GWAS
ចំណងជើង៖ ការបន្តហ្សែនទាំងមូលបង្ហាញពីប្រភពដើម Brassica napus និងទីតាំងហ្សែនពាក់ព័ន្ធនឹងការកែលម្អរបស់វា
ទិនានុប្បវត្តិ៖ ទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ
NGS |WGS |បន្តបន្ទាប់គ្នា |GWAS |ប្រតិចារិក |RNAseq |Brassica napus |ការវិវត្តន៍ |ក្នុងស្រុក
នៅក្នុងការសិក្សានេះ Biomarker Technologies បានផ្តល់សេវាកម្មលើលំដាប់ NGS ក៏ដូចជាជំនួយបច្ចេកទេសលើការវិភាគជីវព័ត៌មានវិទ្យាលើទិន្នន័យលំដាប់លំដោយ។
ផ្ទៃខាងក្រោយ
Brassica napus(rapeseed) គឺជាដំណាំគ្រាប់ពូជប្រេងដ៏សំខាន់ និងជាគំរូដ៏ល្អសម្រាប់ការស៊ើបអង្កេតដំណើរការនៃ polyploid speciation ការវិវត្តន៍ និងការជ្រើសរើស។ទោះបីជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ថាតើប្រភេទសត្វព្រៃ ឬម្ចាស់ជំនួយក្នុងស្រុក គឺជាពូជពង្សមាតាបិតា និងហ្សែនដែលរួមចំណែកដល់ការចិញ្ចឹមសត្វ និងការកែលម្អពូជសត្វល្មូនមិនទាន់ដឹងនៅឡើយ។
សំភារៈនិងវិធីសាស្រ្ត
សម្ភារ:៥៨៨B. napusការចូលជាសមាជិកត្រូវបានចូលរួមនៅក្នុងការសិក្សានេះ រួមទាំង 466 មកពីអាស៊ី 102 មកពីអឺរ៉ុប 13 មកពីអាមេរិកខាងជើង និង 7 មកពីអូស្ត្រាលី។ដោយផ្អែកលើកំណត់ត្រាទម្លាប់នៃការលូតលាស់ សម្ភារៈទាំងនេះត្រូវបានបែងចែកទៅជា 3 ប្រភេទអេកូ។និទាឃរដូវ (86 ការចូលប្រើ) រដូវរងារ (74 ការចូលប្រើ) និងពាក់កណ្តាលរដូវរងា (428 ចូល) ។
លំដាប់លំដោយ៖ជាមធ្យមប្រហែល។5 × (ចាប់ពី 3.37 × ដល់ 7.71 ×)
វេទិកាលំដាប់លំដោយ៖Illumina Hiseq 4000
ផលិតកម្មទិន្នន័យ៖ទិន្នន័យស្អាត 4.03 Tb
ការហៅទូរសព្ទ SNP៖BWA + GATK ។5,294,158 SNPs និង 1,307,151 InDels ត្រូវបានទទួល។
លទ្ធផល
ប្រភពដើមនៃ B. napus
B. napussubgenome មួយបានវិវត្តពីបុព្វបុរសនៃ turnip អឺរ៉ុប។ព្រឹត្តិការណ៍លំហូរហ្សែនពី turnip អឺរ៉ុបទៅB. napus ហ្សែនរងមួយបានកើតឡើង ~ 106-1170 ឆ្នាំមុន។B. napusC subgenome ប្រហែលជាមានការវិវត្តន៍ពីបុព្វបុរសទូទៅនៃត្រកូលទាំងនេះ។បុព្វបុរសរបស់B. napusបំបែកចេញពីបុព្វបុរសទូទៅនៃប្រភេទរង B. oleracea ចំនួនបួន ដោយមានហ្សែនថ្មីៗហូរចូលB. napus~ 108-898 ឆ្នាំមុន។B. napusC subgenome មានប្រភពដើមស្មុគស្មាញជាង A subgenome ។ឧបសគ្គដ៏រឹងមាំមួយត្រូវបានបង្កើតឡើងនៅក្នុងហ្សែនរងទាំងពីរក្នុងអំឡុងពេលB. napusការវិវត្តន៍។រដូវរងានិងពាក់កណ្តាលរដូវរងាB. napusអេកូប្រភេទបានផ្លាស់ប្តូរ ~ 60 ឆ្នាំមុន ចំណែករដូវរងា និងរដូវផ្ការីកB. napusបានផ្លាស់ប្តូរ ~ 416 ឆ្នាំមុន និងគ្រាប់ប្រេង និងមិនមែនប្រេងB. napusបានផ្លាស់ប្តូរ ~ 277 ឆ្នាំមុន។
រូបភាពទី 2 រចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជននៃ 588 B. ការចូលប្រើ napus និង 199 នៃ B. rapa accessions ។
រូបភាពទី 3 រចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជននៃ 588 B. ការចូលប្រើ napus និង 119 នៃ B. oleracea accessions
សញ្ញានៃការជ្រើសរើស និងការសិក្សាអំពីសមាគមជុំវិញហ្សែន។
ក្នុងដំណាក់កាលដំបូងនៃការធ្វើឱ្យប្រសើរឡើង (FSI) ភាពចម្រុះនៃហ្សែនកាន់តែច្រើនត្រូវបានបាត់បង់នៅក្នុងប្រភេទរង B. napus C ជាងនៅក្នុងប្រភេទរង A ។ភាពខុសគ្នានៃហ្សែនបានកើតឡើងក្នុងអំឡុងពេល FSI ជាងក្នុងដំណាក់កាលទីពីរនៃការកែលម្អ (SSI)។ហ្សែននៅក្នុងតំបន់សញ្ញាជ្រើសរើស SSI ត្រូវបានពង្រឹងនៅក្នុងការអត់ធ្មត់ភាពតានតឹង ការអភិវឌ្ឍន៍ និងផ្លូវមេតាបូលីស។60 loci ត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់យ៉ាងខ្លាំងជាមួយនឹងលក្ខណៈគោលដៅ 10 រួមទាំង 5 ទាក់ទងនឹងទិន្នផលគ្រាប់ពូជ ប្រវែង 3 ទៅ silique 4 ទៅមាតិកាប្រេង និង 48 ចំពោះគុណភាពគ្រាប់ពូជត្រូវបានគេកំណត់អត្តសញ្ញាណ។
រូបទី 4 ការស្កែនហ្រ្វូណូម និងចំណារពន្យល់នៃតំបន់ដែលបានជ្រើសរើសអំឡុងពេល SSI នៃ B. napus
ការវិភាគប្រតិចារិក
ទិន្នន័យ RNAseq នៃជាលិកាចំនួន 11 ពីពូជដែលមានជាតិប្រេងខ្ពស់ និងពូជទាបពីរដង និងពូជដែលមានជាតិប្រេងទាប និងពូជខ្ពស់ពីរដងបានកំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែនដែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសំយោគ glucosinolate ត្រូវបានតំណាងយ៉ាងខ្លាំង។
រូបទី 5 ទិដ្ឋភាពទូទៅនៃបទប្បញ្ញត្តិនៃពេលវេលាចេញផ្កាក្រោមការជ្រើសរើសការកែលម្អ ecotype នៃ B. napus
ការពិភាក្សា
ការសិក្សានេះបានផ្តល់នូវធនធានដ៏មានតម្លៃសម្រាប់ការយល់ដឹងពីប្រភពដើម និងប្រវត្តិនៃការកែលម្អB. napusហើយនឹងជួយសម្រួលដល់ការបំបែកនៃមូលដ្ឋានហ្សែននៃលក្ខណៈស្មុគ្រស្មាញ agronomic សំខាន់ៗ។SNPs សំខាន់ៗដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងវ៉ារ្យ៉ង់អំណោយផល សញ្ញាជ្រើសរើស និងហ្សែនបេក្ខជននឹងរួមចំណែកយ៉ាងច្រើននាពេលអនាគត ជាពិសេសក្នុងការកែលម្អទិន្នផល គុណភាពគ្រាប់ពូជ មាតិកាប្រេង និងការសម្របខ្លួននៃដំណាំ allopolyploid ថ្មីៗនេះ និងសាច់ញាតិរបស់វា។
ឯកសារយោង
ការបន្តហ្សែនទាំងមូលបង្ហាញពីប្រភពដើម Brassica napus និងទីតាំងហ្សែនពាក់ព័ន្ធនឹងការកែលម្អរបស់វា [J] ។ទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ, 2019, 10(1).
ព័ត៌មាន និងចំណុចសំខាន់ មានគោលបំណងចែករំលែកករណីជោគជ័យចុងក្រោយបង្អស់ជាមួយ Biomarker Technologies ដោយចាប់យកសមិទ្ធិផលវិទ្យាសាស្ត្រប្រលោមលោក ក៏ដូចជាបច្ចេកទេសលេចធ្លោដែលបានអនុវត្តក្នុងអំឡុងពេលសិក្សា។
ពេលវេលាផ្សាយ៖ ០៥-មករា-២០២២