Өнімдер

Анықтамалық емес mRNA Sequencing-Illumina негізіндегі

Анықтамалық емес mRNA Sequencing-Illumina Таңдаулы кескін

mRNA секвенциясы кейбір арнайы функциялар белсендірілетін белгілі бір кезеңде эукариоттың хабаршы РНҚ-сын (мРНҚ) түсіру үшін келесі ұрпақ секвенирлеу әдісін (NGS) қолданады.Біріктірілген ең ұзын транскрипт «Unigene» деп аталды және кейінгі талдау үшін анықтамалық тізбек ретінде пайдаланылды, ол сілтемесіз түрдің молекулалық механизмі мен реттеуші желісін зерттеудің тиімді құралы болып табылады.

Транскриптомдық деректерді жинау және унигендік функционалды аннотациядан кейін

(1) SSR талдауы, CDS болжамы және ген құрылымы алдын ала құрастырылады.

(2) Әрбір үлгідегі унигендік өрнектің квантификациясы орындалады.

(3) Үлгілер (немесе топтар) арасындағы дифференциалды унигендер унигендік өрнек негізінде ашылады.

(4) Кластерлеу, функционалдық аннотациялау және дифференциалданған унигендерді байыту талдауы орындалады.

Бізбен хабарласыңы

Қызмет мәліметтері

Биоинформатика

Демо нәтижелері

Кейс зерттеу

Ерекше өзгешеліктері

● Кез келген анықтамалық геномға тәуелсіз,

● Деректерді транскрипттердің құрылымы мен өрнектерін талдау үшін пайдалануға болады

● Айнымалыларды кесу сайттарын анықтау

Қызметтің артықшылықтары

● BMKCloud негізіндегі нәтижені жеткізу: нәтижелер BMKCloud платформасы арқылы деректер файлы және интерактивті есеп ретінде жеткізіледі, бұл күрделі талдау нәтижелерін пайдаланушыға ыңғайлы оқуға және стандартты биоинформатика талдауы негізінде реттелетін деректерді өңдеуге мүмкіндік береді.

● Сатудан кейінгі қызметтер: Жоба аяқталғаннан кейін 3 ай бойы жарамды сатылымнан кейінгі қызметтер, соның ішінде жобаларды бақылау, ақаулықтарды жою, нәтижелерді сұрақ-жауап және т.б.

Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу

Үлгіге қойылатын талаптар:

Нуклеотидтер:

Конс.(нг/мкл)

Мөлшері (мкг)

Тазалық

Тұтастық

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ.

Өсімдіктер үшін: RIN≥6,5;

Жануарлар үшін: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік

Тін: Салмағы (құрғақ): ≥1 г
*5 мг-ден аз тіндер үшін флэш мұздатылған (сұйық азотта) тін үлгісін жіберуді ұсынамыз.

Жасуша суспензиясы: жасуша саны = 3×10⁷
*Мұздатылған жасуша лизатын жөнелтуді ұсынамыз.Бұл ұяшық 5×10-нан аз болған жағдайда⁵, сұйық азотта мұздатылған жарқыл ұсынылады.

Қан үлгілері:
PA×genBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол және 2 мл қан (ТРИзол: Қан = 3: 1)

Ұсынылатын үлгіні жеткізу

Контейнер:
2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

жөнелту:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2.RNAstable түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.

Қызметтің жұмыс ағыны

Эксперимент дизайны

Үлгіні жеткізу

РНҚ экстракциясы

Кітапхана құрылысы

Тізбектеу

Деректерді талдау

Сатудан кейінгі қызметтер

Алдыңғы: Ұзақ кодталмаған реттілік-Illumina

Келесі: Эукариоттық мРНҚ секвенирлеу-Иллюмин

Биоинформатика

1.mRNA(denovo) Жинақтау принципі

Үшбірлік бойынша оқулар K-mer деп аталатын кішірек бөліктерге бөлінеді.Бұл K-мерс кейін контигтерге ұзартылатын тұқымдар ретінде пайдаланылады, содан кейін контиг қабаттасуына негізделген құрамдас.Соңында, де Брюйн компоненттердегі транскрипттерді тану үшін қолданылды.

мРНҚ-(Де-ново)-Үштікке шолу

mRNA (De novo) Үшбірлікке шолу

2.mRNA (De novo) Гендердің экспрессия деңгейінің таралуы

RNA-Seq ген экспрессиясын жоғары сезімтал бағалауға қол жеткізе алады.Әдетте, FPKM өрнек транскрипттерінің анықталатын диапазоны 10^-2 мен 10^6 аралығында болады.

mRNA-(De-novo)-Әрбір үлгідегі FPKM тығыздығының таралуы

mRNA (De novo) Әрбір үлгідегі FPKM тығыздығының таралуы

3.mRNA (De novo) GO DEGs байыту талдауы

GO (Gene Ontology) деректер базасы ген және ген өнімдері функцияларының стандартты сөздік қорын қамтитын құрылымдық биологиялық аннотация жүйесі болып табылады.Ол бірнеше деңгейлерден тұрады, мұнда деңгей неғұрлым төмен болса, функциялар соғұрлым нақты болады.

mRNA-(De-novo)-GO-деңгейдегі-DEGs-классификациясы

mRNA (De novo) GO екінші деңгейдегі DEG классификациясы

BMK ісі

Пиязда (Allium cepa L.) пияздың ісінуі және дамуы кезіндегі сахароза метаболизмінің транскриптомдық талдауы

Жарияланды: өсімдіктанудағы шекаралар， 2016 ж

Тізбектеу стратегиясы

Illumina HiSeq2500

Үлгі жинау

Бұл зерттеуде Юта сары тәтті Испанияның «Y1351» сорты қолданылды.Жиналған үлгілердің саны болды
Шамның (диаметрі 2 см және салмағы 3-4 г), 30-шы DAS (диаметрі 5 см және салмағы 100-110 г) ісінуінен (DAS) кейін 15-ші күн және 40-шы DAS (диаметрі 7 см және) ~ 3. 260–300 грамм).

Негізгі нәтижелер

1. Венн диаграммасында даму кезеңдерінің барлық үш жұпында барлығы 146 DEG анықталды.
2. «Көмірсулардың тасымалдануы және метаболизмі» тек 585 унигенмен ұсынылған (яғни, аннотацияланған COG 7%).
3. GO дерекқорына сәтті аннотацияланған Unigenes шамдар дамуының үш түрлі кезеңі үшін үш негізгі санатқа жіктелді.«Биологиялық процесс» негізгі категориясының көпшілігі «зат алмасу процесі», одан кейін «жасушалық процесс» болды.«Молекулалық функцияның» негізгі категориясында ең көп ұсынылған екі категория «байланыстыру» және «каталитикалық белсенділік» болды.

PB-толық метражды-РНҚ-реттеу-жағдай-зерттеу

Ортологиялық топтардың кластерлерінің гистограммасы (COG) классификациясы

Үш даму кезеңіндегі шамдардан алынған унигендер үшін гендік онтологияның (GO) классификациясының гистограммасы

Пияз пиязының дамуының кез келген екі сатысында дифференциалды түрде көрсетілген гендерді көрсететін Венн диаграммасы

Анықтама

Чжан Ц, Чжан Х, Чжан З және т.б.Пиязда (Allium cepa L.) [J] пияздың ісінуі және дамуы кезіндегі сахароза метаболизмінің транскриптомдық талдауы.Өсімдіктер ғылымындағы шекаралар, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425