16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● ការអានរយៈពេលវែងបង្ហាញពីលំដាប់ប្រវែងពេញនៃ 16S/18S/ITS
● ការហៅទូរសព្ទមូលដ្ឋានដែលមានភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ជាមួយនឹងមុខងារ PacBio CCS តាមលំដាប់លំដោយ
● គុណភាពបង្ហាញកម្រិតប្រភេទនៅក្នុងចំណារពន្យល់ OTU/ASV
● ការវិភាគ QIIME2 ចុងក្រោយបង្អស់ជាមួយនឹងការវិភាគចម្រុះទាក់ទងនឹងមូលដ្ឋានទិន្នន័យ ចំណារពន្យល់ OTU/ASV ។
● អាចអនុវត្តបានចំពោះការសិក្សាសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណចម្រុះ
● BMK មានបទពិសោធន៍យ៉ាងទូលំទូលាយជាមួយនឹងគំរូជាង 100,000 ក្នុងមួយឆ្នាំ គ្របដណ្តប់ដី ទឹក ឧស្ម័ន ភក់ លាមក ពោះវៀន ស្បែក ទំពាំងបាយជូរ fermentation សត្វល្អិត រុក្ខជាតិ។ល។
● BMKCloud បានសម្របសម្រួលការបកស្រាយទិន្នន័យដែលមានឧបករណ៍វិភាគផ្ទាល់ខ្លួនចំនួន 45
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| លំដាប់វេទិកា | បណ្ណាល័យ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ពេលវេលាបង្វិល |
| PacBio Sequel II | SMRT-កណ្តឹង | ស្លាក 5K/10K/20K | 44 ថ្ងៃធ្វើការ |
ការវិភាគជីវវិទ្យា
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● ចំណារពន្យល់ OTU
● ភាពចម្រុះអាល់ហ្វា
● ភាពចម្រុះបេតា
● ការវិភាគអន្តរក្រុម
● ការវិភាគសមាគមប្រឆាំងនឹងកត្តាពិសោធន៍
● ការព្យាករណ៍ហ្សែនមុខងារ
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
សម្រាប់ការដកស្រង់ DNA:
| ប្រភេទគំរូ | ចំនួនទឹកប្រាក់ | ការប្រមូលផ្តុំ | ភាពបរិសុទ្ធ |
| ការដកស្រង់ DNA | 1 μg | 20 ng / μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
សម្រាប់គំរូបរិស្ថាន៖
| ប្រភេទគំរូ | នីតិវិធីគំរូដែលបានណែនាំ |
| ដី | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;សារធាតុក្រៀមស្វិតដែលនៅសេសសល់ត្រូវតែយកចេញពីផ្ទៃ។កិនបំណែកធំ ៗ និងឆ្លងកាត់តម្រង 2 មម;គំរូ Aliquot នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cyrotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| លាមក | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot គំរូនៅក្នុង EP-tube មាប់មគឬ cryotube សម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| មាតិកាពោះវៀន | គំរូចាំបាច់ត្រូវដំណើរការក្រោមលក្ខខណ្ឌ aseptic ។លាងសម្អាតជាលិកាដែលប្រមូលបានជាមួយ PBS;Centrifuge PBS និងប្រមូល precipitant នៅក្នុង EP-tubes ។ |
| ភក់ | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot សំណាកសំណល់នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cryotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក |
| រូបធាតុទឹក។ | សម្រាប់សំណាកដែលមានបរិមាណអតិសុខុមប្រាណមានកំណត់ ដូចជាទឹកម៉ាស៊ីន ទឹកអណ្តូងជាដើម ប្រមូលទឹកយ៉ាងតិច 1 លី ហើយឆ្លងកាត់តម្រង 0.22 μm ដើម្បីពង្រឹងមីក្រូជីវជាតិនៅលើភ្នាស។ទុកភ្នាសក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
| ស្បែក | ជូតផ្ទៃស្បែកដោយប្រុងប្រយ័ត្នដោយប្រើកប្បាសក្រៀវ ឬកាំបិតវះកាត់ ហើយដាក់វានៅក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
បង្កកសំណាកក្នុងអាសូតរាវរយៈពេល 3-4 ម៉ោង ហើយរក្សាទុកក្នុងអាសូតរាវ ឬ -80 ដឺក្រេ ដល់ការកក់រយៈពេលយូរ។ការដឹកជញ្ជូនគំរូជាមួយទឹកកកស្ងួតត្រូវបានទាមទារ។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
1.អត្រាចំណាំនៃទម្រង់សហគមន៍អតិសុខុមប្រាណដែលមានមូលដ្ឋានលើ V3+V4(Illumina) ធៀបនឹងទម្រង់ពេញ (PacBio) ដែលមានមូលដ្ឋានលើប្រវែង។
(ទិន្នន័យនៃគម្រោងចំនួន 30 ដែលជ្រើសរើសដោយចៃដន្យត្រូវបានអនុវត្តសម្រាប់ស្ថិតិ)
2. អត្រាចំណាំនៃលំដាប់អំព្លីកុនប្រវែងពេញនៅកម្រិតប្រភេទក្នុងប្រភេទគំរូផ្សេងៗគ្នា
3. ការចែកចាយពូជ
4. ដើមឈើ Phylogenetic
ករណី BMK
ការប៉ះពាល់នឹងសារធាតុអាសេនិចធ្វើឱ្យខូចខាតរបាំងពោះវៀន និងការធ្វើឱ្យសកម្មនៃអ័ក្សពោះវៀនដែលនាំឱ្យរលាក និង pyroptosis នៃថ្លើមនៅក្នុងទា
បោះពុម្ពផ្សាយ៖វិទ្យាសាស្រ្តនៃបរិស្ថានសរុប,2021
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
គំរូ៖ ការគ្រប់គ្រងទល់នឹង 8 mg/kg ក្រុមដែលប៉ះពាល់ ATO
ទិន្នផលទិន្នន័យតាមលំដាប់លំដោយ៖ 102,583 លំដាប់ CCS ឆៅសរុប
ការគ្រប់គ្រង៖ 54,518 ± 747 ដែលមានប្រសិទ្ធភាព CCS
ATO-លាតត្រដាង : 45,050 ± 1675 CCS ដែលមានប្រសិទ្ធភាព
លទ្ធផលសំខាន់
ភាពចម្រុះអាល់ហ្វា៖ការប៉ះពាល់នឹង ATO បានផ្លាស់ប្តូរយ៉ាងខ្លាំងនូវភាពសម្បូរបែបនៃអតិសុខុមប្រាណក្នុងពោះវៀន និងភាពសម្បូរបែបនៅក្នុងសត្វទា។
ការវិភាគមេតាស្តាត៖
នៅក្នុងកម្រិត phylum: 2 phyla បាក់តេរីត្រូវបានរកឃើញតែនៅក្នុងក្រុមត្រួតពិនិត្យ
នៅក្នុងកម្រិត genus: ពូជ 6 ត្រូវបានគេរកឃើញខុសគ្នាយ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុងភាពសម្បូរបែបដែលទាក់ទង
នៅក្នុងកម្រិតប្រភេទសត្វ៖ សរុបចំនួន 36 ប្រភេទត្រូវបានសម្គាល់ដោយ 6 ក្នុងចំណោមពួកវាមានភាពខុសប្លែកគ្នាយ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុងភាពសំបូរបែប។
ឯកសារយោង
Thingholm, LB, et al ។"បុគ្គលធាត់ដែលមាន និងគ្មានជំងឺទឹកនោមផ្អែមប្រភេទទី 2 បង្ហាញពីសមត្ថភាពមុខងារ និងសមាសភាពអតិសុខុមប្រាណពោះវៀនខុសៗគ្នា។"Cell Host & Microbe26.2 (2019) ។
