-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChiP-Seq ផ្តល់នូវទម្រង់ហ្សែនធំទូលាយនៃគោលដៅ DNA សម្រាប់ការកែប្រែអ៊ីស្តូន កត្តាចម្លង និងប្រូតេអ៊ីនដែលទាក់ទងនឹង DNA ផ្សេងទៀត។វារួមបញ្ចូលគ្នានូវការជ្រើសរើសនៃ chromatin immuno-precipitation (ChIP) ដើម្បីស្ដារឡើងវិញនូវប្រូតេអ៊ីន-DNA ស្មុគស្មាញ ជាមួយនឹងថាមពលនៃលំដាប់ជំនាន់ក្រោយ (NGS) សម្រាប់ដំណើរការលំដាប់ខ្ពស់នៃ DNA ដែលបានរកឃើញឡើងវិញ។លើសពីនេះទៀត ដោយសារស្មុគស្មាញប្រូតេអ៊ីន-DNA ត្រូវបានយកមកវិញពីកោសិការស់ កន្លែងចងអាចប្រៀបធៀបបានក្នុងប្រភេទកោសិកា និងជាលិកាផ្សេងៗ ឬស្ថិតក្រោមលក្ខខណ្ឌផ្សេងៗគ្នា។កម្មវិធីមានចាប់ពីបទប្បញ្ញត្តិប្រតិចារិក ដល់ផ្លូវអភិវឌ្ឍន៍ ដល់យន្តការជំងឺ និងលើសពីនេះ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
-
លំដាប់ហ្សែនប៊ីស៊ុលហ្វីតទាំងមូល
DNA methylation នៅទីតាំងទី 5 នៅក្នុង cytosine (5-mC) មានឥទ្ធិពលជាមូលដ្ឋានលើការបញ្ចេញហ្សែន និងសកម្មភាពកោសិកា។គំរូមេទីលខុសធម្មតាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងលក្ខខណ្ឌ និងជំងឺមួយចំនួនដូចជា មហារីក។WGBS បានក្លាយជាស្តង់ដារមាសសម្រាប់សិក្សាមេទីលធំទូលាយនៃហ្សែនណូមនៅដំណោះស្រាយមូលដ្ឋានតែមួយ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq6000
-
ការវិភាគសម្រាប់ Transposase-Accessible Chromatin ជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់ (ATAC-seq)
ATAC-seq គឺជាវិធីសាស្រ្តលំដាប់លំដោយកម្រិតខ្ពស់សម្រាប់ការវិភាគនៃលទ្ធភាពប្រើប្រាស់ក្រូម៉ាទីនធំទូលាយនៃហ្សែន ដែលមានសារៈសំខាន់សម្រាប់ការគ្រប់គ្រងហ្សែនសកលនៃការបញ្ចេញហ្សែន។អាដាប់ទ័របន្តបន្ទាប់គ្នាត្រូវបានបញ្ចូលទៅក្នុងតំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហដោយ Tn5 transposase សកម្ម។បន្ទាប់ពីការពង្រីក PCR បណ្ណាល័យតាមលំដាប់លំដោយត្រូវបានសាងសង់។តំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហទាំងអស់អាចទទួលបានក្រោមលក្ខខណ្ឌពេលវេលាលំហជាក់លាក់ មិនត្រឹមតែកំណត់ចំពោះទីតាំងចងនៃកត្តាចម្លង ឬតំបន់ដែលបានកែប្រែអ៊ីស្តូនជាក់លាក់នោះទេ។
-
ការកាត់បន្ថយការតំណាង Bisulfite Sequencing (RRBS)
ការស្រាវជ្រាវ DNA methylation តែងតែជាប្រធានបទដ៏ក្តៅគគុកក្នុងការស្រាវជ្រាវជំងឺ ហើយត្រូវបានទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធទៅនឹងការបញ្ចេញហ្សែន និងលក្ខណៈ pheno-typic ។RRBS គឺជាវិធីសាស្ត្រត្រឹមត្រូវ ប្រសិទ្ធភាព និងសន្សំសំចៃសម្រាប់ការស្រាវជ្រាវ DNA methylation ។ការពង្រឹងតំបន់កោះផ្សព្វផ្សាយ និង CpG ដោយការបំបែកអង់ស៊ីម (Msp I) រួមបញ្ចូលគ្នាជាមួយលំដាប់ Bisulfite ផ្តល់នូវការរកឃើញមេទីល DNA ដែលមានគុណភាពបង្ហាញខ្ពស់។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
