វេទិកា | ទំហំបណ្ណាល័យ | ទិន្នផលទិន្នន័យទ្រឹស្តី (ក្នុងមួយកោសិកា) | ភាពត្រឹមត្រូវមូលដ្ឋានតែមួយ | កម្មវិធី |
ណាណូប៉ូរ | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/Cell | 85-92% | ការហៅទូរសព្ទ SV, De novo, លំដាប់ប្រវែងពេញ, Iso-Seq, ចំណារពន្យល់ហ្សែន, ការរកឃើញ DNA methylation |
● បទពិសោធន៍ជាង 5 ឆ្នាំនៅលើវេទិកាលំដាប់ PacBio ជាមួយនឹងគម្រោងបិទជិតរាប់ពាន់ជាមួយប្រភេទផ្សេងៗ។
● BMKGENE គឺជាដៃគូផ្លូវការរបស់ Oxford Nanopore ដោយមានវិញ្ញាបនប័ត្រ RNA/DNA ពីរវេទិកា។
● មានគំរូនៃឧបករណ៍បន្តបន្ទាប់គ្នាជាមួយនឹងឧបករណ៍ពេញលេញ និងការបញ្ជូនបន្តបន្ទាប់គ្នាគ្រប់គ្រាន់។
● ដោយផ្អែកលើវេទិកា Nanopore ការស្រាវជ្រាវអំពីសត្វ និងរុក្ខជាតិជាង 10 ប្រភេទ Denovo ត្រូវបានបោះពុម្ពផ្សាយនៅក្នុងទស្សនាវដ្តីល្បីៗជាអន្តរជាតិ។
ប្រភេទគំរូ | ចំនួនទឹកប្រាក់ | ការផ្តោតអារម្មណ៍ (Qubit ®) | កម្រិតសំឡេង | ភាពបរិសុទ្ធ | ផ្សេងៗ |
DNA ហ្សែន | អាស្រ័យលើតម្រូវការទិន្នន័យ | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; ជម្រះកំពូលនៅ 260 nm, គ្មានការចម្លងរោគ | ការផ្តោតអារម្មណ៍ត្រូវវាស់ដោយ Qubit និង Qubit/Nanopore ≤ 2 |
RNA សរុប | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5; គ្មានការចម្លងរោគ | តម្លៃ RIN ≥7.5 |
ការវាយតម្លៃគុណភាពទិន្នន័យនៃគំរូ DNA
តារាងទី 1. ស្ថិតិលើទិន្នន័យស្អាត។
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | CleanSeqNum | សម្អាតSumBase | CleanN50Len | សម្អាតN90Len | CleanMeanLen | សម្អាត MaxLen | CleanMeanQual |
DNA_BMK01 | ១.២១៨.២៣៩ | ២៦.៣៧ | ១.១២១.៧៣៦ | ២៥.៩០ | ២៨.០១៤ | ១៥.៧៦៤ | ២៣.០៩០ | ១៤៣.១៨១ | 9 |
ការវាយតម្លៃគុណភាពទិន្នន័យនៃគំរូ RNA
តារាងទី 1. ស្ថិតិលើទិន្នន័យស្អាត។
ឈ្មោះឯកសារ | លេខសម្គាល់អតិថិជន | អានលេខ | លេខមូលដ្ឋាន | N50 | ប្រវែងមធ្យម | ប្រវែងអតិបរមា | ពិន្ទុ MeanQ |
RNA_BMK001 | C2 | ៨.៩៤៧.៧០៨ | ៤.០៤៧.២៣០.០៨៣ | ៣៩៨ | ៤៥២ | ១២៩.២២៧ | សំណួរទី 12 |
រូបភាពទី 1. អានការចែកចាយប្រវែង
រូបភាពទី 2. ការចែកចាយពិន្ទុគុណភាពនៃទិន្នន័យស្អាត
រូបភាពទី 3. ការចែកចាយពិន្ទុគុណភាព និងប្រវែងនៃទិន្នន័យស្អាត