-
លំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ
ភាពជឿនលឿនក្នុងការចាប់យកកោសិកាតែមួយ និងបច្ចេកទេសសាងសង់បណ្ណាល័យបុគ្គល រួមផ្សំជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់អនុញ្ញាតឱ្យការសិក្សាអំពីការបញ្ចេញហ្សែននៅលើមូលដ្ឋានកោសិកាដោយកោសិកា។វាអនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគប្រព័ន្ធកាន់តែស៊ីជម្រៅ និងពេញលេញលើចំនួនកោសិកាដែលស្មុគស្មាញ ដែលក្នុងនោះភាគច្រើនវាជៀសវាងការបិទបាំងភាពខុសធម្មតារបស់ពួកគេ ដោយយកជាមធ្យមនៃកោសិកាទាំងអស់។
ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ កោសិកាមួយចំនួនមិនសមស្របក្នុងការផលិតទៅជាការព្យួរកោសិកាតែមួយទេ ដូច្នេះវិធីសាស្ត្ររៀបចំគំរូផ្សេងទៀត - ការទាញយកស្នូលចេញពីជាលិកាគឺត្រូវការជាចាំបាច់ ពោលគឺស្នូលត្រូវបានស្រង់ចេញពីជាលិកា ឬកោសិកាដោយផ្ទាល់ ហើយរៀបចំទៅជាការព្យួរស្នូលតែមួយសម្រាប់តែមួយ។ លំដាប់កោសិកា។
BMK ផ្តល់សេវាលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយដែលមានមូលដ្ឋានលើ 10 × Genomics ChromiumTM ។សេវាកម្មនេះត្រូវបានគេប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការសិក្សាលើការសិក្សាទាក់ទងនឹងជំងឺ ដូចជា ភាពខុសគ្នានៃកោសិកាភាពស៊ាំ ភាពខុសគ្នានៃដុំសាច់ ការអភិវឌ្ឍន៍ជាលិកាជាដើម។
បន្ទះឈីបប្រតិចារឹកលំហ៖ 10 × ហ្សែន
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វទាំងមូល
ការរៀបចំឡើងវិញនូវហ្សែនទាំងមូល ដែលត្រូវបានគេស្គាល់ថាជា WGS អនុញ្ញាតឱ្យបង្ហាញនូវការផ្លាស់ប្តូរទាំងធម្មតា និងកម្រនៅលើហ្សែនទាំងមូល រួមមាន Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ការបញ្ចូលការលុប (InDel) បំរែបំរួលរចនាសម្ព័ន្ធ (SV) និងបំរែបំរួលលេខចម្លង (CNV) )SVs បង្កើតបានជាផ្នែកធំនៃមូលដ្ឋានបំរែបំរួលជាង SNPs ហើយមានឥទ្ធិពលកាន់តែខ្លាំងលើហ្សែន ដែលមានឥទ្ធិពលយ៉ាងសំខាន់ទៅលើសារពាង្គកាយមានជីវិត។ការអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយូរអនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណបំណែកធំ ៗ និងបំរែបំរួលដ៏ស្មុគស្មាញ ពីព្រោះការអានយូរធ្វើឱ្យវាកាន់តែងាយស្រួលក្នុងការឆ្លងកាត់ក្រូម៉ូសូមលើតំបន់ស្មុគស្មាញដូចជា ការនិយាយឡើងវិញ tandem តំបន់សម្បូរ GC/AT និងតំបន់ hyper-variable ។
វេទិកា៖ Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics ឈរនៅជួរមុខនៃការច្នៃប្រឌិតបែបវិទ្យាសាស្ត្រ ដែលផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ក្រុមអ្នកស្រាវជ្រាវក្នុងការស្វែងយល់ពីគំរូនៃការបញ្ចេញហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញនៅក្នុងជាលិកា ខណៈពេលដែលរក្សាបរិបទទំហំរបស់វា។ក្នុងចំណោមវេទិកាផ្សេងៗ BMKGene បានបង្កើតបន្ទះឈីប BMKManu S1000 Spatial Transcriptome ដោយមានអួតពីដំណោះស្រាយប្រសើរឡើងនៃ 5µM, ឈានដល់ជួរកោសិការង, និងបើកដំណើរការការកំណត់គុណភាពបង្ហាញច្រើនកម្រិត.បន្ទះឈីប S1000 ដែលមានចំនួនប្រមាណ 2 លានកន្លែង ប្រើប្រាស់មីក្រូវ៉េវដែលស្រទាប់ដោយអង្កាំដែលផ្ទុកដោយឧបករណ៍ចាប់សញ្ញាបាកូដតាមលំហ។បណ្ណាល័យ cDNA ដែលសំបូរទៅដោយ spatial barcodes ត្រូវបានរៀបចំពីបន្ទះឈីប S1000 ហើយបន្តបន្ទាប់គ្នានៅលើវេទិកា Illumina NovaSeq ។ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃគំរូបាកូដតាមលំហ និង UMIs ធានានូវភាពត្រឹមត្រូវ និងជាក់លាក់នៃទិន្នន័យដែលបានបង្កើត។គុណលក្ខណៈពិសេសរបស់បន្ទះឈីប BMKManu S1000 គឺស្ថិតនៅក្នុងភាពអាចបត់បែនបានរបស់វា ដោយផ្តល់នូវការកំណត់កម្រិតគុណភាពបង្ហាញច្រើនកម្រិត ដែលអាចត្រូវបានកែតម្រូវយ៉ាងម៉ត់ចត់ទៅនឹងជាលិកា និងកម្រិតនៃព័ត៌មានលម្អិតផ្សេងៗ។ការសម្របខ្លួននេះដាក់បន្ទះឈីបជាជម្រើសដ៏ល្អសម្រាប់ការសិក្សា spatial transcriptomics ចម្រុះ ដែលធានាបាននូវការចង្កោមលំហរច្បាស់លាស់ជាមួយនឹងសំលេងរំខានតិចតួចបំផុត។
ដោយប្រើបន្ទះឈីប BMKManu S1000 និងបច្ចេកវិទ្យា spatial transcriptomics ផ្សេងទៀត អ្នកស្រាវជ្រាវអាចទទួលបានការយល់ដឹងកាន់តែច្បាស់អំពីការរៀបចំលំហនៃកោសិកា និងអន្តរកម្មម៉ូលេគុលដ៏ស្មុគស្មាញដែលកើតឡើងនៅក្នុងជាលិកា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានចំពោះយន្តការដែលស្ថិតនៅក្រោមដំណើរការជីវសាស្រ្តនៅក្នុងវិស័យជាច្រើន រួមទាំង ជំងឺមហារីក សរសៃប្រសាទ ជីវវិទ្យាអភិវឌ្ឍន៍ ភាពស៊ាំ និងការសិក្សារុក្ខសាស្ត្រ។
វេទិកា៖ បន្ទះឈីប BMKManu S1000 និង Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics គឺជាបច្ចេកវិទ្យាទំនើបមួយដែលអនុញ្ញាតឱ្យអ្នកស្រាវជ្រាវស៊ើបអង្កេតគំរូនៃការបញ្ចេញហ្សែននៅក្នុងជាលិកាខណៈពេលដែលរក្សាបរិបទទំហំរបស់វា។វេទិកាដ៏មានអានុភាពមួយនៅក្នុងដែននេះគឺ 10x Genomics Visium គួបផ្សំជាមួយនឹងលំដាប់ Illumina ។គោលការណ៍នៃ 10X Visium ស្ថិតនៅលើបន្ទះឈីបឯកទេសមួយដែលមានតំបន់ចាប់យកដែលបានកំណត់ដែលផ្នែកជាលិកាត្រូវបានដាក់។កន្លែងចាប់យកនេះមានកន្លែងដាក់បាកូដ ដែលនីមួយៗត្រូវគ្នាទៅនឹងទីតាំងលំហតែមួយគត់នៅក្នុងជាលិកា។បន្ទាប់មក ម៉ូលេគុល RNA ដែលចាប់យកពីជាលិកាត្រូវបានដាក់ស្លាកជាមួយឧបករណ៍កំណត់អត្តសញ្ញាណម៉ូលេគុលពិសេស (UMIs) កំឡុងពេលដំណើរការចម្លងបញ្ច្រាស។ចំណុច និង UMIs ដែលមានបាកូដទាំងនេះអនុញ្ញាតឱ្យមានការគូសផែនទីលំហជាក់លាក់ និងបរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែននៅកម្រិតដំណោះស្រាយកោសិកាតែមួយ។ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃគំរូបាកូដតាមលំហ និង UMIs ធានានូវភាពត្រឹមត្រូវ និងជាក់លាក់នៃទិន្នន័យដែលបានបង្កើត។ដោយប្រើបច្ចេកវិទ្យា Spatial Transcriptomics នេះ អ្នកស្រាវជ្រាវអាចទទួលបានការយល់ដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅអំពីការរៀបចំលំហនៃកោសិកា និងអន្តរកម្មម៉ូលេគុលដ៏ស្មុគស្មាញដែលកើតឡើងនៅក្នុងជាលិកា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានចំពោះយន្តការដែលស្ថិតនៅក្រោមដំណើរការជីវសាស្ត្រក្នុងវិស័យជាច្រើន រួមទាំងជំងឺមហារីកវិទ្យា សរសៃប្រសាទ ជីវវិទ្យាអភិវឌ្ឍន៍ ភាពស៊ាំ។ និងការសិក្សារុក្ខសាស្ត្រ។
វេទិកា៖ 10X Genomics Visium និង Illumina NovaSeq
-
ប្រវែងពេញ mRNA Sequencing-Nanopore
ខណៈពេលដែលលំដាប់ mRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ NGS បម្រើជាឧបករណ៍ចម្រុះសម្រាប់ការកំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែន ការពឹងផ្អែករបស់វាលើការអានខ្លីៗដាក់កម្រិតលើប្រសិទ្ធភាពរបស់វាក្នុងការវិភាគការចម្លងស្មុគ្រស្មាញ។ម៉្យាងវិញទៀត ការដាក់លំដាប់ Nanopore ប្រើប្រាស់បច្ចេកវិជ្ជាអានវែង ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានលំដាប់នៃប្រតិចារឹក mRNA ប្រវែងពេញ។វិធីសាស្រ្តនេះជួយសម្រួលដល់ការរុករកយ៉ាងទូលំទូលាយនៃការភ្ជាប់ជំនួស ការបញ្ចូលហ្សែន ការពង្រីកពហុភាព និងបរិមាណនៃ mRNA isoforms ។
លំដាប់ណាណូប៉ូរ ពឹងផ្អែកលើសញ្ញាអគ្គិសនីតាមពេលវេលាពិតនៃម៉ូលេគុល ណាណូប៉ូរ។ដឹកនាំដោយប្រូតេអ៊ីនម៉ូតូ ខ្សែ DNA ពីរខ្សែភ្ជាប់ទៅនឹងប្រូតេអ៊ីន nanopore ដែលបានបង្កប់នៅក្នុង biofilm មួយដោយរំងាប់អារម្មណ៍នៅពេលវាឆ្លងកាត់ឆានែល nanopore ក្រោមភាពខុសគ្នានៃវ៉ុល។សញ្ញាអគ្គិសនីប្លែកៗដែលបង្កើតដោយមូលដ្ឋានផ្សេងគ្នានៅលើខ្សែ DNA ត្រូវបានរកឃើញ និងចាត់ថ្នាក់តាមពេលវេលាជាក់ស្តែង ដែលជួយសម្រួលដល់ការតម្រៀបនុយក្លេអូទីតត្រឹមត្រូវ និងបន្ត។វិធីសាស្រ្តប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិតនេះយកឈ្នះលើដែនកំណត់នៃការអានខ្លីៗ និងផ្តល់នូវវេទិកាថាមវន្តសម្រាប់ការវិភាគហ្សែនដ៏ស្មុគ្រស្មាញ រួមទាំងការសិក្សា transcriptomic ដ៏ស្មុគស្មាញ។
វេទិកា៖ Nanopore Promethion P48
-
លំដាប់ mRNA ប្រវែងពេញ - PacBio
ខណៈពេលដែលការចាត់ថ្នាក់ mRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ NGS គឺជាឧបករណ៍ចម្រុះសម្រាប់កំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែន ការពឹងផ្អែករបស់វាលើការអានខ្លីៗដាក់កម្រិតលើការប្រើប្រាស់របស់វានៅក្នុងការវិភាគ transcriptomic ដ៏ស្មុគស្មាញ។ម៉្យាងវិញទៀត PacBio sequencing (Iso-Seq) ប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យាអានវែង ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានលំដាប់នៃ mRNA transcripts ប្រវែងពេញ។វិធីសាស្រ្តនេះជួយសម្រួលដល់ការរុករកយ៉ាងទូលំទូលាយនៃការភ្ជាប់ជំនួស ការបញ្ចូលហ្សែន និងការបញ្ចូលពហុមុខងារ បើទោះបីជាវាមិនមែនជាជម្រើសចម្បងសម្រាប់ការកំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែនក៏ដោយ ដោយសារតែចំនួនទិន្នន័យខ្ពស់ដែលត្រូវការ។
បច្ចេកវិទ្យាលំដាប់លំដោយ PacBio ពឹងផ្អែកលើការចាត់ថ្នាក់តាមពេលវេលាជាក់ស្តែង (SMRT) ម៉ូលេគុលតែមួយ ដែលផ្តល់នូវអត្ថប្រយោជន៍ដាច់ដោយឡែកក្នុងការចាប់យកប្រតិចារិក mRNA ប្រវែងពេញ។វិធីសាស្រ្តប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិតនេះពាក់ព័ន្ធនឹងការប្រើប្រាស់ឧបករណ៍រលករបៀបសូន្យ (ZMWs) អណ្តូងខ្នាតតូចដែលអាចឱ្យការសង្កេតពេលវេលាជាក់ស្តែងនៃសកម្មភាព DNA polymerase កំឡុងពេលដំណើរការតាមលំដាប់លំដោយ។នៅក្នុង ZMWs ទាំងនេះ DNA polymerase របស់ PacBio សំយោគបណ្តុំនៃ DNA ដែលបំពេញបន្ថែមដោយបង្កើតការអានដ៏វែងដែលលាតសន្ធឹងទាំងមូលនៃប្រតិចារឹក mRNA ។ប្រតិបត្តិការ PacBio នៅក្នុងរបៀប Circular Consensus sequencing (CCS) បង្កើនភាពត្រឹមត្រូវដោយការធ្វើលំដាប់ម៉ូលេគុលដដែលម្តងហើយម្តងទៀត។ការអាន HiFi ដែលបានបង្កើតមានភាពត្រឹមត្រូវអាចប្រៀបធៀបទៅនឹង NGS ដែលរួមចំណែកបន្ថែមទៀតដល់ការវិភាគដ៏ទូលំទូលាយ និងគួរឱ្យទុកចិត្តនៃលក្ខណៈពិសេស transcriptomic ស្មុគស្មាញ។វេទិកា៖ PacBio Sequel II
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
mRNA sequencing ផ្តល់អំណាចដល់ការបង្កើតទម្រង់ដ៏ទូលំទូលាយនៃប្រតិចារឹក mRNA ទាំងអស់នៅក្នុងកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។បច្ចេកវិទ្យាដ៏ទំនើបនេះបម្រើជាឧបករណ៍ដ៏មានអានុភាព ដោយបង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលដែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសាស្ត្រចម្រុះ។ត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការវិភាគគ្លីនិក និងការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ លំដាប់ mRNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីភាពស្មុគស្មាញនៃសក្ដានុពលកោសិកា និងបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq X
-
mRNA Sequencing-Illumina ផ្អែកលើមិនយោង
mRNA sequencing ផ្តល់អំណាចដល់ការបង្កើតទម្រង់ដ៏ទូលំទូលាយនៃប្រតិចារឹក mRNA ទាំងអស់នៅក្នុងកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។បច្ចេកវិទ្យាដ៏ទំនើបនេះបម្រើជាឧបករណ៍ដ៏មានអានុភាព ដោយបង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលដែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសាស្ត្រចម្រុះ។ត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការវិភាគគ្លីនិក និងការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ លំដាប់ mRNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីភាពស្មុគស្មាញនៃសក្ដានុពលកោសិកា និងបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq X
-
ការមិនសរសេរកូដតាមលំដាប់លំដោយ-Illumina
RNAs ដែលមិនសរសេរកូដវែង (lncRNAs) គឺជា RNAs វែងជាង 200 nucleotides ដែលមានសក្តានុពលសរសេរកូដតិចតួច និងជាធាតុសំខាន់នៅក្នុង RNA ដែលមិនសរសេរកូដ។ត្រូវបានរកឃើញនៅក្នុងស្នូល និង cytoplasm RNAs ទាំងនេះដើរតួយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការគ្រប់គ្រង epigenetic, transcriptional និង post-transcriptional ដោយបញ្ជាក់ពីសារៈសំខាន់របស់ពួកគេក្នុងការរៀបចំដំណើរការកោសិកា និងម៉ូលេគុល។LncRNA sequencing គឺជាឧបករណ៍ដ៏មានអានុភាពមួយក្នុងការបែងចែកកោសិកា កោសិកា Ontogenesis និងជំងឺរបស់មនុស្ស។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq
-
លំដាប់ RNA តូច-Illumina
ម៉ូលេគុល RNA តូច (sRNA) ជាធម្មតាមានប្រវែងក្រោម 200 នុយក្លេអូទីត រួមមាន microRNAs (miRNAs) តូច interfering RNAs (siRNAs) និង piwi-interacting RNAs (piRNAs)។ក្នុងចំណោមទាំងនេះ miRNAs ប្រហែល 20-24 nucleotides វែងគឺគួរឱ្យកត់សម្គាល់ជាពិសេសសម្រាប់តួនាទីនិយតកម្មសំខាន់របស់ពួកគេនៅក្នុងដំណើរការកោសិកាផ្សេងៗ។ជាមួយនឹងទម្រង់កន្សោមជាក់លាក់នៃជាលិកា និងដំណាក់កាលជាក់លាក់ miRNAs បង្ហាញពីការអភិរក្សខ្ពស់នៅទូទាំងប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq
-
លំដាប់ CircRNA-Illumina
Circular RNA sequencing (circRNA-seq) គឺដើម្បីបង្ហាញ និងវិភាគ RNAs រាងជារង្វង់ ដែលជាថ្នាក់នៃម៉ូលេគុល RNA ដែលបង្កើតជារង្វិលជុំបិទជិត ដោយសារតែព្រឹត្តិការណ៍ដែលមិនមែនជា canonical splicing ដែលផ្តល់ RNA ទាំងនេះជាមួយនឹងស្ថេរភាពកើនឡើង។ខណៈពេលដែល circRNAs មួយចំនួនត្រូវបានបង្ហាញថាដើរតួជាអេប៉ុង microRNA ចាប់យក microRNAs និងរារាំងពួកគេពីការគ្រប់គ្រង mRNAs គោលដៅរបស់ពួកគេ នោះ circRNAs ផ្សេងទៀតអាចមានអន្តរកម្មជាមួយប្រូតេអ៊ីន កែប្រែការបញ្ចេញហ្សែន ឬមានតួនាទីនៅក្នុងដំណើរការកោសិកា។ការវិភាគកន្សោម circRNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីតួនាទីនិយតកម្មនៃម៉ូលេគុលទាំងនេះ និងសារៈសំខាន់របស់វានៅក្នុងដំណើរការកោសិកាផ្សេងៗ ដំណាក់កាលអភិវឌ្ឍន៍ និងលក្ខខណ្ឌជំងឺ ដែលរួមចំណែកដល់ការយល់ដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅអំពីភាពស្មុគស្មាញនៃបទប្បញ្ញត្តិ RNA នៅក្នុងបរិបទនៃការបញ្ចេញហ្សែន។
-
លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូល - អ៊ីលលូណា
លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូលផ្តល់នូវវិធីសាស្រ្តដ៏ទូលំទូលាយមួយក្នុងការរៀបចំទម្រង់ម៉ូលេគុល RNA ចម្រុះ ដោយរួមបញ្ចូលទាំងការសរសេរកូដ (mRNA) និងមិនសរសេរកូដ RNAs (lncRNA, circRNA និង miRNA) ។បច្ចេកទេសនេះចាប់យកប្រតិចារិកពេញលេញនៃកោសិកាជាក់លាក់នៅពេលណាមួយ ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការយល់ដឹងទូលំទូលាយអំពីដំណើរការកោសិកា។ត្រូវបានគេស្គាល់ផងដែរថាជា "លំដាប់ RNA សរុប" វាមានគោលបំណងបង្ហាញបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិដ៏ស្មុគស្មាញនៅកម្រិតប្រតិចារិក អនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគស៊ីជម្រៅដូចជា RNA endogenous (ceRNA) និងការវិភាគ RNA រួមគ្នា។នេះជាជំហានដំបូងឆ្ពោះទៅរកការកំណត់លក្ខណៈមុខងារ ជាពិសេសក្នុងការស្រាយបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិដែលពាក់ព័ន្ធនឹងអន្តរកម្ម ceRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ circRNA-miRNA-mRNA ។
