Takagi et al ។ទស្សនាវដ្តីរុក្ខជាតិ, 2013
● ការប៉ាន់ស្មានពេលវេលា និងល្បឿននៃភាពខុសគ្នានៃប្រភេទសត្វ ដោយផ្អែកលើការប្រែប្រួលនៅកម្រិតនុយក្លេអូទីត និងអាស៊ីតអាមីណូ
● ការលាតត្រដាងអំពីទំនាក់ទំនង phylogenetic ដែលអាចទុកចិត្តបានជាងរវាងប្រភេទសត្វដែលមានឥទ្ធិពលអប្បបរមានៃការវិវត្តន៍បញ្ចូលគ្នា និងការវិវត្តស្របគ្នា។
● ការបង្កើតទំនាក់ទំនងរវាងការផ្លាស់ប្តូរហ្សែន និង phenotypes ដើម្បីបង្ហាញហ្សែនដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈ
● ការប៉ាន់ប្រមាណភាពចម្រុះនៃហ្សែន ដែលឆ្លុះបញ្ចាំងពីសក្តានុពលនៃការវិវត្តន៍នៃប្រភេទសត្វ
● ពេលវេលាផ្លាស់ប្តូរលឿនជាងមុន
● បទពិសោធន៍ទូលំទូលាយ៖ BMK បានប្រមូលនូវបទពិសោធន៍ដ៏ធំនៅក្នុងគម្រោងទាក់ទងនឹងចំនួនប្រជាជន និងការវិវត្តន៍អស់រយៈពេលជាង 12 ឆ្នាំ គ្របដណ្តប់រាប់រយប្រភេទ។
សម្ភារ:
ជាធម្មតា យ៉ាងហោចណាស់មានក្រុមរងចំនួនបី (ឧ. ប្រភេទរង ឬពូជ) ត្រូវបានណែនាំ។អនុចំនួនប្រជាជននីមួយៗគួរតែមានមិនតិចជាង 10 បុគ្គលទេ (រុក្ខជាតិ >15 អាចត្រូវបានកាត់បន្ថយសម្រាប់ប្រភេទសត្វកម្រ)។
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
* WGS អាចត្រូវបានប្រើប្រាស់សម្រាប់ប្រភេទសត្វដែលមានហ្សែនយោងដែលមានគុណភាពខ្ពស់ ខណៈពេលដែល SLAF-Seq អាចអនុវត្តបានចំពោះប្រភេទសត្វដែលមានឬគ្មានហ្សែនយោង ឬហ្សែនយោងដែលមានគុណភាពអន់។
អនុវត្តចំពោះទំហំហ្សែន | WGS | ស្លាក SLAF (×10,000) |
≤ 500 Mb | 10 × / បុគ្គល | WGS ត្រូវបានណែនាំបន្ថែមទៀត |
500 Mb - 1 Gb | 10 | |
1 Gb - 2 Gb | 20 | |
≥ 2 Gb | 30 |
● ការវិភាគវិវត្តន៍
● ការបោសសំអាតជ្រើសរើស
● លំហូរហ្សែន
● ប្រវត្តិប្រជាសាស្រ្ត
● ពេលវេលាខុសគ្នា
ប្រភេទសត្វ | ជាលិកា | WGS-NGS | SLAF |
សត្វ
| ជាលិកា visceral |
0.5-1 ក្រាម។
|
0.5 ក្រាម។
|
ជាលិកាសាច់ដុំ | |||
ឈាមថនិកសត្វ | 1.5 មីលីលីត្រ
| 1.5 មីលីលីត្រ
| |
ឈាមមាន់/ត្រី | |||
រុក្ខជាតិ
| ស្លឹកស្រស់ | 1 ~ 2 ក្រាម។ | 0.5-1 ក្រាម។ |
ផ្កា/ដើម | |||
ឫស/គ្រាប់ពូជ | |||
កោសិកា | កោសិកាវប្បធម៌ |
gDNA | ការប្រមូលផ្តុំ | ចំនួនទឹកប្រាក់ (ug) | OD260/OD280 |
SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
*លទ្ធផលសាកល្បងដែលបង្ហាញនៅទីនេះគឺសុទ្ធតែមកពីហ្សែនដែលត្រូវបានបោះពុម្ពដោយ BMKGENE
ការវិភាគវិវឌ្ឍមានការសាងសង់ដើមឈើ phylogenetic រចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជន និង PCA ដោយផ្អែកលើការប្រែប្រួលហ្សែន។
មែកធាង Phylogenetic តំណាងឱ្យទំនាក់ទំនងពន្ធុវិទ្យា និងការវិវត្តក្នុងចំណោមប្រភេទសត្វជាមួយបុព្វបុរសទូទៅ។
PCA មានគោលបំណងមើលឃើញភាពជិតស្និទ្ធរវាងប្រជាជនរង។
រចនាសម្ព័នចំនួនប្រជាជនបង្ហាញពីវត្តមាននៃចំនួនប្រជាជនរងដែលខុសគ្នាពីហ្សែនទាក់ទងនឹងប្រេកង់ allele ។
Chen, et ។អាល់។ ,PNASឆ្នាំ ២០២០
2. ការជ្រើសរើស
ការបោសសំអាតជ្រើសរើសសំដៅទៅលើដំណើរការដែលគេហទំព័រដែលមានអត្ថប្រយោជន៍ត្រូវបានជ្រើសរើស ហើយភាពញឹកញាប់នៃគេហទំព័រអព្យាក្រឹតដែលត្រូវបានភ្ជាប់ត្រូវបានកើនឡើង ហើយគេហទំព័រដែលមិនភ្ជាប់ត្រូវបានថយចុះ ដែលបណ្តាលឱ្យមានការថយចុះនៃតំបន់។
ការរកឃើញហ្សែនធំទូលាយលើតំបន់ជ្រើសរើសត្រូវបានដំណើរការដោយការគណនាសន្ទស្សន៍ហ្សែនប្រជាជន (π,Fst, Tajima's D) នៃ SNPs ទាំងអស់នៅក្នុងបង្អួចរអិល (100 Kb) នៅជំហានជាក់លាក់ (10 Kb) ។
ភាពចម្រុះនៃនុយក្លេអូទីត(π)
តាជីម៉ា ឌី
សន្ទស្សន៍ជួសជុល (Fst)
Wu, et ។អាល់។ ,រុក្ខជាតិម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2018
3. លំហូរហ្សែន
Wu, et ។អាល់។ ,រុក្ខជាតិម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2018
4. ប្រវត្តិប្រជាសាស្រ្ត
Zhang, et ។អាល់។ ,ធម្មជាតិ និងបរិស្ថានវិទ្យាឆ្នាំ 2021
5. ពេលវេលាខុសគ្នា
Zhang, et ។អាល់។ ,ធម្មជាតិ និងបរិស្ថានវិទ្យាឆ្នាំ 2021
ករណី BMK
ផែនទីបំរែបំរួលហ្សែនផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីមូលដ្ឋានហ្សែននៃការជ្រើសរើស Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ រុក្ខជាតិម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2018
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
ការបន្តបន្ទាប់៖ ជម្រៅបន្តបន្ទាប់៖ ១០ ×
លទ្ធផលសំខាន់
នៅក្នុងការសិក្សានេះ ស្ពៃក្តោបចិនចំនួន 194 ត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់ការរៀបចំឡើងវិញជាមួយនឹងជម្រៅមធ្យម 10× ដែលផ្តល់ទិន្នផល 1,208,499 SNPs និង 416,070 InDels។ការវិភាគ Phylogenetic នៅលើបន្ទាត់ទាំង 194 នេះបានបង្ហាញថាបន្ទាត់ទាំងនេះអាចត្រូវបានបែងចែកជា 3 អេកូប្រភេទគឺនិទាឃរដូវ រដូវក្តៅ និងរដូវស្លឹកឈើជ្រុះ។លើសពីនេះ រចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជន និងការវិភាគ PCA បានបង្ហាញថា ស្ពៃក្តោបចិននិទាឃរដូវមានដើមកំណើតពីស្ពៃក្តោបរដូវស្លឹកឈើជ្រុះនៅក្នុងខេត្ត Shandong ប្រទេសចិន។ទាំងនេះត្រូវបានណែនាំជាបន្តបន្ទាប់ទៅកាន់ប្រទេសកូរ៉េ និងជប៉ុន ដោយឆ្លងកាត់ជាមួយខ្សែក្នុងស្រុក ហើយពូជដែលយឺតយ៉ាវមួយចំនួនត្រូវបានណែនាំត្រឡប់ទៅប្រទេសចិនវិញ ហើយទីបំផុតបានក្លាយទៅជាស្ពៃចិននិទាឃរដូវ។
ការស្កែនហ្សែនធំទូលាយលើស្ពៃក្តោបចិននិទាឃរដូវ និងស្ពៃក្តោបរដូវស្លឹកឈើជ្រុះលើការជ្រើសរើសបានបង្ហាញពីទីតាំងហ្សែនចំនួន 23 ដែលបានឆ្លងកាត់ការជ្រើសរើសខ្លាំង ដែលពីរត្រូវបានត្រួតលើគ្នាជាមួយនឹងតំបន់គ្រប់គ្រងពេលវេលា bolting-time ដោយផ្អែកលើ QTL-mapping ។តំបន់ទាំងពីរនេះត្រូវបានគេរកឃើញថាមានហ្សែនសំខាន់ៗដែលគ្រប់គ្រងការចេញផ្កា BrVIN3.1 និង BrFLC1។ហ្សែនទាំងពីរនេះត្រូវបានបញ្ជាក់បន្ថែមទៀតថាមានជាប់ពាក់ព័ន្ធក្នុងពេលវេលា bolting ដោយការសិក្សា transcriptome និងការពិសោធន៍ផ្លាស់ប្តូរហ្សែន។
ការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធប្រជាជននៅលើស្ពៃចិន | ព័ត៌មានហ្សែនស្តីពីការជ្រើសរើសស្ពៃក្តោបចិន |
Tongbing, et al ។"ផែនទីបំរែបំរួលហ្សែនផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីមូលដ្ឋានហ្សែននៃស្ពៃចិននិទាឃរដូវ (Brassica rapa ssp.pekinensis) ការជ្រើសរើស។"រុក្ខជាតិម៉ូលេគុល,11(2018): 1360-1376។