BMKCloud Log in
条形 Banner-០៣

ព័ត៌មាន

ការវិវត្តន៍ហ្សែន

ធម្មជាតិ
ទំនាក់ទំនង

លំដាប់ហ្សែនបង្ហាញពីផ្លូវបែកខ្ញែកជាសាកល និងណែនាំការសម្របខ្លួនហ្សែនបញ្ចូលគ្នានៅក្នុងការវិវត្តន៍សេះសមុទ្រ

PacBio |អ៊ីលីណា |សួស្តី-C |WGS |តំណពូជ |ប្រវត្តិប្រជាសាស្រ្ត |លំហូរហ្សែន

Pacbio sequencing, genome de novo assembly និងសេវាកម្មចំណារពន្យល់ត្រូវបានផ្តល់ដោយ Biomarker Technologies ។

គំនួសពណ៌

1. ហ្សែនសេះសមុទ្រកម្រិតក្រូម៉ូសូមដែលមានគុណភាពខ្ពស់ (Hippocampus erectus) ដែលមាន contig N50 នៃ 15.5 Mb ត្រូវបានទទួល។

2.A សរុបនៃ 358 genomes ពី 21 ប្រភេទសត្វសេះសមុទ្រទូទាំងពិភពលោកត្រូវបានបន្ត។

3. សេះសមុទ្របានវិវត្តន៍នៅចុង Oligocene និងផ្លូវធ្វើអាណានិគមពិភពលោកជាបន្តបន្ទាប់ត្រូវបានកំណត់ និងភ្ជាប់ទៅនឹងការផ្លាស់ប្តូរថាមវន្តនៅក្នុងចរន្តទឹកសមុទ្រ និងការបើកផ្លូវសមុទ្រស្លេក។

4. មូលដ្ឋានហ្សែននៃ phenotype ប្រែប្រួល "ឆ្អឹងខ្នង" ដែលកើតឡើងដដែលៗត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ទៅនឹងការជំនួសដោយឯករាជ្យនៅក្នុងហ្សែនអភិវឌ្ឍន៍ដ៏សំខាន់មួយ។

5. ការជិះទូកតាមចរន្តទឹកសមុទ្រផ្តល់សំណងដល់ការបែកខ្ចាត់ខ្ចាយមិនល្អ និងការសម្របខ្លួនយ៉ាងឆាប់រហ័ស ជួយសម្រួលដល់ការធ្វើអាណានិគមលើជម្រកថ្មី

សមិទ្ធិផល

seahouse-fig-1

រូបភាពទី 1 ភាពចម្រុះនៃហ្សែន និងទំនាក់ទំនងសរីរវិទ្យានៃគំរូសេះសមុទ្រចំនួន 358

ទីតាំងគំរូភូមិសាស្ត្រសម្រាប់សេះសមុទ្រដែលបានយកគំរូជាមួយនឹងគំរូនៃភាពចម្រុះនុយក្លេអូទីត (π) នៃប្រភេទសេះសមុទ្រទាំង 21 ប្រភេទឆ្លងកាត់ក្រូម៉ូសូមចំនួន 22 ។b ដើមឈើក្បែរខាងដែលសាងសង់ដោយ SNPs ធំទូលាយនៃហ្សែន 358 សេះ។និមិត្តសញ្ញាម្ជុលទីតាំងនៅក្នុង (a) និងផ្ទៃខាងក្រោយសាខានៅក្នុង (b) ត្រូវគ្នានឹងគ្នាទៅវិញទៅមក។

seahouse-fig-2-1024x720

រូបភាពទី 2 អាណានិគម និងប្រវត្តិប្រជាសាស្រ្តនៃសេះសមុទ្រ

ការប៉ាន់ប្រមាណមែកធាង Phylogenetic និងពេលវេលាខុសគ្នាសម្រាប់សេះសមុទ្រចំនួន 21 ប្រភេទ។កម្រាស់​បន្ទាត់​សាខា​ត្រូវ​គ្នា​នឹង​ការ​ប៉ាន់​ប្រមាណ​ទំហំ​ប្រជាជន (Ne) ហើយ​ពណ៌​បង្ហាញ​ពី​ជួរ​ផ្សេង​គ្នា។និមិត្តសញ្ញា I-III បង្ហាញពីចំណុចក្រិត។b–d ព្យាករណ៍ផ្លូវអាណានិគម (ព្រួញពណ៌) នៃសេះសមុទ្រ ដោយផ្អែកលើពេលវេលាខុសគ្នា ការចែកចាយ ព្រឹត្តិការណ៏ប្រែប្រួល និងចរន្តទឹកសមុទ្រ (ព្រួញពណ៌ស)។b ប្រជុំកោះឥណ្ឌូ-អូស្ត្រាលី គឺជាមជ្ឈមណ្ឌលនៃប្រភពដើម (ការសម្គាល់ពណ៌ក្រហម) នៃពពួក Hippocampus មុនពេលសេះសមុទ្របានធ្វើពិពិធកម្ម និងបែកខ្ញែកជាសាកល 18-23 Ma ។c សេះសមុទ្រដំបូងបានធ្វើអាណានិគមលើមហាសមុទ្រអាត្លង់ទិកតាមរយៈការបើកផ្លូវសមុទ្រ Tethyan ដែលបន្ទាប់ពីការបិទរបស់វា (ព្រឹត្តិការណ៍ស្ថានីយក្នុងអំឡុងពេល 7-13 Ma) បានបំបែកពូជពង្ស Tethyan នេះចេញពីត្រកូលបងប្អូននៅមហាសមុទ្រឥណ្ឌា។ក្រោយមកទៀត បានធ្វើពិពិធកម្មយ៉ាងឆាប់រហ័ស (ការសម្គាល់ពណ៌លឿង) នៅក្នុងសមុទ្រអារ៉ាប់ ដោយបង្កើតមជ្ឈមណ្ឌលទីពីរនៃការធ្វើពិពិធកម្មសេះសមុទ្រ។d ព្រឹត្តិការណ៍អាណានិគមលើសេះសមុទ្រលើកទីពីរនៃមហាសមុទ្រអាត្លង់ទិកបានកើតឡើងពីមហាសមុទ្រឥណ្ឌាប្រហែល 5Ma ដោយឆ្លងកាត់ចុងអាហ្វ្រិកខាងត្បូង ហើយទីបំផុតបានមកដល់មហាសមុទ្រប៉ាស៊ីហ្វិកខាងកើតតាមរយៈផ្លូវសមុទ្រប៉ាណាម៉ាដែលនៅតែបើកចំហប្រហែល 3.6 Ma ។

seahouse-fig-3-1024x563

រូបភាពទី 3 លំហូរហ្សែន និងការប្រែប្រួលនៃទំហំប្រជាជនដែលមានប្រសិទ្ធភាព

លំហូរហ្សែនត្រូវបានរកឃើញរវាងប្រភេទសត្វដែលរស់នៅមហាសមុទ្រអាត្លង់ទិកខាងត្បូង។លំហូរហ្សែនត្រូវបានបង្ហាញនៅជិតបន្ទាត់ពណ៌សដែលជាអត្រាការធ្វើចំណាកស្រុកកាត់ដោយ G-PhoCS ។កម្រាស់ និងទិសដៅនៃព្រួញត្រូវគ្នាទៅនឹងអត្រា និងទិសដៅនៃលំហូរហ្សែនរៀងៗខ្លួន។b ការប្រែប្រួលនៃទំហំប្រជាជនប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាពដោយ PSMC ។អ័ក្ស x តំណាងឱ្យពេលវេលានៅក្នុងប៉ុន្មានឆ្នាំមុនពេលបច្ចុប្បន្ន ខណៈដែលអ័ក្ស y តំណាងឱ្យទំហំប្រជាជនដែលមានប្រសិទ្ធភាព។តារាងត្រូវបានរៀបចំជាចម្បងយោងទៅតាមការចែកចាយភូមិសាស្ត្រសម្រាប់ប្រភេទនីមួយៗដែលមានតំបន់ចែកចាយខុសៗគ្នា។c ការផ្លាស់ប្តូរកម្រិតទឹកសមុទ្រក្នុងអំឡុងពេល 1 លានឆ្នាំមុនគិតជាម៉ែត្រ 33 ។បន្ទាត់ពណ៌លឿងបង្ហាញពីកំពូលអន្តរក្រិចសកលចុងក្រោយ ខណៈដែលស្រមោលពណ៌ខៀវបង្ហាញពីរយៈពេលអតិបរមានៃទឹកកកចុងក្រោយ។

seahouse-fig-4

រូបភាពទី 4 ការវិវត្តនៃឆ្អឹងខ្នង។

ខាងឆ្វេង មែកធាងប្រភេទដែលបង្ហាញពីការវិវត្តន៍ឯករាជ្យនៃឆ្អឹងខ្នងនៅក្នុងសេះសមុទ្រ។ប្រវែងសាខាបង្ហាញពីចំនួននៃការជំនួសក្នុងមួយកន្លែង។ប្រភេទសត្វសេះសមុទ្រចំនួនបួនត្រូវបានបន្លិចពណ៌ខៀវ។សាខាដែលក្រាស់ជាងនេះត្រូវគ្នាទៅនឹងអត្រាខ្ពស់ជាងនៃការជំនួសដែលមិនមានន័យដូចទៅសទិសន័យ (dN/dS) សម្រាប់ហ្សែន bmp3 ។ការធ្វើតេស្ត Canonical និងទូទៅ McDonald និង Kreitman (MKT) សម្រាប់ហ្សែន bmp3 ត្រូវបានអនុវត្តសម្រាប់ប្រភេទបងប្អូនស្រីបីគូដែលមានលក្ខណៈពិសេសប្លែកពីគ្នា និងមិនមានឆ្អឹងខ្នងដែលត្រូវបានរំលេចដោយពណ៌ផ្ទៃខាងក្រោយ ដែលកម្រិតសារៈសំខាន់របស់វាត្រូវបានចង្អុលបង្ហាញដោយតម្លៃ p ជាមួយនឹងពុម្ពអក្សរពណ៌ខៀវ និងក្រហមរៀងគ្នា។ត្រឹមត្រូវ ការប្រៀបធៀបនៃការជំនួសអាស៊ីតអាមីណូនៅក្នុងប្រូតេអ៊ីន bmp3 ការជំនួសប៉ូលីម័រហ្វីក និងការជំនួសថេរនៅក្នុងសេះសមុទ្រឆ្អឹងខ្នងត្រូវបានចង្អុលបង្ហាញដោយរង្វង់ពណ៌ក្រហម និងពណ៌ខៀវរៀងគ្នា។b ការចែកចាយតម្លៃ dN/dS ក្នុង bmp3 នៅក្នុងសេះសមុទ្រដែលមានឆ្អឹងខ្នងធៀបនឹងប្រភេទសត្វដែលមិនមានឆ្អឹងខ្នង។c ការវិវត្តន៍ឯករាជ្យនៅក្នុងមែកធាង phylogenetic បង្កើតឡើងវិញសម្រាប់ប្រូតេអ៊ីនដែលបានអ៊ិនកូដដោយ bmp3 ។d Whole-mount in situ hybridization of bmp3 in Hippocampus erectus.

ឯកសារយោង

Li C et al ។លំដាប់ហ្សែនបង្ហាញពីផ្លូវបែកខ្ញែកជាសាកល និងណែនាំការសម្របខ្លួននៃហ្សែនរួមគ្នាក្នុងការវិវត្តន៍សេះសមុទ្រ។ណាត ខុម.ឆ្នាំ 2021 ខែកុម្ភៈ 17;12(1):1094។

ព័ត៌មាន និង​ចំណុច​សំខាន់ មានគោលបំណងចែករំលែកករណីជោគជ័យចុងក្រោយបង្អស់ជាមួយ Biomarker Technologies ដោយចាប់យកសមិទ្ធិផលវិទ្យាសាស្ត្រប្រលោមលោក ក៏ដូចជាបច្ចេកទេសលេចធ្លោដែលបានអនុវត្តក្នុងអំឡុងពេលសិក្សា។


ពេលវេលាផ្សាយ៖ មករា-០៦-២០២២

ផ្ញើសាររបស់អ្នកមកយើង៖