ಉತ್ಪನ್ನಗಳು

DNA/RNA ಅನುಕ್ರಮ -PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸರ್

PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಆಗಿದೆ, ಇದನ್ನು ಮೂರನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (TGS) ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ.ಕೋರ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ, ಏಕ-ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ ರಿಯಲ್-ಟೈಮ್ (SMRT), ಹತ್ತಾರು ಕಿಲೋ-ಬೇಸ್ ಉದ್ದದೊಂದಿಗೆ ಓದುವಿಕೆಗಳ ಉತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ಸಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ."ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್-ಬೈ-ಸಿಂಥೆಸಿಸ್" ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ಏಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಶೂನ್ಯ-ಮೋಡ್ ವೇವ್‌ಗೈಡ್ (ZMW) ಮೂಲಕ ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಕೆಳಭಾಗದಲ್ಲಿ (ಅಣುಗಳ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಸೈಟ್) ಸೀಮಿತ ಪರಿಮಾಣವನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬೆಳಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಜೊತೆಗೆ, SMRT ಅನುಕ್ರಮವು NGS ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ PCR ವರ್ಧನೆಯ ಹಂತಗಳು ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ.

ವೇದಿಕೆ: ಸೀಕ್ವೆಲ್ II, ರೆವಿಯೊ

ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ

ಸೇವೆಯ ವಿವರಗಳು

ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು

ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು

PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ಎರಡು ಅನುಕ್ರಮ ವಿಧಾನಗಳು: ನಿರಂತರ ದೀರ್ಘ ಓದುವಿಕೆ (CLR) ಮತ್ತು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಒಮ್ಮತದ ಓದುವಿಕೆ (CCS)

ಅನುಕ್ರಮ ಮೋಡ್

ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಗಾತ್ರ

ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಡೇಟಾಇಳುವರಿ (ಪ್ರತಿ ಸೆಲ್‌ಗೆ)

ಏಕ-ಬೇಸ್ನಿಖರತೆ

ಅರ್ಜಿಗಳನ್ನು

CLR

20 ಕೆಬಿ, 30 ಕೆಬಿ, ಇತ್ಯಾದಿ.

80 Gb ನಿಂದ 130 Gb

ಅಂದಾಜು85%

ಡಿ ನೋವೊ, SV ಕರೆ ಮಾಡುವಿಕೆ, ಇತ್ಯಾದಿ.

CCS

15-20 ಕೆಬಿ

14 ರಿಂದ 40 ಜಿಬಿ/ಸೆಲ್ (ಸೀಕ್ವೆಲ್ II)

70 ರಿಂದ 110 Gb/ಸೆಲ್ (Revio)

ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ

ಅಂದಾಜು99%

ಡಿ ನೋವೊ, SNP/Indel/SV ಕಾಲಿಂಗ್, Iso-Seq,

Revio ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆಲ್ II ರ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆ ಮತ್ತು ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ಹೋಲಿಕೆ

ನಿಯಮಗಳು	ಸೀಕ್ವೆಲ್ II ವ್ಯವಸ್ಥೆ	ರೆವಿಯೊ ವ್ಯವಸ್ಥೆ	ಹೆಚ್ಚಿಸಿ
ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆ	8 ಮಿಲಿಯನ್ ZMW ಗಳು	25 ಮಿಲಿಯನ್ ZMW ಗಳು	3x
ಸ್ವತಂತ್ರ ಹಂತಗಳು	1	4	4x
ಕಡಿಮೆ ರನ್ ಸಮಯ	30 ಗಂಟೆಗಳು	24 ಗಂಟೆಗಳು	1.25x
30X HiFi ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು / ವರ್ಷ	88	1,300	1ಒಟ್ಟಾರೆ 5x

ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು

● ವಿವಿಧ ಜಾತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಾವಿರಾರು ಮುಚ್ಚಿದ ಯೋಜನೆಗಳೊಂದಿಗೆ PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ನಲ್ಲಿ 8 ವರ್ಷಗಳ ಅನುಭವ.

● ಇತ್ತೀಚಿನ PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಸಜ್ಜುಗೊಂಡಿದೆ, ಸಾಕಷ್ಟು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನ್ನು ಖಾತರಿಪಡಿಸಲು Revio.

● ವೇಗವಾಗಿ ತಿರುಗುವ ಸಮಯ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಡೇಟಾ ಇಳುವರಿ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾದ ಡೇಟಾ.

● ನೂರಾರು ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಭಾವದ PacBio-ಆಧಾರಿತ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡಲಾಗಿದೆ.

ಮಾದರಿ ಅಗತ್ಯತೆಗಳು

ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರ

ಮೊತ್ತ

ಏಕಾಗ್ರತೆ (Qubit®)

ಸಂಪುಟ

ಶುದ್ಧತೆ

ಇತರರು

ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ

ಡೇಟಾ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
260 nm ನಲ್ಲಿ ಶಿಖರವನ್ನು ತೆರವುಗೊಳಿಸಿ,ಯಾವುದೇ ಮಾಲಿನ್ಯಗಳಿಲ್ಲ

ಕ್ವಿಟ್ ಮತ್ತು ಕ್ವಿಟ್/ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ = 0.8-2.5 ಮೂಲಕ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಅಳೆಯುವ ಅಗತ್ಯವಿದೆ

ಒಟ್ಟು RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;ಯಾವುದೇ ಮಾಲಿನ್ಯಗಳಿಲ್ಲ

RIN ಮೌಲ್ಯ ≥7.5

5≥28S/18S≥1

ಸೇವೆಯ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು

ಮಾದರಿ ಸಿದ್ಧತೆ

ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ

ಅನುಕ್ರಮ

ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ

ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ವಿತರಣೆ

ಹಿಂದಿನ: OEM ತಯಾರಕ ಶ್ರೀನಾ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಸೇವೆ - ದೀರ್ಘ ಕೋಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಅನುಕ್ರಮ-ಇಲ್ಯುಮಿನಾ - ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್

ಮುಂದೆ: DNA/RNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ - ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸರ್

1.ಇನ್-ಹೌಸ್ ಡೇಟಾ ಇಳುವರಿ

63 CCS ಕೋಶಗಳಿಂದ (26 ಜಾತಿಗಳಿಂದ) ಡೇಟಾವನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ

ಡೇಟಾ-PacBio-CCS-15 Kb	ಸರಾಸರಿ	ಗರಿಷ್ಠ	ಕನಿಷ್ಠ	ಮಧ್ಯಮ
ಇಳುವರಿ - ಉಪವಿಭಾಗಗಳು (ಜಿಬಿ)	421.12	544.27	221.38	426.58
ಯಿಲ್ಡ್ - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
ಪಾಲಿಮರೇಸ್ N50	145,651	175,430	118,118	144,689
ಉಪವಿಭಾಗಗಳು N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
ಸರಾಸರಿ ಉದ್ದ-ಪಾಲಿಮರೇಸ್	67,995	89,379	49,664	66,433
ಸರಾಸರಿ ಉದ್ದ-ಉಪರೆಡ್ಗಳು	15,866	21,036	11,657	16,012
ಸರಾಸರಿ ಉದ್ದ-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

16 CLR ಕೋಶಗಳಿಂದ (76 ಜಾತಿಗಳಿಂದ) ಡೇಟಾವನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ

DATA-PacBio-CLR-30Kb	ಸರಾಸರಿ	ಗರಿಷ್ಠ	ಕನಿಷ್ಠ	ಮಧ್ಯಮ
ಇಳುವರಿ - ಉಪವಿಭಾಗಗಳು (ಜಿಬಿ)	142.20	291.40	50.55	142.49
ಪಾಲಿಮರೇಸ್ N50	39,456	121,191	15,389	35,231
ಉಪವಿಭಾಗಗಳು N50	28,490	41,012	14,430	29,063
ಸರಾಸರಿ ಉದ್ದ-ಪಾಲಿಮರೇಸ್	22,063	48,886	8,747	21,555
ಸರಾಸರಿ ಉದ್ದ-ಉಪರೆಡ್ಗಳು	17,720	27,225	8,293	17,779

2.ಡೇಟಾ ಕ್ಯೂಸಿ - ಡೆಮೊಡೇಟಾ ಇಳುವರಿಯಲ್ಲಿ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳು

ಮಾದರಿ	ccs ಸಂಖ್ಯೆ ಓದುತ್ತದೆ	ಒಟ್ಟು ccs ಬೇಸ್‌ಗಳು (bp)	ccs ಓದುತ್ತದೆ N50 (bp)	ccs ಸರಾಸರಿ ಉದ್ದ (bp)	ccs ಲಾಂಗೆಸ್ಟ್ ರೀಡ್ (bp)	ಉಪಪಾಠಗಳ ಆಧಾರಗಳು (bp)	ccs ದರ(%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27