16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● ការកំណត់អត្តសញ្ញាណយ៉ាងរហ័សនៃសមាសធាតុអតិសុខុមប្រាណនៅក្នុងគំរូបរិស្ថានដោយគ្មានភាពឯកោ និងឆាប់រហ័ស
● គុណភាពបង្ហាញខ្ពស់នៅក្នុងសមាសធាតុដែលមានបរិមាណតិចនៅក្នុងគំរូបរិស្ថាន
● ការវិភាគ QIIME2 ចុងក្រោយបង្អស់ជាមួយនឹងការវិភាគចម្រុះទាក់ទងនឹងមូលដ្ឋានទិន្នន័យ ចំណារពន្យល់ OTU/ASV ។
● ការបញ្ជូនតខ្ពស់ ភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ជាង
● អាចអនុវត្តបានចំពោះការសិក្សាសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណចម្រុះ
● BMK មានបទពិសោធន៍យ៉ាងទូលំទូលាយជាមួយនឹងគំរូជាង 100,000 ក្នុងមួយឆ្នាំ គ្របដណ្តប់ដី ទឹក ឧស្ម័ន ភក់ លាមក ពោះវៀន ស្បែក ទំពាំងបាយជូរ fermentation សត្វល្អិត រុក្ខជាតិ។ល។
● BMKCloud បានសម្របសម្រួលការបកស្រាយទិន្នន័យដែលមានឧបករណ៍វិភាគផ្ទាល់ខ្លួនចំនួន 45
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| លំដាប់វេទិកា | បណ្ណាល័យ | ទិន្នផលទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ពេលវេលាបង្វិលតាមការប៉ាន់ស្មាន |
| វេទិកា Illumina NovaSeq | PE250 | ស្លាក 50K/100K/300K | 30 ថ្ងៃ។ |
ការវិភាគជីវវិទ្យា
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● ចំណារពន្យល់ OTU
● ភាពចម្រុះអាល់ហ្វា
● ភាពចម្រុះបេតា
● ការវិភាគអន្តរក្រុម
● ការវិភាគសមាគមប្រឆាំងនឹងកត្តាពិសោធន៍
● ការព្យាករណ៍ហ្សែនមុខងារ
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
សម្រាប់ការដកស្រង់ DNA:
| ប្រភេទគំរូ | ចំនួនទឹកប្រាក់ | ការប្រមូលផ្តុំ | ភាពបរិសុទ្ធ |
| ការដកស្រង់ DNA | ＞ ៣០ ង | 1 ng / μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
សម្រាប់គំរូបរិស្ថាន៖
| ប្រភេទគំរូ | នីតិវិធីគំរូដែលបានណែនាំ |
| ដី | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;សារធាតុក្រៀមស្វិតដែលនៅសេសសល់ត្រូវតែយកចេញពីផ្ទៃ។កិនបំណែកធំ ៗ និងឆ្លងកាត់តម្រង 2 មម;គំរូ Aliquot នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cyrotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| លាមក | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot គំរូនៅក្នុង EP-tube មាប់មគឬ cryotube សម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| មាតិកាពោះវៀន | គំរូចាំបាច់ត្រូវដំណើរការក្រោមលក្ខខណ្ឌ aseptic ។លាងសម្អាតជាលិកាដែលប្រមូលបានជាមួយ PBS;Centrifuge PBS និងប្រមូល precipitant នៅក្នុង EP-tubes ។ |
| ភក់ | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot សំណាកសំណល់នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cryotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក |
| រូបធាតុទឹក។ | សម្រាប់សំណាកដែលមានបរិមាណអតិសុខុមប្រាណមានកំណត់ ដូចជាទឹកម៉ាស៊ីន ទឹកអណ្តូងជាដើម ប្រមូលទឹកយ៉ាងតិច 1 លី ហើយឆ្លងកាត់តម្រង 0.22 μm ដើម្បីពង្រឹងមីក្រូជីវជាតិនៅលើភ្នាស។ទុកភ្នាសក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
| ស្បែក | ជូតផ្ទៃស្បែកដោយប្រុងប្រយ័ត្នដោយប្រើកប្បាសក្រៀវ ឬកាំបិតវះកាត់ ហើយដាក់វានៅក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
បង្កកសំណាកក្នុងអាសូតរាវរយៈពេល 3-4 ម៉ោង ហើយរក្សាទុកក្នុងអាសូតរាវ ឬ -80 ដឺក្រេ ដល់ការកក់រយៈពេលយូរ។ការដឹកជញ្ជូនគំរូជាមួយទឹកកកស្ងួតត្រូវបានទាមទារ។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
1. ការចែកចាយពូជ
2. ផែនទីកំដៅ៖ ចង្កោមភាពសម្បូរបែបនៃប្រភេទ
ខ្សែកោងបក្សពួកដ៏កម្រ
4. ការវិភាគ NMDS
5. ការវិភាគលើលេស
ករណី BMK
បុគ្គលធាត់ដែលមាន និងគ្មានជំងឺទឹកនោមផ្អែមប្រភេទទី 2 បង្ហាញពីសមត្ថភាព និងសមាសភាពនៃអតិសុខុមប្រាណពោះវៀនខុសៗគ្នា
បោះពុម្ពផ្សាយ៖Cell Host & Microbe ឆ្នាំ 2019
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
ជំងឺទឹកនោមផ្អែមគ្មានខ្លាញ់ (n=633);ធាត់មិនមែនជំងឺទឹកនោមផ្អែម (n=494);ជំងឺទឹកនោមផ្អែមប្រភេទទី 2 (n=153);
តំបន់គោលដៅ៖ 16S rDNA V1-V2
វេទិកា៖ Illumina Miseq (លំដាប់ amplicon ដែលមានមូលដ្ឋានលើ NGS)
សំណុំរងនៃការដកស្រង់ DNA ត្រូវបានទទួលរងនូវលំដាប់មេតាណុលនៅលើ Illumina Hiseq
លទ្ធផលសំខាន់
ទម្រង់អតិសុខុមប្រាណនៃជំងឺមេតាបូលីសទាំងនេះត្រូវបានបែងចែកដោយជោគជ័យ។
ដោយការប្រៀបធៀបលក្ខណៈអតិសុខុមប្រាណដែលបង្កើតដោយ 16S លំដាប់លំដោយ ភាពធាត់ត្រូវបានគេរកឃើញថាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងការផ្លាស់ប្តូរសមាសភាពអតិសុខុមប្រាណ លក្ខណៈបុគ្គល ជាពិសេសការថយចុះគួរឱ្យកត់សម្គាល់នៅក្នុង Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes ជាដើម។ លើសពីនេះ T2D ត្រូវបានគេរកឃើញថាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងការកើនឡើងនៃ Escherichia/shigella .
ឯកសារយោង
Thingholm, LB, et al ។"បុគ្គលធាត់ដែលមាន និងគ្មានជំងឺទឹកនោមផ្អែមប្រភេទទី 2 បង្ហាញពីសមត្ថភាពមុខងារ និងសមាសភាពអតិសុខុមប្រាណពោះវៀនខុសៗគ្នា។"Cell Host & Microbe26.2 (2019) ។
