ಟಕಗಿ ಮತ್ತು ಇತರರು.,ಸಸ್ಯ ಜರ್ನಲ್, 2013
● ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಮತ್ತು ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಜಾತಿಯ ಡೈವರ್ಜೆನ್ಸ್ ಸಮಯ ಮತ್ತು ವೇಗವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡುವುದು
● ಒಮ್ಮುಖ ವಿಕಸನ ಮತ್ತು ಸಮಾನಾಂತರ ವಿಕಾಸದ ಕನಿಷ್ಠ ಪ್ರಭಾವದೊಂದಿಗೆ ಜಾತಿಗಳ ನಡುವಿನ ಹೆಚ್ಚು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವುದು
● ಗುಣಲಕ್ಷಣ-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಲು ಆನುವಂಶಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಫಿನೋಟೈಪ್ಗಳ ನಡುವೆ ಲಿಂಕ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವುದು
● ಆನುವಂಶಿಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡುವುದು, ಇದು ಜಾತಿಗಳ ವಿಕಸನೀಯ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತದೆ
● ವೇಗವಾಗಿ ತಿರುಗುವ ಸಮಯ
● ವ್ಯಾಪಕ ಅನುಭವ: BMK ಜನಸಂಖ್ಯೆ ಮತ್ತು ವಿಕಸನ ಸಂಬಂಧಿತ ಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ 12 ವರ್ಷಗಳಿಂದ ಬೃಹತ್ ಅನುಭವವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದೆ, ನೂರಾರು ಜಾತಿಗಳು ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ ಮತ್ತು ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್, ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲರ್ ಪ್ಲಾಂಟ್ಸ್, ಪ್ಲಾಂಟ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಜರ್ನಲ್, ಇತ್ಯಾದಿಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ 80 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಉನ್ನತ ಮಟ್ಟದ ಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡಿದೆ.
ಸಾಮಗ್ರಿಗಳು:
ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಕನಿಷ್ಠ ಮೂರು ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಗಳನ್ನು (ಉದಾ ಉಪಜಾತಿಗಳು ಅಥವಾ ತಳಿಗಳು) ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ.ಪ್ರತಿ ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಯು 10 ಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಾರದು (ಸಸ್ಯಗಳು >15, ಅಪರೂಪದ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಬಹುದು).
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
* WGS ಅನ್ನು ಉನ್ನತ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ಹೊಂದಿರುವ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು, ಆದರೆ SLAF-Seq ಒಂದು ಉಲ್ಲೇಖದ ಜೀನೋಮ್ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲದಿರುವ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಅಥವಾ ಕಳಪೆ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ.
ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರಕ್ಕೆ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ | WGS | SLAF-ಟ್ಯಾಗ್ಗಳು (×10,000) |
≤ 500 Mb | 10×/ವೈಯಕ್ತಿಕ | WGS ಅನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ |
500 Mb - 1 Gb | 10 | |
1 ಜಿಬಿ - 2 ಜಿಬಿ | 20 | |
≥2 ಜಿಬಿ | 30 |
● ವಿಕಾಸಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
● ಆಯ್ದ ಸ್ವೀಪ್
● ಜೀನ್ ಹರಿವು
● ಜನಸಂಖ್ಯಾ ಇತಿಹಾಸ
● ಡೈವರ್ಜೆನ್ಸ್ ಸಮಯ
ಜಾತಿಗಳು | ಅಂಗಾಂಶ | WGS-NGS | SLAF |
ಪ್ರಾಣಿ
| ಒಳಾಂಗಗಳ ಅಂಗಾಂಶ |
0.5 ~ 1 ಗ್ರಾಂ
|
0.5 ಗ್ರಾಂ
|
ಸ್ನಾಯು ಅಂಗಾಂಶ | |||
ಸಸ್ತನಿ ರಕ್ತ | 1.5 ಮಿಲಿ
| 1.5 ಮಿಲಿ
| |
ಕೋಳಿ/ಮೀನಿನ ರಕ್ತ | |||
ಸಸ್ಯ
| ತಾಜಾ ಎಲೆ | 1~2 ಗ್ರಾಂ | 0.5 ~ 1 ಗ್ರಾಂ |
ದಳ/ಕಾಂಡ | |||
ಬೇರು/ಬೀಜ | |||
ಜೀವಕೋಶಗಳು | ಸುಸಂಸ್ಕೃತ ಕೋಶ |
gDNA | ಏಕಾಗ್ರತೆ | ಮೊತ್ತ (ug) | OD260/OD280 |
SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
*ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು BMKGENE ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಕಟವಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಂದ ಬಂದವು
1.ಎವಲ್ಯೂಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಆನುವಂಶಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಟ್ರೀ, ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಪಿಸಿಎ ನಿರ್ಮಾಣವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.
ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಮರವು ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರೊಂದಿಗಿನ ಜಾತಿಗಳ ನಡುವೆ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಮತ್ತು ವಿಕಸನೀಯ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.
ಪಿಸಿಎ ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ನಡುವಿನ ನಿಕಟತೆಯನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.
ಜನಸಂಖ್ಯಾ ರಚನೆಯು ಆಲೀಲ್ ಆವರ್ತನಗಳ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ತಳೀಯವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನವಾದ ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಚೆನ್, ಇತ್ಯಾದಿ.ಅಲ್.,PNAS, 2020
2.ಸೆಲೆಕ್ಟಿವ್ ಸ್ವೀಪ್
ಆಯ್ದ ಸ್ವೀಪ್ ಒಂದು ಅನುಕೂಲಕರವಾದ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುವ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಲಿಂಕ್ ಮಾಡಲಾದ ತಟಸ್ಥ ಸೈಟ್ಗಳ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅನ್ಲಿಂಕ್ ಮಾಡದ ಸೈಟ್ಗಳ ಆವರ್ತನವನ್ನು ಕಡಿಮೆಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಕಡಿತಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ.
ಆಯ್ದ ಸ್ವೀಪ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಮೇಲೆ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಡಿಟೆಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಹಂತದಲ್ಲಿ (10 Kb) ಸ್ಲೈಡಿಂಗ್ ವಿಂಡೋದಲ್ಲಿ (100 Kb) ಎಲ್ಲಾ SNP ಗಳ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಅನುವಂಶಿಕ ಸೂಚ್ಯಂಕ (π,Fst, Tajima's D) ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ವೈವಿಧ್ಯ (π)
ತಜಿಮಾ ಅವರ ಡಿ
ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ಸೂಚ್ಯಂಕ(Fst)
ವು, ಇತ್ಯಾದಿ.ಅಲ್.,ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ, 2018
3.ಜೀನ್ ಫ್ಲೋ
ವು, ಇತ್ಯಾದಿ.ಅಲ್.,ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ, 2018
4. ಜನಸಂಖ್ಯಾ ಇತಿಹಾಸ
ಜಾಂಗ್, ಇತ್ಯಾದಿ.ಅಲ್.,ಪ್ರಕೃತಿ ಪರಿಸರ ಮತ್ತು ವಿಕಾಸ, 2021
5. ಡೈವರ್ಜೆನ್ಸ್ ಸಮಯ
ಜಾಂಗ್, ಇತ್ಯಾದಿ.ಅಲ್.,ಪ್ರಕೃತಿ ಪರಿಸರ ಮತ್ತು ವಿಕಾಸ, 2021
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಜೀನೋಮಿಕ್ ಬದಲಾವಣೆಯ ನಕ್ಷೆಯು ಸ್ಪ್ರಿಂಗ್ ಚೈನೀಸ್ ಎಲೆಕೋಸು (ಬ್ರಾಸಿಕಾ ರಾಪಾ ಎಸ್ಎಸ್ಪಿ. ಪೆಕಿನೆನ್ಸಿಸ್) ಆಯ್ಕೆಯ ಆನುವಂಶಿಕ ಆಧಾರದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ: ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ, 2018
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಅನುಕ್ರಮ: ಅನುಕ್ರಮ ಆಳ: 10×
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, 194 ಚೈನೀಸ್ ಎಲೆಕೋಸುಗಳನ್ನು 10× ಸರಾಸರಿ ಆಳದೊಂದಿಗೆ ಮರು-ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು, ಇದು 1,208,499 SNP ಗಳು ಮತ್ತು 416,070 InDels ಅನ್ನು ನೀಡಿತು.ಈ 194 ಸಾಲುಗಳ ಮೇಲಿನ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಈ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ವಸಂತ, ಬೇಸಿಗೆ ಮತ್ತು ಶರತ್ಕಾಲದಲ್ಲಿ ಮೂರು ಪರಿಸರ ಪ್ರಕಾರಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ ಮತ್ತು PCA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ವಸಂತಕಾಲದ ಚೀನೀ ಎಲೆಕೋಸು ಚೀನಾದ ಶಾನ್ಡಾಂಗ್ನಲ್ಲಿ ಶರತ್ಕಾಲದ ಎಲೆಕೋಸಿನಿಂದ ಹುಟ್ಟಿಕೊಂಡಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಇವುಗಳನ್ನು ತರುವಾಯ ಕೊರಿಯಾ ಮತ್ತು ಜಪಾನ್ಗೆ ಪರಿಚಯಿಸಲಾಯಿತು, ಸ್ಥಳೀಯ ರೇಖೆಗಳೊಂದಿಗೆ ದಾಟಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ತಡವಾಗಿ-ಬೋಲ್ಟಿಂಗ್ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ಚೀನಾಕ್ಕೆ ಮರಳಿ ಪರಿಚಯಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಸ್ಪ್ರಿಂಗ್ ಚೈನೀಸ್ ಎಲೆಕೋಸು ಆಯಿತು.
ಆಯ್ಕೆಯ ಮೇಲೆ ಸ್ಪ್ರಿಂಗ್ ಚೈನೀಸ್ ಎಲೆಕೋಸುಗಳು ಮತ್ತು ಶರತ್ಕಾಲದ ಎಲೆಕೋಸುಗಳ ಮೇಲೆ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಸ್ಕ್ಯಾನಿಂಗ್ 23 ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೊಕಿಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, ಅದು ಬಲವಾದ ಆಯ್ಕೆಯ ಮೂಲಕ ಸಾಗಿದೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಎರಡು QTL-ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಆಧಾರಿತ ಬೋಲ್ಟಿಂಗ್-ಟೈಮ್ ಕಂಟ್ರೋಲಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶದೊಂದಿಗೆ ಅತಿಕ್ರಮಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ.ಈ ಎರಡು ಪ್ರದೇಶಗಳು ಹೂಬಿಡುವಿಕೆಯನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಪ್ರಮುಖ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, BrVIN3.1 ಮತ್ತು BrFLC1.ಈ ಎರಡು ಜೀನ್ಗಳು ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಅಧ್ಯಯನ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳ ಮೂಲಕ ಬೋಲ್ಟಿಂಗ್ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿವೆ ಎಂದು ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢಪಡಿಸಲಾಯಿತು.
ಚೈನೀಸ್ ಎಲೆಕೋಸುಗಳ ಮೇಲೆ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ | ಚೀನೀ ಎಲೆಕೋಸು ಆಯ್ಕೆಯ ಕುರಿತು ಆನುವಂಶಿಕ ಮಾಹಿತಿ |
ಟಾಂಗ್ಬಿಂಗ್, ಮತ್ತು ಇತರರು."ಜೀನೋಮಿಕ್ ವೇರಿಯೇಶನ್ ಮ್ಯಾಪ್ ಸ್ಪ್ರಿಂಗ್ ಚೈನೀಸ್ ಎಲೆಕೋಸು (ಬ್ರಾಸಿಕಾ ರಾಪಾ ssp.pekinensis) ಆಯ್ಕೆಯ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಆಧಾರದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ."ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯಗಳು,11(2018):1360-1376.