Ерекше локусты күшейтілген фрагмент тізбегі (SLAF-кезегі)
Қызмет мәліметтері
Техникалық схема
Жұмыс барысы
Қызметтің артықшылықтары
Маркерді табудың жоғары тиімділігі- Жоғары өнімді секвенирлеу технологиясы SLAF-Seq-ке бүкіл геномдағы жүздеген мың тегтерді табуға көмектеседі.
Геномға төмен тәуелділік- Оны анықтамалық геномы бар немесе онсыз түрлерге қолдануға болады.
Икемді схемалық дизайн- Бір ферментті, қосарлы ферментті, көп ферментті ас қорытуды және ферменттердің әртүрлі түрлерінің барлығын әртүрлі зерттеу мақсаттарын немесе түрлерін қанағаттандыру үшін таңдауға болады.Силикода алдын ала бағалау ферменттің оңтайлы дизайнын қамтамасыз ету үшін қолданылады.
Тиімді ферментативті ас қорыту- Ресми экспериментті тұрақты және сенімді ететін шарттарды оңтайландыру үшін алдын ала эксперимент жүргізілді.Фрагменттерді жинау тиімділігі 95%-дан асады.
Біркелкі бөлінген SLAF тегтері- SLAF тегтері барлық хромосомаларда біркелкі таралып, 4 кб-қа орташа 1 SLAF-қа жетеді.
Қайталануды тиімді болдырмау- SLAF-Seq деректеріндегі қайталанатын реттілік 5%-дан төменге дейін төмендейді, әсіресе қайталану деңгейі жоғары түрлерде, мысалы, бидай, жүгері және т.б.
Үлкен тәжірибе-Өсімдіктерді, сүтқоректілерді, құстарды, жәндіктерді, акваорганизмдерді және т.б. қамтитын жүздеген түрлер бойынша 2000-нан астам жабық SLAF-Seq жобалары.
Өздігінен әзірленген биоинформатикалық жұмыс процесі- SLAF-Seq үшін біріктірілген биоинформатикалық жұмыс үрдісін BMKGENE соңғы нәтиженің сенімділігі мен дәлдігін қамтамасыз ету үшін әзірледі.
Қызмет сипаттамалары
| Платформа | Конс.(нг/гл) | Барлығы (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(том>15μl) | 1,6-2,5 |
Ұсынылатын реттілік стратегиясы
Тізбектеу тереңдігі: 10X/Tag
| Геном мөлшері | Ұсынылатын SLAF тегтері |
| < 500 Мб | 100K немесе WGS |
| 500 Мб- 1 Гб | 100 К |
| 1 Гб -2 Гб | 200 К |
| Алып немесе күрделі геномдар | 300 - 400 мың |
| Қолданбалар
| Ұсынылады Популяция шкаласы
| Тізбектеу стратегиясы және тереңдігі
| |
| Тереңдігі
| Тег нөмірі
| ||
| GWAS
| Үлгі нөмірі ≥ 200
| 10X
|
Сәйкес геном мөлшері
|
| Генетикалық эволюция
| Әрқайсысының жеке тұлғалары кіші топ ≥ 10; жалпы үлгілер ≥ 30
| 10X
| |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі
Үлгілердің көпшілігі үшін этанолда сақтамауды ұсынамыз.
Үлгілерді таңбалау: Үлгілер нақты таңбалануы және ұсынылған үлгі ақпаратының пішінімен бірдей болуы керек.
Жеткізу: Құрғақ мұз: Үлгілерді алдымен қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
Қызметтің жұмыс процесі
QC үлгісі
Пилоттық эксперимент
SLAF-эксперимент
Кітапханаға дайындық
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1. Карта нәтижесінің статистикасы
2. SLAF маркерін әзірлеу
3. Вариациялық аннотация
| Жыл | Журнал | IF | Тақырып | Қолданбалар |
| 2022 | Табиғат коммуникациялары | 17,694 | Ағаш пионының гига-хромосомалары мен гига-геномының геномдық негізі Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Жаңа фитолог | 7.433 | Үй шаруашылығының іздері агрономиялық маңызы бар геномдық аймақтарды бекітеді соя бұршақтары | SLAF-GWAS |
| 2022 | Advanced Research журналы | 12.822 | Gossypium barbadense-тің G. hirsutum ішіне геномдық жасанды интрогрессиялары мақта талшығының сапасы мен шығымдылығын бір мезгілде жақсарту үшін жоғары локустарды анықтау қасиеттер | SLAF-эволюциялық генетика |
| 2019 | Молекулярлық өсімдік | 10.81 | Популяциялық геномдық талдау және Де Ново ассамблеясы арамшөптердің шығу тегін көрсетеді Күріш эволюциялық ойын ретінде | SLAF-эволюциялық генетика |
| 2019 | Табиғат генетикасы | 31.616 | Кәдімгі тұқы, Cyprinus carpio балығының геномдық тізбегі және генетикалық әртүрлілігі | SLAF-Linkage картасы |
| 2014 | Табиғат генетикасы | 25.455 | Өсірілген жержаңғақ геномы бұршақ дақылдарының кариотиптері, полиплоидтары туралы түсінік береді. эволюциясы және өсімдік шаруашылығы. | SLAF-Linkage картасы |
| 2022 | Өсімдік биотехнологиясы журналы | 9.803 | ST1 идентификациясы тұқым морфологиясының автостоппен айналысатын таңдауын көрсетеді және сояны қолға үйрету кезіндегі май мөлшері | SLAF-Маркердің дамуы |
| 2022 | Молекулалық ғылымдардың халықаралық журналы | 6.208 | Бидай-Леймус моллис 2Ns (2D) үшін идентификация және ДНҚ маркерін әзірлеу Дисомдық хромосомалардың алмастырылуы | SLAF-Маркердің дамуы |
