GWAS
Тақырып: Тұтас геномды қайта секвенирлеу Brassica napus шығу тегі мен оны жақсартуға қатысатын генетикалық локустарды көрсетеді
Журнал: Табиғат коммуникациялары
NGS |WGS |Қайта құру |GWAS |Транскриптом |RNAseq |Brassica napus |Эволюция |Үй шаруашылығы
Бұл зерттеуде Biomarker Technologies NGS секвенирлеу бойынша қызметтерді, сонымен қатар секвенирлеу деректері бойынша биоинформатикалық талдау бойынша техникалық қолдау көрсетті.
Фон
Брассика напус(рапс) маңызды майлы дақыл болып табылады және полиплоидты түрлену, эволюция және селекция процестерін зерттеу үшін тамаша үлгі.Дегенмен, жабайы түрлер немесе қолға үйретілген донорлар ата-аналық ұрпақ болды ма және рапс тұқымын қолға үйретуге және жақсартуға ықпал еткен гендер әлі белгісіз.
материалдар мен тәсілдер
Материалдар:588B. napusБұл зерттеуге қосылулар қатысты, оның ішінде Азиядан 466, Еуропадан 102, Солтүстік Америкадан 13 және Австралиядан 7.Өсу әдеттерінің жазбаларына сүйене отырып, бұл материалдар үш экотипке бөлінді;көктемгі (86 қосылу), қыста (74 қосылу) және жартылай қыста (428 қосылу).
Тізбектеу:Орташа алғанда шамамен.5× (3,37× пен 7,71× аралығында)
Тізбектеу платформасы:Illumina Hiseq 4000
Деректерді өндіру:4,03 Тб таза деректер
SNP қоңырауы:BWA + GATK.5 294 158 SNP және 1 307 151 InDels алынды.
Нәтижелер
B. napus шығу тегі
B. napusСубгеном еуропалық шалқанның арғы атасынан пайда болды.Еуропалық репадан ген ағынының оқиғасыB. napus Субгеном 106–1170 жыл бұрын пайда болған.B. napusC субгеномы осы тектердің ортақ атасынан пайда болуы мүмкін.атасыB. napusтөрт B. oleracea кіші түрінің ортақ атасынан бөлініп, соңғы гендік ағынменB. napus~108–898 жыл бұрын.B. napusC субгеномы А субгеномына қарағанда күрделі шығу тегі бар.Кезінде екі субгеномда да күшті тығырық пайда болдыB. napusэволюция.Қыс және жартылай қысB. napusЭкотиптер шамамен 60 жыл бұрын, ал қыс пен көктемде ажырасқанB. napus~416 жыл бұрын және майлы және майсыз дақылдар бөлініп кеткенB. napus~277 жыл бұрын бөлінген.
2-сурет 588 B. napus қосындыларының және 199 B. rapa қосылуының популяция құрылымы.
3-сурет 588 B. napus қосындысының және 119 B. oleracea қосындысының популяция құрылымы
Таңдау сигналдары және геномдық қауымдастықты зерттеу.
Жақсартудың бірінші кезеңінде (FSI) B. napus C субгеномында А субгеномына қарағанда көбірек генетикалық әртүрлілік жоғалды.Жетілдірудің екінші кезеңіне (SSI) қарағанда FSI кезінде генетикалық саралану азырақ болды.SSI таңдау сигнал аймақтарындағы гендер стресске төзімділік, даму және метаболикалық жолдармен байытылды.10 мақсатты белгімен айтарлықтай байланысты 60 локус анықталды, оның ішінде 5 тұқым өнімділігіне, 3 силик ұзындығына, 4 майлылыққа және 48 тұқым сапасына қатысты.
4-сурет B. napus SSI кезінде таңдалған аймақтардың геномдық сканерлеуі және аннотациялары
Транскриптомды талдау
Майлылығы жоғары және қос-төмен сорттың және майы аз және екі-жоғары сорттың 11 ұлпасының RNAseq деректері глюкозинолат биосинтетикалық процесіне қатысты анықталған гендер айтарлықтай артық ұсынылды.
5-сурет. B. napus жақсаруының экотипін таңдау кезінде гүлдену уақытының реттелуіне шолу.
Талқылау
Бұл зерттеу пайда болуы мен жетілу тарихын түсіну үшін құнды ресурс болдыB. napusжәне маңызды агротехникалық кешен белгілерінің генетикалық негіздерін бөлуді жеңілдетеді.Қолайлы нұсқалармен, іріктеу сигналдарымен және кандидат гендермен байланысты маңызды SNP болашақта, әсіресе осы жақында шыққан аллополиплоидты дақылдың және оның туыстарының өнімділігін, тұқым сапасын, май құрамын және бейімделу қабілетін жақсартуға үлкен үлес қосады.
Анықтама
Тұтас геномды қайта секвенирлеу Brassica napus шығу тегі мен оны жақсартуға қатысатын генетикалық локустарды көрсетеді[J].Табиғат коммуникациялары, 2019, 10(1).
Жаңалықтар мен маңызды оқиғалар соңғы сәтті жағдайларды Biomarker Technologies-пен бөлісуге, жаңа ғылыми жетістіктерді, сондай-ақ зерттеу барысында қолданылған көрнекті әдістерді түсіруге бағытталған.
Жіберу уақыты: 05 қаңтар 2022 ж