តម្រូវការហ្សែនទាំងមូល
ការត្រួតពិនិត្យហ្សែននៃ SARS-CoV-2 បង្ហាញពីវ៉ារ្យ៉ង់នៃការលុប Nsp1 ដែលកែប្រែការឆ្លើយតបប្រភេទ I interferon
ណាណូប៉ឺ |អ៊ីលីណា |ការបន្តហ្សែនទាំងមូល |មេតាណមិច |RNA-Seq |សាំងហ្គឺ
Biomarker Technologies បានផ្តល់ការគាំទ្រផ្នែកបច្ចេកទេសលើការតម្រៀបគំរូនៅក្នុងការសិក្សានេះ។
រំលេច
1.SARS-CoV-2 លំដាប់ហ្សែន និងការវិភាគ phylognetic កំណត់អត្តសញ្ញាណការផ្លាស់ប្តូរកើតឡើងវិញចំនួន 35 រួមទាំង 31 SNPs និង 4 Indels ។
2.ការផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹង 117 phenotypes គ្លីនិកបង្ហាញពីសក្តានុពល
ការផ្លាស់ប្តូរសំខាន់ៗ។
∆500-532 នៅក្នុងតំបន់សរសេរកូដ Nsp1 ទាក់ទងជាមួយមេរោគទាប
3. ផ្ទុកនិងសេរ៉ូម IFN-β។
4. Viral isolates ជាមួយនឹងការផ្លាស់ប្តូរ ∆500-532 ធ្វើឱ្យ IFN-I ទាបជាង
ប្រតិកម្មនៅក្នុងកោសិកាដែលឆ្លង។
ការរចនាពិសោធន៍
សមិទ្ធិផល
1. ការតាមដានជំងឺរាតត្បាត និងហ្សែនកូវីដ-១៩
ទិន្នន័យគ្លីនិកត្រូវបានប្រមូលនៅក្នុងខេត្តស៊ីឈួន ប្រទេសចិន ឆ្លងកាត់រយៈពេលនៃការផ្ទុះឡើងចាប់ពីថ្ងៃទី 22 ខែមករា ឆ្នាំ 2020 ដល់ថ្ងៃទី 20 ខែកុម្ភៈ ឆ្នាំ 2020។ សរុបចំនួន 538 ករណី COVID-19 ត្រូវបានបញ្ជាក់ដោយការធ្វើតេស្ត qPCR នៅក្នុងខេត្តស៊ីឈួន ដែល 28.8% មកពីខេត្ត។ រាជធានី។ករណីដែលបានបញ្ជាក់ក្នុងខេត្តស៊ីឈួនបានកើនឡើងយ៉ាងខ្លាំងរហូតដល់កម្រិតកំពូលនៅថ្ងៃទី ៣០ ខែមករា។ដូចគ្នានេះផងដែរ ទិន្នន័យដែលបានគាំទ្រថាការឃ្លាតឆ្ងាយពីសង្គមអាចជាកត្តាសំខាន់ក្នុងការទប់ស្កាត់ការរីករាលដាលនៃមេរោគ។
រូបភាពទី 1. ការសិក្សាអំពីរោគរាតត្បាតនៃ COVID-19 នៅក្នុងខេត្ត Sichuan ប្រទេសចិន
2. ការបង្កើតហ្សែន និងការកំណត់អត្តសញ្ញាណវ៉ារ្យ៉ង់ SARS-CoV-2
ជាមួយនឹងការពង្រីក PCR multiplex បន្តដោយ nanopore sequencing ហ្សែនសរុបចំនួន 310 ជិត ឬដោយផ្នែកពេញលេញពីអ្នកជំងឺ 248 នាក់ត្រូវបានបង្កើតដោយប្រហាក់ប្រហែល។80% នៃហ្សែនដែលគ្របដណ្តប់ដោយ 10 អាន (ជម្រៅមធ្យម: 0.39 M អានក្នុងមួយគំរូ) ។
រូបភាពទី 2. ភាពញឹកញាប់នៃវ៉ារ្យ៉ង់នីមួយៗនៅក្នុងក្រុមស៊ីឈួន
SNPs សរុបចំនួន 104 និង 18 Indels ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណពីហ្សែន SARS-CoV-2 ដែលក្នុងនោះ 31 SNPs និង 4 Indels ត្រូវបានកំណត់ថាជាហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗ។ដោយការប្រៀបធៀបពួកវាជាមួយនឹងគំរូចំនួន 169 ពីទីក្រុង Wuhan និងជាមួយនឹង 81,391 លំដាប់ហ្សែនសាធារណៈដែលមានគុណភាពខ្ពស់នៅក្នុង GISAID នោះ 29 ក្នុងចំណោម 35 វ៉ារ្យ៉ង់ដែលបានរកឃើញបង្ហាញនៅក្នុងទ្វីបផ្សេងទៀត។គួរកត់សម្គាល់ថាវ៉ារ្យ៉ង់ចំនួន 4 រួមមាន ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 និង T13243C ត្រូវបានរកឃើញតែនៅក្នុងស៊ីឈួន និងវូហាន ហើយអវត្តមានក្នុងទិន្នន័យ GISAID ដែលបង្ហាញថាវ៉ារ្យ៉ង់ទាំងនេះទំនងជាត្រូវបានកែលម្អពីទីក្រុងវូហាន ដែលឆ្លើយតបទៅនឹង កំណត់ត្រាការធ្វើដំណើររបស់អ្នកជំងឺ។
ការវិភាគការវិវត្តន៍ជាមួយនឹងវិធីសាស្រ្តលទ្ធភាពអតិបរមា (ML) និងវិធីសាស្រ្តនាឡិកាម៉ូលេគុល Bayesian ត្រូវបានដំណើរការលើមេរោគថ្មីចំនួន 88 មកពីខេត្តស៊ីឈួន និង 250 ហ្សែនដែលបានរៀបចំពីតំបន់ផ្សេងទៀត។ហ្សែនដែលមាន ∆500-532 (ការលុបនៅក្នុងតំបន់សរសេរកូដ Nsp1) ត្រូវបានគេរកឃើញចែកចាយយ៉ាងតិចនៅក្នុងមែកធាង phylogenetic ។ការវិភាគ Haplotype លើវ៉ារ្យ៉ង់ Nsp1 បានកំណត់អត្តសញ្ញាណ 5 ក្នុងចំណោមពួកគេមកពីទីក្រុងជាច្រើន។លទ្ធផលទាំងនេះបានបង្ហាញថា ∆500-532 បានកើតឡើងនៅក្នុងទីក្រុងជាច្រើន ហើយអាចត្រូវបាននាំចូលច្រើនដងពី Wuhan ។
រូបភាពទី 2. វ៉ារ្យ៉ង់ហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗ និងការវិភាគជីវសាស្ត្រនៅក្នុងហ្សែន SARS-CoV-2
3. សមាគមនៃការប្រែប្រួលហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗជាមួយនឹងផលប៉ះពាល់គ្លីនិក
117 phenotypes គ្លីនិកត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងភាពធ្ងន់ធ្ងរនៃ COVID-19 ដែល 19 phenotypes ទាក់ទងនឹងភាពធ្ងន់ធ្ងរត្រូវបានចាត់ថ្នាក់ទៅជាលក្ខណៈធ្ងន់ធ្ងរ និងមិនធ្ងន់ធ្ងរ។ទំនាក់ទំនងរវាងលក្ខណៈទាំងនេះ និងប្រភេទហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗចំនួន 35 ត្រូវបានបំប្លែងនៅក្នុងផែនទីកំដៅទ្វេ។ការវិភាគលើចំណាត់ថ្នាក់ដូច GSEA បានបង្ហាញថា ∆500-532 មានទំនាក់ទំនងអវិជ្ជមានជាមួយ ESR, សេរ៉ូម IFN-β និងCD3+CD8+ T cell ចំនួននៅក្នុងឈាម។លើសពីនេះទៅទៀត ការធ្វើតេស្ត qPCR បានបង្ហាញថា អ្នកជំងឺដែលមានមេរោគផ្ទុកមេរោគ ∆500-532 មានតម្លៃ Ct ខ្ពស់បំផុត ពោលគឺផ្ទុកមេរោគទាបបំផុត។
រូបភាពទី 3. សមាគមនៃការប្រែប្រួលហ្សែនកើតឡើងវិញចំនួន 35 ជាមួយនឹង phenotypes គ្លីនិក
4. សុពលភាពលើការផ្លាស់ប្តូរមេរោគដែលទាក់ទងនឹង phenotypes គ្លីនិក
ដើម្បីយល់ពីផលប៉ះពាល់នៃ ∆500-532 លើមុខងារ Nsp1 កោសិកា HEK239T ត្រូវបានចម្លងជាមួយ plasmids ដែលបង្ហាញពីប្រវែងពេញ WT Nsp1 និងទម្រង់ mutant ជាមួយនឹងលុប។កម្រងព័ត៌មានប្រតិចារិកនៃកោសិកា HEK239T ដែលបានព្យាបាលនីមួយៗត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់ការវិភាគ PCA ដែលបង្ហាញថាកោសិកាបំប្លែងការលុបមានចង្កោមកាន់តែជិត ហើយមានភាពខុសប្លែកគ្នាយ៉ាងខ្លាំងពី WT Nsp1។ហ្សែនដែលត្រូវបានគ្រប់គ្រងយ៉ាងសំខាន់នៅក្នុងពពួក mutants ត្រូវបានពង្រឹងជាចម្បងនៅក្នុង "ដំណើរការជីវគីមី/មេតាបូលីស peptide", "ribonucleoprotein complex biogenesis", "ប្រូតេអ៊ីនកំណត់គោលដៅទៅភ្នាស/ER" ។
រូបភាពទី 4. ការវិភាគប្រតិចារិកលើកោសិកា HEK239T ដែលឆ្លងដោយ WT Nsp1 និងជាមួយការលុប
ផលប៉ះពាល់នៃការលុបលើការឆ្លើយតប IFN-1 ក៏ត្រូវបានសាកល្បងផងដែរនៅក្នុងការសិក្សាហួសហេតុ។ការលុបដែលបានសាកល្បងទាំងអស់ត្រូវបានបង្ហាញដើម្បីកាត់បន្ថយការឆ្លើយតប IFN-1 នៅក្នុងកោសិកា HEK239T និង A549 ដែលបានឆ្លងនៅទាំងកម្រិតប្រតិចារិក និងកម្រិតប្រូតេអ៊ីន។គួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ ហ្សែនដែលត្រូវបានគ្រប់គ្រងយ៉ាងសំខាន់នៅក្នុងការលុបត្រូវបានពង្រឹងនៅក្នុង "ការឆ្លើយតបការពារចំពោះមេរោគ" "ការចម្លងហ្សែនមេរោគ" "បទប្បញ្ញត្តិនៃការចម្លងដោយ RNA polymerase II" និង "ការឆ្លើយតបទៅនឹងប្រភេទ I interferon" ។
រូបភាពទី 5. បទប្បញ្ញត្តិចុះក្រោមនៃផ្លូវបញ្ជូនសញ្ញា interferon ក្នុង∆500-532 mutant
នៅក្នុងការសិក្សានេះ ផលប៉ះពាល់នៃការលុបទាំងនេះទៅលើមេរោគត្រូវបានបញ្ជាក់បន្ថែមដោយការសិក្សាអំពីការឆ្លងមេរោគ។មេរោគដែលមានសារធាតុ mutants មួយចំនួនត្រូវបានញែកចេញពីគំរូព្យាបាល និងឆ្លងទៅកោសិកា Calu-3។លទ្ធផលលម្អិតអំពីការសិក្សាការឆ្លងមេរោគអាចអានបានក្នុងក្រដាស។
ដូយ៖10.1016/j.chom.2021.01.015
ឯកសារយោង
Lin J, Tang C, Wei H, et al ។ការត្រួតពិនិត្យហ្សែននៃ SARS-CoV-2 បង្ហាញពីវ៉ារ្យ៉ង់នៃការលុប Nsp1 ដែលកែប្រែការឆ្លើយតបប្រភេទ I interferon [J] ។ក្រឡា និងមីក្រូប៊ី, ឆ្នាំ 2021។
ព័ត៌មាននិងការរំលេច មានគោលបំណងចែករំលែកករណីជោគជ័យចុងក្រោយបង្អស់ជាមួយ Biomarker Technologies ដោយចាប់យកសមិទ្ធផលវិទ្យាសាស្ត្រប្រលោមលោក ក៏ដូចជាបច្ចេកទេសលេចធ្លោដែលបានអនុវត្តក្នុងអំឡុងពេលសិក្សា។
ពេលវេលាផ្សាយ៖ មករា-០៦-២០២២