របៀបតម្រៀប | ទំហំបណ្ណាល័យ | ទិន្នន័យទ្រឹស្តីទិន្នផល (ក្នុងមួយកោសិកា) | មូលដ្ឋានតែមួយភាពត្រឹមត្រូវ | កម្មវិធី |
CLR | 20Kb, 30Kb, ល។ | 80 Gb ទៅ 130 Gb | ប្រហែល85% | ដឺណូវ៉ូ, SV calling ជាដើម។ |
ស៊ី.ស៊ី.អេស | 15-20 Kb | 14 ទៅ 40 Gb/Cell (Sequel II) 70 ទៅ 110 Gb/Cell (Revio) អាស្រ័យលើគំរូ | ប្រហែល99% | ដឺណូវ៉ូការហៅទូរសព្ទ SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
លក្ខខណ្ឌ | ប្រព័ន្ធ Sequel II | ប្រព័ន្ធ Revio | កើនឡើង |
ដង់ស៊ីតេខ្ពស់ជាង | 8 លាន ZMWs | 25 លាន ZMWs | 3x |
ដំណាក់កាលឯករាជ្យ | 1 | 4 | 4x |
រយៈពេលរត់ខ្លីជាង | 30 ម៉ោង។ | 24 ម៉ោង | 1.25x |
ហ្សែនមនុស្ស 30X HiFi / ឆ្នាំ។ | 88 | ១.៣០០ | 15x សរុប |
● បទពិសោធន៍ជាង 8 ឆ្នាំនៅលើវេទិកាលំដាប់ PacBio ជាមួយនឹងគម្រោងបិទជិតរាប់ពាន់ជាមួយប្រភេទផ្សេងៗ។
● បំពាក់យ៉ាងពេញលេញជាមួយនឹងវេទិកា PacBio Sequencing ចុងក្រោយបង្អស់ Revio ដើម្បីធានានូវដំណើរការលំដាប់លំដោយគ្រប់គ្រាន់។
● ពេលវេលាបង្វិលលឿនជាងមុន ទិន្នផលទិន្នន័យកាន់តែខ្ពស់ និងទិន្នន័យត្រឹមត្រូវជាងមុន។
● បានរួមចំណែកនៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយដែលមានមូលដ្ឋានលើ PacBio ដែលមានឥទ្ធិពលខ្ពស់រាប់រយ។
ប្រភេទគំរូ | ចំនួនទឹកប្រាក់ | ការប្រមូលផ្តុំ (Qubit®) | កម្រិតសំឡេង | ភាពបរិសុទ្ធ | ផ្សេងៗ |
DNA ហ្សែន | អាស្រ័យលើតម្រូវការទិន្នន័យ | ≥50 ng / μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; កំពូលច្បាស់នៅ 260 nm,គ្មានការចម្លងរោគ | ការផ្តោតអារម្មណ៍ត្រូវវាស់ដោយ Qubit និង Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 |
RNA សរុប | ≥1.2μg | ≥120 ng / μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5គ្មានការចម្លងរោគ | តម្លៃ RIN ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
1. ទិន្នផលទិន្នន័យក្នុងផ្ទះ
ទិន្នន័យដែលបានបង្កើតពីកោសិកា CCS ចំនួន 63 (ពី 26 ប្រភេទ)
ទិន្នន័យ- PacBio-CCS-15 Kb | មធ្យម | អតិបរមា | នាទី | មធ្យម |
ទិន្នផល - ការអានរង (Gb) | ៤២១.១២ | 544.27 | 221.38 | ៤២៦.៥៨ |
Yiled - CCS(Gb) | ២៥.៩៣ | ៣៨.៥៩ | ១០.៨៦ | ២៥.៤៣ |
ប៉ូលីមឺរ៉ាស N50 | ១៤៥.៦៥១ | ១៧៥.៤៣០ | ១១៨.១១៨ | ១៤៤.៦៨៩ |
អត្ថបទរង N50 | ១៧.៥០៩ | ២៣.៩២៤ | ១២.៤៨៥ | ១៧.៥៨៤ |
CCS N50 | ១៤.៤៩០ | ១៩.០៣៤ | ៩.៨៧៦ | ១៤.៧៤៧ |
ប្រវែងមធ្យម - Polymerase | ៦៧.៩៩៥ | ៨៩.៣៧៩ | ៤៩.៦៦៤ | ៦៦.៤៣៣ |
ប្រវែងមធ្យម - អត្ថបទរង | ១៥.៨៦៦ | ២១.០៣៦ | ១១.៦៥៧ | ១៦.០១២ |
ប្រវែងមធ្យម - CCS | ១៤.៤៨៩ | ១៩.០៧៤ | ៨.៥៧៥ | ១៤.៦៥៥ |
ទិន្នន័យដែលបានបង្កើតពីកោសិកា CLR ចំនួន 16 (ពី 76 ប្រភេទ)
DATA-PacBio-CLR-30Kb | មធ្យម | អតិបរមា | នាទី | មធ្យម |
ទិន្នផល - ការអានរង (Gb) | ១៤២.២០ | 291.40 | 50.55 | ១៤២.៤៩ |
ប៉ូលីមឺរ៉ាស N50 | ៣៩.៤៥៦ | ១២១.១៩១ | ១៥.៣៨៩ | ៣៥.២៣១ |
អត្ថបទរង N50 | ២៨.៤៩០ | ៤១.០១២ | ១៤.៤៣០ | ២៩.០៦៣ |
ប្រវែងមធ្យម - Polymerase | ២២.០៦៣ | ៤៨.៨៨៦ | ៨.៧៤៧ | ២១.៥៥៥ |
ប្រវែងមធ្យម - អត្ថបទរង | ១៧.៧២០ | ២៧.២២៥ | ៨.២៩៣ | ១៧.៧៧៩ |
2. ទិន្នន័យ QC - ការបង្ហាញស្ថិតិនៃទិន្នផលទិន្នន័យ
គំរូ | ccs អានលេខ | មូលដ្ឋាន ccs សរុប (bp) | ccs អាន N50 (bp) | ccs ប្រវែងមធ្យម (bp) | ccs អានវែងបំផុត (bp) | មូលដ្ឋានការអានរង (bp) | អត្រា ccs (%) |
PB_BMKxxx | ៣.៤៤៤.១៥៩ | ៥៤.១៦៤.១២២.៥៨៦ | ១៥.៧២៨ | ១៥.៧២៦ | ៣៦.១១០ | ៨៦៣.៣២៦.៣៣០.៤៦៥ | ៦.២៧ |