BMKCloud Log in
条形 Banner-០៣

ព័ត៌មាន

ការវិវត្តន៍ហ្សែន

PNAS

ប្រភពដើមនៃការវិវត្តន៍ និងប្រវត្តិនៃការចិញ្ចឹមត្រីមាស (Carassius auratus)

PacBio |អ៊ីលីណា |Bionano Genome Map |Hi-C Genome Assembly |ផែនទីហ្សែន |GWAS |RNA-Seq

រំលេច

1.Goldfish genome ត្រូវបានអាប់ដេតជាមួយនឹងកំណែដំឡើងដែលមានគុណភាពខ្ពស់ ដោយបានបោះយុថ្កា 95.75% នៃ contigs ទៅជា 50 pseudochromosomes (Scaffold N50=31.84 Mb) ។ហ្សែនរងពីរត្រូវបានកាត់ផ្តាច់។

2. តំបន់ហ្សែននៃការជ្រើសរើសជ្រើសរើសក្នុងអំឡុងពេលក្នុងស្រុកត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណពីការបន្តទិន្នន័យនៃបុគ្គលចំនួន 201 ដោយបង្ហាញហ្សែនបេក្ខជនជាង 390 ដែលទំនងជាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងលក្ខណៈក្នុងស្រុក។

3.GWAS នៅលើ fin dorsal ក្នុងត្រីមាសក្នុងស្រុកបានបង្ហាញហ្សែនបេក្ខជនចំនួន 378 ដែលអាចមានទំនាក់ទំនង។អ្នកយកព័ត៌មាន tyrosine-protein kinase ត្រូវបានគេកំណត់ថាជាហ្សែនមូលហេតុបេក្ខជនដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងតម្លាភាព

ផ្ទៃខាងក្រោយ

ត្រីមាស (Carassius auratus) គឺជាត្រីចិញ្ចឹមដ៏សំខាន់បំផុតមួយ ដែលត្រូវបានចិញ្ចឹមពីត្រីគល់រាំង crucian នៅក្នុងប្រទេសចិនបុរាណ។ពួកគេត្រូវបានអត្ថាធិប្បាយដោយ Charles Darwin ថា "ឆ្លងកាត់ភាពចម្រុះនៃពណ៌ស្ទើរតែគ្មានទីបញ្ចប់ យើងបានជួបជាមួយនឹងការកែប្រែរចនាសម្ព័ន្ធដ៏អស្ចារ្យបំផុត" ។លក្ខណៈពិសេសដ៏សម្បូរបែប និងប្រវត្តិយូរអង្វែងនៃការចិញ្ចឹម និងបង្កាត់ពូជធ្វើឱ្យត្រីមាសក្លាយជាប្រព័ន្ធគំរូហ្សែនដ៏ល្អសម្រាប់សរីរវិទ្យា និងការវិវត្តន៍របស់ត្រី។

សមិទ្ធិផល

ហ្សែនត្រីមាស

Jការវិភាគលើទិន្នន័យនៃបណ្តុំ PacBio និង Illumina ផ្តល់លទ្ធផលនៃការដំឡើងសេចក្តីព្រាងដំបូង 1.657 G (Contig N50=474 Kb) ។ផែនទីអុបទិក Bionano ត្រូវបានបង្កើត និងកែការជួបប្រជុំគ្នាទៅជាទំហំ 1.73 Gb (ទំហំហ្សែនប៉ាន់ស្មាន៖ 1.8 Gb)។ការជួបប្រជុំគ្នាដែលមានមូលដ្ឋានលើ Hi-C បានធ្វើឱ្យប្រសើរឡើងបន្ថែមទៀតនូវរន្ទា N50 ពី 606 Kb ទៅ 31.84 Mb និងសម្រេចបាន 95.75% (1.65 Gb) តម្រង់ទិស និងអត្រាយុថ្កា។ហ្សែននេះមាន 56,251 ហ្សែនសរសេរកូដ និង 10,098 ប្រតិចារិកមិនសរសេរកូដវែង។លើសពីនេះទៅទៀត តំបន់កណ្តាលដែលមានសក្តានុពលចំនួន 38 ត្រូវបានព្យាករណ៍ក្នុងចំណោមក្រូម៉ូសូមចំនួន 50 ។

newshighlights-pnas-goldfish-fig1

រូបភាពទី 1 ហ្សែនត្រីមាស

Tសំណុំហ្សែនរងច្បាស់លាស់មួយត្រូវបានកំណត់នៅក្នុងក្រូម៉ូសូមត្រីមាសចំនួន 50 ដែលបណ្តាលមកពីព្រឹត្តិការណ៍បង្កាត់ពូជបុរាណ។សំណុំនៃក្រូម៉ូសូមដែលមានសមាមាត្រខ្ពស់ជាងនៃការអានដែលតម្រឹមរវាងត្រីមាស និង Barbinae ត្រូវបានកំណត់ថាជា subgenome A (ChrA01~A25) ពោលគឺ subgenome ទូទៅចំពោះ Barbinae និងនៅសល់ជា subgenome B (ChrB01~B25)។

ការរើសអើងក្នុងស្រុក និងជ្រើសរើស

Aត្រីគល់រាំងប្រភេទសត្វព្រៃសរុបចំនួន 16 ប្រភេទ និងប្រភេទត្រីមាសតំណាងចំនួន 185 ក្បាលគឺជាលំដាប់បន្តបន្ទាប់គ្នាជាមួយនឹងជម្រៅនៃការបន្តគ្នាជាមធ្យមប្រហែល 12.5X ដែលបង្កើតទិន្នន័យ 4.3 terabases ។ការកសាងឡើងវិញនូវរូបវិទ្យា និងការវិភាគ PCA បានបញ្ជាក់ពីទំនាក់ទំនងជិតស្និទ្ធរវាងត្រីមាសធម្មតា និងត្រីគល់រាំង crucian ជាងត្រីមាសផ្សេងទៀត ដែលក្រោយមកបានបែងចែកជាពីរពូជ។

newshighlights-pnas-goldfish-fig2-1-1024x287

Lការវិភាគការពុកផុយរបស់ D លើចំនួនប្រជាជនរងចំនួន 4 ខាងលើបានគាំទ្រដល់អត្ថិភាពនៃបញ្ហាហ្សែនរបស់ប្រជាជនក្នុងអំឡុងពេលចិញ្ចឹម និងការជ្រើសរើសសិប្បនិម្មិតដ៏រឹងមាំនៅក្នុងត្រីមាស។ការបង្កើនភាពចម្រុះនៃហ្សែន (π) ពីត្រីគល់រាំង crucian ទៅត្រីមាសធម្មតា បន្ថែមទៀតទៅកាន់ត្រីមាស Wen និងត្រីមាសពងបានបង្ហាញពីការប្រមូលផ្តុំយ៉ាងសំខាន់នៃការប្រែប្រួលហ្សែនក្នុងអំឡុងពេលចិញ្ចឹមរបស់ពួកគេ។តំបន់ហ្សែនជ្រើសរើសចំនួន 50 ដែលគ្របដណ្តប់លើ 25.2 Mb និងហ្សែន 946 ត្រូវបានរកឃើញពីទិន្នន័យតំណាង (33 goldfish និង 16 crucian crap)។ការពង្រីកការវិភាគដល់បុគ្គល 201 នាក់ 393 ហ្សែនបានបង្ហាញពីតំបន់នៃការជ្រើសរើសដែលបានបញ្ចប់។ហ្សែនទាំងនេះត្រូវបានរកឃើញនៃភាពចម្រុះទាប ដែលទំនងជាបានរួមចំណែកដល់ phenotypes ដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងលក្ខណៈក្នុងស្រុកសំខាន់ៗនៅក្នុងត្រីមាស។

newshighlights-pnas-goldfish-fig3-1024x451

រូបភាពទី 3 ការវិភាគទាក់ទងនឹងការបង្កាត់ពូជក្នុងប្រទេសធំទូលាយ

GWAS លើត្រីមាសក្នុងស្រុក

Dព្រុយ​មាត់​គឺជា​លក្ខណៈ​សំខាន់​មួយ​ដែល​សម្គាល់​ត្រី​មាស Wen ពី​ត្រី​ពង​មាស។GWAS នៃ fin dorsal លើ 96 Wen goldfish និង 87 Egg goldfish បានបង្ហាញហ្សែនបេក្ខជនចំនួន 378 ដែលរីករាលដាលនៅទូទាំង 13 chromosomes និងការចែកចាយមិនស្មើគ្នានៃហ្សែនទាំងនេះរវាង subgenomes ត្រូវបានគេសង្កេតឃើញ។ការវិភាគមុខងារលើហ្សែនបេក្ខជនទាំងនេះបានគូសបញ្ជាក់ពីដំណើរការជីវសាស្រ្ត រួមមាន "ការទទួលសញ្ញាលើផ្ទៃកោសិកា", "ការដឹកជញ្ជូនភ្នាស", "ការអភិវឌ្ឍន៍ប្រព័ន្ធគ្រោងឆ្អឹង" ជាដើម។

newshighlights-pnas-goldfish-fig4-1024x353

Fig.4 GWAS នៃព្រុយខ្នងនៅលើត្រីមាសក្នុងស្រុក

In GWAS នៃលក្ខណៈដែលទាក់ទងនឹងមាត្រដ្ឋានតម្លាភាព កំពូលសមាគមដ៏រឹងមាំតែមួយត្រូវបានរកឃើញ។ហ្សែនដែលអ៊ិនកូដអ្នកទទួល tyrosine-protein kinase ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណនៅក្នុងតំបន់បេក្ខជនមួយ។

newshighlights-pnas-goldfish-fig5-1024x271

Fig.5 GWAS នៃលក្ខណៈដែលទាក់ទងនឹងមាត្រដ្ឋានថ្លា

ឯកសារយោង

Cមេមាន់ D et al ។ប្រភពដើមនៃការវិវត្តន៍ និងប្រវត្តិនៃការចិញ្ចឹមត្រីមាស (Carassius auratus)។PNAS (2020)

ព័ត៌មាន  មានគោលបំណងចែករំលែកករណីជោគជ័យចុងក្រោយបង្អស់ជាមួយ Biomarker Technologies ដោយចាប់យកសមិទ្ធផលវិទ្យាសាស្ត្រប្រលោមលោក ក៏ដូចជាបច្ចេកទេសលេចធ្លោដែលបានអនុវត្តក្នុងអំឡុងពេលសិក្សា។


ពេលវេលាផ្សាយ៖ មករា-០៤-២០២២

ផ្ញើសាររបស់អ្នកមកយើង៖