-
PacBio-ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ (មិនយោង)
វេទិកា Amplicon (16S/18S/ITS) ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយមានបទពិសោធន៍ជាច្រើនឆ្នាំក្នុងការវិភាគគម្រោងភាពចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ ដែលមានការវិភាគជាមូលដ្ឋានស្តង់ដារ និងការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួន៖ ការវិភាគជាមូលដ្ឋានគ្របដណ្តប់ខ្លឹមសារនៃការវិភាគសំខាន់ៗនៃការស្រាវជ្រាវអតិសុខុមប្រាណបច្ចុប្បន្ន ខ្លឹមសារនៃការវិភាគគឺសម្បូរបែប និងទូលំទូលាយ។ ហើយលទ្ធផលការវិភាគត្រូវបានបង្ហាញជាទម្រង់របាយការណ៍គម្រោង។ខ្លឹមសារនៃការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួនមានភាពចម្រុះ។គំរូអាចត្រូវបានជ្រើសរើស ហើយប៉ារ៉ាម៉ែត្រអាចត្រូវបានកំណត់ដោយភាពបត់បែនយោងទៅតាមរបាយការណ៍ការវិភាគជាមូលដ្ឋាន និងគោលបំណងស្រាវជ្រាវ ដើម្បីសម្រេចបាននូវតម្រូវការផ្ទាល់ខ្លួន។ប្រព័ន្ធប្រតិបត្តិការ Windows សាមញ្ញ និងលឿន។
-
PacBio-ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ (មិនយោង)
ដោយយកទិន្នន័យលំដាប់លំដោយរបស់ Pacific Biosciences (PacBio) Isoform ជាការបញ្ចូល កម្មវិធីនេះអាចកំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ប្រតិចារឹកពេញប្រវែង (ដោយមិនចាំបាច់ជួបប្រជុំគ្នា)។តាមរយៈការគូសផែនទីលំដាប់លំដោយប្រវែងពេញលេញប្រឆាំងនឹងហ្សែនយោង ប្រតិចារិកអាចត្រូវបានធ្វើឱ្យប្រសើរដោយហ្សែនដែលគេស្គាល់ ប្រតិចារិក តំបន់សរសេរកូដ។ការវិភាគរួមគ្នាជាមួយទិន្នន័យលំដាប់ប្រតិចារិក NGS អនុញ្ញាតឱ្យមានចំណារពន្យល់កាន់តែទូលំទូលាយ និងបរិមាណត្រឹមត្រូវជាងមុននៅក្នុងការបញ្ចេញមតិនៅកម្រិតប្រតិចារិក ដែលភាគច្រើនផ្តល់អត្ថប្រយោជន៍យ៉ាងច្រើនដល់ការបញ្ចេញមតិឌីផេរ៉ង់ស្យែលខាងក្រោម និងការវិភាគមុខងារ។
-
កញ្ចប់ឧបករណ៍
BMKCloud គឺជាវេទិកាជីវព័ត៌មានឈានមុខគេដែលផ្តល់នូវដំណោះស្រាយតែមួយគត់សម្រាប់កម្មវិធីហ្សែន ដែលត្រូវបានជឿទុកចិត្តយ៉ាងទូលំទូលាយដោយអ្នកស្រាវជ្រាវក្នុងវិស័យផ្សេងៗរួមទាំងផ្នែកវេជ្ជសាស្ត្រ កសិកម្ម បរិស្ថាន។ ធនធានកុំព្យូទ័រ មូលដ្ឋានទិន្នន័យសាធារណៈ វគ្គសិក្សាតាមអ៊ីនធឺណេត bioinformtic ។ ការវិភាគជាដើម។
-
RNA តូច
RNAs តូចគឺជាប្រភេទនៃ RNA ដែលមិនសរសេរកូដខ្លីដែលមានប្រវែងជាមធ្យម 18-30 nt រួមទាំង miRNA, siRNA និង piRNA ។RNAs តូចៗទាំងនេះត្រូវបានរាយការណ៍យ៉ាងច្រើនថាមានជាប់ពាក់ព័ន្ធក្នុងដំណើរការជីវសាស្រ្តផ្សេងៗដូចជាការរិចរិល mRNA ការរារាំងការបកប្រែ ការបង្កើត heterochromatin ជាដើម។ ការវិភាគតាមលំដាប់នៃ SmallRNA ត្រូវបានអនុវត្តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការសិក្សាលើការអភិវឌ្ឍន៍សត្វ/រុក្ខជាតិ ជំងឺ មេរោគ។ល។ វេទិកាការវិភាគតាមលំដាប់លំដោយមានការវិភាគស្តង់ដារ និងការជីកយករ៉ែទិន្នន័យកម្រិតខ្ពស់។ផ្អែកលើទិន្នន័យ RNA-seq ការវិភាគស្តង់ដារអាចសម្រេចបាននូវការកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងការព្យាករណ៍ miRNA ការព្យាករណ៍ហ្សែនគោលដៅ miRNA ចំណារពន្យល់ និងការវិភាគការបញ្ចេញមតិ។ការវិភាគកម្រិតខ្ពស់អាចឱ្យការស្វែងរក និងការទាញយក miRNA ផ្ទាល់ខ្លួន ការបង្កើតដ្យាក្រាម Venn, miRNA និងការកសាងបណ្តាញហ្សែនគោលដៅ។
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS គឺជាវេទិកាវិភាគលំដាប់ហ្សែនទាំងមូល ដែលត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយផ្អែកលើបទពិសោធន៍ដ៏សម្បូរបែបនៅក្នុង Biomarker Technologies។វេទិកាងាយស្រួលប្រើនេះអនុញ្ញាតឱ្យបញ្ជូនរហ័សនៃលំហូរការងារការវិភាគរួមបញ្ចូលគ្នាដោយគ្រាន់តែកំណត់ប៉ារ៉ាម៉ែត្រមូលដ្ឋានមួយចំនួនដែលសមសម្រាប់ទិន្នន័យលំដាប់ DNA ដែលបង្កើតចេញពីវេទិកា Illumina និងវេទិកាលំដាប់ BGI ។វេទិកានេះត្រូវបានដាក់ពង្រាយនៅលើម៉ាស៊ីនមេកុំព្យូទ័រដែលដំណើរការខ្ពស់ ដែលផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ការវិភាគទិន្នន័យប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់ក្នុងរយៈពេលកំណត់។ការជីកយករ៉ែទិន្នន័យផ្ទាល់ខ្លួនអាចរកបានដោយផ្អែកលើការវិភាគស្តង់ដារ រួមទាំងសំណួរហ្សែនដែលបានផ្លាស់ប្តូរ ការរចនាបឋម PCR ជាដើម។
-
mRNA(យោង)
ប្រតិចារិកគឺជាតំណភ្ជាប់រវាងព័ត៌មានហ្សែនហ្សែន និងប្រូតេអូមនៃមុខងារជីវសាស្រ្ត។បទប្បញ្ញត្តិកម្រិតប្រតិចារិកគឺមានសារៈសំខាន់បំផុត និងជាទម្រង់បទប្បញ្ញត្តិដែលត្រូវបានសិក្សាយ៉ាងទូលំទូលាយបំផុតនៃសារពាង្គកាយ។ការធ្វើប្រតិចារិកតាមលំដាប់លំដោយអាចតម្រៀបប្រតិចារិកនៅចំណុចណាមួយក្នុងពេល ឬស្ថិតក្រោមលក្ខខណ្ឌណាមួយ ជាមួយនឹងដំណោះស្រាយត្រឹមត្រូវចំពោះនុយក្លេអូទីតតែមួយ។ វាអាចឆ្លុះបញ្ចាំងយ៉ាងស្វាហាប់អំពីកម្រិតនៃការចម្លងហ្សែន កំណត់អត្តសញ្ញាណ និងកំណត់បរិមាណនៃប្រតិចារឹកដ៏កម្រ និងធម្មតាក្នុងពេលដំណាលគ្នា និងផ្តល់ព័ត៌មានរចនាសម្ព័ន្ធនៃ គំរូប្រតិចារិកជាក់លាក់។
នាពេលបច្ចុប្បន្ននេះ បច្ចេកវិជ្ជា transcriptome sequencing ត្រូវបានគេប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងវិស័យកសិកម្ម ឱសថ និងផ្នែកស្រាវជ្រាវផ្សេងទៀត រួមទាំងបទប្បញ្ញត្តិនៃការអភិវឌ្ឍន៍សត្វ និងរុក្ខជាតិ ការសម្របខ្លួនទៅនឹងបរិស្ថាន អន្តរកម្មនៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ ការធ្វើមូលដ្ឋានីយកម្មហ្សែន ប្រភេទសត្វ ការវិវត្តន៍ហ្សែន និងដុំសាច់ និងការរកឃើញជំងឺហ្សែន។
-
Metagenomics (NGS)
វេទិកាវិភាគនេះត្រូវបានរចនាឡើងសម្រាប់ការវិភាគទិន្នន័យមេតាណមនៃកាំភ្លើងខ្លីដោយផ្អែកលើបទពិសោធន៍ជាច្រើនឆ្នាំ។វាមានដំណើរការការងាររួមបញ្ចូលគ្នាដែលមានការវិភាគមេតាណូមិកដែលត្រូវការជាទូទៅ រួមទាំងដំណើរការទិន្នន័យ ការសិក្សាកម្រិតប្រភេទ ការសិក្សាកម្រិតមុខងារហ្សែន ការដាក់មេតាហ្សែន។ ការកំណត់ប៉ារ៉ាម៉ែត្រ ការបង្កើតតួលេខផ្ទាល់ខ្លួន។ល។
-
LncRNA
RNAs ដែលមិនសរសេរកូដវែង (lncRNA) គឺជាប្រភេទនៃប្រតិចារិកដែលមានប្រវែងវែងជាង 200 nt ដែលមិនអាចសរសេរកូដប្រូតេអ៊ីនបាន។ភ័ស្តុតាងប្រមូលផ្តុំបង្ហាញថាភាគច្រើននៃ lncRNAs ទំនងជាមានមុខងារ។បច្ចេកវិជ្ជានៃការរៀបចំលំដាប់លំដោយកម្រិតខ្ពស់ និងឧបករណ៍វិភាគជីវព័ត៌មានផ្តល់អំណាចឱ្យយើងបង្ហាញលំដាប់លំដោយ lncRNA និងព័ត៌មានកំណត់ទីតាំងកាន់តែមានប្រសិទ្ធភាព និងនាំឱ្យយើងរកឃើញ lncRNAs ជាមួយនឹងមុខងារបទប្បញ្ញត្តិសំខាន់ៗ។BMKCloud មានមោទនភាពក្នុងការផ្តល់ជូនអតិថិជនរបស់យើងនូវវេទិកាវិភាគលំដាប់ lncRNA ដើម្បីសម្រេចបាននូវការវិភាគ lncRNA លឿន គួរឱ្យទុកចិត្ត និងអាចបត់បែនបាន។
-
GWAS
ការសិក្សាអំពីសមាគមជុំវិញហ្សែន (GWAS) មានគោលបំណងកំណត់អត្តសញ្ញាណការប្រែប្រួលហ្សែន (ហ្សែន) ដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈជាក់លាក់ (phenotype) ។ការសិក្សារបស់ GWA ស៊ើបអង្កេតសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនឆ្លងកាត់ហ្សែនទាំងមូលនៃបុគ្គលមួយចំនួនធំ និងព្យាករណ៍ពីសមាគមហ្សែន - ភីណូប្រភេទដោយការវិភាគស្ថិតិនៅកម្រិតប្រជាជន។ការបន្តហ្សែនទាំងមូលអាចរកឃើញនូវការប្រែប្រួលហ្សែនទាំងអស់។ការភ្ជាប់ជាមួយទិន្នន័យ phenotypic GWAS អាចត្រូវបានដំណើរការដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ SNPs, QTLs ដែលទាក់ទងនឹង phenotype និងហ្សែនបេក្ខជន ដែលគាំទ្រយ៉ាងរឹងមាំនូវការបង្កាត់ពូជសត្វ/រុក្ខជាតិទំនើប។SLAF គឺជាយុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀបហ្សែនសាមញ្ញដែលបង្កើតដោយខ្លួនឯង ដែលរកឃើញសញ្ញាសម្គាល់ដែលចែកចាយទូទាំងហ្សែនគឺ SNP ។SNPs ទាំងនេះ ជាសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនម៉ូលេគុល អាចត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់ការសិក្សាអំពីទំនាក់ទំនងជាមួយនឹងលក្ខណៈគោលដៅ។វាគឺជាយុទ្ធសាស្ត្រដ៏មានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណលក្ខណៈស្មុគស្មាញដែលទាក់ទងនឹងការប្រែប្រួលហ្សែន។
-
Nanopore ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ
isoforms ជំនួសដ៏ស្មុគស្មាញ និងអថេរនៅក្នុងសារពាង្គកាយគឺជាយន្តការហ្សែនដ៏សំខាន់សម្រាប់ការគ្រប់គ្រងការបញ្ចេញហ្សែន និងភាពសម្បូរបែបនៃប្រូតេអ៊ីន។ការកំណត់អត្តសញ្ញាណត្រឹមត្រូវនៃរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិកគឺជាមូលដ្ឋានសម្រាប់ការសិក្សាស៊ីជម្រៅនៃគំរូបទប្បញ្ញត្តិនៃការបញ្ចេញហ្សែន។វេទិកាលំដាប់ Nanopore បាននាំមកនូវការសិក្សា transcriptomic ដោយជោគជ័យដល់កម្រិត isoform ។វេទិកាវិភាគនេះត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីវិភាគទិន្នន័យ RNA-Seq ដែលបង្កើតនៅលើវេទិកា Nanopore ដោយផ្អែកលើហ្សែនយោង ដែលសម្រេចបាននូវការវិភាគគុណភាព និងបរិមាណទាំងកម្រិតហ្សែន និងកម្រិតប្រតិចារិក។
