Өнімдер

Өсімдіктердің/жануарлардың тұтас геномының реттілігі

Өсімдік/жануарлардың тұтас геномының реттілігі Таңдаулы кескін

Бір нуклеотидті полиморфизм (SNP), кірістіру жойылуы (InDel), құрылымның өзгеруі (SV) және көшірме санының өзгеруі (CNV) қоса алғанда, WGS деп те аталатын тұтас геномды қайта секвенирлеу бүкіл геномдағы жалпы және сирек мутацияларды анықтауға мүмкіндік береді. ).SVs SNP-ге қарағанда вариациялық базаның үлкен бөлігін құрайды және тірі организмдерге айтарлықтай әсер ететін геномға көбірек әсер етеді.Ұзақ оқылатын қайта секвенирлеу үлкен фрагменттерді және күрделі вариацияларды дәлірек анықтауға мүмкіндік береді, себебі ұзақ оқулар тандемді қайталаулар, GC/AT-қа бай аймақтар және гипер-айнымалы аймақтар сияқты күрделі аймақтар арқылы хромосомалық айқасуды әлдеқайда жеңілдетеді.

Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore

Бізбен хабарласыңы

Қызмет мәліметтері

Демо нәтижесі

Таңдаулы басылым

1.Қызметтің артықшылықтары

1000-нан астам түр үшін геномды секвенирлеуде үлкен тәжірибе.

Жинақтаушы импакт-факторы 4000-нан асатын 800-ден астам жарияланған істер.

Вариацияларды шақыру және функцияларды талдау бойынша кешенді биоинформатикалық талдау.

2. Қызмет көрсету сипаттамалары

Платформа		Кітапхана	Ұсынылатын қатар тереңдігі
Иллюмин		PE 150	SNP үшін InDel шақыру ≥ 10x SV, CNY қоңыраулары үшін ≥ 30x
Нанопора		8 кб	SV, CNY қоңыраулары үшін ≥ 20x
Пакбио	CCS	15 кб	≥ 10x қоңырау шалатын SNP, InDel, SV, CNY үшін

3. Үлгіге қойылатын талаптар

Платформа		Конц.(ng/μL)	Сома (нг)	Тазалық		Агарозды гель
				OD260/280	OD260/230	1. Негізгі жолақты жоқ немесе шектеусіз өшіріңізгельде деградация байқалады. 2. РНҚ немесе ақуыз ластануы жоқ немесе шектеулі
Иллюмин		≥1	≥30	-	-
Нанопора		≥30	Деректер шығымына байланысты 10мкг/клетка	1.7-2.2	≥1,5
Пакбио	CCS	≥50		1.7-2.2	1,8-2,5

4. Биоақпараттық талдау

5. Қызметтің жұмыс ағыны

Үлгіні жеткізу

ДНҚ экстракциясы

Кітапхана құрылысы

Тізбектеу

Деректерді талдау

Деректерді жеткізу

Алдыңғы: BMKMANU S1000 кеңістіктік транскриптом

Келесі: Бір ядролы РНҚ секвенциясы

1) Геномды картаға түсіру статистикасы

1-кесте Карталау нәтижесінің статистикасы

1-сурет Кірістіру өлшемін және оқуды қамтуды бөлу.

2) Вариацияны анықтау

Сурет 2 Үлгілер арасындағы SNP/INDEL/SV статистикасы мен аннотациясы

3-сурет Ватациялардың геном бойынша таралуы

3) Вариациялардың функционалды аннотациясы

2019	Табиғат коммуникациялары	Тұтас геномды қайта секвенирлеу Brassica napus шығу тегі мен оны жақсартуға қатысатын генетикалық локустарды көрсетеді.
2020	PNAS	Алтын балықтың (Carassius auratus) эволюциялық шығу тегі және қолға үйретілу тарихы
2021	Өсімдік биотехнологиясы журналы	Екі өсірілген джут түрінің анықтамалық геномдары
2021	Өсімдік биотехнологиясы журналы	Өсімдік және майлы дақылдардың аллополиплоидты Brassicajuncea геномдық белгілері және глюкозинолаттардың жинақталуын бақылайтын генетикалық локустар
2019	Молекулярлық өсімдік	Дүниежүзілік рапс қосындыларының топтамасының тұтас геномдық қайта секвенциясы олардың экотиптік дивергенциясының генетикалық негізін ашады.
2022	Бау-бақша шаруашылығын зерттеу	Геномдық қауымдастықтың талдауы қарбыз тұқымының мөлшерінің табиғи өзгеруіне молекулалық түсінік береді.
2021	Эксперименттік ботаника журналы	Геномдық қауымдастықтың зерттеуі мақтада суыққа төзімділікті беретін GhSAD1 нұсқаларын анықтайды
2021	Эксперименттік ботаника журналы	Геномдық қауымдастықты зерттеу және транскриптомды салыстыру рапс тұқымындағы гүл жапырақшаларының мөлшерін бақылайтын жаңа QTL және кандидат гендерін көрсетеді.