-
Толық ұзындықтағы мРНҚ секвенирлеуі-Нанопора
РНҚ секвенциясы транскриптомды жан-жақты талдау үшін баға жетпес құрал болды.Дәстүрлі қысқа оқу секвенциясы мұнда көптеген маңызды дамуға қол жеткізгені сөзсіз.Соған қарамастан, ол толық ұзындықтағы изоформды идентификациялауда, сандық анықтауда, ПТР ауытқуында шектеулерге жиі кездеседі.
Нанопора секвенциясы басқа секвенирлеу платформаларынан ерекшеленеді, өйткені нуклеотидтер ДНҚ синтезінсіз тікелей оқылады және ондаған килобазаларда ұзақ оқуды жасайды.Бұл толық метражды транскрипттерді тікелей оқуға және изоформа деңгейіндегі зерттеулердегі қиындықтарды шешуге мүмкіндік береді.
Платформа:Nanopore PromethION
Кітапхана:cDNA-ПТР
-
De novo Толық ұзындықты транскриптомды секвенирлеу -PacBio
De novoтолық ұзындықтағы транскриптомды секвенирлеу, сонымен қатар белгіліDe novoIso-Seq оқу ұзақтығы бойынша PacBio секвенсерінің артықшылықтарын алады, бұл толық ұзындықтағы кДНҚ молекулаларын үзіліссіз секвенирлеуге мүмкіндік береді.Бұл транскрипт құрастыру қадамдарында жасалған кез келген қателерді толығымен болдырмайды және изоформа деңгейіндегі ажыратымдылығы бар униген жиындарын құрастырады.Бұл униген жиынтығы транскриптом деңгейінде «анықтамалық геном» ретінде күшті генетикалық ақпаратты береді.Бұған қоса, келесі ұрпақ секвенирлеу деректерімен біріктіре отырып, бұл қызмет изоформа деңгейіндегі өрнектің дәл сандық мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді.
Платформа: PacBio Sequel IIКітапхана: SMRT қоңырау кітапханасы -
Эукариоттық мРНҚ секвенирлеу-Иллюмин
мРНҚ реттілігі белгілі бір жағдайларда жасушалардан транскрипцияланған барлық мРНҚ профилін жасауға мүмкіндік береді.Бұл гендердің экспрессиялық профилін, гендік құрылымдар мен кейбір биологиялық процестердің молекулалық механизмдерін ашудың қуатты технологиясы.Бүгінгі күні мРНҚ секвенциясы іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада, дәрілік заттарды әзірлеуде және т.б. кеңінен қолданылды.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Анықтамалық емес мРНҚ секвенциясы-Illumina
mRNA секвенциясы кейбір арнайы функциялар белсендірілетін белгілі бір кезеңде эукариоттың хабаршы РНҚ-сын (мРНҚ) түсіру үшін келесі ұрпақ секвенирлеу әдісін (NGS) қолданады.Біріктірілген ең ұзын транскрипт «Unigene» деп аталды және кейінгі талдау үшін анықтамалық реттілік ретінде пайдаланылды, ол сілтемесіз түрдің молекулалық механизмі мен реттеуші желісін зерттеудің тиімді құралы болып табылады.
Транскриптомдық деректерді жинау және унигендік функционалды аннотациядан кейін
(1) SNP талдауы, SSR талдауы, CDS болжамы және ген құрылымы алдын ала құрастырылады.
(2) Әрбір үлгідегі унигендік өрнектің квантификациясы орындалады.
(3) Үлгілер (немесе топтар) арасындағы дифференциалды унигендер унигендік өрнек негізінде ашылады.
(4) Кластерлеу, функционалдық аннотациялау және дифференциалданған унигендерді байыту талдауы орындалады.
-
Ұзақ кодталмаған реттілік-Illumina
Ұзын кодталмаған РНҚ (lncRNAs) - өте төмен кодтау потенциалымен сипатталатын ұзындығы 200 нт-тен асатын РНҚ молекулаларының бір түрі.LncRNA кодталмаған РНҚ-ның негізгі мүшесі ретінде негізінен ядро мен плазмада кездеседі.Секвенирлеу технологиясы мен биоинформатиканың дамуы көптеген жаңа lncRNA-ларды анықтауға және оларды биологиялық функциялармен байланыстыруға мүмкіндік береді.Жинақтаушы деректер lncRNA эпигенетикалық реттеуге, транскрипцияны реттеуге және транскрипциядан кейінгі реттеуге кеңінен қатысатынын көрсетеді.
-
Кіші РНҚ секвенциясы-Иллюмин
Кіші РНҚ әдетте ұзындығы 200 нт-тан аз кодталмаған РНҚ молекулаларының класына жатады, соның ішінде микро РНҚ (миРНҚ), кіші интерференциялық РНҚ (siRNA) және пивимен әрекеттесетін РНҚ (piRNA).
МикроРНҚ (миРНҚ) — жасушаларда әртүрлі маңызды реттеуші рөлдерді атқаратын ұзындығы шамамен 20-24 нт болатын эндогенді шағын РНҚ класы.миРНҚ көптеген тіршілік процестеріне қатысады, олар тіндердің – спецификалық және сатылық – спецификалық экспрессияны ашады және әртүрлі түрлерде жоғары деңгейде сақталады.
-
circRNA секвенирлеу-Illumina
Тұтас транскриптомдық реттілік белгілі бір уақытта белгілі бір жасушалармен транскрипцияланатын кодтаушы (mRNA) және кодталмаған РНҚ-ларды (соның ішінде lncRNA, circRNA және miRNA) қоса алғанда, РНҚ молекулаларының барлық түрлерін профильдеу үшін жасалған.Тұтас транскриптомды секвенирлеу, сонымен қатар «жалпы РНҚ секвенциясы» деп те аталады, транскриптом деңгейінде жан-жақты реттеуші желілерді ашуға бағытталған.NGS технологиясының артықшылығын пайдалана отырып, функционалдық сипаттамаға алғашқы қадамды қамтамасыз ететін цРНҚ талдауы мен бірлескен РНҚ талдауы үшін бүкіл транскриптом өнімдерінің тізбектері қол жетімді.ЦиркРНҚ-миРНҚ-мРНҚ негізіндегі цРНҚ реттеуші желісін ашу.
-
Тұтас транскриптомды секвенирлеу – Illumina
Тұтас транскриптомдық реттілік белгілі бір уақытта белгілі бір жасушалармен транскрипцияланатын кодтаушы (mRNA) және кодталмаған РНҚ-ларды (соның ішінде lncRNA, circRNA және miRNA) қоса алғанда, РНҚ молекулаларының барлық түрлерін профильдеу үшін жасалған.Тұтас транскриптомды секвенирлеу, сонымен қатар «жалпы РНҚ секвенциясы» деп те аталады, транскриптом деңгейінде жан-жақты реттеуші желілерді ашуға бағытталған.NGS технологиясының артықшылығын пайдалана отырып, функционалдық сипаттамаға алғашқы қадамды қамтамасыз ететін цРНҚ талдауы мен бірлескен РНҚ талдауы үшін бүкіл транскриптом өнімдерінің тізбектері қол жетімді.ЦиркРНҚ-миРНҚ-мРНҚ негізіндегі цРНҚ реттеуші желісін ашу.
-
Прокариоттық РНҚ секвенциясы
Прокариоттық РНҚ секвенциясы өзгеретін жасушалық транскриптомды талдау арқылы белгілі бір сәтте РНҚ-ның болуын және санын анықтау үшін келесі ұрпақ секвенирлеуін (NGS) пайдаланады.Біздің компанияның прокариоттық РНҚ секвенциясы анықтамалық геномдары бар прокариоттарға бағытталған, сізге транскриптомды профильдеу, ген құрылымын талдау және т.б. қамтамасыз етеді. Ол іргелі ғылыми зерттеулерге, дәрілік заттарды зерттеу мен әзірлеуге және т.б. кеңінен қолданылды.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Метатранскриптомды реттілік
Метатранскриптомды секвенирлеу микробтардың (эукариоттардың да, прокариоттардың да) табиғи ортадағы (яғни, топырақ, су, теңіз, нәжіс және ішек.) ген экспрессиясын анықтайды. Атап айтқанда, бұл қызметтер күрделі микробтық қауымдастықтың гендік экспрессия профилін алуға, таксономиялық талдауға мүмкіндік береді. түрлердің, әртүрлі экспрессияланған гендердің функционалдық байыту талдауы және т.б.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
