ГЕНОМ ЭВОЛЮЦИЯСЫ
Жаңа геном
Құрастыру|Жынысты анықтау Бүкіл реттілік жұмыстары мен ішінара биоинформатикалық қызметтерді Biomarker Techonologies қамтамасыз етті.
Аннотация
«Теңіз айдаһарларының таңғажайып фенотипіне жапырақ тәрізді қосалқылар, тіссіз түтікшелі ауыз және ұрықтанған жұмыртқаларды ашық «тұқымды патчта» инкубациялаумен байланысты еркектік жүктілік жатады.Біз кәдімгі теңіз айдаһарының (Phyllopteryx taeniolatus) және оның жақын туысқан түрі, аллигатор пияз балығының (Syngnathoides biaculeatus) аталық және аналық геномдарын жаңадан ретке келтірдік.Эволюциялық жаңалықтан алынған транскрипция профильдері, жапырақ тәрізді қосымшалар, әдетте финнің дамуына қатысатын гендер жиынтығы, сондай-ақ тіндердің әлеуетті қалпына келуі және иммундық қорғаныс гендері үшін транскрипттердің байытылғанын көрсетеді.Барлық сингнатидтерде жоғалған scpp5 зебрабалығы мутанттарында жұтқыншақ тістері жоқ немесе деформацияланған, scpp5 жоғалуы сингнатидтердегі тістердің жоғалуына ықпал етті деген гипотезаны растады.Кәдімгі теңіз айдаһары мен аллигатор балықтары ортақ еркектерге тән amhr2y генін кодтайтын болжамды жынысты анықтаушы локус анықталды. »
Материалдар мен тәсілдер:
Материалдар
Fбіздің ортақ теңіз айдаһары (P. taeniolatus) және екі аллигатор құбыр балығы (S. biaculeatus) үлгілер.Тұтас геномды секвенирлеу үшін екі кәдімгі теңіз айдаһар (бір аталық және бір аналық) және екі аллигатор пиязы (бір аталық және бір аналық) даралары, ал геномды қайта секвенирлеу үшін басқа екі еркек кәдімгі теңіздрагон даралары пайдаланылды.
Геномды секвенирлеу стратегиясы
270/350 bp кітапханасы (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) немесе Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). секвенирлеу және геномды қайта секвенирлеу үшін басқа екі еркек кәдімгі теңіз айдаһар жеке тұлғалары пайдаланылды.
Транскриптомды реттілік
Fнемесе кәдімгі теңіз айдаһары, ми, көз, желбезек, бауыр, жүрек, бүйрек, мезентерия, ішек, бұлшық ет, желбезек, тері, жапырақ тәрізді қосалқылар, аталық бездер және аналық бездер алынды.
Genome de novo құрастыру стратегиясы
Canu (түзету) + WTDBG2 (құрастыру) + Pilon (поляк) + Lachesis (Hi-C).
Негізгі нәтижелер
Сурет 1. Кәдімгі теңіз айдаһарының (P. taeniolatus) және аллигатордың (S. biaculeatus) негізгі белгілері және олардың филогенетикалық орындары.
2-сурет. Кәдімгі теңіз айдаһарындағы (P. taeniolatus) жапырақ тәрізді қосымшалардың морфологиясы мен генетикалық құрылымы.
3-сурет. Кәдімгі теңіз айдаһарындағы (P. taeniolatus) және аллигатордың (S. biaculeatus) жынысын анықтау гені.
4-сурет. Зебрабалық scpp5 гомозиготалы мутанттардағы жұтқыншақ тістерінің фенотиптері.
Жіберу уақыты: 08 қаңтар 2022 ж