ಹೈ-ಸಿ ಆಧಾರಿತ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
ಹೈ-ಸಿ ಅವಲೋಕನ
(ಲೈಬರ್ಮನ್-ಐಡೆನ್ ಇ ಮತ್ತು ಇತರರು.,ವಿಜ್ಞಾನ, 2009)
● ಕಾಂಟಿಗ್ ಆಂಕರಿಂಗ್‌ಗಾಗಿ ಆನುವಂಶಿಕ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ;
● ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾರ್ಕರ್ ಸಾಂದ್ರತೆಯು 90% ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಕಾಂಟಿಗ್ಸ್ ಆಂಕರ್ ಮಾಡುವ ಅನುಪಾತಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ;
● ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮತ್ತು ತಿದ್ದುಪಡಿಗಳನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ;
● ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆಯೊಂದಿಗೆ ಕಡಿಮೆ ಟರ್ನ್-ಅರೌಂಡ್ ಸಮಯ;
● 500 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಜಾತಿಗಳಿಗಾಗಿ ನಿರ್ಮಿಸಲಾದ 1000 ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೇರಳವಾದ ಅನುಭವ;
● 760 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಚಿತ ಪ್ರಕಟಿತ ಪ್ರಭಾವದ ಅಂಶದೊಂದಿಗೆ 100 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಯಶಸ್ವಿ ಪ್ರಕರಣಗಳು;
● ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಜಿನೋಮ್‌ಗಾಗಿ ಹೈ-ಸಿ ಆಧಾರಿತ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ, ಹಿಂದಿನ ಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ 100% ಆಂಕರ್ ಮಾಡುವ ದರವನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗಿದೆ;
● ಹೈ-ಸಿ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಮತ್ತು ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಆಂತರಿಕ ಪೇಟೆಂಟ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್ ಹಕ್ಕುಸ್ವಾಮ್ಯಗಳು;
● ಸ್ವಯಂ-ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಿದ ಡೇಟಾ ಟ್ಯೂನಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್, ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ಬ್ಲಾಕ್ ಮೂವಿಂಗ್, ರಿವರ್ಸಿಂಗ್, ಹಿಂತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಪುನಃ ಮಾಡುವಿಕೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
|
ಲೈಬ್ರರಿ ಪ್ರಕಾರ
|
ವೇದಿಕೆ | ಓದುವ ಉದ್ದ | ತಂತ್ರವನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಿ |
| ಹೈ-ಸಿ | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ | PE150 | ≥ 100X |
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು
● ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ
● ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ
● ಹೈ-ಸಿ ಆಧಾರಿತ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ
● ನಂತರದ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
| ಪ್ರಾಣಿ | ಶಿಲೀಂಧ್ರ | ಗಿಡಗಳು
|
| ಘನೀಕೃತ ಅಂಗಾಂಶ: ಪ್ರತಿ ಲೈಬ್ರರಿಗೆ 1-2 ಗ್ರಾಂ ಕೋಶಗಳು: ಪ್ರತಿ ಲೈಬ್ರರಿಗೆ 1x 10^7 ಕೋಶಗಳು | ಘನೀಕೃತ ಅಂಗಾಂಶ: ಪ್ರತಿ ಲೈಬ್ರರಿಗೆ 1 ಗ್ರಾಂ | ಘನೀಕೃತ ಅಂಗಾಂಶ: ಪ್ರತಿ ಲೈಬ್ರರಿಗೆ 1-2 ಗ್ರಾಂ
|
| *ಹೈ-ಸಿ ಪ್ರಯೋಗಕ್ಕಾಗಿ ಕನಿಷ್ಠ 2 ಆಲ್ಕೋಟ್‌ಗಳನ್ನು (ಪ್ರತಿ 1 ಗ್ರಾಂ) ಕಳುಹಿಸಲು ನಾವು ಬಲವಾಗಿ ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ. | ||
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಕಂಟೈನರ್: 2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ (ಟಿನ್ ಫಾಯಿಲ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ)
ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ, ಎಥೆನಾಲ್ನಲ್ಲಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸದಂತೆ ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಬೇಕು ಮತ್ತು ಸಲ್ಲಿಸಿದ ಮಾದರಿ ಮಾಹಿತಿ ಫಾರ್ಮ್‌ಗೆ ಒಂದೇ ಆಗಿರಬೇಕು.
ಸಾಗಣೆ: ಡ್ರೈ-ಐಸ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಚೀಲಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡ್ರೈ-ಐಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
*ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಕಟವಾದ ಜಿನೋಮ್‌ಗಳಿಂದ ಬಂದವುಗಳಾಗಿವೆ
1.ಹೈ-ಸಿ ಸಂವಹನ ಶಾಖ ನಕ್ಷೆಕ್ಯಾಂಪ್ಟೊಥೆಕಾ ಅಕ್ಯುಮಿನಾಟಾಜೀನೋಮ್.ನಕ್ಷೆಯಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವಂತೆ, ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ತೀವ್ರತೆಯು ರೇಖೀಯ ಅಂತರದೊಂದಿಗೆ ಋಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಹೆಚ್ಚು-ನಿಖರವಾದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.(ಆಂಕರಿಂಗ್ ಅನುಪಾತ: 96.03%)
ಕಾಂಗ್ ಎಂ ಮತ್ತು ಇತರರು.ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್, 2021
2.Hi-C ನಡುವಿನ ವಿಲೋಮಗಳ ಮೌಲ್ಯೀಕರಣವನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸಿದೆಗಾಸಿಪಿಯಮ್ ಹಿರ್ಸುಟಮ್L. TM-1 A06 ಮತ್ತುಜಿ. ಅರ್ಬೋರಿಯಮ್Chr06
ಯಾಂಗ್ Z et al.,ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್, 2019
3.ಕಸಾವ ಜಿನೋಮ್ SC205 ರ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಬೈಯಲಿಕ್ ಡಿಫರೆನ್ಸಿಯೇಶನ್.ಹೈ-ಸಿ ಹೀಟ್‌ಮ್ಯಾಪ್ ಹೋಮೋಲೋಗಸ್ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ವಿಭಜನೆಯನ್ನು ತೋರಿಸಿದೆ.
ಹು ಡಬ್ಲ್ಯೂ ಮತ್ತು ಇತರರು,ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ, 2021
4. ಎರಡು ಫಿಕಸ್ ಜಾತಿಯ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯಲ್ಲಿ ಹೈ-ಸಿ ಹೀಟ್‌ಮ್ಯಾಪ್:ಎಫ್.ಮೈಕ್ರೋಕಾರ್ಪಾ(ಆಂಕರಿಂಗ್ ಅನುಪಾತ: 99.3%) ಮತ್ತುF.hispida (ಆಂಕರಿಂಗ್ ಅನುಪಾತ: 99.7%)
ಜಾಂಗ್ ಎಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.,ಕೋಶ, 2020
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಆಲದ ಮರ ಮತ್ತು ಪರಾಗಸ್ಪರ್ಶಕ ಕಣಜದ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು ಅಂಜೂರದ ಕಣಜ ಸಹಜೀವನದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ: ಕೋಶ, 2020
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಎಫ್. ಮೈಕ್ರೋಕಾರ್ಪಾ ಜಿನೋಮ್: ಅಂದಾಜು84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + ಹೈ-ಸಿ (44 Gb)
ಎಫ್. ಹಿಸ್ಪಿಡಾಜಿನೋಮ್: ಅಂದಾಜು97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + ಹೈ-ಸಿ (60 Gb)
ಯುಪ್ರಿಸ್ಟಿನಾ ವರ್ಟಿಸಿಲ್ಲಾಟಾಜಿನೋಮ್: ಅಂದಾಜು170 X PacBio RSII (65 Gb)
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
1.ಎರಡು ಆಲದ ಮರದ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಒಂದು ಪರಾಗಸ್ಪರ್ಶಕ ಕಣಜ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಲಿಂಕೇಜ್ ಮ್ಯಾಪ್ ಬಳಸಿ ನಿರ್ಮಿಸಲಾಗಿದೆ.
(1)ಎಫ್. ಮೈಕ್ರೋಕಾರ್ಪಾಜೀನೋಮ್: 908 Kb ನ contig N50, BUSCO ಸ್ಕೋರ್ 95.6% ನೊಂದಿಗೆ 426 Mb (ಅಂದಾಜು ಜಿನೋಮ್ ಗಾತ್ರದ 97.7%) ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ.ಒಟ್ಟು 423 Mb ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹೈ-ಸಿ ಮೂಲಕ 13 ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಿಗೆ ಲಂಗರು ಹಾಕಲಾಗಿದೆ.ಜೀನೋಮ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಯು 29,416 ಪ್ರೋಟೀನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ನೀಡಿತು.
(2)ಎಫ್. ಹಿಸ್ಪಿಡಾಜೀನೋಮ್: 492 Kb ನ contig N50 ಮತ್ತು 97.4% BUSCO ಸ್ಕೋರ್‌ನೊಂದಿಗೆ 360 Mb (ಅಂದಾಜು ಜಿನೋಮ್ ಗಾತ್ರದ 97.3%) ಜೋಡಣೆಯಾಗಿದೆ.ಒಟ್ಟು 359 Mb ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹೈ-ಸಿ ಮೂಲಕ 14 ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಲಂಗರು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಸಂಪರ್ಕ ನಕ್ಷೆಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಹೋಲುತ್ತದೆ.
(3)ಯುಪ್ರಿಸ್ಟಿನಾ ವರ್ಟಿಸಿಲ್ಲಾಟಾಜೀನೋಮ್: 387 Mb (ಅಂದಾಜು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರ: 382 Mb) ಜೋಡಣೆಯನ್ನು 3.1 Mb ನ contig N50 ಮತ್ತು 97.7% BUSCO ಸ್ಕೋರ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ.
2. ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಎರಡರ ನಡುವಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತುಫಿಕಸ್ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು, ಇದು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ವಿಕಸನ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಆನುವಂಶಿಕ ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.ಈ ಅಧ್ಯಯನವು, ಮೊದಲ ಬಾರಿಗೆ, ಜೀನೋಮಿಕ್-ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಅಂಜೂರ-ಕಣಜ ಸಹಜೀವನದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಿದೆ.
 ಎರಡರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ಮೇಲೆ ಸರ್ಕೋಸ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರಫಿಕಸ್ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳು, ಸೆಗ್ಮೆಂಟಲ್ ಡ್ಯೂಪ್ಲಿಕೇಶನ್‌ಗಳು (SDs), ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಪೋಸನ್‌ಗಳು (LTR, TEs, DNA TEಗಳು), ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆ ಸೇರಿದಂತೆ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು |  Y ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಮತ್ತು ಲಿಂಗ ನಿರ್ಣಯ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್‌ನ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ |
ಜಾಂಗ್, ಎಕ್ಸ್., ಮತ್ತು ಇತರರು."ಆಲದ ಮರ ಮತ್ತು ಪರಾಗಸ್ಪರ್ಶ ಕಣಜದ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು ಅಂಜೂರದ ಕಣಜ ಸಹಜೀವನದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ."ಸೆಲ್ 183.4(2020).
