-
ប៊ីអេសអេ
វេទិកាវិភាគ Segregant ភាគច្រើនមានការវិភាគស្តង់ដារមួយជំហាន និងការវិភាគកម្រិតខ្ពស់ជាមួយនឹងការកំណត់ប៉ារ៉ាម៉ែត្រផ្ទាល់ខ្លួន។BSA គឺជាបច្ចេកទេសមួយដែលត្រូវបានប្រើប្រាស់ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ phenotype ដែលជាប់ទាក់ទងនឹងសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែន។ដំណើរការការងារចម្បងរបស់ BSA មាន៖ 1. ការជ្រើសរើសក្រុមបុគ្គលពីរក្រុមដែលមាន phenotypes ប្រឆាំងខ្លាំង។2. រួមបញ្ចូល DNA, RNA ឬ SLAF-seq (បង្កើតឡើងដោយ Biomarker) នៃបុគ្គលទាំងអស់ដើម្បីបង្កើត DNA ភាគច្រើនពីរ។3. កំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ឌីផេរ៉ង់ស្យែលប្រឆាំងនឹងហ្សែនយោង ឬនៅចន្លោះ 4. ព្យាករណ៍តំបន់ដែលភ្ជាប់បេក្ខជនដោយ ED និង SNP-index algorithm;5. ការវិភាគមុខងារ និងការបង្កើនហ្សែននៅក្នុងតំបន់បេក្ខជន។
-
អំភ្លីខុន (16S/18S/ITS)
វេទិកា Amplicon (16S/18S/ITS) ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយមានបទពិសោធន៍ជាច្រើនឆ្នាំក្នុងការវិភាគគម្រោងភាពចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ ដែលមានការវិភាគជាមូលដ្ឋានស្តង់ដារ និងការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួន៖ ការវិភាគជាមូលដ្ឋានគ្របដណ្តប់ខ្លឹមសារនៃការវិភាគសំខាន់ៗនៃការស្រាវជ្រាវអតិសុខុមប្រាណបច្ចុប្បន្ន ខ្លឹមសារនៃការវិភាគគឺសម្បូរបែប និងទូលំទូលាយ។ និងលទ្ធផលនៃការវិភាគត្រូវបានបង្ហាញក្នុងទម្រង់នៃរបាយការណ៍គម្រោង។ខ្លឹមសារនៃការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួនមានភាពចម្រុះ។គំរូអាចត្រូវបានជ្រើសរើស ហើយប៉ារ៉ាម៉ែត្រអាចត្រូវបានកំណត់ដោយភាពបត់បែនយោងទៅតាមរបាយការណ៍ការវិភាគជាមូលដ្ឋាន និងគោលបំណងស្រាវជ្រាវ ដើម្បីសម្រេចបាននូវតម្រូវការផ្ទាល់ខ្លួន។ប្រព័ន្ធប្រតិបត្តិការ Windows សាមញ្ញ និងលឿន។
-
ហ្សែនវិវត្តន៍
ពន្ធុវិទ្យាវិវត្តន៍គឺជាសេវាកម្មលំដាប់លំដោយដែលត្រូវបានរចនាឡើងសម្រាប់ផ្តល់នូវការបកស្រាយដ៏ទូលំទូលាយលើព័ត៌មានវិវត្តន៍នៃសម្ភារៈដែលបានផ្តល់ឱ្យដោយផ្អែកលើការប្រែប្រួលហ្សែន រួមមាន SNPs, InDels, SVs និង CNVs ។វាផ្តល់នូវការវិភាគជាមូលដ្ឋានទាំងអស់ដែលត្រូវការសម្រាប់ការពិពណ៌នាអំពីការផ្លាស់ប្តូរវិវត្តន៍ និងលក្ខណៈហ្សែននៃចំនួនប្រជាជន ដូចជារចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជន ភាពសម្បូរបែបនៃហ្សែន ទំនាក់ទំនង phylogeny ជាដើម។ វាក៏មានការសិក្សាអំពីលំហូរហ្សែន ដែលផ្តល់អំណាចដល់ការប៉ាន់ប្រមាណទំហំប្រជាជនប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាព ពេលវេលាខុសគ្នា។
-
ពន្ធុវិទ្យាប្រៀបធៀប
ពន្ធុវិទ្យាប្រៀបធៀបមានន័យត្រង់ថាការប្រៀបធៀបលំដាប់ហ្សែនពេញលេញ និងរចនាសម្ព័ន្ធនៃប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។វិន័យនេះមានគោលបំណងបង្ហាញពីការវិវត្តនៃប្រភេទសត្វ មុខងារហ្សែន យន្តការគ្រប់គ្រងហ្សែននៅកម្រិតហ្សែន ដោយកំណត់អត្តសញ្ញាណរចនាសម្ព័ន្ធលំដាប់ និងធាតុដែលបានអភិរក្ស ឬបែងចែកប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។ការសិក្សាអំពីពន្ធុវិទ្យាប្រៀបធៀបធម្មតារួមមានការវិភាគនៅក្នុងគ្រួសារហ្សែន ការវិវត្តន៍វិវត្តន៍ ការចម្លងហ្សែនទាំងមូល សម្ពាធជ្រើសរើស។ល។
-
ហ្សែនវិវត្តន៍
វេទិកាវិភាគហ្សែនចំនួនប្រជាជន និងការវិវត្តន៍ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយផ្អែកលើបទពិសោធន៍ដ៏ធំដែលបានប្រមូលផ្តុំនៅក្នុងក្រុម BMK R&D អស់រយៈពេលជាច្រើនឆ្នាំ។វាគឺជាឧបករណ៍ដែលងាយស្រួលប្រើ ជាពិសេសសម្រាប់អ្នកស្រាវជ្រាវដែលមិនមានជំនាញផ្នែកជីវព័ត៌មានវិទ្យា។វេទិកានេះអនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគជាមូលដ្ឋានទាក់ទងនឹងពន្ធុវិទ្យាវិវត្តន៍ រួមទាំងការសាងសង់មែកធាង phylogenetic ការវិភាគភាពមិនស្មើគ្នានៃតំណ ការវាយតម្លៃភាពចម្រុះនៃហ្សែន ការវិភាគជ្រើសរើស ការវិភាគញាតិមិត្ត PCA ការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជន។ល។
-
Hi-C ផ្អែកលើ Genome Assembly
Hi-C គឺជាវិធីសាស្រ្តដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីចាប់យកការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធក្រូម៉ូសូមដោយរួមបញ្ចូលគ្នានូវអន្តរកម្មដែលមានមូលដ្ឋានលើ probing និងលំដាប់ឆ្លងកាត់កម្រិតខ្ពស់។អាំងតង់ស៊ីតេនៃអន្តរកម្មទាំងនេះត្រូវបានគេជឿថាមានទំនាក់ទំនងអវិជ្ជមានជាមួយនឹងចម្ងាយរាងកាយនៅលើក្រូម៉ូសូម។ដូច្នេះ ទិន្នន័យ Hi-C អាចណែនាំការចង្កោម លំដាប់ និងការតំរង់ទិសនៃលំដាប់ដែលបានជួបប្រជុំគ្នានៅក្នុងហ្សែនពង្រាងមួយ ហើយបោះយុថ្កាវាទៅលើចំនួនជាក់លាក់នៃក្រូម៉ូសូម។បច្ចេកវិទ្យានេះផ្តល់អំណាចដល់ការប្រមូលផ្តុំហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូម ក្នុងករណីដែលគ្មានផែនទីហ្សែនផ្អែកលើចំនួនប្រជាជន។រាល់ហ្សែននីមួយៗត្រូវការ Hi-C ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ
-
លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វ De Novo
ដឺណូវ៉ូលំដាប់លំដោយ សំដៅលើការសាងសង់ហ្សែនទាំងមូលរបស់ប្រភេទសត្វដោយប្រើបច្ចេកវិជ្ជាលំដាប់លំដោយ ឧ. PacBio, Nanopore, NGS ជាដើម ដោយមិនមានហ្សែនយោង។ភាពប្រសើរឡើងគួរឱ្យកត់សម្គាល់នៃប្រវែងអាននៃបច្ចេកវិជ្ជាបន្តបន្ទាប់ជំនាន់ទីបីបាននាំមកនូវឱកាសថ្មីក្នុងការប្រមូលផ្តុំហ្សែនស្មុគស្មាញ ដូចជាប្រភេទដែលមាន heterozygosity ខ្ពស់ សមាមាត្រខ្ពស់នៃតំបន់ច្រំដែល ប៉ូលីផូអ៊ីត ជាដើម។ ជាមួយនឹងប្រវែងអាននៅកម្រិតរាប់សិបគីឡូបៃ ការអានលំដាប់ទាំងនេះអនុញ្ញាត។ ការដោះស្រាយធាតុដដែលៗ តំបន់ដែលមានមាតិកា GC មិនធម្មតា និងតំបន់ស្មុគស្មាញខ្លាំងផ្សេងទៀត។
វេទិកា៖ PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq Platform
-
លំដាប់ Exome ទាំងមូលរបស់មនុស្ស
លំដាប់ exome ទាំងមូល (WES) ត្រូវបានចាត់ទុកថាជាយុទ្ធសាស្ត្រលំដាប់លំដោយដែលមានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណការផ្លាស់ប្តូរដែលបណ្តាលឱ្យកើតជំងឺ។ទោះបីជា exons យកត្រឹមតែ 1.7% នៃហ្សែនទាំងមូលក៏ដោយ វាតំណាងឱ្យទម្រង់នៃមុខងារប្រូតេអ៊ីនសរុបដោយផ្ទាល់។នៅក្នុងហ្សែនរបស់មនុស្ស វាត្រូវបានគេរាយការណ៍ថាជាង 85% នៃការផ្លាស់ប្តូរទាក់ទងនឹងជំងឺកើតឡើងនៅក្នុងតំបន់កូដប្រូតេអ៊ីន។
BMKGENE ផ្តល់ជូននូវសេវាកម្មតម្រៀប exome របស់មនុស្សយ៉ាងទូលំទូលាយ និងអាចបត់បែនបានជាមួយនឹងយុទ្ធសាស្រ្តចាប់យក exon ផ្សេងៗគ្នាដែលអាចរកបានដើម្បីបំពេញតាមគោលដៅស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
លំដាប់លំដោយជាក់លាក់-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
ការវាយបញ្ចូលហ្សែនតាមរយៈកម្រិតខ្ពស់ ជាពិសេសលើចំនួនប្រជាជនទ្រង់ទ្រាយធំ គឺជាជំហានជាមូលដ្ឋានក្នុងការសិក្សាអំពីទំនាក់ទំនងហ្សែន ដែលផ្តល់មូលដ្ឋានហ្សែនសម្រាប់ការរកឃើញហ្សែនមុខងារ ការវិភាគការវិវត្តន៍។ល។ ) ត្រូវបានណែនាំដើម្បីកាត់បន្ថយការចំណាយតាមលំដាប់លំដោយក្នុងមួយគំរូ ខណៈពេលដែលរក្សាបាននូវប្រសិទ្ធភាពសមហេតុផលលើការរកឃើញសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែន។នេះត្រូវបានសម្រេចជាទូទៅដោយការស្រង់ចេញបំណែកដាក់កម្រិតនៅក្នុងជួរទំហំដែលបានផ្តល់ឱ្យ ដែលត្រូវបានគេហៅថាបណ្ណាល័យតំណាងកាត់បន្ថយ (RRL) ។លំដាប់លំដោយជាក់លាក់-locus amplified fragment (SLAF-Seq) គឺជាយុទ្ធសាស្រ្តដែលបង្កើតដោយខ្លួនឯងសម្រាប់ SNP genotyping ដោយមានឬគ្មាន genome យោង។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform -
Illumina និង BGI
បច្ចេកវិទ្យាលំដាប់ Illumina ផ្អែកលើ Sequencing by Synthesis (SBS) គឺជាការច្នៃប្រឌិត NGS ដែលទទួលយកជាសកល ដែលទទួលខុសត្រូវក្នុងការបង្កើតទិន្នន័យលំដាប់លំដោយជាង 90% របស់ពិភពលោក។គោលការណ៍របស់ SBS ពាក់ព័ន្ធនឹងការដាក់ស្លាក fluorescently reversible terminators នៅពេលដែល dNTP នីមួយៗត្រូវបានបន្ថែម ហើយត្រូវបានបំបែកជាបន្តបន្ទាប់ដើម្បីអនុញ្ញាតឱ្យមានការដាក់បញ្ចូលមូលដ្ឋានបន្ទាប់ទៀត។ជាមួយនឹង dNTPs terminator-bound បញ្ច្រាសទាំងបួនមានវត្តមាននៅក្នុងវដ្តបន្តបន្ទាប់គ្នា ការប្រកួតប្រជែងធម្មជាតិកាត់បន្ថយភាពលំអៀងនៃការបញ្ចូល។បច្ចេកវិជ្ជាដែលអាចប្រើប្រាស់បាននេះគាំទ្រទាំងបណ្ណាល័យដែលអានតែមួយ និងបញ្ចប់ជាគូ ដោយផ្គត់ផ្គង់ដល់កម្មវិធីហ្សែនជាច្រើន។សមត្ថភាព និងភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់របស់ Illumina sequencing កំណត់ទីតាំងវាជាមូលដ្ឋានគ្រឹះក្នុងការស្រាវជ្រាវហ្សែន ដោយផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់អ្នកវិទ្យាសាស្ត្រក្នុងការដោះស្រាយភាពស្មុគ្រស្មាញនៃហ្សែនជាមួយនឹងព័ត៌មានលម្អិត និងប្រសិទ្ធភាពដែលមិនអាចប្រៀបផ្ទឹមបាន។
DNBSEQ ដែលបង្កើតឡើងដោយ BGI គឺជាបច្ចេកវិទ្យា NGS ប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិតមួយផ្សេងទៀត ដែលបានគ្រប់គ្រងដើម្បីកាត់បន្ថយការចំណាយបន្តបន្ទាប់គ្នា និងបង្កើនការបញ្ជូន។ការរៀបចំបណ្ណាល័យ DNBSEQ ពាក់ព័ន្ធនឹងការបែងចែក DNA ការរៀបចំ ssDNA និងការពង្រីករង្វង់វិល ដើម្បីទទួលបាន DNA nanoballs (DNB) ។បន្ទាប់មក ទាំងនេះត្រូវបានផ្ទុកទៅលើផ្ទៃរឹង ហើយបន្តបន្ទាប់គ្នាដោយ combinatorial Probe-Anchor Synthesis (cPAS)។
សេវាកម្មតម្រៀបបណ្ណាល័យដែលផលិតជាមុនរបស់យើងជួយសម្រួលដល់អតិថិជនក្នុងការរៀបចំបណ្ណាល័យលំដាប់លំដោយរបស់ពួកគេពីប្រភពផ្សេងៗគ្នា (mRNA, ហ្សែនទាំងមូល, amplicon និងផ្សេងទៀត)។ក្រោយមក បណ្ណាល័យទាំងនេះអាចត្រូវបានបញ្ជូនទៅមជ្ឈមណ្ឌលលំដាប់របស់យើងសម្រាប់ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព និងលំដាប់លំដោយនៅក្នុងវេទិកា Illumina ឬ BGI ។
