ್ I ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಮಾಡ್ಯುಲೇಟ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ
ನ್ಯಾನೋಪೋರ್ |ಇಲ್ಯುಮಿನಾ |ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ |ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ |RNA-Seq |ಸಾಂಗರ್
ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಮಾದರಿ ಅನುಕ್ರಮದ ತಾಂತ್ರಿಕ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.
ಮುಖ್ಯಾಂಶಗಳು
1.SARS-CoV-2 ಜೀನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಫೈಲೋಗ್ನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು 31 SNP ಗಳು ಮತ್ತು 4 ಇಂಡೆಲ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ 35 ಪುನರಾವರ್ತಿತ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ.
2.117 ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಸಂಭಾವ್ಯವಾಗಿ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
ಪ್ರಮುಖ ರೂಪಾಂತರಗಳು.
Nsp1 ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ∆500-532 ಕಡಿಮೆ ವೈರಲ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ
3.ಲೋಡ್ ಮತ್ತು ಸೀರಮ್ IFN-β.
4. ∆500-532 ರೂಪಾಂತರದೊಂದಿಗೆ ವೈರಲ್ ಐಸೊಲೇಟ್‌ಗಳು ಕಡಿಮೆ IFN-I ಅನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತವೆ
ಸೋಂಕಿತ ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ.
ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವಿನ್ಯಾಸ
ಸಾಧನೆಗಳು
1. COVID-19 ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಕಣ್ಗಾವಲು
ಜನವರಿ 22, 2020 ರಿಂದ ಫೆಬ್ರವರಿ 20, 2020 ರವರೆಗಿನ ಏಕಾಏಕಿ ಅವಧಿಯಲ್ಲಿ ಚೀನಾದ ಸಿಚುವಾನ್ ಪ್ರಾಂತ್ಯದಲ್ಲಿ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಿಚುವಾನ್‌ನಲ್ಲಿ qPCR ಪರೀಕ್ಷೆಗಳಿಂದ ಒಟ್ಟು 538 COVID-19 ಪ್ರಕರಣಗಳನ್ನು ದೃಢಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅದರಲ್ಲಿ 28.8% ಪ್ರಾಂತ್ಯದಿಂದ ಬಂದವು ಬಂಡವಾಳ.ಸಿಚುವಾನ್‌ನಲ್ಲಿ ದೃಢಪಡಿಸಿದ ಪ್ರಕರಣಗಳು ಘಾತೀಯವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಯಿತು, ಜನವರಿ 30 ರಂದು ಗರಿಷ್ಠ ಮಟ್ಟಕ್ಕೆ ತಲುಪಿತು.ಅಲ್ಲದೆ, ವೈರಸ್ ಹರಡುವಿಕೆಯನ್ನು ತಡೆಗಟ್ಟುವಲ್ಲಿ ಸಾಮಾಜಿಕ ಅಂತರವು ಪ್ರಮುಖ ಅಂಶವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಡೇಟಾ ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ.
ಚಿತ್ರ 1. ಚೀನಾದ ಸಿಚುವಾನ್ ಪ್ರಾಂತ್ಯದಲ್ಲಿ COVID-19 ರ ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರದ ಅಧ್ಯಯನ
2. SARS-CoV-2 ಜೀನೋಮ್ ನಿರ್ಮಾಣ ಮತ್ತು ರೂಪಾಂತರಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸ್ PCR ವರ್ಧನೆಯೊಂದಿಗೆ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ನಂತರ, 248 ರೋಗಿಗಳಿಂದ ಒಟ್ಟು 310 ಹತ್ತಿರದ ಅಥವಾ ಭಾಗಶಃ-ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು ಅಂದಾಜು.80% ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು 10 ರೀಡ್‌ಗಳಿಂದ ಆವರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ (ಸರಾಸರಿ ಆಳ: ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ 0.39 M ಓದುತ್ತದೆ).
ಚಿತ್ರ 2. ಸಿಚುವಾನ್ ಸಮೂಹದಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಆವರ್ತನ
SARS-CoV-2 ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಿಂದ ಒಟ್ಟು 104 SNP ಗಳು ಮತ್ತು 18 ಇಂಡೆಲ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ 31 SNP ಗಳು ಮತ್ತು 4 ಇಂಡೆಲ್‌ಗಳನ್ನು ಮರುಕಳಿಸುವ ಆನುವಂಶಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳೆಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.ಅವುಗಳನ್ನು ವುಹಾನ್‌ನಿಂದ 169 ಮಾದರಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಮತ್ತು GISAID ನಲ್ಲಿನ 81,391 ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಸಾರ್ವಜನಿಕ ಜಿನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಇತರ ಖಂಡಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾದ 35 ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿ 29.ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ಮತ್ತು T13243C ಸೇರಿದಂತೆ ನಾಲ್ಕು ರೂಪಾಂತರಗಳು ಸಿಚುವಾನ್ ಮತ್ತು ವುಹಾನ್‌ನಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು GISAID ಡೇಟಾದಲ್ಲಿ ಇಲ್ಲದಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಈ ರೂಪಾಂತರಗಳು ವುಹಾನ್‌ನಿಂದ ಆಮದು ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ರೋಗಿಗಳ ಪ್ರಯಾಣ ದಾಖಲೆಗಳು.
ಸಿಚುವಾನ್‌ನಿಂದ 88 ಹೊಸ ವೈರಸ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ 250 ಕ್ಯುರೇಟೆಡ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಗರಿಷ್ಠ ಸಂಭವನೀಯತೆ (ML) ವಿಧಾನ ಮತ್ತು ಬೇಸಿಯನ್ ಆಣ್ವಿಕ ಗಡಿಯಾರ ವಿಧಾನಗಳೊಂದಿಗೆ ವಿಕಸನೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.∆500-532 (Nsp1 ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿನ ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳು) ಹೊಂದಿರುವ ಜಿನೋಮ್‌ಗಳು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಮರದಲ್ಲಿ ವಿರಳವಾಗಿ ವಿತರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.Nsp1 ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿನ ಹ್ಯಾಪ್ಲೋಟೈಪ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಅವುಗಳಲ್ಲಿ 5 ಅನ್ನು ಬಹು ನಗರಗಳಿಂದ ಗುರುತಿಸಿದೆ.ಈ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ∆500-532 ಅನೇಕ ನಗರಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸಿದೆ ಮತ್ತು ವುಹಾನ್‌ನಿಂದ ಅನೇಕ ಬಾರಿ ಆಮದು ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸಿದೆ.
ಚಿತ್ರ 2. SARS-CoV-2 ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಮರುಕಳಿಸುವ ಆನುವಂಶಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
3. ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಪರಿಣಾಮಗಳೊಂದಿಗೆ ಮರುಕಳಿಸುವ ಆನುವಂಶಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್
117 ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳು COVID-19 ತೀವ್ರತೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ, ಅಲ್ಲಿ 19 ತೀವ್ರತೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳನ್ನು ತೀವ್ರ ಮತ್ತು ತೀವ್ರವಲ್ಲದ ಲಕ್ಷಣಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.ಈ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು 35 ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಆನುವಂಶಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ದ್ವಿ-ಕ್ಲಸ್ಟರ್ ಹೀಟ್‌ಮ್ಯಾಪ್‌ನಲ್ಲಿ ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.GSEA-ರೀತಿಯ ಶ್ರೇಯಾಂಕದ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ∆500-532 ರಕ್ತದಲ್ಲಿನ ESR, ಸೀರಮ್ IFN-β ಮತ್ತು CD3+CD8+ T ಜೀವಕೋಶದ ಎಣಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಋಣಾತ್ಮಕ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.ಇದಲ್ಲದೆ, qPCR ಪರೀಕ್ಷೆಗಳು ∆500-532 ವೈರಸ್ ಸೋಂಕಿಗೆ ಒಳಗಾದ ರೋಗಿಗಳು ಅತ್ಯಧಿಕ Ct ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದಾರೆ, ಅಂದರೆ ಕಡಿಮೆ ವೈರಲ್ ಲೋಡ್ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.
ಚಿತ್ರ 3. ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ 35 ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಆನುವಂಶಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಸಂಘಗಳು
4. ವೈರಲ್ ಮ್ಯುಟೇಶನ್ ಸಂಬಂಧಿತ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳ ಮೇಲಿನ ಮೌಲ್ಯೀಕರಣ
Nsp1 ಕಾರ್ಯಗಳ ಮೇಲೆ ∆500-532 ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, HEK239T ಕೋಶಗಳನ್ನು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದವನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು, WT Nsp1 ಮತ್ತು ರೂಪಾಂತರಿತ ರೂಪಗಳನ್ನು ಅಳಿಸುವಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ.ಪ್ರತಿ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಿದ HEK239T ಕೋಶಗಳ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು PCA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅಳಿಸುವಿಕೆ ರೂಪಾಂತರಗಳು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಹತ್ತಿರದಲ್ಲಿದೆ ಮತ್ತು WT Nsp1 ಗಿಂತ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.ಮ್ಯಟೆಂಟ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಗಣನೀಯವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ "ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಯೋಸಿಂಥೆಟಿಕ್/ಮೆಟಬಾಲಿಕ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆ", "ರೈಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಬಯೋಜೆನೆಸಿಸ್", "ಮೆಂಬರೇನ್/ಇಆರ್‌ಗೆ ಗುರಿಪಡಿಸುವ ಪ್ರೋಟೀನ್" ಇತ್ಯಾದಿಗಳಲ್ಲಿ ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಎರಡು ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳು ಡಬ್ಲ್ಯೂಟಿಯಿಂದ ವಿಭಿನ್ನವಾದ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ಶನ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ತೋರಿಸಿವೆ.
ಚಿತ್ರ 4. HEK239T ಸೆಲ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ WT Nsp1 ಮತ್ತು ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ
IFN-1 ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ಮೇಲಿನ ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಅತಿಯಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಯಿತು.ಎಲ್ಲಾ ಪರೀಕ್ಷಿತ ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಮಟ್ಟ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ವರ್ಗಾವಣೆಗೊಂಡ HEK239T ಮತ್ತು A549 ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ IFN-1 ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ.ಕುತೂಹಲಕಾರಿಯಾಗಿ, ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ-ನಿಯಂತ್ರಿತ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು "ವೈರಸ್‌ಗೆ ರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ", "ವೈರಲ್ ಜೀನೋಮ್ ರೆಪ್ಲಿಕೇಶನ್", "ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ II ಮೂಲಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ನಿಯಂತ್ರಣ" ಮತ್ತು "ಟೈಪ್ I ಇಂಟರ್‌ಫೆರಾನ್‌ಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ" ಯಲ್ಲಿ ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಚಿತ್ರ 5. ∆500-532 ರೂಪಾಂತರದಲ್ಲಿ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಮಾರ್ಗಗಳ ನಿಯಂತ್ರಣ
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ವೈರಸ್‌ನ ಮೇಲಿನ ಈ ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳ ಪ್ರಭಾವವು ವೈರಲ್ ಸೋಂಕಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಂದ ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢೀಕರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ.ಕೆಲವು ಮ್ಯಟೆಂಟ್‌ಗಳೊಂದಿಗಿನ ವೈರಸ್‌ಗಳು ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲ್ಪಟ್ಟವು ಮತ್ತು ಕ್ಯಾಲು-3 ಜೀವಕೋಶಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕಿತವಾಗಿವೆ.ವೈರಲ್ ಸೋಂಕಿನ ಅಧ್ಯಯನದ ವಿವರವಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪತ್ರಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಓದಬಹುದು.
ನಾನ:10.1016/j.chom.2021.01.015
ಉಲ್ಲೇಖ
ಲಿನ್ ಜೆ, ಟ್ಯಾಂಗ್ ಸಿ, ವೀ ಹೆಚ್, ಮತ್ತು ಇತರರು.SARS-CoV-2 ನ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆಯು Nsp1 ಅಳಿಸುವಿಕೆಯ ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಅದು ಟೈಪ್ I ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು[J] ಮಾಡ್ಯುಲೇಟ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ.ಸೆಲ್ ಹೋಸ್ಟ್ ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋಬ್, 2021.
ಸುದ್ದಿ ಮತ್ತು ಮುಖ್ಯಾಂಶಗಳು ಇತ್ತೀಚಿನ ಯಶಸ್ವಿ ಪ್ರಕರಣಗಳನ್ನು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಕಾದಂಬರಿ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಾಧನೆಗಳು ಮತ್ತು ಅಧ್ಯಯನದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ ಪ್ರಮುಖ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವುದು.
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಜನವರಿ-06-2022