● កញ្ចប់វិភាគដ៏ទូលំទូលាយ ដែលមានការវិភាគចំនួនប្រាំបីដែលទាមទារជាទូទៅបំផុត។
● ភាពជឿជាក់ខ្ពស់ក្នុងការវិភាគជាមួយនឹងការបកស្រាយលម្អិត និងងាយយល់លើលទ្ធផល
● តួរលេខដែលត្រៀមរួចជាស្រេចដែលបានរចនាឡើងយ៉ាងល្អ
● ក្រុមជីវព័ត៌មានវិទ្យាដែលមានជំនាញខ្ពស់បំពេញតម្រូវការការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួនចម្រុះ
● ពេលវេលាបង្វិលខ្លីជាង ជាមួយនឹងភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ក្នុងការវិភាគ
● បទពិសោធន៍ដ៏សម្បូរបែបជាមួយនឹងករណីជោគជ័យជាង 90 ជាមួយនឹងកត្តាផលប៉ះពាល់ដែលបានបោះពុម្ពជាបន្តបន្ទាប់ជាង 900
ពេលវេលាបង្វិលតាមការប៉ាន់ស្មាន | ចំនួនប្រភេទ | វិភាគ |
30 ថ្ងៃធ្វើការ | ៦ - ១២ | ការចង្កោមគ្រួសារហ្សែន ការពង្រីក និងបង្រួមគ្រួសារហ្សែន ការសាងសង់ដើមឈើ Phylogenetic ការប៉ាន់ប្រមាណពេលវេលាខុសគ្នា (តម្រូវឱ្យមានការក្រិតតាមខ្នាតហ្វូស៊ីល) ពេលវេលាបញ្ចូល LTR (សម្រាប់រុក្ខជាតិ) ការចម្លងហ្សែនទាំងមូល (សម្រាប់រុក្ខជាតិ) សម្ពាធជ្រើសរើស ការវិភាគសំយោគ |
● គ្រួសារហ្សែន
● Phylogenetics
● ពេលវេលាខុសគ្នា
● សម្ពាធជ្រើសរើស
● ការវិភាគសំយោគ
សម្រាប់ជាលិកា
ប្រភេទសត្វ | ជាលិកា | ការស្ទង់មតិ | PacBio CCS |
សត្វ | ជាលិកា visceral | 0.5 ~ 1 ក្រាម។ | ≥ 3.5 ក្រាម។ |
ជាលិកាសាច់ដុំ | |||
≥ 5.0 ក្រាម។ | |||
≥ 5.0 មីលីលីត្រ | |||
ឈាមថនិកសត្វ | |||
≥ 0.5 មីលីលីត្រ | |||
ឈាមមាន់/ត្រី | |||
រុក្ខជាតិ | ស្លឹកស្រស់ | 1 ~ 2 ក្រាម។ | ≥ 5.0 ក្រាម។ |
ផ្កា/ដើម | 1 ~ 2 ក្រាម។ | ≥ 10.0 ក្រាម។ | |
ឫស/គ្រាប់ពូជ | 1 ~ 2 ក្រាម។ | ≥ 20.0 ក្រាម។ | |
កោសិកា | កោសិកាវប្បធម៌ | - | ≥ 1 x 108 |
ឯកសារលំដាប់ហ្សែន (.fasta) និងឯកសារចំណារពន្យល់ (.gff3) នៃប្រភេទសត្វដែលទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធ
*លទ្ធផលសាកល្បងដែលបង្ហាញនៅទីនេះគឺសុទ្ធតែមកពីហ្សែនដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយដោយ Biomarker Technologies
1.LTR ការប៉ាន់ស្មានពេលវេលាបញ្ចូល៖ តួលេខនេះបង្ហាញពីការចែកចាយ bimodal តែមួយគត់នៅក្នុងពេលវេលាបញ្ចូល LTR-RTs នៅក្នុងហ្សែន Weining rye បើប្រៀបធៀបទៅនឹងប្រភេទសត្វដទៃទៀត។កំពូលភ្នំថ្មីបំផុតបានលេចឡើងប្រហែល 0.5 លានឆ្នាំមុន។
Li Guang et al ។ហ្សែនធម្មជាតិឆ្នាំ 2021
2.Phylogeny និងការវិភាគគ្រួសារហ្សែនលើសត្វចាហួយ (Sechium edule): តាមរយៈការវិភាគរបស់ chayote និង 13 ប្រភេទផ្សេងទៀតដែលពាក់ព័ន្ធនៅក្នុងគ្រួសារហ្សែន Chayote ត្រូវបានគេរកឃើញថាមានទំនាក់ទំនងជិតស្និទ្ធបំផុតជាមួយពស់វែក (Trichosanthes anguina) ។ចាហួយបានមកពីពស់វែកនៅប្រហែល 27-45 Mya និងការចម្លងហ្សែនទាំងមូល (WGD) ត្រូវបានគេសង្កេតឃើញនៅក្នុង chayote ក្នុង 25±4 Mya ដែលជាព្រឹត្តិការណ៍ WGD ទីបីនៅក្នុង cucuibitaceae ។
Fu A et al ។ការស្រាវជ្រាវផ្នែកសាកវប្បកម្មឆ្នាំ 2021
3.Synteny analysis: ហ្សែនមួយចំនួនដែលទាក់ទងនឹង phytohormones ក្នុងការវិវត្តន៍ផ្លែឈើ ត្រូវបានគេរកឃើញនៅក្នុង chayote, gourd និង squash ។ទំនាក់ទំនងរវាងចាហួយនិងកំពឹសគឺខ្ពស់ជាងបន្តិចរវាងចាហួយនិងពពែពស់។
Fu A et al ។ការស្រាវជ្រាវផ្នែកសាកវប្បកម្មឆ្នាំ 2021
4. ការវិភាគគ្រួសារហ្សែន៖ ការបង្កើន KEGG លើការពង្រីកគ្រួសារហ្សែន និងការកន្ត្រាក់នៅក្នុងហ្សែន G.thurberi និង G.davidsonii បានបង្ហាញថា ជីវសំយោគស្តេរ៉ូអ៊ីត និង brassinosteroid biosynthesis ដែលទាក់ទងនឹងហ្សែនត្រូវបានពង្រីក។
Yang Z et al ។ជីវវិទ្យា BMCឆ្នាំ 2021
5.ការវិភាគការចម្លងហ្សែនទាំងមូល៖ ការវិភាគការបែងចែក 4DTV និង Ks បានបង្ហាញព្រឹត្តិការណ៍ចម្លងហ្សែនទាំងមូល។កំពូលនៃ intraspecies បានបង្ហាញពីព្រឹត្តិការណ៍ចម្លង។កំពូលនៃប្រភេទអន្តរប្រភេទបានបង្ហាញពីព្រឹត្តិការណ៍ជាក់លាក់។ការវិភាគបានបង្ហាញថាការប្រៀបធៀបជាមួយនឹងប្រភេទសត្វដែលទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធចំនួនបីផ្សេងទៀត O. europaea បានឆ្លងកាត់ការចម្លងហ្សែនទ្រង់ទ្រាយធំនាពេលថ្មីៗនេះ។
Rao G et al ។ការស្រាវជ្រាវផ្នែកសាកវប្បកម្មឆ្នាំ 2021
ករណី BMK
ផ្កាកុលាបដោយគ្មានស្នាមប្រេះ៖ ការយល់ដឹងអំពីហ្សែនដែលភ្ជាប់ទៅនឹងការបន្សាំសំណើម
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ ការពិនិត្យឡើងវិញវិទ្យាសាស្ត្រជាតិឆ្នាំ 2021
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
'Basye'sគ្មានបន្លា' (រ.Wichurainan) ហ្សែន៖
ប្រហែល93 X PacBio + ប្រហាក់ប្រហែល។90 X Nanopore + 267 X Illumina
លទ្ធផលសំខាន់
1.ហ្សែនណូម R.wichuraiana ដែលមានគុណភាពខ្ពស់ត្រូវបានសាងសង់ដោយប្រើបច្ចេកទេសលំដាប់លំដោយដែលអានបានយូរ ដែលផ្តល់លទ្ធផលការជួបប្រជុំគ្នានៃ 530.07 Mb (ទំហំហ្សែនប៉ាន់ស្មានគឺប្រហែល 525.9 Mb ដោយ flow cytometry និង 525.5 ដោយការស្ទាបស្ទង់ហ្សែន។ ; Heterozygosity គឺនៅជុំវិញ 525.9 Mb ។ពិន្ទុប៉ាន់ស្មានរបស់ BUSCO គឺ 93.9% ។ប្រៀបធៀបជាមួយ "Old blush" (haploOB) គុណភាព និងភាពពេញលេញនៃហ្សែននេះត្រូវបានបញ្ជាក់ដោយភាពត្រឹមត្រូវមូលដ្ឋានតែមួយ និងសន្ទស្សន៍ការផ្គុំ LTR (LAI=20.03)។ហ្សែន R.wichuraiana មានហ្សែនសរសេរកូដប្រូតេអ៊ីន 32,674 ។
2.Multi-omics ការវិភាគរួមគ្នា រួមមាន ពន្ធុវិទ្យាប្រៀបធៀប ការធ្វើត្រាប់តាម ការវិភាគ QTL នៃចំនួនប្រជាជនហ្សែន បានបង្ហាញឱ្យឃើញពីភាពជាក់លាក់ដ៏សំខាន់រវាង R. wichuraiana និង Rosa chinensis ។ដូចគ្នានេះផងដែរ, ការប្រែប្រួលនៃការបញ្ចេញមតិនៃហ្សែនដែលទាក់ទងនៅក្នុង QTL ទំនងជាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងលំនាំដើម។
ការវិភាគហ្សែនប្រៀបធៀបរវាង Basye;s Thornless និង Rosa chinensis រួមទាំងការវិភាគសំយោគ ចង្កោមគ្រួសារហ្សែន ការវិភាគការពង្រីក និងការកន្ត្រាក់ បានបង្ហាញនូវការប្រែប្រួលមួយចំនួនធំ ដែលទាក់ទងទៅនឹងលក្ខណៈសំខាន់ៗនៅក្នុងផ្កាកុលាប។ការពង្រីកតែមួយគត់នៅក្នុងគ្រួសារហ្សែន NAC និង FAR1/FRS ទំនងជាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងភាពធន់នឹងចំណុចខ្មៅ។
ការវិភាគហ្សែនប្រៀបធៀបរវាងហ្សែន BT និង haploOB ។
Zhong, M. , et al ។"ផ្កាកុលាបដោយគ្មានស្នាមប្រឡាក់៖ ការយល់ដឹងអំពីហ្សែនដែលភ្ជាប់ទៅនឹងការបន្សាំសំណើម"ការពិនិត្យឡើងវិញវិទ្យាសាស្ត្រជាតិ, 2021;, nwab092 ។