មីក្រូជីវសាស្ត្រ
ការពង្រឹងវិស័យកសិកម្មកាត់បន្ថយភាពស្មុគស្មាញនៃបណ្តាញអតិសុខុមប្រាណ និងភាពសំបូរបែបនៃ keystone taxa នៅក្នុងឫស
Full-length Amplicon Sequencing (ITS) |PacBio HIFI
គំនួសពណ៌
Aការពង្រឹងវិស័យកសិកម្មកាន់តែមានបញ្ហាដោយសារផលប៉ះពាល់បរិស្ថានអវិជ្ជមានរួមទាំងប្រសិទ្ធភាពនៃការប្រើប្រាស់សារធាតុចិញ្ចឹមមិនល្អ ការជ្រាបទឹកក្នុងដី ការធ្វើឱ្យខូចគុណភាពដីជាដើម។ ប្រព័ន្ធកសិកម្មជំនួសរួមទាំងការធ្វើកសិកម្មបែបសរីរាង្គត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយដើម្បីកាត់បន្ថយគ្រោះថ្នាក់។សហគមន៍អតិសុខុមប្រាណដើរតួនាទីមិនអាចខ្វះបានក្នុងផលិតភាព និងនិរន្តរភាពនៃប្រព័ន្ធកសិក។ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ វាមិនច្បាស់ទេថា តើប្រព័ន្ធកសិកម្មផ្សេងគ្នាប៉ះពាល់ដល់មីក្រូជីវជាតិឫសយ៉ាងដូចម្តេច។
ការរចនាពិសោធន៍
ការពិសោធន៍
Sគំរូប្រេង និងឫស (DNA) គឺមកពីវាលស្រូវសាលី ពីដីកសិកម្មចំនួន 60 (20 រូបនីមួយៗ)
Gការច្រូតកាត់៖ 1. អនុសញ្ញា (ជាមួយការភ្ជួររាស់);2. អនុសញ្ញា (គ្មានការភ្ជួររាស់);3. ដីកសិកម្មសរីរាង្គ
Sយុទ្ធសាស្ត្រ equencing៖ លំដាប់ amplicon ប្រវែងពេញ (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (កំណត់គោលដៅតំបន់ ITS ទាំងមូល ~ 630 bp)
Sវេទិកា equencing: PacBio RS II
ការវិភាគជីវព័ត៌មាន
លទ្ធផល
On ជាមធ្យម 357 OTUs ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណក្នុងមួយគេហទំព័រ និងសរុបចំនួន 837 OTUs នៃគេហទំព័រទាំង 60 ។ភាពចម្រុះអាល់ហ្វានៃសហគមន៍ផ្សិតជា root មិនបង្ហាញពីភាពខុសគ្នាខ្លាំងក្នុងចំណោមប្រព័ន្ធកសិកម្មបី។ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ចង្កោមដាច់ដោយឡែកចំនួនបីត្រូវបានបង្កើតឡើងនៅក្នុងការវិភាគភាពចម្រុះបេតា ដែលបង្ហាញពីឥទ្ធិពលខ្លាំងនៃប្រព័ន្ធកសិកម្មលើរចនាសម្ព័ន្ធសហគមន៍ផ្សិតឫស។
រូបភាពទី 1. ភាពចម្រុះអាល់ហ្វា (សន្ទស្សន៍ Shannon និងសមាសភាពសហគមន៍ ) និងការវិភាគភាពចម្រុះបេតា (ការវិភាគតាមគោលការណ៍នៃកូអរដោណេចម្បង) លើសហគមន៍ផ្សិតឫស
Ten keystone taxa ត្រូវបានកំណត់ដោយផ្អែកលើបណ្តាញរួមនៃសហគមន៍ផ្សិតនៅទូទាំងប្រព័ន្ធកសិកម្មចំនួនបី៖ ថ្នាំងកំពូលទាំង 10 ដែលមានកំរិតខ្ពស់បំផុត ភាពស្និទ្ធស្នាលបំផុត និងកម្រិតកណ្តាលរវាងកម្រិតទាបបំផុតត្រូវបានជ្រើសរើស។ប្រាំពីរក្នុងចំណោមពួកគេជាកម្មសិទ្ធិរបស់ការបញ្ជាទិញ mycorrhizal ។
រូបភាពទី 2. បណ្តាញរួមនៅលើសហគមន៍ផ្សិតឫសនៃប្រព័ន្ធកសិកម្មបី
Fបណ្តាញជាក់លាក់នៃប្រព័ន្ធ arming-system បានបង្ហាញពីការតភ្ជាប់ខ្ពស់គួរឱ្យកត់សម្គាល់នៅក្នុងបណ្តាញសរីរាង្គដែលមានគែមច្រើនជាងពីរដង និងថ្នាំងដែលតភ្ជាប់ច្រើនជាងគ្មានរហូតដល់ និងបណ្តាញធម្មតា។ជាងនេះទៅទៀត បណ្តាញកសិកម្មសរីរាង្គបានរក្សាទុក keystone taxa (ពេជ្រ) ច្រើនជាង បើប្រៀបធៀបទៅនឹងអ្វីផ្សេងទៀត ដែលគាំទ្រភាពស្មុគស្មាញ និងការតភ្ជាប់របស់វា។
រូបភាពទី 3. បណ្តាញផ្សិតឫសជាក់លាក់របស់ប្រព័ន្ធកសិកម្ម
Aការផ្សារភ្ជាប់អវិជ្ជមានខ្លាំងរវាងអាំងតង់ស៊ីតេកសិកម្ម និងការភ្ជាប់បណ្តាញផ្សិតឫសត្រូវបានអង្កេត។ការវិភាគព្រៃឈើចៃដន្យបានបង្ហាញពីកត្តាជំរុញចម្បងនៃ keystone taxa: ផូស្វ័រដី ដង់ស៊ីតេភាគច្រើន pH និងការធ្វើអាណានិគម mycorrhizal ។
រូបភាពទី 4. អាំងតង់ស៊ីតេកសិកម្ម និងការតភ្ជាប់បណ្តាញនៅទូទាំងប្រព័ន្ធកសិកម្មចំនួនបី (A និង B);ការវិភាគព្រៃឈើចៃដន្យ (C) និងទំនាក់ទំនងរវាងអាំងតង់ស៊ីតេកសិកម្ម និងអាណានិគម AMF (D)
បច្ចេកវិទ្យា
លំដាប់ amplicon ប្រវែងពេញ
A"ការបន្តជំនាន់ទី 3" មកដល់ឆាក ដែនកំណត់ក្នុងតំបន់គោលដៅ និងបញ្ហានៅក្នុងសន្និបាត de novo ត្រូវបានយកឈ្នះ។Pacific Bioscience (PacBio) បានពង្រីកការអានលំដាប់លំដោយជោគជ័យដល់រាប់សិបគីឡូបាស ដែលអនុញ្ញាតឱ្យយើងទទួលបានការអានពេញប្រវែង 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) នៅក្នុងបាក់តេរី ឬ 18S rRNA (1,500 bp-2,000) និង តំបន់ (400 bp-900 bp) ក្នុង eukaryotics ។ទិដ្ឋភាពទូលំទូលាយនៃវាលហ្សែនបានពង្រឹងយ៉ាងខ្លាំងនូវដំណោះស្រាយនៃចំណារពន្យល់អំពីប្រភេទសត្វ និងហ្សែនមុខងារ។បញ្ហាដែលមានការព្រួយបារម្ភជាយូរមកលើភាពត្រឹមត្រូវជាមូលដ្ឋានត្រូវបានដោះស្រាយដោយការកែតម្រូវដោយខ្លួនឯង PacBio CCS ដែលបង្កើតការអាន HIFI ជាមួយនឹងភាពត្រឹមត្រូវនៃការអានជាង 99% ។
ការអនុវត្តនៅក្នុងចំណារពន្យល់ OTU
Tដោយទទួលបានអត្ថប្រយោជន៍ទាំងការអានរយៈពេលវែង និងការឆ្លងកាត់កម្រិតខ្ពស់ ភាពត្រឹមត្រូវនៃចំណារពន្យល់អាចត្រូវបានកើនឡើងយ៉ាងខ្លាំង និងសម្រេចបាននូវដំណោះស្រាយ "កម្រិតប្រភេទ" នៅក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណអតិសុខុមប្រាណ។
ឯកសារយោង
Banerjee, Samiran, et al ។"ការពង្រឹងវិស័យកសិកម្មកាត់បន្ថយភាពស្មុគស្មាញនៃបណ្តាញអតិសុខុមប្រាណ និងភាពសំបូរបែបនៃ keystone taxa នៅក្នុងឫស។"ទិនានុប្បវត្តិ ISME (2019) ។
បច្ចេកវិជ្ជា និងចំណុចសំខាន់ៗ មានគោលបំណងចែករំលែកកម្មវិធីដែលទទួលបានជោគជ័យថ្មីៗបំផុតនៃបច្ចេកវិជ្ជាតម្រៀបតាមលំដាប់លំដោយខ្ពស់ផ្សេងៗគ្នានៅក្នុងសង្វៀនស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ ព្រមទាំងគំនិតល្អៗក្នុងការរចនាពិសោធន៍ និងការរុករកទិន្នន័យ។
ពេលវេលាបង្ហោះ៖ ០៨-មករា-២០២២