BMKCloud Log in
条形 Banner-០៣

ផលិតផល

ហ្សែនវិវត្តន៍

ពន្ធុវិទ្យាវិវត្តន៍គឺជាសេវាកម្មលំដាប់លំដោយដែលត្រូវបានរចនាឡើងសម្រាប់ផ្តល់នូវការបកស្រាយដ៏ទូលំទូលាយលើព័ត៌មានវិវត្តន៍នៃសម្ភារៈដែលបានផ្តល់ឱ្យដោយផ្អែកលើការប្រែប្រួលហ្សែន រួមមាន SNPs, InDels, SVs និង CNVs ។វាផ្តល់នូវការវិភាគជាមូលដ្ឋានទាំងអស់ដែលត្រូវការសម្រាប់ការពិពណ៌នាអំពីការផ្លាស់ប្តូរវិវត្តន៍ និងលក្ខណៈហ្សែននៃចំនួនប្រជាជន ដូចជារចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជន ភាពសម្បូរបែបនៃហ្សែន ទំនាក់ទំនង phylogeny ជាដើម។ វាក៏មានការសិក្សាអំពីលំហូរហ្សែន ដែលផ្តល់អំណាចដល់ការប៉ាន់ប្រមាណទំហំប្រជាជនប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាព ពេលវេលាខុសគ្នា។


ព័ត៌មានលម្អិតអំពីសេវាកម្ម

លទ្ធផលសាកល្បង

ករណី​សិក្សា

អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម

1 ហ្សែនវិវត្តន៍

Takagi et al ។ទស្សនាវដ្តីរុក្ខជាតិ, 2013

● ការប៉ាន់ស្មានពេលវេលា និងល្បឿននៃភាពខុសគ្នានៃប្រភេទសត្វ ដោយផ្អែកលើការប្រែប្រួលនៅកម្រិតនុយក្លេអូទីត និងអាស៊ីតអាមីណូ
● ការលាតត្រដាងអំពីទំនាក់ទំនង phylogenetic ដែលអាចទុកចិត្តបានជាងរវាងប្រភេទសត្វដែលមានឥទ្ធិពលអប្បបរមានៃការវិវត្តន៍បញ្ចូលគ្នា និងការវិវត្តស្របគ្នា។
● ការបង្កើតទំនាក់ទំនងរវាងការផ្លាស់ប្តូរហ្សែន និង phenotypes ដើម្បីបង្ហាញហ្សែនដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈ
● ការប៉ាន់ប្រមាណភាពចម្រុះនៃហ្សែន ដែលឆ្លុះបញ្ចាំងពីសក្តានុពលនៃការវិវត្តន៍នៃប្រភេទសត្វ
● ពេលវេលាផ្លាស់ប្តូរលឿនជាងមុន
● បទពិសោធន៍ទូលំទូលាយ៖ BMK បានប្រមូលនូវបទពិសោធន៍ដ៏ធំនៅក្នុងគម្រោងទាក់ទងនឹងចំនួនប្រជាជន និងការវិវត្តន៍អស់រយៈពេលជាង 12 ឆ្នាំ គ្របដណ្តប់រាប់រយប្រភេទ។

លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម

សម្ភារ:

ជាធម្មតា យ៉ាងហោចណាស់មានក្រុមរងចំនួនបី (ឧ. ប្រភេទរង ឬពូជ) ត្រូវបានណែនាំ។អនុចំនួនប្រជាជននីមួយៗគួរតែមានមិនតិចជាង 10 បុគ្គលទេ (រុក្ខជាតិ >15 អាចត្រូវបានកាត់បន្ថយសម្រាប់ប្រភេទសត្វកម្រ)។

យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖

* WGS អាចត្រូវបានប្រើប្រាស់សម្រាប់ប្រភេទសត្វដែលមានហ្សែនយោងដែលមានគុណភាពខ្ពស់ ខណៈពេលដែល SLAF-Seq អាចអនុវត្តបានចំពោះប្រភេទសត្វដែលមានឬគ្មានហ្សែនយោង ឬហ្សែនយោងដែលមានគុណភាពអន់។

អនុវត្តចំពោះទំហំហ្សែន

WGS

ស្លាក SLAF (×10,000)

≤ 500 Mb

10 × / បុគ្គល

WGS ត្រូវបានណែនាំបន្ថែមទៀត

500 Mb - 1 Gb

10

1 Gb - 2 Gb

20

≥ 2 Gb

30

ការវិភាគជីវវិទ្យា

● ការវិភាគវិវត្តន៍

● ការបោសសំអាតជ្រើសរើស

● លំហូរហ្សែន

● ប្រវត្តិប្រជាសាស្រ្ត

● ពេលវេលាខុសគ្នា

ការ​វិវត្តន៍ ២

តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន

តម្រូវការគំរូ៖

 

ប្រភេទសត្វ

 ជាលិកា

WGS-NGS

SLAF

សត្វ

 

  

ជាលិកា visceral

 

0.5-1 ក្រាម។

 

 

0.5 ក្រាម។

 

 

 ជាលិកាសាច់ដុំ

ឈាមថនិកសត្វ

 

1.5 មីលីលីត្រ

 

 

1.5 មីលីលីត្រ

 

ឈាមមាន់/ត្រី

រុក្ខជាតិ

  

  ស្លឹកស្រស់    

1 ~ 2 ក្រាម។

   

0.5-1 ក្រាម។

 ផ្កា/ដើម
  ឫស/គ្រាប់ពូជ
 

កោសិកា

  កោសិកាវប្បធម៌    

 

gDNA

ការប្រមូលផ្តុំ
(ng/ul)

ចំនួនទឹកប្រាក់

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

-

លំហូរការងារសេវាកម្ម

គំរូ QC

ការរចនាពិសោធន៍

ការចែកចាយគំរូ

ការចែកចាយគំរូ

ការរៀបចំបណ្ណាល័យ

ការសាងសង់បណ្ណាល័យ

លំដាប់

លំដាប់

ការវិភាគ​ទិន្នន័យ

ការវិភាគ​ទិន្នន័យ

សេវាកម្មក្រោយពេលលក់

សេវាកម្មក្រោយពេលលក់


  • មុន៖
  • បន្ទាប់៖

  • *លទ្ធផលសាកល្បងដែលបង្ហាញនៅទីនេះគឺសុទ្ធតែមកពីហ្សែនដែលត្រូវបានបោះពុម្ពដោយ BMKGENE

    ការវិភាគវិវឌ្ឍមានការសាងសង់ដើមឈើ phylogenetic រចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជន និង PCA ដោយផ្អែកលើការប្រែប្រួលហ្សែន។

    មែកធាង Phylogenetic តំណាងឱ្យទំនាក់ទំនងពន្ធុវិទ្យា និងការវិវត្តក្នុងចំណោមប្រភេទសត្វជាមួយបុព្វបុរសទូទៅ។
    PCA មានគោលបំណងមើលឃើញភាពជិតស្និទ្ធរវាងប្រជាជនរង។
    រចនាសម្ព័នចំនួនប្រជាជនបង្ហាញពីវត្តមាននៃចំនួនប្រជាជនរងដែលខុសគ្នាពីហ្សែនទាក់ទងនឹងប្រេកង់ allele ។

    3-1 Phylogenetic-ដើមឈើ 3-2PCA ៣-៣ រចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជន

    Chen, et ។អាល់។ ,PNASឆ្នាំ ២០២០

    2. ការជ្រើសរើស

    ការបោសសំអាតជ្រើសរើសសំដៅទៅលើដំណើរការដែលគេហទំព័រដែលមានអត្ថប្រយោជន៍ត្រូវបានជ្រើសរើស ហើយភាពញឹកញាប់នៃគេហទំព័រអព្យាក្រឹតដែលត្រូវបានភ្ជាប់ត្រូវបានកើនឡើង ហើយគេហទំព័រដែលមិនភ្ជាប់ត្រូវបានថយចុះ ដែលបណ្តាលឱ្យមានការថយចុះនៃតំបន់។

    ការរកឃើញហ្សែនធំទូលាយលើតំបន់ជ្រើសរើសត្រូវបានដំណើរការដោយការគណនាសន្ទស្សន៍ហ្សែនប្រជាជន (π,Fst, Tajima's D) នៃ SNPs ទាំងអស់នៅក្នុងបង្អួចរអិល (100 Kb) នៅជំហានជាក់លាក់ (10 Kb) ។

    ភាពចម្រុះនៃនុយក្លេអូទីត(π)
    4 ភាពចម្រុះនៃនុយក្លេអូទីត(π)

    តាជីម៉ា ឌី
    5 តាជីម៉ា - ឌី

    សន្ទស្សន៍ជួសជុល (Fst)

    6Fixation-index(Fst)

    Wu, et ។អាល់។ ,រុក្ខជាតិម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2018

    3. លំហូរហ្សែន

    7 លំហូរហ្សែន

    Wu, et ។អាល់។ ,រុក្ខជាតិម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2018

    4. ប្រវត្តិប្រជាសាស្រ្ត

    8 ប្រជាសាស្រ្ត - ប្រវត្តិសាស្រ្ត

    Zhang, et ។អាល់។ ,ធម្មជាតិ និងបរិស្ថានវិទ្យាឆ្នាំ 2021

    5. ពេលវេលាខុសគ្នា

    9 ពេលវេលាខុសគ្នា

    Zhang, et ។អាល់។ ,ធម្មជាតិ និងបរិស្ថានវិទ្យាឆ្នាំ 2021

    ករណី BMK

    ផែនទីបំរែបំរួលហ្សែនផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីមូលដ្ឋានហ្សែននៃការជ្រើសរើស Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. Pekinensis)

    បោះពុម្ពផ្សាយ៖ រុក្ខជាតិម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2018

    យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖

    ការបន្តបន្ទាប់៖ ជម្រៅបន្តបន្ទាប់៖ ១០ ×

    លទ្ធផលសំខាន់

    នៅក្នុងការសិក្សានេះ ស្ពៃក្តោបចិនចំនួន 194 ត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់ការរៀបចំឡើងវិញជាមួយនឹងជម្រៅមធ្យម 10× ដែលផ្តល់ទិន្នផល 1,208,499 SNPs និង 416,070 InDels។ការវិភាគ Phylogenetic នៅលើបន្ទាត់ទាំង 194 នេះបានបង្ហាញថាបន្ទាត់ទាំងនេះអាចត្រូវបានបែងចែកជា 3 អេកូប្រភេទគឺនិទាឃរដូវ រដូវក្តៅ និងរដូវស្លឹកឈើជ្រុះ។លើសពីនេះ រចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជន និងការវិភាគ PCA បានបង្ហាញថា ស្ពៃក្តោបចិននិទាឃរដូវមានដើមកំណើតពីស្ពៃក្តោបរដូវស្លឹកឈើជ្រុះនៅក្នុងខេត្ត Shandong ប្រទេសចិន។ទាំងនេះត្រូវបានណែនាំជាបន្តបន្ទាប់ទៅកាន់ប្រទេសកូរ៉េ និងជប៉ុន ដោយឆ្លងកាត់ជាមួយខ្សែក្នុងស្រុក ហើយពូជដែលយឺតយ៉ាវមួយចំនួនត្រូវបានណែនាំត្រឡប់ទៅប្រទេសចិនវិញ ហើយទីបំផុតបានក្លាយទៅជាស្ពៃចិននិទាឃរដូវ។

    ការស្កែនហ្សែនធំទូលាយលើស្ពៃក្តោបចិននិទាឃរដូវ និងស្ពៃក្តោបរដូវស្លឹកឈើជ្រុះលើការជ្រើសរើសបានបង្ហាញពីទីតាំងហ្សែនចំនួន 23 ដែលបានឆ្លងកាត់ការជ្រើសរើសខ្លាំង ដែលពីរត្រូវបានត្រួតលើគ្នាជាមួយនឹងតំបន់គ្រប់គ្រងពេលវេលា bolting-time ដោយផ្អែកលើ QTL-mapping ។តំបន់ទាំងពីរនេះត្រូវបានគេរកឃើញថាមានហ្សែនសំខាន់ៗដែលគ្រប់គ្រងការចេញផ្កា BrVIN3.1 និង BrFLC1។ហ្សែនទាំងពីរនេះត្រូវបានបញ្ជាក់បន្ថែមទៀតថាមានជាប់ពាក់ព័ន្ធក្នុងពេលវេលា bolting ដោយការសិក្សា transcriptome និងការពិសោធន៍ផ្លាស់ប្តូរហ្សែន។

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    ការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជននៅលើស្ពៃចិន

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    ព័ត៌មានហ្សែនស្តីពីការជ្រើសរើសស្ពៃក្តោបចិន

     
    ឯកសារយោង

    Tongbing, et al ។"ផែនទីបំរែបំរួលហ្សែនផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីមូលដ្ឋានហ្សែននៃស្ពៃចិននិទាឃរដូវ (Brassica rapa ssp.pekinensis) ការជ្រើសរើស។"រុក្ខជាតិម៉ូលេគុល,11(2018): 1360-1376។

    ទទួលបានសម្រង់

    សរសេរសាររបស់អ្នកនៅទីនេះ ហើយផ្ញើវាមកយើង

    ផ្ញើសាររបស់អ្នកមកយើង៖