-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChiP-Seq ផ្តល់នូវទម្រង់ហ្សែនធំទូលាយនៃគោលដៅ DNA សម្រាប់ការកែប្រែអ៊ីស្តូន កត្តាចម្លង និងប្រូតេអ៊ីនដែលទាក់ទងនឹង DNA ផ្សេងទៀត។វារួមបញ្ចូលគ្នានូវការជ្រើសរើសនៃ chromatin immuno-precipitation (ChIP) ដើម្បីស្ដារឡើងវិញនូវប្រូតេអ៊ីន-DNA ស្មុគស្មាញ ជាមួយនឹងថាមពលនៃលំដាប់ជំនាន់ក្រោយ (NGS) សម្រាប់ដំណើរការលំដាប់ខ្ពស់នៃ DNA ដែលបានរកឃើញឡើងវិញ។លើសពីនេះទៀត ដោយសារតែស្មុគស្មាញប្រូតេអ៊ីន-DNA ត្រូវបានយកមកវិញពីកោសិការស់ កន្លែងចងអាចប្រៀបធៀបបានក្នុងប្រភេទកោសិកា និងជាលិកាផ្សេងៗ ឬស្ថិតក្រោមលក្ខខណ្ឌផ្សេងៗ។កម្មវិធីមានចាប់ពីបទប្បញ្ញត្តិប្រតិចារិក ដល់ផ្លូវអភិវឌ្ឍន៍ ដល់យន្តការជំងឺ និងលើសពីនេះ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
លំដាប់មេតាណុល -NGS
Metagenome សំដៅលើបណ្តុំនៃសម្ភារៈហ្សែនសរុបនៃសហគមន៍ចម្រុះនៃសារពាង្គកាយ ដូចជា metagenome បរិស្ថាន មេតាហ្សែនរបស់មនុស្ស។ល។ វាមានហ្សែននៃអតិសុខុមប្រាណដែលអាចដាំដុះបាន និងមិនអាចដាំដុះបាន។លំដាប់ Metagenomic គឺជាឧបករណ៍ម៉ូលេគុលដែលប្រើដើម្បីវិភាគសម្ភារៈហ្សែនចម្រុះដែលស្រង់ចេញពីសំណាកបរិស្ថាន ដែលផ្តល់ព័ត៌មានលម្អិតអំពីភាពសម្បូរបែបនៃប្រភេទសត្វ រចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជន ទំនាក់ទំនង phylogenetic ហ្សែនមុខងារ និងបណ្តាញទំនាក់ទំនងជាមួយកត្តាបរិស្ថាន។
វេទិកា៖វេទិកា Illumina NovaSeq
-
លំដាប់មេតាណុល - ណាណូប៉ូរ៉េ
Metagenomics គឺជាឧបករណ៍ម៉ូលេគុលដែលប្រើដើម្បីវិភាគវត្ថុធាតុហ្សែនចម្រុះដែលស្រង់ចេញពីសំណាកបរិស្ថាន ដែលផ្តល់ព័ត៌មានលម្អិតអំពីភាពចម្រុះនៃប្រភេទសត្វ និងភាពសម្បូរបែប រចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជន ទំនាក់ទំនង phylogenetic ហ្សែនមុខងារ និងបណ្តាញទំនាក់ទំនងជាមួយកត្តាបរិស្ថាន។ល។ ការសិក្សាអំពីមេតាណុល។ដំណើរការដ៏ល្អឥតខ្ចោះរបស់វានៅក្នុងប្រវែងអាន ភាគច្រើនបានពង្រឹងការវិភាគមេតាហ្សែនចុះក្រោម ជាពិសេសការផ្គុំមេតាហ្សែន។ទាញយកអត្ថប្រយោជន៍នៃប្រវែងអាន ការសិក្សាមេតាណមដែលមានមូលដ្ឋានលើ Nanopore គឺអាចសម្រេចបាននូវការផ្គុំជាបន្តបន្ទាប់បន្ថែមទៀត បើប្រៀបធៀបជាមួយនឹងមេតាណមបាញ់កាំភ្លើង។វាត្រូវបានគេបោះពុម្ភផ្សាយថា metagenomics ដែលមានមូលដ្ឋានលើ Nanopore ដោយជោគជ័យបានបង្កើតហ្សែនបាក់តេរីពេញលេញ និងបិទពីមីក្រូជីវ (Moss, EL, et. al,ជីវបច្ចេកវិទ្យាធម្មជាតិឆ្នាំ ២០២០)
វេទិកា៖Nanopor PromethION P48
-
លំដាប់ហ្សែនប៊ីស៊ុលហ្វីតទាំងមូល
DNA methylation នៅទីតាំងទី 5 នៅក្នុង cytosine (5-mC) មានឥទ្ធិពលជាមូលដ្ឋានលើការបញ្ចេញហ្សែន និងសកម្មភាពកោសិកា។គំរូមេទីលខុសធម្មតាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងលក្ខខណ្ឌ និងជំងឺមួយចំនួនដូចជា មហារីក។WGBS បានក្លាយជាស្តង់ដារមាសសម្រាប់សិក្សាមេទីលធំទូលាយនៃហ្សែននៅដំណោះស្រាយមូលដ្ឋានតែមួយ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
ការវិភាគសម្រាប់ Transposase-Accessible Chromatin ជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់ (ATAC-seq)
ATAC-seq គឺជាវិធីសាស្រ្តលំដាប់លំដោយកម្រិតខ្ពស់សម្រាប់ការវិភាគនៃលទ្ធភាពប្រើប្រាស់ក្រូម៉ាទីនធំទូលាយនៃហ្សែន ដែលមានសារៈសំខាន់សម្រាប់ការគ្រប់គ្រងហ្សែនសកលនៃការបញ្ចេញហ្សែន។អាដាប់ទ័របន្តបន្ទាប់គ្នាត្រូវបានបញ្ចូលទៅក្នុងតំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហដោយ Tn5 transposase សកម្ម។បន្ទាប់ពីការពង្រីក PCR បណ្ណាល័យតាមលំដាប់លំដោយត្រូវបានសាងសង់។តំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហទាំងអស់អាចទទួលបានក្រោមលក្ខខណ្ឌពេលវេលាលំហជាក់លាក់ មិនត្រឹមតែកំណត់ចំពោះកន្លែងចងនៃកត្តាចម្លង ឬតំបន់ដែលបានកែប្រែអ៊ីស្តូនជាក់លាក់នោះទេ។
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
អង្គភាពរងនៅលើ 16S និង 18S rRNA ដែលមានទាំងតំបន់អភិរក្សខ្ពស់ និងអថេរខ្ពស់ គឺជាស្នាមម្រាមដៃម៉ូលេគុលដ៏ល្អឥតខ្ចោះសម្រាប់ការកំណត់អត្តសញ្ញាណសារពាង្គកាយ prokaryotic និង eukaryotic ។ទាញយកអត្ថប្រយោជន៍នៃលំដាប់លំដោយ amplicons ទាំងនេះអាចត្រូវបានកំណត់គោលដៅដោយផ្អែកលើផ្នែកដែលបានអភិរក្ស ហើយតំបន់អថេរខ្ពស់អាចត្រូវបានកំណត់លក្ខណៈពេញលេញសម្រាប់ការកំណត់អត្តសញ្ញាណអតិសុខុមប្រាណដែលរួមចំណែកដល់ការសិក្សាដែលគ្របដណ្តប់លើការវិភាគភាពចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ និក្ខេបបទ phylogeny ជាដើម។ ពេលវេលាពិតតែមួយម៉ូលេគុល(SMRT ) លំដាប់លំដោយនៃវេទិកា PacBio អនុញ្ញាតឱ្យមានការអានដ៏វែងដែលមានភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ ដែលអាចគ្របដណ្តប់ amplicons ប្រវែងពេញ (ប្រហែល 1.5 Kb) ។ទិដ្ឋភាពទូលំទូលាយនៃវាលហ្សែនបានពង្រឹងយ៉ាងខ្លាំងនូវដំណោះស្រាយនៅក្នុងចំណារពន្យល់អំពីប្រភេទសត្វនៅក្នុងសហគមន៍បាក់តេរី ឬផ្សិត។
វេទិកា៖PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon sequencing មានគោលបំណងបង្ហាញពីភាពសំបូរបែប phylogeny, taxonomy និងប្រភេទសត្វនៅក្នុងសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណដោយការស៊ើបអង្កេតផលិតផល PCR នៃសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនថែរក្សាផ្ទះដែលមានទាំងផ្នែកដែលបំប្លែងបានខ្ពស់ និងអថេរ។ការណែនាំនៃស្នាមម្រាមដៃម៉ូលេគុលដ៏ល្អឥតខ្ចោះទាំងនេះដោយ Woeses et al, (1977) ផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ការបង្កើតទម្រង់មីក្រូជីវមដែលមិនមានឯកោ។ការដាក់តាមលំដាប់នៃ 16S (បាក់តេរី), 18S (ផ្សិត) និងឧបករណ៍ចម្លងខាងក្នុង (ITS, ផ្សិត) អនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រភេទសត្វដែលមានច្រើនក្រៃលែង ក៏ដូចជាប្រភេទសត្វកម្រ និងមិនស្គាល់អត្តសញ្ញាណ។បច្ចេកវិទ្យានេះបានក្លាយជាឧបករណ៍ដែលត្រូវបានអនុវត្តយ៉ាងទូលំទូលាយ និងសំខាន់ក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណសមាសធាតុអតិសុខុមប្រាណឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៅក្នុងបរិយាកាសផ្សេងៗ ដូចជាមាត់មនុស្ស ពោះវៀន លាមកជាដើម។
វេទិកា៖វេទិកា Illumina NovaSeq
-
ការបន្តពូជបាក់តេរី និងផ្សិតទាំងមូលឡើងវិញ
ការរៀបចំឡើងវិញនូវហ្សែនទាំងមូលនៃបាក់តេរី និងផ្សិត គឺជាឧបករណ៍សំខាន់មួយដើម្បីបំពេញហ្សែននៃបាក់តេរី និងផ្សិតដែលគេស្គាល់ ក៏ដូចជាដើម្បីប្រៀបធៀបហ្សែនជាច្រើន ឬដើម្បីគូសផែនទីហ្សែននៃសារពាង្គកាយថ្មី។វាមានសារៈសំខាន់ខ្លាំងណាស់ក្នុងការរៀបចំហ្សែនទាំងមូលនៃបាក់តេរី និងផ្សិត ដើម្បីបង្កើតហ្សែនយោងត្រឹមត្រូវ ធ្វើការកំណត់អត្តសញ្ញាណអតិសុខុមប្រាណ និងការសិក្សាអំពីហ្សែនប្រៀបធៀបផ្សេងទៀត។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
វេទិកា Amplicon (16S/18S/ITS) ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយមានបទពិសោធន៍ជាច្រើនឆ្នាំក្នុងការវិភាគគម្រោងភាពចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ ដែលមានការវិភាគជាមូលដ្ឋានស្តង់ដារ និងការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួន៖ ការវិភាគជាមូលដ្ឋានគ្របដណ្តប់ខ្លឹមសារនៃការវិភាគសំខាន់ៗនៃការស្រាវជ្រាវអតិសុខុមប្រាណបច្ចុប្បន្ន ខ្លឹមសារនៃការវិភាគគឺសម្បូរបែប និងទូលំទូលាយ។ និងលទ្ធផលនៃការវិភាគត្រូវបានបង្ហាញក្នុងទម្រង់នៃរបាយការណ៍គម្រោង។ខ្លឹមសារនៃការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួនមានភាពចម្រុះ។គំរូអាចត្រូវបានជ្រើសរើស ហើយប៉ារ៉ាម៉ែត្រអាចត្រូវបានកំណត់ដោយភាពបត់បែនយោងទៅតាមរបាយការណ៍ការវិភាគជាមូលដ្ឋាន និងគោលបំណងស្រាវជ្រាវ ដើម្បីសម្រេចបាននូវតម្រូវការផ្ទាល់ខ្លួន។ប្រព័ន្ធប្រតិបត្តិការ Windows សាមញ្ញ និងលឿន។
-
PacBio-ប្រតិចារឹកប្រវែងពេញ (មិនយោង)
ដោយយកទិន្នន័យលំដាប់លំដោយរបស់ Pacific Biosciences (PacBio) Isoform ជាការបញ្ចូល កម្មវិធីនេះអាចកំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ប្រតិចារិកពេញប្រវែង (ដោយមិនចាំបាច់ជួបប្រជុំគ្នា)។តាមរយៈការគូសផែនទីលំដាប់លំដោយប្រវែងពេញលេញប្រឆាំងនឹងហ្សែនយោង ប្រតិចារិកអាចត្រូវបានធ្វើឱ្យប្រសើរដោយហ្សែនដែលគេស្គាល់ ប្រតិចារិក តំបន់សរសេរកូដ។ការវិភាគរួមគ្នាជាមួយទិន្នន័យលំដាប់ប្រតិចារិក NGS អនុញ្ញាតឱ្យមានចំណារពន្យល់កាន់តែទូលំទូលាយ និងបរិមាណត្រឹមត្រូវជាងមុននៅក្នុងការបញ្ចេញមតិនៅកម្រិតប្រតិចារិក ដែលភាគច្រើនផ្តល់អត្ថប្រយោជន៍យ៉ាងច្រើនដល់កន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែលខាងក្រោម និងការវិភាគមុខងារ។
-
ការកាត់បន្ថយការតំណាង Bisulfite Sequencing (RRBS)
ការស្រាវជ្រាវ DNA methylation តែងតែជាប្រធានបទដ៏ក្តៅគគុកក្នុងការស្រាវជ្រាវជំងឺ ហើយត្រូវបានទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធទៅនឹងការបញ្ចេញហ្សែន និងលក្ខណៈ pheno-typic ។RRBS គឺជាវិធីសាស្ត្រត្រឹមត្រូវ ប្រសិទ្ធភាព និងសន្សំសំចៃសម្រាប់ការស្រាវជ្រាវ DNA methylation ។ការពង្រឹងតំបន់កោះផ្សព្វផ្សាយ និង CpG ដោយការបំបែកអង់ស៊ីម (Msp I) រួមផ្សំជាមួយនឹងលំដាប់ Bisulfite ផ្តល់នូវការរកឃើញមេទីល DNA ដែលមានគុណភាពបង្ហាញខ្ពស់។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
លំដាប់ Prokaryotic mRNA
mRNA sequencing ផ្តល់អំណាចដល់ការបង្កើតទម្រង់ដ៏ទូលំទូលាយនៃប្រតិចារឹក mRNA ទាំងអស់នៅក្នុងកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។បច្ចេកវិទ្យាដ៏ទំនើបនេះបម្រើជាឧបករណ៍ដ៏មានអានុភាព ដោយបង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលដែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសាស្ត្រចម្រុះ។ត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការវិភាគគ្លីនិក និងការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ លំដាប់ mRNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីភាពស្មុគស្មាញនៃសក្ដានុពលកោសិកា និងបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន។ដំណើរការគំរូ prokaryotic mRNA របស់យើងគឺត្រូវបានកែសម្រួលសម្រាប់ប្រតិចារិក prokaryotic ដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការថយចុះ rRNA និងការរៀបចំបណ្ណាល័យទិសដៅ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq X
