Hi-C ផ្អែកលើ Genome Assembly
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
ទិដ្ឋភាពទូទៅនៃ Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al ។ ,វិទ្យាសាស្ត្រ, 2009)
● មិនចាំបាច់ក្នុងការកសាងចំនួនប្រជាជនហ្សែនសម្រាប់ការបោះយុថ្កា contig;
● ដង់ស៊ីតេសញ្ញាសម្គាល់កាន់តែខ្ពស់នាំឱ្យសមាមាត្រយុថ្កា contigs ខ្ពស់នៅខាងលើ 90%;
● បើកដំណើរការការវាយតម្លៃ និងការកែតម្រូវលើការប្រមូលផ្តុំហ្សែនដែលមានស្រាប់។
● ពេលវេលាបង្វិលខ្លីជាង ជាមួយនឹងភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ក្នុងការប្រមូលផ្តុំហ្សែន។
● បទពិសោធន៍ដ៏សម្បូរបែបជាមួយនឹងបណ្ណាល័យ Hi-C ជាង 1000 ត្រូវបានសាងសង់សម្រាប់ជាង 500 ប្រភេទ។
● ករណីជោគជ័យជាង 100 ដែលមានកត្តាផលប៉ះពាល់ដែលបានបោះពុម្ពជាបន្តបន្ទាប់លើសពី 760;
● ការផ្គុំហ្សែនដែលមានមូលដ្ឋានលើ Hi-C សម្រាប់ហ្សែន polyploid អត្រាយុថ្កា 100% ត្រូវបានសម្រេចនៅក្នុងគម្រោងមុន
● ប៉ាតង់ក្នុងផ្ទះ និងការរក្សាសិទ្ធិកម្មវិធីសម្រាប់ការពិសោធន៍ Hi-C និងការវិភាគទិន្នន័យ។
● កម្មវិធីលៃតម្រូវទិន្នន័យដែលមើលឃើញដែលបង្កើតដោយខ្លួនឯង អនុញ្ញាតឱ្យផ្លាស់ទីប្លុកដោយដៃ បញ្ច្រាស ដកហូត និងធ្វើឡើងវិញ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
|
ប្រភេទបណ្ណាល័យ
|
វេទិកា | អានប្រវែង | ណែនាំយុទ្ធសាស្ត្រ |
| សួស្តី-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
ការវិភាគជីវវិទ្យា
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពបណ្ណាល័យ Hi-C
● ការផ្គុំហ្សែនដែលមានមូលដ្ឋានលើ Hi-C
● ការវាយតម្លៃក្រោយការជួបប្រជុំគ្នា។
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
| សត្វ | ផ្សិត | រុក្ខជាតិ
|
| ជាលិកាកក៖ ១-២ ក្រាមក្នុងមួយបណ្ណាល័យ ក្រឡា៖ 1x 10^7 ក្រឡាក្នុងមួយបណ្ណាល័យ | ជាលិកាកក៖ ១ ក្រាមក្នុងមួយបណ្ណាល័យ | ជាលិកាកក៖ ១-២ ក្រាមក្នុងមួយបណ្ណាល័យ
|
| *យើងសូមផ្តល់អនុសាសន៍យ៉ាងខ្លាំងឱ្យផ្ញើយ៉ាងហោចណាស់ 2 aliquots (1 ក្រាមនីមួយៗ) សម្រាប់ការពិសោធន៍ Hi-C ។ | ||
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ: បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
សម្រាប់គំរូភាគច្រើន យើងណែនាំកុំឱ្យរក្សាទុកក្នុងអេតាណុល។
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ គំរូត្រូវដាក់ស្លាកយ៉ាងច្បាស់ និងដូចគ្នាបេះបិទទៅនឹងទម្រង់ព័ត៌មានគំរូដែលបានបញ្ជូន។
ការដឹកជញ្ជូន៖ ទឹកកកស្ងួត៖ គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ជាមុន ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការចែកចាយគំរូ
ការទាញយក DNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
*លទ្ធផលសាកល្បងដែលបង្ហាញនៅទីនេះគឺសុទ្ធតែមកពីហ្សែនដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយដោយ Biomarker Technologies
1.Hi-C អន្តរកម្មផែនទីកំដៅនៃCamptotheca acuminataហ្សែន។ដូចដែលបានបង្ហាញនៅលើផែនទី អាំងតង់ស៊ីតេនៃអន្តរកម្មមានទំនាក់ទំនងអវិជ្ជមានជាមួយចម្ងាយលីនេអ៊ែរ ដែលបង្ហាញពីការប្រមូលផ្តុំកម្រិតក្រូម៉ូសូមដែលមានភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់។(សមាមាត្រយុថ្កា: 96.03%)
Kang M et al ។ទំនាក់ទំនងធម្មជាតិឆ្នាំ 2021
2.Hi-C ជួយសម្រួលដល់សុពលភាពនៃការបញ្ច្រាសរវាងGossypium hirsutumL. TM-1 A06 និងG. សួនសត្វChr06
Yang Z et al ។ទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ ឆ្នាំ 2019
3.ការផ្គុំ និងភាពខុសគ្នា biallelic នៃហ្សែនដំឡូងមី SC205។ផែនទីកំដៅ Hi-C បង្ហាញការបំបែកយ៉ាងច្បាស់នៅក្នុងក្រូម៉ូសូមដូចគ្នា។
Hu W et al ។រុក្ខជាតិម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2021
4.Hi-C heatmap លើការផ្គុំហ្សែនប្រភេទ Ficus ពីរ៖F.microcarpa(សមាមាត្រយុថ្កា: 99.3%) និងF.hispida (សមាមាត្រយុថ្កា៖ 99.7%)
លោក Zhang X et al ។ក្រឡាឆ្នាំ ២០២០
ករណី BMK
ហ្សែននៃដើមឈើ Banyan និងពពួក Worm Wasp ផ្តល់ការយល់ដឹងអំពីការវិវត្តន៍របស់ Fig-wasp
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ ក្រឡាឆ្នាំ ២០២០
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
F. microcarpa ហ្សែន៖ ប្រហាក់ប្រហែល។84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
អេហ្វ អ៊ីស្ពីដាហ្សែន៖ ប្រហាក់ប្រហែល។97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataហ្សែន៖ ប្រហាក់ប្រហែល។170 X PacBio RSII (65 Gb)
លទ្ធផលសំខាន់
1. ហ្សែនមែកធាងដើមចេកពីរ និងហ្សែនសត្វលំអងមួយត្រូវបានសាងសង់ដោយប្រើលំដាប់ PacBio, Hi-C និងផែនទីតំណ។
(1)F. microcarpagenome: ការជួបប្រជុំគ្នានៃ 426 Mb (97.7% នៃទំហំហ្សែនប៉ាន់ស្មាន) ត្រូវបានបង្កើតឡើងជាមួយនឹង contig N50 នៃ 908 Kb, ពិន្ទុ BUSCO នៃ 95.6% ។សរុបចំនួន 423 Mb លំដាប់ត្រូវបានបោះយុថ្កាទៅ 13 ក្រូម៉ូសូមដោយ Hi-C ។ចំណារពន្យល់អំពីហ្សែនបានផ្តល់នូវហ្សែនកូដប្រូតេអ៊ីនចំនួន 29,416 ។
(2)F. Hispidaហ្សែន៖ ការជួបប្រជុំគ្នានៃ 360 Mb (97.3% នៃទំហំហ្សែនដែលបានប៉ាន់ប្រមាណ) ត្រូវបានផ្តល់លទ្ធផលជាមួយនឹង contig N50 នៃ 492 Kb និងពិន្ទុ BUSCO នៃ 97.4% ។លំដាប់សរុបចំនួន 359 Mb ត្រូវបានបោះយុថ្កាលើក្រូម៉ូសូម 14 ដោយ Hi-C និងដូចគ្នាបេះបិទទៅនឹងផែនទីតំណដង់ស៊ីតេខ្ពស់។
(3)Eupristina verticillatagenome: ការជួបប្រជុំគ្នានៃ 387 Mb (ទំហំហ្សែនប៉ាន់ស្មាន: 382 Mb) ត្រូវបានបង្កើតឡើងជាមួយនឹង contig N50 នៃ 3.1 Mb និងពិន្ទុ BUSCO នៃ 97.7% ។
ការវិភាគហ្សែនប្រៀបធៀបបានបង្ហាញពីភាពខុសគ្នានៃរចនាសម្ព័ន្ធជាច្រើនរវាងពីរFicusហ្សែនដែលផ្តល់ធនធានហ្សែនដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានសម្រាប់ការសិក្សាការវិវត្តន៍ប្រែប្រួល។ការសិក្សានេះជាលើកដំបូង បានផ្តល់ការយល់ដឹងអំពីការវិវត្តន៍របស់ Fig-wasp នៅកម្រិតហ្សែន។
 ដ្យាក្រាម Circos លើលក្ខណៈហ្សែននៃពីរFicusហ្សែន រួមទាំងក្រូម៉ូសូម ការចម្លងផ្នែក (SDs) transposons (LTR, TEs, DNA TEs) កន្សោមហ្សែន និងការសំយោគ |  ការកំណត់អត្តសញ្ញាណក្រូម៉ូសូម Y និងហ្សែនបេក្ខជនកំណត់ភេទ |
Zhang, X. , et al ។"ហ្សែននៃដើម Banyan និង pollinator Wasp ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពី Fig-Wasp Coevolution" ។ក្រឡា 183.4(2020)។
